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构建嵌套遗传核心集合，优化自然多样性的开发利用葡萄l .无性系种群。漂白亚麻纤维卷

BMC植物生物学体积8、物品编号:31（2008）引用本文

摘要

背景

第一份高质量的葡萄基因组序列草图刚刚发表。这是获取该物种所有基因的关键一步，并增加了通过关联遗传学利用自然遗传多样性的机会。然而，我们对物种内等位基因变异程度的基本知识仍然不够充分。为此，我们构建了嵌套遗传核心集合(G-cores)来捕获葡萄栽培隔室的简单序列重复(SSR)多样性(葡萄l .无性系种群。漂白亚麻纤维卷)，来自世界上最大的种质收集库(法国INRA hsamrault的Domaine de Vassal)，包含2262种独特的基因型。

结果

的12、24、48和92个品种的子样本诉酿酒用葡萄利用m策略对20个SSR标记进行筛选。分别占总SSR多样性的58%、73%、83%和100%。通过对分布在233个个体基因组中的三个基因进行测序，分析了等位基因多样性的捕获:使用G-92核心鉴定出41个单核苷酸多态性(每49个核苷酸有一个SNP)，而使用基于50个形态特征选择的141个个体的更大样本仅观察到25个多态性，从而证明了该方法的可靠性。

结论

G-12和G-24核心集合分别显示了78%和88%的SNP，因此对SNP发现研究非常感兴趣。此外，嵌套的遗传核心集合很好地反映了葡萄的地理和遗传多样性，这对研究葡萄的基因进化具有重要意义。

背景

对天然等位基因多样性的研究在理解复杂性状的遗传基础方面卓有成效[1- - - - - -6]。然而，通过关联遗传学成功地利用它需要对一个物种内等位基因变异程度的基本知识。实现这一目标的最有趣的方法之一是开发高密度的多样性地图，就像在人类和鸡身上开发的那样，它允许识别重要特征的因果多态性[7- - - - - -10]。最近发表的第一份高质量葡萄藤基因组序列草图为建立这种多样性地图开辟了道路[11]。就像在动物或其他多年生植物物种中，基于分离群体研究的遗传方法受到长生物周期的阻碍一样，葡萄的关联遗传学特别有趣。

多样性图谱的开发依赖于在基因组中发现一小部分基因型的序列多态性，这些基因型尽可能具有可用遗传多样性的代表性。这个概念最早是由Frankel和Brown以core collection的名义提出的[12]。可以使用不同类型的标记构建核心集合。例如，分子标记用于水稻、小麦和马铃薯，而对于山药，则使用品种来源、食用质量、块茎形状、块茎果肉颜色和形态型建立核心收集[13- - - - - -16]。已经提出了不同的策略来帮助构建核心馆藏，包括由Schoen和Brown开发并在MSTRAT软件中实施的m方法[17- - - - - -20.]。此策略已成功地用于构建中的核心集合拟南芥和Medicago truncatula也被提出作为关联遗传学的初步步骤[21- - - - - -24]。

葡萄有大量的遗传资源，特别是在欧洲[25]。最大的一个是由法国的INRA在Vassal的领域持有:这个收藏包含7000个葡萄属世界性的一个属[26]。利用20个分散良好的SSR标记对整个标本进行基因分型完成Laucou et al. (in prep)。培养隔间(诉酿酒用葡萄l .无性系种群。漂白亚麻纤维卷)有来自38个不同国家的3900份资料，对应2262种独特基因型(Laucou等人，准备中)。它代表了大约一半的已知葡萄藤品种[27]。附庸的收藏非常多样化诉酿酒用葡萄l .无性系种群。漂白亚麻纤维卷结果显示，20个SSR标记共有326个等位基因，平均每个位点有16.3个SSR等位基因(Laucou et al, in prep)。此外，这些等位基因中有很大一部分(17%)出现在极低频率(频率< 0.05%)。

根据1759份葡萄品种的50个形态特征，建立了第一个葡萄核心品系(M-core)。28]。它被用来初步研究连锁不平衡(LD)的程度诉酿酒用葡萄L.以及关联研究[28，29]。然而，M-core(141个个体)的大小限制了其在广泛序列多样性分析中的应用。

在这里，我们介绍了Laucou等人(在准备中)获得的数据集的使用，以开发适合于寻找等位基因多样性的四个嵌套遗传核心集合(G-cores)。研究了不同样本量对SSR遗传多样性的保留能力，并与M-core和Vassal的SSR多样性进行了比较。最后，通过对三个基因片段的测序，分析了不同亚核序列水平上捕获的等位基因多样性。这项工作为绘制葡萄单倍型多样性详细图谱提供了必要的基础。

