Rpv3-1GydF4y2Ba介导对葡萄霜霉菌的抗性与特定宿主转录反应和斯蒂芬的积累有关。GydF4y2Ba

背景GydF4y2Ba

欧洲葡萄品种(GydF4y2Ba葡萄属）是GydF4y2Ba高度易感霜霉病病原体GydF4y2Ba霜霉GydF4y2Ba．育种的抗病GydF4y2BaV. Vinifera.GydF4y2Ba栽培是降低病害管理影响的一种有前景的策略。大多数已经培育的品种对霜霉病的抗性，依赖于介导的抗性GydF4y2BaRPV3.GydF4y2Ba（GydF4y2BaR.GydF4y2Baesistance来GydF4y2BaP.GydF4y2Ba．GydF4y2BaV.GydF4y2BaiticolaGydF4y2Ba)轨迹。然而，尽管该位点被广泛应用，但其作用机理尚不清楚GydF4y2BaRPV3.GydF4y2Ba介导的耐药性。GydF4y2Ba

结果GydF4y2Ba

在这项研究中，GydF4y2BaRPV3.GydF4y2Ba-介导的防御反应GydF4y2BaRPV3.GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba和GydF4y2BaRpv3ˉGydF4y2Ba两个不同的葡萄品种接种后GydF4y2BaP.霜霉病GydF4y2Ba隔离GydF4y2BaavrRpv3GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba和GydF4y2BaavrRpv3ˉGydF4y2Ba，后者能够克服GydF4y2BaRPV3.GydF4y2Ba阻力。基于比较显微镜、代谢组学和转录组学分析，我们的结果表明GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba-介导的抗性与触发真菌毒性二苯乙烯合成和程序性细胞死亡(PCD)的防御机制有关，导致减少但不是抑制病原体的生长和发育。基因编码蛋白序列的功能注释显示基因在转录过程中显著上调GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba- 介绍的防御响应揭示了在病原识别，信号转导和防御响应中的推定作用。GydF4y2Ba

结论GydF4y2Ba

本研究采用组织化学，转录的代谢及分析GydF4y2BaRPV3.GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba和感病品种接种无毒有毒GydF4y2BaP.霜霉病GydF4y2Ba隔离调查机制基础的GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba介导的抗性反应。我们证明的茋生物合成有关的基因的表达之间存在强相关性，真菌毒性芪，病原体生长抑制和PCD的积累。GydF4y2Ba

活体营养病原体GydF4y2Ba霜霉GydF4y2Ba（伯克。＆M.A.柯蒂斯）贝尔。和德托尼导致葡萄霜霉病，全球最流行的小道消息疾病之一，导致果实产量和质量[显著下降GydF4y2Ba1GydF4y2Ba］．由于缺乏抗性基因GydF4y2Ba葡萄GydF4y2Ba品种霜霉病感染，葡萄酒生产严重依赖于使用杀真菌剂来控制这种疾病。从野生北美和亚洲，以减少对化学投入葡萄种植的依赖，从而降低葡萄酒生产的生态和经济负担，许多育种计划已渗入抗性基因座GydF4y2Bavitis.GydF4y2Ba种成GydF4y2BaV. Vinifera.GydF4y2Ba从而产生新的抗霜霉病葡萄品种[GydF4y2Ba2GydF4y2Ba那GydF4y2Ba3.GydF4y2Ba］．迄今为止，27数量性状位点（QTL）赋予抗霜霉病已经确定野生内GydF4y2Bavitis.GydF4y2Ba物种 [GydF4y2Ba3.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba4.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba5.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba6.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba7.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba8.GydF4y2Ba］．然而，到目前为止，只有GydF4y2BaRPV1.GydF4y2Ba抗性基因GydF4y2BaMuscadinia圆叶GydF4y2Ba已被克隆和功能特点。GydF4y2BaRPV1.GydF4y2Ba是一个NB-LRR受体，植物防御的发起期间参与病原体识别和信号转导[GydF4y2Ba9.GydF4y2Ba］．虽然有针对抗霜霉病相关的27 QTL区域是已知的，在欧洲大部分种植抗霜霉病品种依靠指定一个主要阻力位点GydF4y2BaRPV3.GydF4y2Ba（GydF4y2BaR.GydF4y2Baesistance来GydF4y2BaP.GydF4y2Ba．GydF4y2BaV.GydF4y2BaiticolaGydF4y2Ba)。这GydF4y2BaRPV3.GydF4y2Ba-locus首先在确定GydF4y2BaV. Vinifera.GydF4y2Ba简历。'锐劲特和更详细地描述GydF4y2BaV. Vinifera.GydF4y2Ba简历。“比安卡” [GydF4y2Ba10.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba11.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba12.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba13.GydF4y2Ba］．与其他新品种GydF4y2BaRpv10GydF4y2Ba要么GydF4y2BaRpv12GydF4y2Ba-介导的霜霉病抗性已经产生，但栽培程度要低得多。进一步的描述了先前的识别GydF4y2BaRPV3.GydF4y2Ba轨迹表明该位点的等位基因形式，为霜霉病所有居间电阻，称为GydF4y2BaRpv3-1，Rpv3-2GydF4y2Ba和GydF4y2BaRpv3-3GydF4y2Ba[GydF4y2Ba13.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba14.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba15.GydF4y2Ba］．这GydF4y2BaRPV3.GydF4y2Ba-介导的抗性与接种后48至72小时(hpi)坏死病变的发生、菌丝生长受限和新孢子囊和孢子囊数量减少有关[GydF4y2Ba10.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba12.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba13.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba16.GydF4y2Ba］．品种' Regent ' (GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba)是抗霜霉病育种的一个成功案例，是欧洲培育得最多的抗霜霉病品种之一[GydF4y2Ba17.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba18.GydF4y2Ba］．但是，尽管使用了广泛的使用GydF4y2BaRPV3.GydF4y2Ba抗性基因座的基础机制的详细知识GydF4y2BaRPV3.GydF4y2Ba介导的阻力仍然大多是未知的。了解不同抗性介导的抗性基因座是现代育种策略必不可少的机制，在新的葡萄品种不同耐药机制的组合可以由病原体抵抗力降低击穿的可能性[GydF4y2Ba19.GydF4y2Ba］．事实上，一些研究已经表明，GydF4y2BaP.霜霉病GydF4y2Ba株已经出现在欧洲是能够克服由介导的抗性GydF4y2BaRPV3.GydF4y2Ba基因座[GydF4y2Ba20.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba21.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba22.GydF4y2Ba］．为了成功地在葡萄树叶或浆果上建立殖民地GydF4y2BaP.霜霉病GydF4y2Ba必须抑制主机植物防御机制。据证明这种抑制因效应蛋白的分泌而实现这种抑制[GydF4y2Ba23.GydF4y2Ba]和植物防御的一般模式是由Dangl和琼斯[GydF4y2Ba24.GydF4y2Ba］．通过宿主病原识别受体(PRRs)检测到特定的病原相关分子模式(PAMPs)，从而产生PTI免疫(PTI)，从而阻止非适应的病原成功定植植物并引起病害。然而，宿主适应的病原体分泌抑制PTI的效应物，导致植物-病原体相互作用和宿主敏感性(强致病菌分离株)。在无毒病原菌分离株引起的植物与病原菌的不亲和相互作用中，这些效应子被具有核苷酸结合域和富亮氨酸重复序列(NB-LRR)的特异性抗性蛋白直接或间接识别，从而导致多种防御基因的转录激活和植物对病原体的抗性(ETI;effector-triggered免疫力)[GydF4y2Ba25.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba26.GydF4y2Ba］．成功的病原体识别会激活包括MAP激酶和WRKY转录因子在内的信号转导通路，进而触发初级免疫反应，如致病相关蛋白(PR)、活性氧(ROS)或植物抗毒素的积累，导致防止病原体生长和发育的超敏反应(HR) [GydF4y2Ba27.GydF4y2Ba］．在不同的模型生物中已经证明，在ETI中观察到的感染部位的局部HR是一种常见的防御机制[GydF4y2Ba28.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba29.GydF4y2Ba］．底层PTI和ETI机制的明显区别，不能做所有的植物病原体相互作用和一些研究表明，由PTI和ETI [引发的防御反应的重叠GydF4y2Ba29.GydF4y2Ba］．例如,在GydF4y2Ba拟南芥GydF4y2Ba，参与硫代葡萄糖苷代谢的AtPEN2和AtPEN3蛋白对PTI和ETI至关重要[GydF4y2Ba30.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba31.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba32.GydF4y2Ba］．研究还表明，吲哚-硫代葡萄糖苷的降解产物参与了etil介导的HR [GydF4y2Ba32.GydF4y2Ba］．然而，目前尚不清楚是否其他生物活性的次生代谢产物，可以在其他植物物种的植物防御中发挥类似的作用。例如，已经有人提出，作为葡萄次生代谢产物的二苯乙烯，可能在葡萄的防御中起着类似的作用[GydF4y2Ba33.GydF4y2Ba］．斯蒂尔贝涅GydF4y2BatransGydF4y2Ba白藜芦醇是基本前体从其中在葡萄树中找到的所有芪导出并因此植物防御过程中产生的最重要的芪之一[GydF4y2Ba34.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba35.GydF4y2Ba］．在生物活性衍生物的生成包括白藜芦醇结果的各种修改GydF4y2Baε-GydF4y2Baviniferins（经由氧化二聚），或者GydF4y2BatransGydF4y2Ba-pterostilbene（通过甲基化）。以前的研究已经证明，这些芪类对真菌的毒性作用GydF4y2BaP.霜霉病GydF4y2Ba孢子囊和游动孢子[GydF4y2Ba36.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba37.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba38.GydF4y2Ba］．与此相反，白藜芦醇的糖基化形式，GydF4y2BatransGydF4y2Ba-piceid，发现有上只有很有限的真菌毒性作用GydF4y2BaP.霜霉病GydF4y2Ba孢子囊或游动孢子[GydF4y2Ba37.GydF4y2Ba］．茋合成的各种生物和非生物胁迫如接种与感应GydF4y2Ba葡萄孢菌GydF4y2Ba要么GydF4y2BaP.霜霉病GydF4y2Ba或在几个葡萄品种[观察UV-C照射GydF4y2Ba39.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba40GydF4y2Ba那GydF4y2Ba41.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba42.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba43.GydF4y2Ba］．此外，一些以前的研究已经牵连二苯乙烯合成电阻各大赋予的角色GydF4y2BaR.GydF4y2Ba源自北美和亚洲野生葡萄品种的位点。例如，微阵列分析霜霉病抗性物种GydF4y2Ba葡萄属锐利GydF4y2Ba简历。Gloire蒙彼利埃透露的众多GydF4y2BaVvSTSGydF4y2Ba与易感基因相比，12-24 hpi高得多GydF4y2BaV. Vinifera.GydF4y2Ba品种[GydF4y2Ba44.GydF4y2Ba］．博索等。[GydF4y2Ba45.GydF4y2Ba也发现了更高水平的二苯乙烯GydF4y2Ba诉锐利GydF4y2Bacv Gloire de Montpellier后霜霉病感染比较GydF4y2BaV. Vinifera.GydF4y2Ba．抵抗之间的相关性GydF4y2BaP.霜霉病GydF4y2Ba以及高水平的GydF4y2Baε.GydF4y2Ba-viniferin和GydF4y2BatransGydF4y2Ba-pterostilbene也被证明GydF4y2BaMuscadinia圆叶GydF4y2Ba基因型和A.GydF4y2BaRpv10GydF4y2Ba-含品种的基因座[GydF4y2Ba46.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba47.GydF4y2Ba］．尽管以前的出版物暗示了斯蒂宝生物合成的作用GydF4y2BaR.GydF4y2Ba-Loci介导的抗性，对其在其作用中的作用并不多GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba介导的防御。在这项研究中，我们采用了一种新的方法来通过比较柔软的霉菌诱导的斯莱德生物合成来调查这个问题，不仅在不同之间GydF4y2BaRPV3.GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba和GydF4y2BaRpv3ˉGydF4y2Ba葡萄的基因型，也是对接种的反应GydF4y2BaP.霜霉病GydF4y2Ba分离株要么毒性或无毒上GydF4y2BaRPV3.GydF4y2Ba基因型。我们独特的方法提供了证据GydF4y2BaRPV3.GydF4y2Ba介导的防御反应涉及诱导真菌毒性的生物合成，导致降低，但没有完全抑制，病原体生长和发育。GydF4y2Ba

