识别乙京型花生在成熟的一致QTL（GydF4y2Baarachis hypogaea.GydF4y2Bal .)GydF4y2Ba

背景GydF4y2Ba

成熟时间（TTM）是花生中适应性，产量和质量的重要特征（GydF4y2Baarachis hypogaea.GydF4y2Bal）。弗吉尼亚市场型花生属于已故成熟的GydF4y2BaA. hypogaea.GydF4y2Ba在该市场类型中具有相当大的TTM变化的亚种。因此，需要优化花生品种的种植和收获时间表，包括弗吉尼亚市场类型，以最大限度地提高产量和等级。由于表型化和DNA多态性有限的挑战，对花生的TTM遗传控制很少。在这里，我们使用SNP的高密度遗传图研究了弗吉尼亚市场型花生内TTM的遗传控制。A recombinant inbred line (RIL) population, derived from a cross between two Virginia-type cultivars ‘Hanoch’ and ‘Harari’ with contrasting TTM (12–15 days on multi-years observations), was phenotyped in the field for 2 years following a randomized complete block design. TTM was estimated by maturity index (MI). Other agronomic traits like harvest index (HI), branching habit (BH) and shelling percentage (SP) were recorded as well.

结果GydF4y2Ba

MI在人口中高度隔离，2018年和2019年的13.3-70.9％和28.4-80.2％。构建的遗传图包括在24个连杆组上分布的1833个SNP标记，覆盖对应于20染色体的总图距离为1773.5cm在四倍体花生基因组上，相邻标记之间的1.6厘米平均距离。针对所有测量的特征确定了三十QTL。在MI的四个QTL区域中，两个一致的QTL区域（GydF4y2BaQMIA04A，BGydF4y2Ba和GydF4y2BaqMIB03aGydF4y2Ba那GydF4y2BaB.GydF4y2Ba)染色体A04 (118680323-125,599,371;B03 (2839591-4,674,238;LOD值分别为5.33 ~ 6.45和5 ~ 5.35，对表型变异的解释分别为9.9 ~ 11.9%和9.3 ~ 9.9%。在B03染色体上发现HI与MI具有相同的QTL位点GydF4y2Ba那GydF4y2BaB05和B06，展示了在TTM上的可能的抗脂肪效应。检测对BH，POD产量和SP的显着但对MI的较小影响。GydF4y2Ba

结论GydF4y2Ba

本研究确定了一致的QTL区域调节TTM用于弗吉尼亚市场型花生。这里产生的信息和材料可用于进一步开发分子标记，以选择适合于各种生长环境的花生犬型。GydF4y2Ba

花生(GydF4y2Baarachis hypogaea.GydF4y2Ba是一种重要的粮食豆类和油籽营养来源。它在100多个国家生长，在全球贸易中发挥着重要作用。与其他豆类作物一样，花生的生长期或成熟期(TTM)是适应和产量的一个基本特征。虽然花生的TTM受环境条件和农业实践的影响[GydF4y2Ba1GydF4y2Ba那GydF4y2Ba2GydF4y2Ba]，它具有在各种TTM之间反映的大量遗传组成部分。TTM是在数千年的驯化和多样化中选择的关键特征之一。栽培花生分为两个亚种，即，GydF4y2BaA. hypogaea.GydF4y2BasspGydF4y2Ba．hypogaeaGydF4y2Ba包括弗吉尼亚和跑腿的市场类型和GydF4y2BaA. hypogaea.GydF4y2BasspGydF4y2Ba．长鞭红景天GydF4y2Ba包括西班牙和巴伦西亚市场类型。这两个亚种在成熟水平、开花模式、茎部决定和植物结构上有差异[GydF4y2Ba3.GydF4y2Ba］．sspGydF4y2Ba．长鞭红景天GydF4y2Ba以早期果实成熟，顺序开花模式，确定芽形成和直立生长习性，而SSPGydF4y2Ba．hypogaeaGydF4y2Ba果实成熟晚期，展示替代开花模式，不确定的蔓延或束缚习惯[GydF4y2Ba4.GydF4y2Ba］．早期成熟（种植后90〜120天）是在雨季短暂的地区的干旱避免时所必需的。因此，西班牙市场类型花生主要是在西非和印度种植，其中干旱胁迫水平很高[GydF4y2Ba5.GydF4y2Ba］．另一方面，高产但晚熟的赛跑者和弗吉尼亚 - 市场型花生在美国和中东广泛种植，大多数农业领域都有灌溉。GydF4y2Ba

变异TTM还发现了SSP内GydF4y2Ba．hypogaea。GydF4y2Ba无性系种群内品种GydF4y2Ba．hypogaeaGydF4y2Ba被归类为早熟（130-140 DPP），中生（140-150 DPP），晚期成熟（150-170 DPP）（GydF4y2Bahttps://issuu.com/onegrower/docs/peanut_grower_2019_variety_guideGydF4y2Ba）.开发早期成熟的赛道和弗吉尼亚型具有提高产量和优秀农艺特征的品种是花生育种计划的重要目标。早期成熟对于供水有限或季后期冷却温度和早期霜冻的区域是必不可少的[GydF4y2Ba6.GydF4y2Ba[可能会延迟成熟，引起种子填充，降低产率和等级或质量（包括油酸至亚油酸比）[GydF4y2Ba7.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba8.GydF4y2Ba］．GydF4y2Ba