结果

代表葡萄栽培有效种质多样性的巢式核心种质的构建

我们首先通过保留271个频率高于0.05%的等位基因来确定核心集合的最佳大小。要捕获全部271个等位基因，需要48个品种(图2)1)。在这48个核心品种(G-48)中，我们确定了12个(G-12)和24个(G-24)品种的两个最多样化的样本(表1)1)。为了评估这些嵌套核心种质的稳健性，我们计算了采用相同方法第二次获得的G-12、G-24和G-48核心种质中相同品种的百分比，分别为两个G-12中选择的品种的83.3%(10)、两个G-24中选择的品种的83.3%(20)和两个G-48中选择的品种的60.24%(29)。在这两组样本中，选取Nei’s指数最高的G-48岩心样本作为参考岩心样本(表1)2)。

表1 G-core各样本与带有或不带有稀有等位基因的Vassal collection (Restricted Vassal collection)的SSR多样性比较。
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表2 12 ~ 92个品种嵌套遗传核心集合。*由不同地理来源的品种培育的品种:所列国家为育种地点。
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图1
图1

利用MSTRAT软件得到冗余曲线．采用MSTRAT软件(5个独立采样)得到具有标准差的冗余曲线。最佳大小的确定允许捕获原始样本的所有等位基因。A.用m -法(蓝点)和随机抽样法(粉点)对限制性Vassal收集的271个等位基因进行检测。B.采用m法(蓝点)和随机抽样法(粉红点)对以G-48核为核的Vassal采集的326个等位基因进行分析。

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G-48核作为核构建最终核集合，保留培养室中发现的326个等位基因葡萄L.在Laucou等人的附庸收藏中有代表(准备中)。最终核心集合的最佳大小为92个个体(图2)。1 b)。这一步添加的品种只含有稀有等位基因(频率< 0.05%，出现在少于3份)，这对应于品种选择的较少选择。事实上，MSTRAT只提出了两个备选样本，两个样本之间只有一个个体不同:富巴巴玫瑰假与克孜尔。再次选择Nei指数最高的G-92作为培养室的参考核心种质诉酿酒用葡萄L;最终得到的核心集合列在表中2．

为了估计SSR等位基因多样性的增益，我们比较了m法和随机抽样获得的样本中捕获的等位基因数量。在每种情况下，当使用m方法时，我们观察到增益(表1)3.)，其中最大的是在G-48的选择中获得的。

表3 m方法在构建嵌套核心集合的每一步中获得的增益与随机抽样。
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使用不同的描述符分析嵌套核心集合中保留的多样性

的培养分区的参考嵌套核心集合葡萄描述了几个特征，并将其与Vassal collection和Barnaud等人定义的M-core collection(141个人)进行了比较。[28]。

SSR多样性

嵌套的核心种质占Vassal种质总SSR多样性的58% ~ 100%，占Vassal种质有限SSR多样性的70% ~ 100%(仅考虑频率高于0.05%的等位基因)(表1)1)。G-12核心中出现了所有在Vassal collection中频率大于5%的SSR等位基因，在G-24核心中出现了所有频率大于3.5%的SSR等位基因。G-12、G-24和G-48的无偏Nei’s多样性指数和无偏观测杂合度值与G-92的计算值相当，且略高于G-92。这些值略高于附庸收集和M-core(表1)1)。我们还比较了3个g -core和M-core中SSR标记的等位基因频率与Vassal材料中观察到的等位基因频率:Vassal材料与M-core (r2 = 0.98)和G-92 (r2 = 0.92)材料的相关性最好(表2)1)。

地理来源和最终用途

由于人类的许多迁移事件，有时很难确定葡萄品种的真正地理起源[30.]。根据目前的知识，瓦萨尔收藏的品种来自38个国家，其中约一半来自西欧(法国、伊比利亚半岛和意大利)。巢式核心选育品种来自27个不同的国家(表2)2)。然而，G-92样本的10个品种无法确定其确切的地理来源。其中9个品种为不同国家品种近期杂交(表中以*表示)2)，还有一种来源不明(Moscatel de Oeiras faux)。与整个收集的数据相比，Moscatel de Oeiras的人造微卫星数据似乎表明它起源于西欧。其余82个品种的起源分布均匀(图2)2): 21只(25%)来自里海地区(达吉斯坦、格鲁吉亚、亚美尼亚和阿塞拜疆)和中东(伊朗)，与驯化中心相对应，35只(42%)来自西欧和北非(伊比利亚半岛、摩洛哥、阿尔及利亚、突尼斯、意大利和法国)(表)4)。有趣的是，五个品种(G-92的6%)起源于中亚和亚洲，尽管它们在整个系列中的代表性非常有限(不到2%)。