这GydF4y2Ba霜霉GydF4y2Ba隔离GydF4y2BaavrRpv3ˉGydF4y2Ba克服了GydF4y2BaRPV3.GydF4y2Ba介导的葡萄藤阻力GydF4y2Ba

柔软的霉菌抗性葡萄植物品种GydF4y2BaRPV3.GydF4y2Ba-locus（“丽晶”和“解百纳相思” -GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba和“卡拉迪斯白”-GydF4y2BaRpv3-1：3-2GydF4y2Ba）和易感栽培种“米勒 - 图高”用接种GydF4y2BaP.霜霉病GydF4y2Ba隔离GydF4y2BaavrRpv3GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba和GydF4y2BaavrRpv3ˉGydF4y2Ba评价两株病原菌对寄主抗性的差异。通过观察接种后6天产生的孢子囊数量和坏死病变的形成来评估抗性。接种后GydF4y2BaavrRpv3GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba孤立，生产的孢子数量GydF4y2BaRPV3.GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba品种被显著降低（减少94-98％）比在易感观察（GydF4y2BaRpv3ˉGydF4y2Ba）品种（图GydF4y2Ba1GydF4y2Ba与感病品种相反，在叶盘上观察到坏死区域GydF4y2BaRPV3.GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba与此接种的基因型GydF4y2BaavrRpv3GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba隔离(图。GydF4y2Ba1GydF4y2Ba模拟)。接种该菌后，所有基因型的叶盘上均未见坏死斑点GydF4y2BaavrRpv3ˉGydF4y2Ba隔离(图。GydF4y2Ba1GydF4y2Ba情况)。的数量GydF4y2BaavrRpv3ˉGydF4y2BaSporangia的全部显着高GydF4y2BaRPV3.GydF4y2Ba栽培品种相比，接种量与量化后GydF4y2BaavrRpv3GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba分离物，显示出GydF4y2BaavrRpv3ˉGydF4y2Ba分离是能够克服GydF4y2BaRPV3.GydF4y2Ba介导的耐药性。而产孢囊数差异无统计学意义GydF4y2BaavrRpv3ˉGydF4y2Ba跨越不同基因型分离物，该结果强烈表明在“Calardis布兰克”，其既包含敏感性降低GydF4y2BaRpv3-1 & 3 - 2GydF4y2Ba相比GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba唯一的品种。为了进一步研究，“摄政王”被选为代表GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba基因型（以下称该GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba品种）。GydF4y2Ba

Rpv3-1GydF4y2Ba-介导的对无毒和有毒的防御反应GydF4y2BaP.霜霉病GydF4y2Ba隔离GydF4y2Ba

进行组织化学分析GydF4y2BaRpv3-1-GydF4y2Ba宿主抗性与病原发育的关系GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba和感病品种用接种GydF4y2BaavrRpv3GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba和GydF4y2BaavrRpv3GydF4y2Ba^¯GydF4y2BaP.霜霉病GydF4y2Ba接种后24h、48h和72h采集菌株和样品。用苯胺蓝染色观察叶盘的时间进程GydF4y2BaP.霜霉病GydF4y2Ba发展（图GydF4y2Ba2GydF4y2Ba)。在品种或之间的早期殖民阶段没有观察到差异GydF4y2BaP.霜霉病GydF4y2Ba隔离。通过显微镜观察，24 hpi条件下，所有处理的气孔上都有类似的孢子附着、芽管发育、初生菌丝的形成和吸器的发育。GydF4y2Ba2GydF4y2Ba一个-d，附加文件GydF4y2Ba1GydF4y2Ba)。在48 HPI，菌丝生长GydF4y2BaavrRpv3GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba分离物明显受损的GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba与易感品种相比品种（图。GydF4y2Ba2GydF4y2Bae, f).然而，增长的GydF4y2BaavrRpv3ˉGydF4y2Ba分离物易感的细胞间隙内的相似和GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba品种(无花果。GydF4y2Ba2GydF4y2BaG，H）。在72 HPI，所述感病品种的海绵组织完全是由菌丝定植和孢囊柄已被两个分离株产生的，表示成功的病原体的生命周期（图GydF4y2Ba2GydF4y2Ba我知道）。与此相反，经过72 HPI为仅观察到弱的菌丝生长和无孢囊柄形成GydF4y2BaavrRpv3GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba隔离的GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba品种(无花果。GydF4y2Ba2GydF4y2Baj）中，而生长和孢子形成GydF4y2BaavrRpv3ˉGydF4y2Ba隔离的GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba品种相似，在感病品种（图观察到。GydF4y2Ba2GydF4y2Bak, l)。GydF4y2Ba

除了检查病原体的发展，还使用台台蓝染色检测感染位点的宿主程序性细胞死亡(PCD)的发生(图。GydF4y2Ba3.GydF4y2Ba)。尽管这种染色方法是为PCD，一些可视化优化GydF4y2BaP.霜霉病GydF4y2Ba共染色的结构允许鉴定感染的气孔。在24 hpi与GydF4y2BaavrRpv3GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba分离物，encysted游动孢子出席两个品种的气孔，但没有台盼蓝染色的细胞是可见的，表明PCD尚未开始（图GydF4y2Ba3.GydF4y2Ba(a, b).在32 hpi时，PCD在侵染气孔下的叶肉细胞中清晰可见GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba栽培品种接种GydF4y2BaavrRpv3GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba但在感病品种中未观察到PCD(图。GydF4y2Ba3.GydF4y2BaC，D）。另外，在易感的任何叶盘没有观察到PCD或GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba栽培种高达48 HPI与GydF4y2BaavrRpv3ˉGydF4y2Ba隔离(图。GydF4y2Ba3.GydF4y2Bae，f）。该组织化学分析表明，GydF4y2BaRpv3-1介导GydF4y2Ba防御可抑制病原体的生长和发育，其起始时间晚于24 hpi，在48 hpi之前有效，PCD为32 hpi。GydF4y2Ba