尽管其影响明显，但对花生中TTM的遗传控制知之甚少。花生成熟度水平是一个遗传力较低的数量性状[GydF4y2Ba9.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba10GydF4y2Ba]，并受许多基因和环境因素的影响[GydF4y2Ba11GydF4y2Ba那GydF4y2Ba12GydF4y2Ba］．几次尝试使用育种材料来定义具有小效果的QTL对早期成熟的效果GydF4y2Ba长鞭红景天X桃林GydF4y2Ba十字架[GydF4y2Ba13GydF4y2Ba那GydF4y2Ba14GydF4y2Ba那GydF4y2Ba15GydF4y2Ba］．低密度遗传图谱的应用是QTL发现的限制因素之一。驯化花生是自花授粉的异源四倍体(AABB, 2n = 4)GydF4y2BaxGydF4y2Ba= 40)，源自两个二倍体祖先，GydF4y2BaA. Duranensis.GydF4y2Ba（AA, 2n = 2xGydF4y2Ba= 20)和GydF4y2BaA. iPaensis.GydF4y2Ba(BB, 2n = 2GydF4y2BaxGydF4y2Ba= 20) [GydF4y2Ba16GydF4y2Ba那GydF4y2Ba17GydF4y2Ba］．栽培花生的遗传基础狭窄，这是由于单一杂交事件造成的瓶颈，以及倍性差异导致栽培花生与野生二倍体之间的交叉障碍[GydF4y2Ba18GydF4y2Ba］．随着SNP阵列技术的发展[GydF4y2Ba19GydF4y2Ba那GydF4y2Ba20.GydF4y2Ba]，基因图谱构建标记的大量增加，缓解了遗传图谱密度的限制。最近，将近1000个SNP标记被放在了花生连锁图谱上[GydF4y2Ba21GydF4y2Ba那GydF4y2Ba22GydF4y2Ba］．除了低多态性之外，另一个挑战是由于果实的独特地下形成，豆荚形成的独特地下形成，以及常用但艰苦的主观的船体刮削方法，对果实的独特地下形成进行表型，以及常用而有些主观的船体刮削方法到期[GydF4y2Ba23GydF4y2Ba］．GydF4y2Ba

鉴定控制花生中TTM的遗传机制具有显着的实际和科学的影响。将控制特性的主要QTL转换为用户友好的标记平台将使标记辅助选择（MAS）加速早期或晚期的育种。此外，可以基于QTL绘图发现进一步研究潜在的遗传机制。GydF4y2Ba

在本研究中，我们构建了一个来自弗吉尼亚市场型亲本的RIL群体的snp连锁图谱。利用两年田间表型数据进行QTL定位，发现了两个一致的TTM QTL，这在弗吉尼亚型花生中尚属首次。GydF4y2Ba

亲本和RIL群体的表型分析GydF4y2Ba

从Hanoch（晚熟）和Harari（早熟）品种之间的横桥开始了群体（图。GydF4y2Ba1GydF4y2Baa).成熟度指数(MI)是由中果皮黑色和棕色的豆荚百分比决定的，被记录为TTM。数据是从两种不同环境(即年份、地点、土壤)的田间试验中收集的。采集亲本的MI值(图。GydF4y2Ba1GydF4y2BaB.GydF4y2Ba）GydF4y2Ba．亲本间MI差异极显著(GydF4y2BaP.GydF4y2Ba = < 0.0001), with 30.9 ± 6.82 and 53.97 ± 7.63 for Hanoch and Harari, respectively. In addition, significant differences were found between the parental lines for all of the other measured traits on the 2 years mean data, including pod yield (PY), 50-pod weight (50PW), 50-seed weight (50SW), and shelling percentage (SP), except for harvest index (HI) (Fig.1GydF4y2Bab）。GydF4y2Ba

在所有测量特征的RIL群体数据中发现正常或接近正态分布（图。GydF4y2Ba2GydF4y2Ba;桌子GydF4y2Ba1GydF4y2Ba）.GydF4y2Ba

MI的亲代值均在RILs范围内。在这两年中，部分ril在曲线的两端均表现出超出亲本值的MI值，表明该种群MI发生了海侵分离。block、RIL、年份和RIL X年的交互作用有显著影响(表)GydF4y2Ba2GydF4y2Ba)的方差分析。因此，对每年的数据分别进行QTL分析。MI的广义遗传力为0.39，表明该性状具有中低但显著的遗传成分。其他性状的遗传力估计范围为0.07 (PY) ~ 0.36 (HI)GydF4y2Ba2GydF4y2Ba）.GydF4y2Ba