表4不同样本品种的产地分布及最终用途
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图2
图2

嵌套遗传核心集合中包含的品种可能的地理起源．每个三角形对应一个品种，红色三角形对应嵌套遗传核心集合的第一个子样本(G-12)，黄色三角形对应第二个子样本(G-24)，黑色三角形对应第三个子样本(G-48)，绿色三角形对应第四个子样本(G-92)。属于核心G-92的10个品种没有精确的地理起源，也没有显示在这张地图上。

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在M-core(22个国家)和Vassal collection(表1)之间没有观察到差异4)，而所有的g核都不同于附庸收集。事实上，来自西欧和驯化中心的栽培品种的数量在G-92核心中更为平衡，很好地代表了整个地理起源。在不同的子核中也观察到相同的趋势(表2)4)。

我们还比较了G-92核心品种、m -核心品种和Vassal品种的最终用途:酿酒(葡萄酒品种)、水果消费(餐桌品种)或两者兼有(葡萄酒/餐桌品种)。m核和不同的g核都类似于Vassal集合(表)4)。

评估嵌套核心集合中未链接的多样性捕获

接下来，我们评估了嵌套G-core样本捕获与用于构建嵌套核心集合的SSR标记无关的多样性的能力。Barnaud等人通过在5个不同连锁群(LG)上绘制38个SSR标记，最大距离为30 cM，估计葡萄的LD仅在LG内延伸，最大距离约为16.8 cM [28]。我们分析了同一连锁群中距离SSR标记16.8 cM以上的三个基因片段的多态性。DFR在LG 18中定位，距SSR标记VVIn16 25.3 cM;L-DOX从SSR标记VMC1b11和打嗝从SSR标记VVMD28定位到LG 3,26 cM。

在G-92中观察到41个核苷酸多态性(40个替换和1 in/del)，根据基因片段的不同，从12到15不等(表2)5)。因此，总多态性为49个核苷酸的一个SNP。每个碱基的SNP数量在三个基因片段之间也有所不同:每58个核苷酸中有一个SNPDFR每42个核苷酸对应一个SNPL-DOX每50个核苷酸对应一个SNP打嗝．序列编码区与非编码区遗传多样性的差异仅对该序列进行了估计DFR其中序列长度相当相似的两种类型的区域。该基因在编码区和非编码区之间的多态性差异为3.2(编码区每127个核苷酸有1个SNP，非编码区每39个核苷酸有1个SNP)。综合考虑所有基因，在G-12和G-24核之间检测到的snp数量从32个增加到36个，在G-24和G-48核之间从36个增加到40个。在G-92核心中只比在G-48核心中多发现了一个SNPL-DOX基因片段(该SNP存在于两个品种:Œil德龙和八大桂)。G-24的snp数量高于G-48的snp数量是由于两种基因型:Yapincack基因型中有3个额外的snpDFR基因片段和Kisilowy基因中有一个额外的SNPL-DOX基因片段。

表5多态碱基数量(DNA片段中发现的SNP或插入缺失)
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通过将G-24核心和G-12核心的SNP多样性与G-48核心中24个个体和G-24核心中12个个体的5个随机样本的SNP多样性进行比较，估计了G-24核心和G-12核心捕获非连锁多样性的能力。5个随机样本(24个个体)的SNP数量在35 ~ 37个之间，5个随机样本(12个个体)的SNP数量在30 ~ 34个之间。为了比较SNP分布，我们还计算了无偏Nei's指数，随机5个样本的24个个体的Nei's指数在0.24到0.25之间，随机5个样本的12个个体的Nei's指数在0.30到0.32之间。G-24和G-12的无偏Nei's指数分别为0.28和0.33。

估计整个Vassal品种(2262个品种)的非连锁多样性将非常挑剔。因此，我们比较了嵌套核心集合和仅在形态特征上开发的m -核心中捕获的非连锁多样性。m核snp总数(25个snp;表格5)比任何嵌套的g核样本都要小，即使是G-12核(32个snp;表格5)。此外，与嵌套核心集合中发现的snp相比，在m核心中观察到的snp没有一个是新的。