二苯乙烯合成基因相关因素与芪积累后表达GydF4y2Ba霜霉GydF4y2Ba感染GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba品种GydF4y2Ba

要深入了解的芪途径的基因中可能发挥的作用GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba介导的抗性，通过qPCR研究了在易感一些参与生物合成茋不同基因的表达谱和GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba接种后两个品种GydF4y2BaP.霜霉病GydF4y2Ba株（GydF4y2BaavrRpv3GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba＆GydF4y2BaavrRpv3ˉGydF4y2Ba）或水。基因表达计算相对于水的控制和抵抗葡萄持家基因标准化。一个引物组（GydF4y2BaVvSTS25 / 27/29）GydF4y2Ba用于定量的结合转录水平GydF4y2BaVvSTS25GydF4y2Ba那GydF4y2BaVvSTS27GydF4y2Ba和GydF4y2BaVvSTS29，GydF4y2Ba推测的二苯乙烯合酶的编码，它以前被证明对生物和非生物胁迫具有高度反应性[GydF4y2Ba48.GydF4y2Ba]GydF4y2Ba．GydF4y2Ba此外，转录水平GydF4y2Bavvromt.GydF4y2Ba，它编码一个白藜芦醇GydF4y2BaO.GydF4y2Ba甲基转移酶催化GydF4y2BatransGydF4y2Ba-pterostilbene生物合成[GydF4y2Ba38.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba49.GydF4y2Ba]也分析了。转录GydF4y2BaVvSTSGydF4y2Ba和GydF4y2Bavvromt.GydF4y2Ba发现基因在经历抵抗响应的葡萄化组织中，在前24 HPI内被强烈上调强烈调控（GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba/GydF4y2BaavrRpv3GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba)与易感相互作用的组织(即易感/GydF4y2BaavrRpv3GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba和GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba/GydF4y2BaavrRpv3¯GydF4y2Ba)(图。GydF4y2Ba4.GydF4y2Ba)。性的诱导成功的GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba栽培品种接种GydF4y2BaavrRpv3GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba分离用的峰值相关联GydF4y2BaVvSTSGydF4y2Ba和GydF4y2Bavvromt.GydF4y2Ba转录在8和12 HPI，分别。相反，这些基因在表达GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba接种有毒的品种GydF4y2BaavrRpv3ˉGydF4y2Ba在整个侵染过程中，分离株或感病品种的细菌数量相对稳定且较低。例如，一个清晰的感应被测量GydF4y2BaVvSTS25/27/29GydF4y2Ba(17)折起来GydF4y2Bavvromt.GydF4y2Ba（14倍）GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba栽培品种在8 HPI接种GydF4y2BaavrRpv3GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba与接种GydF4y2BaavrRpv3ˉGydF4y2Ba（图。GydF4y2Ba4.GydF4y2Ba）GydF4y2Ba．GydF4y2Ba已经证明了显著的二苯乙烯生物合成途径基因的诱导与葡萄叶组织经历一个GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba- 介导的防御反应，下一步是研究这一目标是否转化为在经历无毒和毒性相互作用的组织内的芪的水平和多样性的显着差异。GydF4y2Ba

激活GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba-介导的防御与二苯乙烯生物合成的诱导有关GydF4y2Ba

四种二苯乙烯化合物的水平GydF4y2BatransGydF4y2Ba- 白藜芦醇，GydF4y2Baε.GydF4y2Ba-viniferin，GydF4y2BatransGydF4y2Ba-pterostilbene和GydF4y2BatransGydF4y2Ba高效液相色谱法72 h测定。从24 hpi开始成功诱导GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba针对介导的防御反应GydF4y2BaavrRpv3GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba分离用的显著更高级别相关联GydF4y2BatransGydF4y2Ba- 白藜芦醇，相对于感染的的时GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba品种GydF4y2BaavrRpv3ˉGydF4y2Ba分离与感病品种GydF4y2BaavrRpv3GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba或水控制(图。GydF4y2Ba5.GydF4y2Ba)。积累GydF4y2BatransGydF4y2Ba- 白藜芦醇，对于像芪前体分子GydF4y2BatransGydF4y2Ba生长发育,GydF4y2Baε.GydF4y2Ba-viniferin或GydF4y2BatransGydF4y2Ba-pterostilbene约为六倍一个成功的病原体识别和植物防御诱导（GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba/GydF4y2BaavrRpv3GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba），比较图6和24 HPI（图时。GydF4y2Ba5.GydF4y2Ba一种）。This resulted in a significant higher amount of resveratrol at 24 hpi (~ 2.180 ng g^{- 1GydF4y2Ba}FW）。相比之下，水平GydF4y2BatransGydF4y2Ba-白藜芦醇相应检测GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba样品接种GydF4y2BaavrRpv3ˉGydF4y2Ba或水在6和24 hpi时无明显变化(图。GydF4y2Ba5.GydF4y2Ba一个）的量GydF4y2BatransGydF4y2Ba-Resveratrol in.GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba/GydF4y2BaavrRpv3GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba样品进一步增加至9.000 ng gGydF4y2Ba^{- 1GydF4y2Ba}与接种易感品种相比，在72 HPI下，在成功防御中，在成功防御中产生了显着更高的白藜芦醇（〜1.600 ng gGydF4y2Ba^{- 1GydF4y2Ba}FW）或GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba品种接种GydF4y2BaavrRpv3ˉGydF4y2Ba(~ 1.500 ng g .GydF4y2Ba^{- 1GydF4y2Ba}FW），分别为（图GydF4y2Ba5.GydF4y2Ba一种）。GydF4y2BatransGydF4y2Ba- 白藜芦醇也在对应相比的相应时间点的水对照表示显著较低量检测GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba/GydF4y2BaavrRpv3GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba治疗。与此相反，在比较的水控制对应的时间点时没有发现显著差异，GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba/GydF4y2BaavrRpv3ˉGydF4y2Ba处理过的样品或易感样品（图GydF4y2Ba5.GydF4y2Ba一种）。特别令人感兴趣的是发现了两个最真菌毒素芪，GydF4y2Baε.GydF4y2Ba-viniferin和GydF4y2BatransGydF4y2Ba-翼萜类化合物仅在48和72 hpi防御成功时积累，导致约800 ng gGydF4y2Ba^{- 1GydF4y2Ba}弗兰克-威廉姆斯GydF4y2BatransGydF4y2Ba-pterostilbene和12.000 ng g^{- 1GydF4y2Ba}弗兰克-威廉姆斯GydF4y2Baε.GydF4y2Ba-viniferin在72 hpi（图。GydF4y2Ba5.GydF4y2Bab，c）。一个small amount of ε-viniferin (~ 180 ng g^{- 1GydF4y2Ba}FW)也在接种的样品中检测到GydF4y2BaavrRpv3ˉGydF4y2Ba在72 hpi下分离，但这大约比经历成功防御反应的叶组织中发现的数量低70倍(GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba/GydF4y2BaavrRpv3GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba)。斯蒂尔贝涅GydF4y2BatransGydF4y2Ba-piceid是糖基化形式GydF4y2BatransGydF4y2Ba- 白藜芦醇，被认为是芪的运输和储存，而不形式对真菌毒性的作用GydF4y2BaP.霜霉病GydF4y2Ba[GydF4y2Ba37.GydF4y2Ba］．GydF4y2BatransGydF4y2Ba-piceid在所有样品中发现的，独立的时间点，治疗和品种，表明针对一个成功的防守这种芪的浓度可能并不重要GydF4y2BaP.霜霉病GydF4y2Ba（附加文件GydF4y2Ba2GydF4y2Ba)。这些结果表明的显著较高的积累GydF4y2BatransGydF4y2Ba-白藜芦醇和真菌毒性二苯乙烯的特异性生物合成GydF4y2Baε.GydF4y2Ba-viniferin和GydF4y2BatransGydF4y2Ba紫檀芪的GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba品种与的成功激活相关GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba在对葡萄叶片组织介导的防御机制GydF4y2BaP.霜霉病GydF4y2Ba．GydF4y2Ba