每年计算各性状间的皮尔逊相关(图)。GydF4y2Ba3.GydF4y2Ba）.两年心肌梗死测量值的相关性为0.59 (GydF4y2BapGydF4y2Ba< 0.0001)，表明该性状的遗传遗传力比方差分析估计的要高。两年份MI与HI、PY均呈显著相关，2018年MI与SP呈显著相关。2019年MI与2018年50PW之间存在微小但显著的相关性。MI与50SW无相关性。SP与HI、SP与PY、50PW与50SW均呈显著正相关。分支习惯(BH)表型效应(扩散vs束)对MI进行t检验(附加文件)GydF4y2Ba1GydF4y2Ba:图S1)。分枝习性(BH)表型对MI的影响显著但较小，其中扩散型株系的MI值高于束型株系。GydF4y2Ba

构建遗传图谱GydF4y2Ba

使用Axiom版本2对Hanoch x Harari ril进行基因分型GydF4y2Baarachis.GydF4y2Ba_snp阵列由47 k SNP标记（Thermofisher Scientific）组成。两个父母线之间的一组3283个多态性SNP标记[GydF4y2Ba24GydF4y2Ba在此研究中使用。过滤和删除丢失的数据和杂通话后，3074个SNPs保留RIL群体。二十五重组自交系有大于10％的数据丢失和大于20％的杂合SNP电话从进一步的分析被拆除。随后，遗传图谱用235个重组自交系构成。此外，生成773个SNP未服从在JoinMap工具的卡方检验457组的SNP是相同于其它位点，和11个SNP的最终小的非显著连锁群excluded.Therefore，所述遗传图谱包含1833个标记distributed on 24 linkage groups covering a total of 1773.5 cM (Fig.4.GydF4y2Ba;桌子GydF4y2Ba3.GydF4y2Ba）（附加文件GydF4y2Ba2GydF4y2Ba:表S1)。GydF4y2Ba

The 24 linkage groups ranged in size from 9.4 cM (B10_2) to 244.6 cM (A06). The average number of loci per linkage group ranged from 76, reaching up to 385 loci in LG A06. The average distance between the neighboring markers was 1.6 cM, ranging from 0.6 cM in LGs A07, A06, B06, and B03 to 4.9 cM in A09_2 (Table3.GydF4y2Ba）.将1833标记对准GydF4y2BaA. hypogaea.GydF4y2Bapseudomolecules（GydF4y2Bapeanutbase.orgGydF4y2Ba）总物理距离为1952.6 MBp，在LOCI之间的平均物理间隔为2.8 MBp（附加文件GydF4y2Ba1GydF4y2Ba：图。S2;桌子GydF4y2Ba3.GydF4y2Ba）.由连接基团覆盖的假分子的百分比是不同的;8组覆盖80%以上的假分子，7组覆盖90%以上的假分子，1组(A06)接近100%。平均复合率为0.7 cM/Mbp。A08组重组率最高，B10_2、A09_1、B03、B05_2组重组率最低。GydF4y2Ba

通过分析snp位点与位点物理位置(Mbp)的共线性关系来评价连锁图谱的质量GydF4y2BaA. hypogaea.GydF4y2Ba基因组(附加文件GydF4y2Ba1GydF4y2Ba:图S2)。正如预期的那样，两组标记物的饱和度高于中心点周围区域。少数连锁基团出现了一些重排，如在A07中间和B06末尾出现了明显的倒置(附加文件)GydF4y2Ba1GydF4y2Ba:图S2)。GydF4y2Ba

QTL鉴定GydF4y2Ba

通过对MI和其他性状的QTL定位，共鉴定出30个QTL, LOD评分为3.03 ~ 81.2，表型变异(PVE)解释率为5.8 ~ 79.6%(图2)。GydF4y2Ba4.GydF4y2Ba;桌子GydF4y2Ba4.GydF4y2Ba）.9个连锁群中至少存在1个QTL，其中B06最多8个，A06最多7个。HI的qtl数量最多，2018年和2019年各有4个qtl。主要qtl为BH和HI，解释PVE的分别为79.6和20.6%。GydF4y2Ba

对于MI性状，共鉴定到6个qtl，分别为2018年和2019年的3个qtl(图2)。GydF4y2Ba4.GydF4y2Ba），解释9.3至11.9％pve。两年都发现了两个一致的QTL区域。在AX-176819644_A04-AX-176815499_A04之间的LG A04上观察到跨越6.9 MBP的LG A04，分别为2018和2019的PVE值为9.9和11.9％。在AX-176807311_B03-AX-176806413_B03的标记间隔内，在跨越1.8MBp的标记间隔内观察到另一一致的QTL区域，解释9.3和9.9％PVE。其他两个QTL在LG B06上识别出（GydF4y2BaQMIB06.GydF4y2Ba)及LG B05_2 (GydF4y2BaqMIB05_2)GydF4y2Ba，这是显著仅分别2018和2019。从早熟Harari的父母等位基因有助于通过MI为4个QTL测量成熟的豆荚的高比例，GydF4y2BaqMIA04aGydF4y2Ba那GydF4y2BaqMIA04b, qMIB03aGydF4y2Ba和GydF4y2BaqMIB03bGydF4y2Ba（桌子GydF4y2Ba4.GydF4y2Ba）.晚熟的Hanoch父母贡献了GydF4y2BaQMIB06.GydF4y2Ba和GydF4y2Baqmib05_2.GydF4y2Ba．GydF4y2Ba