讨论

在本研究中，我们利用m -法和SSR多样性数据，从Vassal种质的培养室中构建了一套嵌套的核心种质。然而，在这种方式中，我们没有考虑到体内存在的体细胞变异诉酿酒用葡萄L.栽培种质;核心集合的有用性是由于它们能够捕捉整个物种的多样性。即使是最小的嵌套核心集合也比包含141个条目的M-core更有效地捕获等位基因多样性。Vassal collection是本研究的基础，包括来自38个国家(包括主要驯化地区)的约3900个品种，对应2262个独特的SSR基因型。这代表了全世界已发现的品种的一半以上[27]。因此，从Vassal系列中开发的核心系列是科学界的主要兴趣，并且由于葡萄的无性繁殖能力，可以很容易地繁殖和分布。

核心馆藏的构建

我们的工作的第一个结果是，只需要少量的品种(92个个体，占Vassal收集的4%)就可以代表整个多样性，而捕获所有最常见的等位基因(48个个体，2.1%)所需的品种数量更少。与其他模型比较并不容易，因为它们具有不同的生物学特性，原始收集的物种没有达到相同的全球多样性，并且很少以相同的方式进行分析。然而，核心收藏开发为答:芥(18%)或m . truncatula(31%)使用相同的方法需要更高百分比的个体选择来代表所有的遗传多样性[21，22]。在我们的研究中，我们只考虑了培养的隔室，它们的多样性往往不如野生隔室[31]。但葡萄藤的高杂合度可能也是导致其个体数量低于纯合子物种(如上述两种植物)的因素之一。最后，代表栽培葡萄藤遗传多样性所需的少量个体也指出了Vassal收集的高冗余性，其中突出了许多亲族，以及使用此类核心收集来优化葡萄藤表型和遗传多样性研究的兴趣[32，33]。

巢式核心集合对于鉴定葡萄种栽培室中存在的序列多样性具有重要意义

G-92核心3个基因片段(2010 bp)序列的遗传多样性相当高，有41个SNP，即每49个核苷酸有1个SNP。这大大高于在同一基因集上观察到的m核遗传多样性水平。此外，在Salmaso等人对7个培养个体(每118个核苷酸有一个SNP)测序的另一组25个基因片段(共12千碱基)和Lijavetzky等人对11个葡萄基因型(每64个核苷酸有一个SNP)的1 Mb以上的葡萄DNA序列的分析中，观察到的遗传多样性水平更高。34，35]。这种比较因此强调了发现遗传多样性的这种核心集合的兴趣。

在栽培品种中，葡萄的多态性相对较高玉米(每100个核苷酸中有一个SNP)，松果体松树(每102个核苷酸有一个SNP)和大麦芽(每78个核苷酸中有一个SNP)，而与野生物种(如答:芥(每32个核苷酸有一个SNP) [21，36- - - - - -38]。

G-48核心是高度多样化和非冗余的

G-92核心的构建考虑到了极其罕见的等位基因。考虑到SSR标记的快速进化，我们认为在收集的两个或更少的品种中存在的等位基因不能充分代表基因多样性，因此在构建G-48核心时将其删除[39- - - - - -41]。事实上，与G-48相比，G-92样品中只发现了一个额外的SNP(存在于两个品种中，而不在m核心中)，从而验证了我们的假设。一方面，在G-48中，非连锁多样性的增加很高，可能是由于与附庸收集相比冗余减少(由国王群的数量显示)。另一方面，与随机抽样相比，使用m方法获得的增益要高得多。最终的G-48核心是高度非冗余和高度多样化的。此外，与M-core相比，G-48核心优化了三个不同区域的非连锁多样性，而M-core的个体来自Vassal collection，不是根据其基因型选择的，因此它们可以被认为是Vassal collection中优化程度较低的样本。

G-12和G-24核已经分别包含了G-92核中78%和88%的snp标记(G-48核中80%和90%)。它们还包括Vassal收集中鉴定的所有SSRs标记的58%和73%，与G-48或G-24核心的随机抽样相比，增加了6%至8%。从技术角度来看，G-12和G-24核的大小更适合高通量基因组研究，因此非常适合雄心勃勃的SNP发现项目。

g核内品种的地理来源和最终用途

有趣的是，本工作中构建的嵌套核心收藏反映了葡萄在欧洲和地中海周围的分布，但与瓦萨尔收藏相比，来自里海地区和中东的葡萄品种过多，而来自西欧(伊比利亚半岛、法国和意大利)的葡萄品种代表性不足。我们比较了嵌套核心材料和Vassal材料的SSR等位基因频率，发现相关性较低。这一结果进一步强调了与Vassal馆藏相比，核心馆藏的冗余减少，但也反映了Vassal馆藏中来自西欧的品种数量相对较多，而主要的驯化中心是中东[30.]。因此，这两个区域可能代表了非洲非洲人遗传多样性的重要来源诉酿酒用葡萄l .物种。这里是葡萄栽培的摇篮，是希腊人和伊特鲁里亚人第一次迁移葡萄品种的地方，也是西地中海地区的第二个栽培中心。42]。最后，尽管亚洲和中亚的品种在附属国品种集中的代表性较低，但在嵌套的核心品种集中出现的亚洲和中亚品种也可能表明一个尚未开发的多样化中心，值得进行展望和分析。