差异表达基因的转录组分析响应GydF4y2Ba霜霉GydF4y2Ba感染GydF4y2Ba

基因表达分析GydF4y2BaVvSTSGydF4y2Ba基因中一个成功的表现出最高的感应GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba6 HPI和8 HPI（图之间介导的防御。GydF4y2Ba4.GydF4y2Ba)。以尝试识别其他与GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba-介导的防御反应，采用非靶向方法，利用RNA-Seq分析鉴定易感和敏感的差异表达基因GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba品种6 HPIGydF4y2BaP.霜霉病GydF4y2Ba隔离GydF4y2BaavrRpv3GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba那GydF4y2BaavrRpv3ˉGydF4y2Ba或水。RNA-Seq数据首先使用简单的两两比较方法进行分析，以识别在响应中表现出显著差异表达的基因GydF4y2BaP.霜霉病GydF4y2Ba与每个品种的模拟处理样品进行比较。基于错误发现率(FDR) < 10%(多重调整)，在至少一次成对比较中，统计分析鉴定出2612个基因相对于模拟对照有差异表达GydF4y2BaP.GydF4y2Ba价值GydF4y2BaP.GydF4y2Ba< 0.1)和一种minimum log fold-change (logFC) of 1 (Additional file3.GydF4y2Ba)。RNA-Seq结果通过qPCR分析进行验证(补充文件)GydF4y2Ba4.GydF4y2Ba)GydF4y2BaP.霜霉病GydF4y2Ba诱导基因GydF4y2BaVvPR10.1GydF4y2Ba那GydF4y2BaVvPR5GydF4y2Ba那GydF4y2Bavvromt.GydF4y2Ba和GydF4y2BaVvSTS1。GydF4y2Ba这results demonstrated a strong significant correlation (r = 0.95–0.99) between qPCR and RNA-Seq data (Additional file4.GydF4y2Ba)。在2612个差异表达(DE)基因中，发现34个编码二苯乙烯合酶蛋白(图。GydF4y2Ba6.GydF4y2Ba一种）。这些34GydF4y2BaVvSTSGydF4y2Ba基因，26被确定为正在叶组织更高度诱导经历成功的GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba介导的防御(GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba/GydF4y2BaavrRpv3GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba）并包括GydF4y2BaVvSTSGydF4y2Ba证明是基因通过qPCR在图上调。GydF4y2Ba4.GydF4y2Ba．即使大多数的个人GydF4y2BaVvSTSGydF4y2Ba在所有样本中，基因都是由感染引起的，在比较所有34个样本的基因表达时发现了显著差异GydF4y2BaVvSTSGydF4y2Ba基因（图GydF4y2Ba6.GydF4y2Bab）。这表明，总GydF4y2BaVvSTSGydF4y2Ba在表达GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba/GydF4y2BaavrRpv3GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba比较易感显著较高，GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba/GydF4y2BaavrRpv3ˉGydF4y2Ba样品(图。GydF4y2Ba6.GydF4y2Bab）。两两比较上方施加方法是仅能够识别或者易感或接种和模拟样品之间基因DEGydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba品种，但并不适合于识别的基因，其对感染的反应是统计学品种间不同显著。为了确定候选人期间进行了成功的差异表达GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba介导的防卫反应，使用线性模型包括交互项进行差异表达分析。这些互动方面使我们能够识别之间DE基因GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba/GydF4y2BaavrRpv3GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba样品和易感/GydF4y2BaavrRpv3GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba样品（=成功的防守）的基因，以及属于差异表达GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba/GydF4y2BaavrRpv3ˉGydF4y2Ba样品和易感/GydF4y2BaavrRpv3GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba样本(=不成功的防御)。该分析共显示了2042个DE基因，并用维恩图显示了这两个比较之间的重叠(图2)。GydF4y2Ba7.GydF4y2Ba额外的文件GydF4y2Ba5.GydF4y2Ba)。在成功和失败的防御反应中共发现85个基因，表明这些基因在防御反应中存在差异表达GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba独立于样品GydF4y2BaP.霜霉病GydF4y2Ba隔离。分析表明，在成功进行病原体识别和防御的样本中，有11个基因特异表达(GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba/GydF4y2BaavrRpv3GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba)，而1946个基因被发现有差异的调节GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba与强毒分离株（图接种的样品。GydF4y2Ba7.GydF4y2Ba)。这组11个基因对进一步的研究具有特殊的意义，因为它们只在成功的早期阶段(6个hpi)有差异表达GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba介导的防御反应（表GydF4y2Ba1GydF4y2Ba)。该组中的11个基因的编码的蛋白序列的功能注释表明他们已经预测推定用作天冬氨酰蛋白酶（VIT_04s0008g07150; VIT_04s0008g07250），过氧化物酶（VIT_12s0055g01000），金属烟酰胺转运体（VIT_16s0098g01250），脂肪酶（VIT_10s0003g02120）和几丁质酶（VIT_05s0062g01320），一个MUTL蛋白同系物（VIT_04s0044g00170），锌指关节家族蛋白（VIT_05s0020g00290），一个富含亮氨酸重复受体样激酶（VIT_12s0034g02570）和两个未知的蛋白质（VIT_18s0001g07610; VIT_14s0060g02120）（表GydF4y2Ba1GydF4y2Ba)。GydF4y2Ba

组织学观察GydF4y2BaRPV3.GydF4y2Ba-介导的对毒性和无毒的抗性反应GydF4y2BaP.霜霉病GydF4y2Ba隔离GydF4y2Ba

在这项研究中，机制GydF4y2BaRPV3.GydF4y2Ba针对介导性GydF4y2BaP.霜霉病GydF4y2Ba通过比较易感和GydF4y2BaRPV3.GydF4y2Ba接种无毒(GydF4y2BaavrRpv3GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba）或毒力（GydF4y2BaavrRpv3ˉGydF4y2Ba）GydF4y2BaP.霜霉病GydF4y2Ba隔离。结果显示GydF4y2BaRpv3-GydF4y2Ba介导的抗性依赖于由无毒具体引发诱导响应（GydF4y2BaavrRpv3GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba)，导致坏死病变和减少孢子(图。GydF4y2Ba1GydF4y2Ba），其具有用于其他先前已经描述GydF4y2BaP.霜霉病GydF4y2Ba分离是毒性和无毒的GydF4y2BaRPV3.GydF4y2Ba基因型[GydF4y2Ba16.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba20.GydF4y2Ba］．苯胺蓝染色显示来自两个菌株孢子能够在包囊气孔以及在可比较的方式开发的初级菌丝两个GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba感病品种(图。GydF4y2Ba2GydF4y2Ba额外的文件GydF4y2Ba1GydF4y2Ba)。这些结果与Kortekamp等人之前的发现一致[GydF4y2Ba50.GydF4y2Ba，并表明GydF4y2BaRpv3-1-GydF4y2Ba介导抗性依赖于诱导反应，推测是由植物细胞和病原菌菌丝首次相互作用引起的，而不是结构性防御机制[GydF4y2Ba44.GydF4y2Ba］．一个在病原体识别研究最多的本地化植物反应的是PCD，这是因为在感染部位的坏死性病变可见[GydF4y2Ba51.GydF4y2Ba］．在2-10天后的坏死病变的存在GydF4y2BaP.霜霉病GydF4y2Ba感染已经描述为具有不同水平的阻力的几种抗葡萄基因型，并且已经推测是否这些差异可以通过在PCD的起始的速度有效地否认营养的活体营养性病原体卵菌[差异来解释GydF4y2Ba12.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba21.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba42.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba52.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba53.GydF4y2Ba］．据我们所知，这是第一次对耐霜霉病葡萄基因型中PCD发生时间进行详细评估。成功者和失败者的第一个区别GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba介导的防卫反应在32 HPI观察到与感应细胞死亡，这随后在抑制菌丝生长的GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba用无害物接种的品种GydF4y2BaP.霜霉病GydF4y2Ba分离物（图GydF4y2Ba2GydF4y2Ba-GydF4y2Ba3.GydF4y2Ba)。病原体的发展具有明显的不同，在48 HPI，这就造成了显着降低，但不能完全抑制观察霜霉病孢子形成的，所有GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba品种检查（图GydF4y2Ba1GydF4y2Ba)。就像不同来源的葡萄藤一样GydF4y2BaRPV-GydF4y2Ba位点，显示多种抗性水平的[GydF4y2Ba54.GydF4y2Ba[， PCD进展的时间进程研究有助于更好地了解这些寄主对PCD抗性机制的差异和PCD发病时间的重要性GydF4y2BaP.霜霉病GydF4y2Ba发展这些基因型。许多不同的GydF4y2BaP.霜霉病GydF4y2Ba以前已经发现了能够克服这种疾病的菌株GydF4y2BaRpv3-GydF4y2Ba介导的抗性，这表明由单个抗性基因座所赋予的耐久性可以是低的[GydF4y2Ba16.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba20.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba22.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba55.GydF4y2Ba］．的电阻破病原体的作物的出现是一个很好的描述过程中，使病原体可以通过它们的无毒基因的进化成为致命的。因此，抗性蛋白不再能够识别这些改变无毒蛋白（效应）GydF4y2Ba24.GydF4y2Ba］．电阻破菌株开发由于选择压力，通过植物抗性基因和施加在作物如马铃薯，大米[了众多已经观察GydF4y2Ba56.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba57.GydF4y2Ba］．这GydF4y2BaavrRpv3ˉp viticolaGydF4y2Ba我们所描述的孤立是能够被打破的GydF4y2BaRpv3-1-GydF4y2Ba介导的抗性（图GydF4y2Ba1GydF4y2Ba那GydF4y2Ba2GydF4y2Ba那GydF4y2Ba3.GydF4y2Ba)提示突变的无毒性蛋白(GydF4y2BaavrRpv3GydF4y2Ba）不被识别的相应GydF4y2BaR.GydF4y2Ba的基因产物GydF4y2BaRpv3-1-GydF4y2Ba轨迹。该毒分离株产生的新孢子囊数量在所有菌株中显著较高GydF4y2BaRPV3.GydF4y2Ba与无毒的分离物相比品种。但是，丽晶（GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba）和Calardis Blanc（GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba＆GydF4y2Ba3 - 2GydF4y2Ba)与白解百纳(GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba)，这可能提示对强毒分离物的抗性水平升高，这是由附加的小基因座介导的[GydF4y2Ba10.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba11.GydF4y2Ba］．但是，很明显GydF4y2BaavrRpv3ˉGydF4y2Ba本研究中使用的分离株仍能克服由GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba和GydF4y2BaRpv3-2,GydF4y2Ba这表明这两个GydF4y2BaR.GydF4y2Ba基因座可能会识别出同样的东西GydF4y2BaAVR.GydF4y2Ba效应。进一步实验，基因型包含GydF4y2BaRpv3-2,GydF4y2Ba缺少GydF4y2BaRpv3-1，GydF4y2Ba需要确定是否GydF4y2BaRpv3-2GydF4y2Ba-介导的抗性也因此受到影响GydF4y2BaavrRpv3ˉGydF4y2Ba隔离。的不同的组合（金字塔）GydF4y2BaR.GydF4y2Ba个位点被认为是提高抗植物病原体的抵抗力的耐久性[一项重要战略GydF4y2Ba2GydF4y2Ba那GydF4y2Ba58.GydF4y2Ba］．对潜在机制的理解GydF4y2BaR.GydF4y2Ba基因介导的抗性和公认的GydF4y2BaAVR.GydF4y2Ba效应器在找到成功的抗性位点组合以保证对葡萄霜霉病的持久抗性方面将发挥关键作用。GydF4y2Ba