对于Py，2018年检测到三个QTL（图。GydF4y2Ba4.GydF4y2Ba;桌子GydF4y2Ba4.GydF4y2Ba)，两台LG B06 (GydF4y2BaqPYB06.1GydF4y2Ba和GydF4y2BaqPYB06.2GydF4y2Ba)，分别解释9.2和6.8%的PVE。另一方面,GydF4y2BaqPYB05_2,GydF4y2Ba在B05_2组上鉴定，​​解释了6.7％PVE。这两个QTL，GydF4y2BaqPYB06。GydF4y2Ba1,GydF4y2BaqPYB05_2GydF4y2Ba重叠的GydF4y2BaQMIB06.GydF4y2Ba和GydF4y2Baqmib05_2.GydF4y2Ba分别为心肌梗死。GydF4y2Ba

共检测到8个HI qtl。GydF4y2Ba4.GydF4y2Ba），解释5.8-20.6％pve。GydF4y2Baqub05_2.GydF4y2Ba2018年分享了一个共同的地区GydF4y2Baqmib05_2.GydF4y2Ba2019年和GydF4y2BaqPYB05_2GydF4y2Ba在2018年。另一个常见的QTL区域GydF4y2BaqHIB03GydF4y2Ba和MI性状qtl，GydF4y2BaqMIB03aGydF4y2Ba2018年和GydF4y2BaqMIB03bGydF4y2Ba2019年(表GydF4y2Ba4.GydF4y2Ba）.HI和MI之间检测这些重叠的QTL性状与性状之间的相关性显著对齐。GydF4y2Ba

对于50PW和50SW，鉴定出8个qtl。GydF4y2Ba4.GydF4y2Ba）.GydF4y2BaQ50PWA06GydF4y2Ba2018年，GydF4y2Baq50SWA06.1GydF4y2Ba和GydF4y2Baq50SWA06.2GydF4y2Ba2018年，A06鉴定，分别显示11.8,6.4和6.2％PVE。相似地，GydF4y2Baq50PWA04GydF4y2Ba和GydF4y2BaQ50SWA04GydF4y2Ba在2019年被鉴定于A04，说明图9和13.9％PVE，分别。显著的QTL，GydF4y2Baq50PWA09_1GydF4y2Ba和GydF4y2Baq50SWA09_1GydF4y2Ba在2018年在LG A09_1上识别了1.7 MBP（AX-176821658_A09 - AX-1776445444_A09）分别解释了9.2和10.5％的变化（表GydF4y2Ba4.GydF4y2Ba）.正如预期的那样，有50PW和50SW之间的QTL的强共定位。在2019年观察到的重叠区域QTLGydF4y2BaQ50SWA04GydF4y2Ba和mi特征qtls（GydF4y2BaqMIA04aGydF4y2Ba和GydF4y2BaqMIA04bGydF4y2Ba）在标记间隔AX-176802283_A04 - AX-176819644_A04周围跨越1 MBP。GydF4y2Ba

对SP，鉴定了4个qtl。GydF4y2Ba4.GydF4y2Ba），三个在2018年，一个在2019。GydF4y2BaQSPA06.1.GydF4y2Ba和GydF4y2BaQSPA06.2.GydF4y2Ba在2018年的A06上确定了9.3和9.1％PVE。此外，GydF4y2BaQSPB02GydF4y2Ba2018年和GydF4y2BaqSPA09_1GydF4y2Ba2019年B02和A09_1的PVE分别为14.1和5.8%(表1)GydF4y2Ba4.GydF4y2Ba）.结果表明，两组之间存在QTL重叠区GydF4y2Baq50PWA09_1GydF4y2Ba和GydF4y2Baq50SWA09_1GydF4y2Ba2018年和GydF4y2BaqSPA09_1GydF4y2Ba2019年。GydF4y2Ba

对于BH性状，有一个非常显著且一致的QTL，GydF4y2BaQBHB05_2GydF4y2BaLG B05_2上的标记间距AX-147251167_B05 - AX-147251374_B05，跨度3.1 Mbp，解释79.6%的PVE。由于在2018年和2019年之间，在BH表型的相同ril中几乎没有发现差异，因此在这两年都表示了相同的位点(GydF4y2BaQBHB05_2GydF4y2Ba）.GydF4y2BaQBHB05_2GydF4y2Ba与MI QTL重叠，GydF4y2Baqmib05_2.GydF4y2Ba说明在2019年LG B05_2上可能存在黑洞效应(图2)。GydF4y2Ba4.GydF4y2Ba;桌子GydF4y2Ba4.GydF4y2Ba）.GydF4y2Ba

成熟时间(TTM)是豆科植物适应性和产量的关键性状之一。晚熟通常与产量增加和荚果灌浆过程延长有关[GydF4y2Ba25GydF4y2Ba那GydF4y2Ba26GydF4y2Ba］．相比之下，早期成熟与更好地适应终端应力相关，并避免在一些豆类中的住宿[GydF4y2Ba27GydF4y2Ba那GydF4y2Ba28GydF4y2Ba］．遗传因素及其与环境的相互作用在TTM的控制中起着至关重要的作用。豆科植物的TTM主要受两个发育方面的影响:开花时间和植株构型。豆科植物开花时间模型包括春化反应的长日模型和暖季短日模型[GydF4y2Ba29GydF4y2Ba］．花序架构，调节TTM在豆类中的第二个因素，来自拍摄顶端公司的最终身份[GydF4y2Ba30.GydF4y2Ba］．大多数豆科植物已经进化到“复杂”不确定的建筑与复合花序[GydF4y2Ba30.GydF4y2Ba］．尽管如此，一些确定的品种已被选择在几种豆类，如豆类[GydF4y2Ba31GydF4y2Ba]，大豆[GydF4y2Ba32GydF4y2Ba和豌豆[GydF4y2Ba33GydF4y2Ba]，显示较短的开花时间和紧凑型冠层，便于机械化收获[GydF4y2Ba34GydF4y2Ba］．GydF4y2Ba

花生为豆类展示了独特的遗传TTM系统。它基于对等球形疏水板，因此应该被认为是短日植物。然而，研究清楚地表明，第一朵花的时间受到PEALUT中的光周期影响[GydF4y2Ba35GydF4y2Ba］．P.E.一种nut genotypes typically initiate flowering at about ~ 30 days post sowing regardless of the growing season. Inflorescence architecture systems are more relevant to peanut since the two main cultivated peanut subspecies,长鞭红景天GydF4y2Ba和GydF4y2BahypogaeaGydF4y2Ba两种植物的花期和开花方式都不同。然而，两个亚种的侧枝有不确定的生长尖[GydF4y2Ba36GydF4y2Ba]，矛盾“经典”花序架构系统作为一个可能的贡献者在品种间TTM差异。GydF4y2Ba

在目前的研究中，我们使用一个独特的系统来分析花生的TTM基因。分离的RIL群体由两个亲本同时开花(约30 DPP)并具有很强的不确定生长习性的亲本组成。此外，这些株系在开花模式(均有交替开花)和分枝长度上没有差异，这在以前被证明与荚成熟有关GydF4y2Ba长鞭红景天GydF4y2Ba花生(GydF4y2Ba13GydF4y2Ba］．可能影响TTM的其他特征，例如POD编号/植物和开花率[GydF4y2Ba9.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba37GydF4y2Ba那GydF4y2Ba38GydF4y2Ba，对这一特定人群也无关紧要。因此，这个系统对于揭示弗吉尼亚型花生中控制TTM的新基因成分是很有趣的。的确，由于Hanoch和Harari之间的低遗传变异，构建的遗传图谱似乎有一些缺口，少数染色体的覆盖率较低。然而，这两个亲本系是用于构建Axiom的20个基因型的一部分GydF4y2Baarachis.GydF4y2Ba_snp阵列，增加了利用这一低多态性背景的最佳潜力的机会。GydF4y2Ba

在不同环境下，亲本间的MI存在显著差异。这一结果与先前商业油田的观测结果一致，Harari比Hanoch早12-15天。RIL群体的MI数据范围超出了双亲的平均值，表明该群体的MI发生了越界分离。亲本在50SW、PY等其他性状上的差异在年份间存在一定的不一致性，部分原因是试验中小区面积较小。MI的广义遗传力估计为中等(~ 0.4)，但略高于其他研究的报道[GydF4y2Ba9.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba10GydF4y2Ba]，展示相对强的遗传成分和当前系统中的足够表型。GydF4y2Ba

本研究中最值得注意的发现是MI和收获指数（HI）之间的表型相关性相对较高，两年内显着。还，GydF4y2BaqMIB03aGydF4y2Ba和GydF4y2BaqMIB03b - qHIB03, qMIB05_2 - qHIB05_2，GydF4y2Ba和GydF4y2BaqMIB06——qHIB06aGydF4y2Ba和GydF4y2BaqHIB06bGydF4y2Ba在性状之间共享，表明多效性效应。实际上，发育后期荚果产量与全株生物量的比值可能通过增加植株的库容量和促进作物终止而影响TTM。由于总荚果产量(PY)效应不如HI效应强，我们推测冠层生物量对TTM的贡献大于PY。这种现象在几种豆类作物中都有记载[GydF4y2Ba39GydF4y2Ba那GydF4y2Ba40GydF4y2Ba那GydF4y2Ba41GydF4y2Ba］．我们认为，在弗吉尼亚型花生中，特别是在本研究中使用的密切相关的种质中，库强度是最有效的早熟效应。有趣的是，HI和PY在亲本之间非常相似，尽管它们有不同的MI。相反，HI和PY在ril之间有较大的变异。这表明，除MI外，其他因素也决定HI和PY，导致这些性状在群体中发生显著的海侵分离。GydF4y2Ba