二苯乙烯及其在GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba介导的防御GydF4y2Ba

次级代谢物诱导响应生物和非生物胁迫是众所周知的防御反应。在葡萄树中，斯蒂芬是一类压力诱导的二次代谢产物，通常参与各种生物和非生物胁迫的反应[GydF4y2Ba33.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba36.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba39.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba42.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba46.GydF4y2Ba］．二苯乙烯合成酶(STS)是二苯乙烯生物合成催化白藜芦醇合成的第一个关键酶步骤[GydF4y2Ba43.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba59.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba60.GydF4y2Ba］．在葡萄中，GydF4y2BaVvSTSGydF4y2Ba家庭由48假定的GydF4y2BaVvSTSGydF4y2Ba具有至少33的全长序列的基因序列编码的潜在功能性蛋白[GydF4y2Ba43.GydF4y2Ba］．GydF4y2Ba

采用qPCR分析方法，可对不同基因表达量进行定量分析GydF4y2BaVvSTSGydF4y2Ba第一48 HPI与霜霉病（图内的基因。GydF4y2Ba4.GydF4y2Ba)。QPCR分析表明，这些基因在相容相互作用中的相当且相对恒定的水平上表达（GydF4y2BaRpv3-1 / avrRpv3GydF4y2Ba^¯GydF4y2Ba＆ 易受影响的/GydF4y2BaavrRpv3GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba）over the 48 h infection period and were associated with the accumulation oftransGydF4y2Ba-白藜芦醇无毒GydF4y2BatransGydF4y2Ba生长发育(图GydF4y2Ba5.GydF4y2Ba)。相比之下，GydF4y2BaVvSTSGydF4y2Ba基因的不相容6-8 HPI内高度诱导（GydF4y2BaRpv3-1 / avrRpv3GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba）的相互作用导致在一个成功的防御反应（图GydF4y2Ba4.GydF4y2Ba)。这是通过在6 HPI取样的叶组织，证实升高水平转录的共34的RNA测序分析进一步证实GydF4y2BaVvSTSGydF4y2Ba不相容相互作用中的基因(图。GydF4y2Ba6.GydF4y2Ba)。然而，交互项分析表明，调节方向和强度之间没有统计学差异GydF4y2BaRpv3-1 / avrRpv3GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba和GydF4y2BaRpv3-1 / avrRpv3GydF4y2Ba^-GydF4y2Ba与易感植物相比，样品表示诱导GydF4y2BaVvSTSGydF4y2Ba基因一般是不特定于一个成功的防守。然而，当看着在整个集的整体折叠的变化GydF4y2BaVvSTSGydF4y2Ba基因（图GydF4y2Ba6.GydF4y2BaB，在一次成功的辩护中被证明GydF4y2BaRpv3-1 / avrRpv3GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba样品）的网络GydF4y2BaVvSTSGydF4y2Ba基因是比易感样品中上调的进一步加剧。由此可以推测，这导致合成更高级别GydF4y2BatransGydF4y2Ba白藜芦醇，其提供额外的生物合成反应导致生产低聚芪的前体GydF4y2Baε.GydF4y2Ba-viniferin和GydF4y2BatransGydF4y2Ba-pterostilbene。白藜芦醇O-甲基（VIT_12s0028g01880），即编码负责的生物合成的蛋白质的基因的基因表达分析GydF4y2BatransGydF4y2Ba-从白藜芦醇中提取的pterostilbene [GydF4y2Ba38.GydF4y2Ba]还透露表达在叶组织更高水平经历成功的GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba- 介导的防御响应（图。GydF4y2Ba4.GydF4y2Ba对于定量PCR，其他文件GydF4y2Ba3.GydF4y2Ba(RNA-Seq)比较易感样本。因此，二苯乙烯生物合成相关基因的表达数据与二苯乙烯化合物的检测水平具有很强的相关性(图)。GydF4y2Ba5.GydF4y2Ba)。GydF4y2Ba

孢子囊或动物孢子不同斯特宾的毒性GydF4y2BaP.霜霉病GydF4y2Ba先前已研究[GydF4y2Ba36.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba61.GydF4y2Ba］．这些研究表明，GydF4y2BatransGydF4y2Ba-piceid没有毒性，GydF4y2BatransGydF4y2Ba- 白藜芦醇仅低毒性GydF4y2BaP.霜霉病GydF4y2Ba孢子囊和游动孢子。相比之下，GydF4y2Baε.GydF4y2Ba-viniferin和GydF4y2BatransGydF4y2Ba-pterostilbene被发现有对葡萄霜霉病强真菌毒性作用。然而，在降低某些小道消息基因型的敏感性为二苯乙烯类直接作用确凿的证据GydF4y2BaP.霜霉病GydF4y2Ba感染仍然缺乏。先前已表明，而二苯乙烯类GydF4y2BatransGydF4y2Ba白藜芦醇和GydF4y2BatransGydF4y2Ba-piceid可在敏感和抗霜霉病的品种中被诱导，真菌毒性低聚体形式(GydF4y2Baε.GydF4y2Ba-viniferin和GydF4y2BatransGydF4y2Ba-pterostilbene）专门发现，或以高得多的水平，霜霉病菌抗性品种[GydF4y2Ba35.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba42.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba46.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba47.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba62.GydF4y2Ba］．同样，我们的研究结果表明，GydF4y2Baε.GydF4y2Ba-viniferin和GydF4y2BatransGydF4y2Ba-pterostilbene仅在表现出对无毒物质成功防御反应的叶盘中检测到GydF4y2BaP.霜霉病GydF4y2Ba隔离(图。GydF4y2Ba4.GydF4y2Ba）强烈暗示对这些化合物的作用GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba介导的防御。尽管GydF4y2BatransGydF4y2Ba白藜芦醇仅具有低毒性GydF4y2BaP.霜霉病GydF4y2Ba，它可能有另一种作用GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba而不是作为葡萄素的前体GydF4y2BatransGydF4y2Ba-Perostilbene生物合成。昌等人。[GydF4y2Ba63.GydF4y2Ba]表明，添加外源性GydF4y2BatransGydF4y2Ba- 白藜芦醇抑制的生长GydF4y2Bavitis.GydF4y2Ba细胞悬浮培养和激活与国防相关的反应，如ROS生成和细胞死亡。他们推测，GydF4y2BatransGydF4y2Ba-白藜芦醇本身可以作为启动PCD的信号分子。有趣的是，我们观察到第一批细胞在GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba32 HPI的基因型（图。GydF4y2Ba3.GydF4y2Ba)后不久出现GydF4y2BatransGydF4y2Ba-Resvertrol（图。GydF4y2Ba5.GydF4y2Ba)。Vezzulli等人[GydF4y2Ba14.GydF4y2Ba最近展示了与之间的相关性GydF4y2BaRpv3-3GydF4y2Ba轨迹 - 介导的对霜霉病和低聚芪的在一个“Merzling” X“Teroldego”分离群体感应电阻。他们推测在这个群体中抗霜霉病很可能通过的联合作用介导GydF4y2BaRpv3-3GydF4y2Ba基因和芪合成。结果这里介绍的通过显示芪的生物合成途径的基因诱导和低聚真菌毒素的芪积累补充他们的研究结果特异性上调之后承认GydF4y2BaavrRpv3GydF4y2Ba效应,GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba并有可能成为一个重要组成部分GydF4y2BaRPV3.GydF4y2Ba介导的防御。最终，确凿的证据证明了二苯乙烯在GydF4y2BaRPV3.GydF4y2Ba-介导的抗性只能通过研究霜霉病抗性来获得GydF4y2BaRPV3.GydF4y2Ba二苯乙烯合酶基因家族被删除或沉默的基因型，这将是特别具有挑战性的，鉴于大量GydF4y2BaVvSTSGydF4y2Ba基因在基因组中葡萄[GydF4y2Ba43.GydF4y2Ba］．GydF4y2Ba