在我们的系统中，另一个可以对MI产生影响的特征是分支习惯。分枝习性(BH)是花生重要的描述性状和农艺性状。在之前的研究中[GydF4y2Ba42GydF4y2Ba，我们发现Hanoch X Harari基因系统中的BH是由一个被命名的单一基因控制的GydF4y2BaBunch1GydF4y2Ba．使用以前的版本GydF4y2Baarachis.GydF4y2BaSNP阵列，GydF4y2BaBunch1GydF4y2Ba位于~ 1.1 Mbp段，与B05的位点相同。因此，在BH中发现如此高的%PVE并不令人惊讶(表GydF4y2Ba4.GydF4y2Ba）.在目前的研究中，我们发现，BH对MI（小而显著的影响，特别是在2019的其他文件GydF4y2Ba1GydF4y2Ba:图S1)。这也反映了MI和BH在2019年共享相同的QTL的事实。BH的传播形式与更高的MI相关。有趣的是，来自晚期成熟的父母线（Hanoch;蔓延）的等位基因有助于该QTL地区的早期成熟。我们推测吊舱以蔓延形式更靠近地面形成，因此有机会前面成熟。GydF4y2Ba

鉴定的大多数QTLS对MI的影响很小（表GydF4y2Ba4.GydF4y2Ba)，其中两项在两年内均被检测到。他们共同解释了~ 20%的MI表型变异和~ 50%的遗传变异(考虑到遗传力估计为~ 0.4)，表明他们不是假的。这两个基因组位点与其他研究发现的qtl不同[GydF4y2Ba13GydF4y2Ba那GydF4y2Ba14GydF4y2Ba那GydF4y2Ba15GydF4y2Ba),包括GydF4y2BahypogaeaGydF4y2BaXGydF4y2Ba长鞭红景天GydF4y2Ba十字架。彻底的文献筛选表明，本研究中的其他特征的先前描述的QTL（HI，PY，50SW，50PW和SP）匹配了这里发现的QTL，表明它们对弗吉尼亚型背景是独一无二的。GydF4y2Ba

这两个qtl在花生成熟过程中可能的影响来自于对以色列新培育的品种' Orit '和' Einat '的基因型情况的回顾性分析，这两个品种都来自Hanoch X Harari的相似杂交，并被认为早熟[GydF4y2Ba43.GydF4y2Ba］．然而，最近的商业地块的多位置观测表明，只有EINAT是早期成熟的品种，而ORIT是一种更具中等成熟的品种。实际上，检查这两个品种的基因型信息表明，只有EINAT只包含两个一致的QTL（未提出的数据）。该实施例说明了实现MAS，以提供高效和无偏异的特征，其具有高表型成本，例如花生中的早期或晚期成熟。GydF4y2Ba

综上所述，本研究证明了利用snp阵列技术在多态性极低的双亲群体中构建和应用遗传图谱。利用1833个SNP标记构建了弗吉尼亚花生遗传图谱。2年田间试验共鉴定出6个TTM调控qtl。由此产生的新信息和新材料可以促进利用与本研究发现的qtl相关的遗传标记对花生性状的选择。GydF4y2Ba

植物材料和生长条件GydF4y2Ba

重组近交系（RIL）群是从CV之间的交叉开发的。Hanoch和CV。Harari [GydF4y2Ba44.GydF4y2Ba]，两个密切相关的以色列弗吉尼亚型品种在TTM中存在差异(图。GydF4y2Ba1GydF4y2Ba一种）。通过单个种子下降程序获得RIL，直到F7，然后乘以块额外的两代（F7：9）。“Hanoch”一直是以色列领先的壳牌花生品种，超过二十几年。它是一种长期成熟的品种，长，光滑和硬豆荚。这些品质使其在欧盟“在壳牌”市场中得到了很好的收到。'Harari'是在以色列北部种植的早期成熟的品种。它的生长季节受到播种时间（由于双重作程系统）和早期收获（由于秋天的降雨）的限制。Harari有网状和柔软的荚壁，并针对当地壳牌行业。Harari在Hanoch蔓延时具有束型生长习惯。Hanoch和Harray之间的常见性状包括豆荚大小，开花时间，开花图案，侧枝分支长度，荚数/植物和开花率。 Both parental lines were part of thearachis.GydF4y2Ba_snp-array开发面板[GydF4y2Ba45.GydF4y2Ba］．GydF4y2Ba