早期特定转录反应GydF4y2BaRPV3.GydF4y2Ba- 介导的电阻机制GydF4y2Ba

第一次转录的防御反应GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba品种“丽晶”已经报道在这里6-8 HPI之间和其他研究GydF4y2Ba64.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba65.GydF4y2Ba］．以期发现除二苯乙烯生物合成途径外可能参与的其他转录和生化途径GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba此外，我们还比较了亲和和不亲和互作的叶组织早期(6 hpi)转录组反应GydF4y2BaP.霜霉病GydF4y2Ba．评价GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba通过RNA-SEQ分析介导的转录反应证实了大量在两个相互作用宿主基因的诱导，尽管这在不相容相互作用发生于许多基因具有更大的强度[GydF4y2Ba42.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba64.GydF4y2Ba］．然而，很难从这些结果，因为在基因表达的差异的寄主植物基因组背景的影响的任何结论不能排除。大多数转录研究，着手确定具体参与的基因GydF4y2BaR.GydF4y2Ba基因介导的抗性是基于基因表达的比较之间的抗性基因型包含GydF4y2BaR.GydF4y2Ba基因和不敏感的基因型然而，由于寄主物种不同的遗传背景而产生的基因表达差异，使这种情况的分析变得复杂。因此，我们的方法是不仅比较易感和耐药基因型的转录反应，而且使用GydF4y2BaRPV3.GydF4y2Baresistance-breakingGydF4y2BaP.霜霉病GydF4y2Ba分离（GydF4y2BaavrRpv3¯GydF4y2Ba）比较相同的转录响应GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba经历栽培品种成功和不成功的防守。为了全面分析RNA-Seq的数据，统计两个部分已完成。在第一种统计方法，RNA测序数据使用之间的成对比较分析GydF4y2BaP.霜霉病GydF4y2Ba和模拟处理样品，以识别DE基因响应GydF4y2BaP.霜霉病GydF4y2Ba无论基因型如何感染。其次，执行使用包括相互作用术语的线性建模的更复杂的统计方法，以比较差异基因表达反应GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba/GydF4y2BaavrRpv3GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba相比易感/样品GydF4y2BaavrRpv3GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba样品（=防御成功）和差异基因表达响应GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba/GydF4y2BaavrRpv3ˉGydF4y2Ba样品比较易感/GydF4y2BaavrRpv3GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba样本(=不成功的防御)。第一种方法采用简单的两两比较，在至少一次两两比较中，共有2612个基因相对于模拟对照具有DE。使用第二种更严格的统计方法，许多基因的DE受无关事件的影响而被排除在外GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba介导的防御机制。在总共2042 DE是在这种方法中。有趣的是，只有先前鉴定的34个基因的STS这表明在两两比较不同的表达（感染VS模拟）之一是DE比较不同基因型（交互项的分析）。这是与图中描述的结果一致。GydF4y2Ba4.GydF4y2Ba示出用于正调控GydF4y2BaSTS.GydF4y2Ba治疗后基因无论基因型和积累GydF4y2BatransGydF4y2Ba-piceid各处理（附加文件GydF4y2Ba2GydF4y2Ba)。如之前所讨论的（第3.2章），尽管普通的感应GydF4y2BaVvSTSGydF4y2Ba基因响应于感染，整体折叠在整个集的变化GydF4y2BaVvSTSGydF4y2Ba基因（图GydF4y2Ba6.GydF4y2BaB)在一次成功的辩护中GydF4y2BaRpv3-1 / avrRpv3GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba样本）被显著6 HPI上调相比易感样品（图GydF4y2Ba6.GydF4y2Bab）。这可能导致合成更高级别GydF4y2BatransGydF4y2Ba-白藜芦醇为真菌毒性低聚二苯乙烯的额外生物合成反应提供前体GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba介导的防御反应。因此，这些基因可能不是成功防御的特异性标记，而这2042个基因中有11个被发现是特定的DEGydF4y2BaRpv3-1 / avrRpv3GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba样品(图。GydF4y2Ba7.GydF4y2Ba）相比易感/时GydF4y2BaavrRpv3GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba样品。这11个基因，只能部分地使用成对的统计方法表检测，他们可能会为经历成功的防守植物提供了有趣的推测标记基因（GydF4y2Ba1GydF4y2Ba)。O.Fthese 11 genes, one was functionally characterized as a class III plant peroxidase (VIT_12s0055g01000). Plant peroxidases play a crucial role in many physiological processes and especially in plant defense. Indeed, it was recently demonstrated that peroxidase genes underlay a QTL region that contributes toRpv3-3GydF4y2Ba-介导的霜霉病抗性[GydF4y2Ba14.GydF4y2Ba］．此外，有研究表明过氧化物酶能够催化合成GydF4y2Baε.GydF4y2Ba-viniferin，这是专门在（本研究在经历了成功的防守样品中检测。GydF4y2Ba5.GydF4y2Ba）GydF4y2Ba34.GydF4y2Ba］．过氧化物酶也代表一类重要的，其能够限制病原体生长通过催化细胞壁组分的木质化或通过产生中涉及的过敏性反应的活性氧物种致病相关蛋白的[GydF4y2Ba66.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba67.GydF4y2Ba］．另外两个基因被发现在GydF4y2BaRpv3-1 / avrRpv3GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba样品功能表征为天冬氨酸蛋白酶(VIT_04s0008g07150, VIT_04s0008g07250)。虽然天冬氨酸蛋白酶在植物中的作用仍然是假设的，但一些研究已经假设天冬氨酸蛋白酶可能参与PCD和自噬细胞作用，以应对真菌感染[GydF4y2Ba68.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba69.GydF4y2Ba］．该组另一个DE基因被鉴定为GDSL脂肪酶(VIT_10s0003g02120)。葡萄中GDSL酯酶/脂肪酶基因的物理和分子功能尚不清楚，但已报道它们在其他植物物种的形态发生、植物发育、次生代谢产物的合成和植物防御反应中发挥作用[GydF4y2Ba70GydF4y2Ba那GydF4y2Ba71.GydF4y2Ba］．此外，在11个DE基因组中发现了一个金属-烟胺转运体YSL3 (VIT_16s0098g01250)和一个几丁质酶(VIT_05s0062g01320)。几丁质酶是已知的病原体相关蛋白，在植物防御中发挥作用，尽管卵菌不太可能是几丁质酶的目标，因为在这组病原体中几乎没有几丁质[GydF4y2Ba72.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba73.GydF4y2Ba］．总之，RNA测序分析基于在比较基因表达GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba基因型接种毒性和非毒性GydF4y2BaP.霜霉病GydF4y2Ba株有可能是具体参与的早期阶段确定的基因GydF4y2BaRpv3-1-GydF4y2Ba介导的植物防御和这将是更详细的检查的主题，以确定他们的推定作用GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba抵抗GydF4y2BaP.霜霉病GydF4y2Ba．GydF4y2Ba

组织化学、转录组学和代谢组学分析GydF4y2BaRPV3.GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba和感病品种接种无毒有毒GydF4y2BaP.霜霉病GydF4y2Ba分离株在这项工作进行调查的机制基础的GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba介导的抗性反应。我们证明了二苯乙烯合成相关基因的表达之间存在很强的相关性，真菌毒素芪，病原体生长抑制和程序性细胞死亡的积累。我们的研究结果表明，不同的金字塔GydF4y2BaRPV3.GydF4y2Ba个位点可以增加阻力水平，无毒霜霉病分离水平，但似乎没有增强对有毒菌株耐药的耐久性。此外，一些候选基因可能参与GydF4y2BaRPV3.GydF4y2Ba针对介导性GydF4y2BaP.霜霉病GydF4y2Ba被确定，这将在进一步研究解开抗性机制。GydF4y2Ba