分别连续两年种植260株细沟草。第一年是在2018年4月在以色列北部的呼拉谷(33°11 ' 17.7″N 35°34 ' 25.6″E)种植的，以重黑土为特征。第二种于2019年4月在以色列内盖夫西部的乌林(31°20 ' 27.4″N 34°29 ' 46.1″E)种植，其特征是细沙壤土。除土壤类型外，这两个地区的环境条件也有显著差异。呼拉谷是典型的半干旱气候，冬季多雨，夏季湿度高，而尼利姆位于内盖夫沙漠，湿度低。在两个季节采用相似的全区随机试验设计，3个重复。每个“地块”(行X块)包括在床上的两行，长4米，行间距90厘米，播种速率为10粒/米GydF4y2Ba^2GydF4y2Ba(共20株/地块)。亲本作为对照区生长，共9个重复。农田保持在充分灌溉条件下，所有推荐的农艺措施均如前所述[GydF4y2Ba44.GydF4y2Ba］．所有植物材料，包括父母和rils，起源于霍维夫实验室，有一部分ARO育种计划。GydF4y2Ba

成熟期性状和收获后性状的表型分析GydF4y2Ba

在栽后140 ~ 145 d (DPP)测定TTM。准确的取样日期是通过每隔几天对亲本进行检测来确定的，从125dpp开始，直到Harari平均成熟到60%。选择这个时间点是为了在RILs中捕捉成熟过程中最广泛的变化。船体刮擦法[GydF4y2Ba23GydF4y2Ba]被用来测量成熟水平，每个地块随机取样2-3株，并使用PICO水压力机(Idromatic®，意大利)从所有豆荚中去除外果皮，14 MPa, 9 l/分钟的流速。压力洗涤的豆荚根据中果皮的颜色分为五类:白色、黄色、橙色、棕色或黑色。记录各品系荚果数，以褐黑色品系荚果百分比计算成熟期指数(MI)。2018年和2019年的测量数据分别为729和780 MI。GydF4y2Ba

还记录了其他可能与TTM相关的其他性状。分支习惯（BH）被记录在〜50个DAP中作为展开或束。2018年至2019年在BH数据之间发现了可忽略的变化。因此，两年内使用一个值进行BH。在挖掘之后，将绘图干燥7-10天，并且每种图（不包括敲击根）的整个生物质被称量。然后通过实验播种者（kincade，USA）脱粒，测量每种曲线，并测量总荚产量/图（PY）。收获指数（HI）计算为在生物质重量/图上的POD产量/曲线的比率。通过从每个图中随机采样100个豆荚，记录50-POD重量（50pW），50种重量（50sW）和壳百分比（SP）。GydF4y2Ba

表型数据的统计分析GydF4y2Ba

父母之间的统计差异通过学生的t检验确定。对于RILs，采用Anderson-Darling检验来确定分布的正态性。方差分析模型包括RIL、年份、年份X RIL和Block[年份]效应。所有效应被定义为随机计算遗传率。广义遗传力(GydF4y2BaHGydF4y2Ba^2GydF4y2Ba)用方程估计GydF4y2BaHGydF4y2Ba^2GydF4y2Ba=σGydF4y2Ba_GGydF4y2Ba^2GydF4y2Ba/（σ.GydF4y2Ba_GGydF4y2Ba^2GydF4y2Ba+σGydF4y2Ba_GEGydF4y2Ba^2GydF4y2Ba+σGydF4y2Ba_E.GydF4y2Ba^2GydF4y2Ba），通过与QTL IciMapping V4.2的ANOVA分析（GydF4y2Bahttp://www.isbreeding.net/software/?type=detail&id=29GydF4y2Ba) ［GydF4y2Ba46.GydF4y2Ba］．的σGydF4y2Ba_GGydF4y2Ba^2GydF4y2Ba,σGydF4y2Ba_E.GydF4y2Ba^2GydF4y2Ba和σGydF4y2Ba_GEGydF4y2Ba^2GydF4y2Ba表示的方差的基因型（G），环境（E）和基因型和环境之间的相互作用（G X五）。相关系数分别为跨年所有性状间计算。单因素方差分析进行检查的MI的BH表型的影响。分布和相关统计，直方图和箱线图用JMP？PRO 15（SAS公司，卡里，NC，1989至2019年）进行。GydF4y2Ba

基因分型和遗传地图建设GydF4y2Ba

使用DNeasy®Plant Mini Kit (Qiagen;希尔登，德国)从每个RIL和父母的年轻传单。DNA定量采用Qubit (Invitrogen;美国CA)。根据方案指南将样本稀释至40 ng/μL，并使用Affymetrix Axiom_Arachis2 SNP阵列(包含47837个SNP)进行基因分型，将其分为AA和BB亚基因组来源[GydF4y2Ba20.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba47.GydF4y2Ba］．通过Axiom Analysis Suite Software 3.1分析基因分型数据3.1 [GydF4y2Ba24GydF4y2Ba］．多态纯合子SNPs (AA和BB)和多态杂合子SNPs (AA或BB和AB)的呼叫频率保持在65 ~ 35%。在260个ril中，25个缺失数据大于10%和杂合子SNP调用大于20%的ril被从进一步分析中剔除。构建了235个ril的遗传图谱。利用Joinmap v4.1构建遗传连锁图谱[GydF4y2Ba48.GydF4y2Ba]最大似然（ml）算法，具有3.0的最小床位和卤化映射函数。通过MapChart V2.3生成连接图的图形表示[GydF4y2Ba49.GydF4y2Ba］．如前所述，已确认地点位置[GydF4y2Ba47.GydF4y2Ba]有很少的修改（Blastn（e值<1×10GydF4y2Ba^{−18GydF4y2Ba}产生的连锁群(LG)被分配到四倍体的伪分子中GydF4y2BaA. hypogaea.GydF4y2Ba简历。Tifrunner [GydF4y2Ba17GydF4y2Ba]（GydF4y2Bahttps://peanutbase.org.GydF4y2Ba）.由于栽培花生的两个亚基因组序列高度相似[GydF4y2Ba16GydF4y2Ba]，从阵列70-bp的长的SNP标记的位置分配可以是不明确的。连锁群被分配到测序的各个pseudomolecules（染色体）GydF4y2BaA. hypogaea.GydF4y2Ba基因组的简历。Tifrunner(表GydF4y2Ba3.GydF4y2Ba）.如果LG有超过51％的SNP，则表示特定染色体的SNP，则该LG被分配给该染色体。为了评估遗传图的质量，使用遗传距离（CM）与物理位置（MBP）进行共同性分析。GydF4y2Ba

QTL分析GydF4y2Ba

利用MapQTL v6对235个RILs进行QTL定位[GydF4y2Ba50.GydF4y2Ba]的平均表型数据收集每年(补充文件GydF4y2Ba2GydF4y2Ba：表S2）。使用1000个排列的LOD评分3分用于确认推定QTL的存在型在95％的显着性水平。QTLS手动分配给遗传地图。QTL的命名遵循“GydF4y2Ba问GydF4y2Ba，后面是该性状的缩写。最后一位数字表示LG，并且在同一LG上按字母顺序重复QTL，如果有多个年份，则按数字顺序重复QTL。利用QTL侧翼的SNP标记获取物理位置GydF4y2BaA. hypogaea.GydF4y2Ba基因组。GydF4y2Ba

支持本研究结果的数据集包含在稿件和其他支持文件中。GydF4y2Ba

50 pw:GydF4y2Ba

50荚GydF4y2Ba

50sw：GydF4y2Ba

50-seed重量GydF4y2Ba

添加:GydF4y2Ba

添加剂的影响GydF4y2Ba

你好:GydF4y2Ba

收获指数GydF4y2Ba

格林:GydF4y2Ba

联动组GydF4y2Ba

LOD：GydF4y2Ba

赔率的对数GydF4y2Ba

小姐:GydF4y2Ba

成熟指数GydF4y2Ba

PY:GydF4y2Ba

豆荚收益率GydF4y2Ba

PVE：GydF4y2Ba

表型变异解释GydF4y2Ba

QTL：GydF4y2Ba

数量性状位点GydF4y2Ba

瑞来斯:GydF4y2Ba

重组自交系GydF4y2Ba

SP：GydF4y2Ba

炮击百分比GydF4y2Ba

SNP:GydF4y2Ba

单核苷酸多态性GydF4y2Ba

TTM：GydF4y2Ba

成熟的时间GydF4y2Ba

作者对钱德拉塞卡博士在现场实验中的支持表示衷心感谢。GydF4y2Ba

这项研究是由以色列农业部资助的。0142-01-18)和以色列-美国双边农业研究与发展(BARD)资助(批准号:0142-01-18)。- 5020 - 17)。资助者在这项研究中没有任何科学成分。GydF4y2Ba

从属关系GydF4y2Ba

1. 农业研究组织野外作物部-火山中心，植物科学研究所，HaMakkabbim路，邮箱15159,7505101,riishon LeZiyyon，以色列GydF4y2Ba

   Srinivas Kunta，Sara Agmon，Ilan Chedvat，Yael Levy＆Ran HovavGydF4y2Ba

2. 耶路撒冷希伯来大学农业、食品和环境质量科学学院，以色列雷霍沃特，POB 12,76100GydF4y2Ba

   斯昆塔GydF4y2Ba

3. 佐治亚大学园艺系和植物育种、遗传和基因组学研究所，蒂夫顿，31793，美国GydF4y2Ba

   叶楚和Peggy Ozias-akinsGydF4y2Ba

贡献GydF4y2Ba

SK是博士学位。负责研究并起草手稿的学生。SA和YL帮助了分子劳动。IC是现场实验经理。YC进行了SNP阵列分析并修改了手稿。RH和POA分别是该项目的PI和CO-PI。作者读并批准了最终的稿件。GydF4y2Ba

相应的作者GydF4y2Ba

对应到GydF4y2Ba冉豪华GydF4y2Ba．GydF4y2Ba

伦理批准和同意参与GydF4y2Ba

不适用。GydF4y2Ba

同意出版GydF4y2Ba

不适用。GydF4y2Ba

利益争夺GydF4y2Ba

作者声明他们没有竞争利益。GydF4y2Ba

出版商的注意事项GydF4y2Ba

Springer Nature在发表地图和机构附属机构中的司法管辖权索赔方面仍然是中立的。GydF4y2Ba

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