植物材料,GydF4y2Ba霜霉GydF4y2Ba分离株和叶盘感染GydF4y2Ba

盆栽葡萄在温室条件下(22°C/day, 18°C/night;湿度50%)。GydF4y2Ba葡萄GydF4y2Ba简历。'müller-thurgau'，'revent'（GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba）GydF4y2Ba74.GydF4y2Ba，《卡拉狄斯blanc》(GydF4y2BaRpv3-1，Rpv3-2GydF4y2Ba）GydF4y2Ba15.GydF4y2Ba]和“解百纳相思”（GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba)(未发表数据)是由Neustadt/Weinstr的国家葡萄栽培、园艺和农村发展教育和研究中心获得的藤条再生的。如前所述的德国[GydF4y2Ba65.GydF4y2Ba］．这项研究的植物材料已经被Neser先生(Palatinate, Neustadt, Germany)鉴定和认证，并保存在Julius Kühn-Institut (Bundesforschungsinstitut für Kulturpflanzen, Geilweilerhof, Siebeldingen, Germany)的植物标本室中。一个GydF4y2BaP.霜霉病GydF4y2Ba隔离有毒性的GydF4y2BaRPV3.GydF4y2Ba基因型最初是从一个商业的“白解百纳”葡萄园中收集的，而隔离的是无毒的GydF4y2BaRPV3.GydF4y2Ba2016年在德国莱茵兰-普法尔茨采集了一个感病品种的基因型。根据Casagrande等人以前使用的分类[GydF4y2Ba16.GydF4y2Ba]，这些分离株被指定GydF4y2BaavrRpv3GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba（无毒）和GydF4y2BaavrRpv3ˉGydF4y2Ba(毒性的)，基于它们触发(或不)细胞死亡的能力GydF4y2BaRPV3.GydF4y2Ba葡萄基因型。如由Malacarne等人所描述的分离物进一步传播。[GydF4y2Ba42.GydF4y2Ba］．For all infection experiments, leaf discs (1.5 cm diameter) were excised with a cork borer from the fourth or fifth fully expanded leaves below the shoot apex. Leaf discs were placed upside down on filter paper soaked with 4 ml distilled water (dH_2GydF4y2BaO)在直径92毫米的培养皿内。将新鲜收获的孢子囊放入dH中GydF4y2Ba_2GydF4y2BaO释放用于接种的游动孢子。游动孢子悬浮液4滴，每滴10 μl，含40000孢子囊mlGydF4y2Ba^{- 1GydF4y2Ba})或无菌dHGydF4y2Ba_2GydF4y2BaO（模拟）置于所述叶背面上。Droplets were removed with paper 12 h post-inoculation (hpi). Petri dishes were sealed with parafilm and incubated at 22 °C with a photoperiod of 16 h light / 8 h dark until sampling occurred. To reduce the potential contribution of the leaf disc wound surface to changes in gene transcription and metabolite levels, leaf discs were recut (1.3 cm diameter) to remove the outer 2 mm wounded edge, immediately prior to freezing in liquid nitrogen.

性的表型评价GydF4y2Ba霜霉GydF4y2Ba隔离GydF4y2Ba

每个处理在接种前，从4个单株重复的叶片中切取40个叶盘，随机分配到培养皿中。在接种后6天(dpi)对坏死病变的发展进行宏观评分。此外，程度GydF4y2BaP.霜霉病GydF4y2Ba感染是通过在6 dpi的相应计数每片叶子盘产生的孢子囊的数量梅尔茨等定量。[GydF4y2Ba65.GydF4y2Ba］．三次独立实验的平均值被示出。每个实验的平均值被用于统计分析。GydF4y2Ba

组织化学研究GydF4y2Ba

苯胺蓝染色监测GydF4y2BaP.霜霉病GydF4y2Ba根据Hood和Shew [GydF4y2Ba75.GydF4y2Ba］．如前所述，用游动孢子悬浮液接种叶盘。在24、48和72 hpi条件下采集样本，并使用外表面荧光显微镜(ZEISS Axio Scope.A1;Kübler HXP-120C照明装置;滤波集:Zeiss 05;软件AxioVision Rel. 4.8)。如Feechan等人所述，在24、28、32和48 hpi时采用台台蓝染色研究程序性细胞死亡[GydF4y2Ba76.GydF4y2Ba］．对于叶片组织的摄影记录，使用了蔡司Axio Lab.A1显微镜，带有Zeiss Axiocam MRC相机和Zen Blue软件。GydF4y2Ba

芪的含量测定GydF4y2Ba

“穆勒 - 图尔高州”和“丽晶”五单株次重复采样，得到叶盘。每个生物复制物分布到如上所述接种的培养皿和叶盘。每个重复和治疗两个叶盘汇集在一起​​获得在每个时间点和治疗10个叶盘。将样品在0，6，24，48和72 HPI收集并在液氮中冷冻。如由Höll宾馆等人所述进行萃取。[GydF4y2Ba48.GydF4y2Ba］．用HPLC（Knauer仪器;智能线自动进样器3800，SmartLine泵1000和Manager 5000）分离，用荧光检测器（Shimadzu RF-10 AXL）测量斯特比泵1000）。为了分离，使用Kinetex反相PFP柱（2.6μm，100，30×2.1 [00a-4477-a];现象）保护的预柱保护。用溶剂A的梯度进行分离（3％[V / V]乙腈; HPLC级，96.9％（v / v）水; HPLC级，0.1％（v / v）甲酸; HPLC等级）至溶剂B.（60％[V / V]乙腈，39.9％（v / v）水，0.1％（v / v）甲酸）至溶剂c（80％[v / v]乙腈，19.9％（v / v）水，0.1％（v / v）甲酸）。梯度条件为0分钟，100％溶剂A;25分钟，100％溶剂B;25.5分钟，100％溶剂C;33分钟，100％溶剂C;33.1分钟，100％溶剂A; 35 min, 100% solvent A. The column was maintained at RT, and the flow rate was 1.0 ml min-1. Fluorometric detection with a maximum excitation wavelength at 330 nm and emission at 374 nm was used to detect stilbenes as described previously by Pezet et al. [77.GydF4y2Ba］．采用Clarity Chrom软件(Knauer)进行数据采集和处理。由市售的二苯乙烯标准品制备的校准曲线GydF4y2BatransGydF4y2Ba- 白藜芦醇，GydF4y2Ba反式GydF4y2Ba生长发育,GydF4y2Baε.GydF4y2Ba-viniferin和GydF4y2BatransGydF4y2Ba- pterostilbene (PhytoLab)用于计算二苯乙烯浓度。二苯乙烯浓度相对于各标准品的校准曲线进行定量，并以ng表示GydF4y2Ba^{- 1GydF4y2Ba}叶盘的鲜重（FW）萃取。GydF4y2Ba

叶盘取样和总RNA提取GydF4y2Ba

“穆勒 - 图尔高州”和“丽晶”五单株次重复采样，得到叶盘。每个生物复制物分布到在接种前的培养皿。在每个时间每个重复和治疗点的两个叶盘汇集在一起​​并收集用于RNA提取，获得在每个时间点和治疗10个叶盘。对于RNA-SEQ分析进行与五个单独的植物重复一个附加实验，以获得在6 HPI的第二复制。叶盘接种GydF4y2BaP.霜霉病GydF4y2Ba分离或用h治疗GydF4y2Ba_2GydF4y2Ba在6,8,10,12,24和48 HPI收集O（模拟）。用Spectrum植物总RNA净化试剂盒（Sigma Aldrich）分离出总RNA，并在制造商的指令中使用并用于QPCR和RNA-SEQ分析。使用Nanodrop 1000分光光度计（Thermo Fisher Scientific Inc.，Wilmington，De，USA）测量RNA纯度（A260 / A280nm）和定量。进行粗RNA对QPCR反应，显示没有GDNA污染。GydF4y2Ba

实时定量PCR表达分析GydF4y2Ba

对于cDNA合成，使用DART cDNA合成试剂盒（Roboklon），如höll等人所述，350ng葡萄葡萄酒总RNA逆转录。[GydF4y2Ba48.GydF4y2Ba］．在感兴趣的基因的转录分析（GOI）GydF4y2BaP.霜霉病GydF4y2Ba感染通过qPCR与转子 - 基因Q（Qiagen）从的SYBR Green法测定。这P.CR reaction mix (15 μl) contained cDNA (1.2 ng), primer (10 μM each), dNTP mix (10 mM each) (Sigma Aldrich), JumpSTART polymerase (2.5 U/μl) (Sigma Aldrich), 0.15 μl from 1:40 dilution SYBR Green in H_2GydF4y2BaO（绝对™QPCR SYBR？绿色荧光素混合; 1:10在DMSO; ABgene）和无核酸酶的水。这thermal cycling conditions used were 95 °C for 6 min followed by 40 cycles of 95 °C for 15 s, 58 °C for 30 s, and 72 °C for 20 s, followed by a melt cycle with 1 °C increments (5 s) from 56 to 96 °C. The primer efficiency was tested with cDNA dilutions of samples. Normalization against the reference genesVvUbiquitinGydF4y2Ba那GydF4y2BaVVEF1α.GydF4y2Ba和GydF4y2BaVvGAPDHGydF4y2Ba[GydF4y2Ba78.GydF4y2Ba]是按照Pfaffl等人的描述进行的[GydF4y2Ba79.GydF4y2Ba］．在Rotor-Gene Q系列软件Q 2.0.2（QIAGEN）和Q-基因软件[GydF4y2Ba80GydF4y2Ba]的用于分析解链曲线和的引物对效率测量。基因特异性寡核苷酸序列示于附加文件GydF4y2Ba6.GydF4y2Ba和代表性的熔融曲线在附加文件呈现GydF4y2Ba7.GydF4y2Ba．GydF4y2Ba

RNA-Seq的分析GydF4y2Ba

RNA测序文库的制备GydF4y2Ba

在6 HPI RNA测序分析，进行了两个独立的实验中，获得两个重复用于与从每个重复5种个体植物汇集10个叶盘各处理。感病品种“米勒 - 图高”的叶盘与无毒接种GydF4y2BaP.霜霉病GydF4y2Ba分离（GydF4y2BaavrRpv3GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba）或水。的部分抗性品种'锐劲特的叶盘（GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba轨迹）与接种GydF4y2BaavrRpv3GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba要么GydF4y2BaavrRpv3ˉGydF4y2Ba隔离或水。在这5个实验条件下，利用2个生物重复进行RNA提取和测序文库构建，得到10个样本进行RNA- seq分析。用安捷伦2100生物分析仪(Agilent Technologies)检测提取的总RNA的质量，只使用RNA完整性号为> 7的RNA样本进行文库制备。根据制造商的说明，在Bioquant, CellNetworks深度测序核心设施(德国海德堡)使用NEBNext Ultra II定向RNA制备试剂盒和NEBNext Poly A选择模块(新英格兰Biolabs)制备下一代测序库。在EMBL(德国海德堡)Genomics Core Facility的Illumina NextSeq 500测序仪上进行单端测序，每个reads长度为75 bp。测序后，原始数据转移到定量生物学中心(QBiC，GydF4y2Bahttps://portal.qbic.uni-tuebingen.de/portal/GydF4y2Ba）在Tübingen大学使用Aspera客户。GydF4y2Ba

质量控制、映射和差异表达分析GydF4y2Ba

原始数据质量控制到绘制和最终读取计数的初步步骤是在蒂宾登大学的高性能集群（HPC）上使用Snakemake写的全自动工作流程进行了QBIC [GydF4y2Ba81.GydF4y2Ba］．代码可以在这里访问:GydF4y2Bahttps://github.com/qbicsoftware/rnaseqGydF4y2Ba．此工作流利用以下软件包：FastQC用于初始的原始数据的质量控制（0.11.4版），Cutadapt（1.8.3版本）含匹配项的Illumina适配器，顶帽过滤读取（2.2.3.0版本）的过滤读取映射对用于计数的参考基因组和HTseq数（版本0.6.1p2）。在所述映射步骤，读取被对准到GydF4y2Ba葡萄GydF4y2Ba参照基因组PN40024 [GydF4y2Ba82.GydF4y2Ba]从在2018年一月差异表达ENSEMBL植物（注释释放38）下载使用R软件包LIMMA（版本3.32.10）和修边机（3.18.1版）进行（DE）分析。首先，原始读取计数表过滤的基因有任何样品不表达。那么剩下的计数被测序深度和日志归一化GydF4y2Ba_2GydF4y2Ba使用磨边机功能，以满足线性模型的假设 - 转化。为了找出差异表达的基因GydF4y2BaP.霜霉病GydF4y2Ba感染与相对于由遗传背景给出易感性模拟处理样品（相对于易感GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba），线性模型拟合到每个基因组成的基因型的组合因子的固定效果（相对于易感GydF4y2BaRpv3-1GydF4y2Ba)和治疗(接种GydF4y2BaavrRpv3GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba要么GydF4y2BaavrRpv3ˉGydF4y2Ba相对于对照）。的两个主要的实验条件下该组合成一个因子允许感兴趣简单对比的提取（例如易感感染（GydF4y2BaavrRpv3GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba）与敏感控制）。相同的方法允许提取更复杂的相互作用术语，例如[GydF4y2BaRpv3-1_GydF4y2Ba已感染GydF4y2Ba（avrRpv3GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba）GydF4y2Ba与GydF4y2BaRpv3-1_GydF4y2Ba控制GydF4y2Ba]GydF4y2Ba与[Scasceptible_infected.GydF4y2Ba（avrRpv3GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba）GydF4y2Ba以确定不同品种对侵染反应不同的基因。从应用于同一数据集的同一统计模型中提取出简单的两两对比和更复杂的交互项。Limma也被用来计算经验贝叶斯调节GydF4y2BaP.GydF4y2Ba通过控制错误发现率(FDR)≤0.1%来调整多次测试所需的最小折叠变化阈值[GydF4y2Ba83.GydF4y2Ba］．GydF4y2Ba

该项目的数据也保存在国家生物技术信息中心基因表达综合(GEO) (GydF4y2Bahttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/GydF4y2Ba）用下述的登录号：GSE128865。GydF4y2Ba

avrRpv3ˉGydF4y2Ba：GydF4y2Ba

致命的GydF4y2Ba霜霉GydF4y2Ba隔离GydF4y2Ba

avrRpv3GydF4y2Ba^+GydF4y2Ba：GydF4y2Ba

无毒GydF4y2Ba霜霉GydF4y2Ba隔离GydF4y2Ba

德:GydF4y2Ba

差异表达GydF4y2Ba

DPI：GydF4y2Ba

接种后的日子GydF4y2Ba

eti：GydF4y2Ba

Effector-triggered免疫力GydF4y2Ba

现病史:GydF4y2Ba

小时后接种GydF4y2Ba

HR：GydF4y2Ba

过敏性反应GydF4y2Ba

的PAMP：GydF4y2Ba

病原体相关分子模式GydF4y2Ba

PCD：GydF4y2Ba

编程细胞死亡GydF4y2Ba

QTL：GydF4y2Ba

数量性状位点GydF4y2Ba

ROS：GydF4y2Ba

反应性氧气GydF4y2Ba

以下GydF4y2Ba：GydF4y2Ba

抵抗力GydF4y2Ba霜霉GydF4y2Ba

我们要感谢克劳迪奥·莫泽，朱Malacarne和Silvia Vezzulli（Fondatione埃德蒙·马赫，圣米凯莱亚拉迪杰，意大利）分享未公开信息。我们要感谢海德堡大学深度测序核心设施图书馆生产，测序和有用的意见的大卫Ibberson。GydF4y2Ba

是工作的部分由欧盟，欧洲区域发展基金（ERDF）（A23部分）作为程序INTERREG IV莱茵河上游（“超越国界与每一个项目”）的部分资助。TZ的工作是由德国研究基金会（授权号BO1940 / 7-1）的资助。GydF4y2Ba

从属关系GydF4y2Ba

1. 国家教委和葡萄栽培，园艺和农村发展，诺伊施塔特/ Weinstr，德国研究中心GydF4y2Ba

   吉特艾森曼，托比亚斯齐格勒，安德烈亚斯Kortekamp与约亨·伯格斯GydF4y2Ba

2. 海德堡生物研究中心，海德堡大学，海德堡，德国GydF4y2Ba

   吉特艾森曼，托比亚斯齐格勒和托马斯·劳施GydF4y2Ba

3. Tübingen大学数量生物学中心(QBiC)， Tübingen，德国GydF4y2Ba

   斯特凡CzemmelGydF4y2Ba

4. RLP Agroscience GmbH，Alplanta - 德国Neustadt / Weinstr的植物研究所GydF4y2Ba

   冈瑟巴克霍尔兹GydF4y2Ba

5. 朱利叶斯Kühn-Institute，联邦栽培植物研究中心，葡萄育种研究所，德国西贝尔丁根GydF4y2Ba

   奥利弗特拉普GydF4y2Ba

6. CSIRO农业与食品研究所，澳大利亚，SA, 5064GydF4y2Ba

   伊恩·干GydF4y2Ba

7. 宾根技术学校，55411，德国莱茵宾根GydF4y2Ba

   Jochen沼泽GydF4y2Ba

贡献GydF4y2Ba

参与项目构思，构思实验，进行实验，分析数据，起草文稿。SC进行了RNA-Seq分析，并对手稿的修订做出了贡献。TZ进行了代谢物分析，并对手稿的修订做出了贡献。OT对Cabernet Blanc进行了QTL分析，并参与了手稿的修订。GB支持显微镜研究。AK, TR和ID对项目概念和手稿的修改做出了贡献。JB构思并协调了这个项目，并修改了手稿。所有作者阅读并批准了最终的手稿。GydF4y2Ba

相应的作者GydF4y2Ba

对应于GydF4y2BaJochen沼泽GydF4y2Ba．GydF4y2Ba

伦理批准和同意参与GydF4y2Ba

不适用。GydF4y2Ba

同意出版物GydF4y2Ba

不适用。GydF4y2Ba

利益争夺GydF4y2Ba

提交人声明他们没有竞争利益。GydF4y2Ba

出版商的注意GydF4y2Ba

Springer Nature在发表地图和机构附属机构中的司法管辖权索赔方面仍然是中立的。GydF4y2Ba

开放访问GydF4y2Ba本文遵循知识共享署名4.0国际许可协议(GydF4y2Bahttp://creativecommons.org/licenses/by/4.0/GydF4y2Ba)，它允许在任何媒体上无限制地使用、分发和复制，前提是你给予原作者和来源适当的荣誉，提供一个到知识共享许可协议的链接，并指出是否作出了更改。创作共用及公共领域专用豁免书(GydF4y2Bahttp://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/GydF4y2Ba)适用于本条提供的数据，除非另有说明。GydF4y2Ba

再版和权限GydF4y2Ba