与M-core和Vassal collection相比，嵌套核心collection中表品种、酒品种和表/酒品种的比例保持得很好。这三类品种之间的区别是基于形态特征，如浆果大小、束大小和紧凑性，以及其他特征，如成熟时的糖/酸平衡[43]。先前的研究表明，这三组品种之间存在很强的遗传分化，这可能是由于基于同一基因库的不同选择，或者是由于使用特定的基因库来发展这三种品种[44，27]。

因此，如果样品非常适合等位基因多样性的分析，还可以提出其他用途的核心，例如，嵌套的核心收集可以帮助了解葡萄的进化。G-12和G-24核均含有较为频繁的古等位基因，而G-48和G-92核则可能构成了近期品种的后续多样化。

结论

在目前的工作中，我们开发了一套健壮的嵌套核心集合诉酿酒用葡萄L.(栽培隔间)，这将有助于发现等位基因多样性的科学界。同时，这也是开发葡萄树关联图谱项目的重要基础工具。总之，即使这些嵌套的核心集合在统计上太小，无法研究表型和核苷酸多样性之间的相关性，但它们用于假设的初步测试将加速选择合适的候选者(例如通过丢弃不合适的候选者)和发现SNP。由于葡萄的多年生特性和无性繁殖的容易性，这些嵌套的核心集合可以很容易地传播到世界各地进行分析(通过request-vassal@supagro.inra.fr的简单请求)。

方法

植物材料和DNA提取

对于四个嵌套核心收藏的每个基因型，选择一个Vassal收藏(法国埃罗的Domain de Vassal)的加入(表1)1)，并收集一批幼叶进行冻干保存。冻干的叶子在20 Hz下使用Qiagen-Retsch MM300破碎机研磨两次，每次1分钟。使用Qiagen DNeasy Plant mini kit (Qiagen)按照制造商的说明提取DNA，并做了一些修改:在AP1溶液中加入1% w/v的PVP-40，在冰上孵育后加入180 μl AP2而不是130 μl，并在6000 rpm下离心10分钟，这使得加入AP2后形成的大部分细胞残留物和聚集体能够成球。

构建核心集合的方法

使用Laucou等人(in prep)从Vassal收集的2262个独特基因型的数据集。Schoen和Brown提出的、Gouesnard等人在MSTRAT软件中实现的m方法用于生成嵌套遗传核心集合，使SSR数据集中观察到的等位基因数量最大化[19，20.]。通过比较MSTRAT在不断增加的样本中捕获的等位基因总数与随机选择的相同大小的样本(5个独立样本)中捕获的等位基因数量，来评估采样策略的效率。在确定了嵌套核心集合的最佳大小之后，将为每个样本大小独立生成200个核心集合。采用Nei’s指数作为第二个标准对具有相同等位基因丰富度(由所代表的等位基因总数决定)的假定核心集合进行排名[45]。

PCR引物设计

所分析的基因序列来源于位于三个独立染色体上的三个基因(表1)6)。其中两个与花青素代谢途径有关:二氢黄酮醇4-还原酶(DFR,基因499017)存在于基因组的一个拷贝中诉酿酒用葡萄和白花青素双加氧酶(L-DOX(Gi 22010674)在…的基因组中至少存在三个拷贝诉酿酒用葡萄L.基于NCBI数据库。第三个基因编码BURP结构域蛋白，与野生型相比，在浆果发育的自然突变体中表现出不同的表达(VvBURP1;Gi 22014825) [46- - - - - -48]。特异性PCR引物(表2)，利用Primer3软件对这三个基因片段进行扩增，并在核心G-12的12个个体的基因组DNA上进行扩增测试[49]。

表6用于部分重测序的基因定位、使用的特异性PCR引物和重测序的基因片段大小
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PCR扩增、测序、序列分析、SNP检测

25 μl PCR反应混合物中含有基因组DNA 20 ng、KCl 50 mM、TRIS-HCl 10 mM (pH 8.3)、引物0.4 mM、dNTP 125 μM、MgCl2 1.5 mM和Taq聚合酶(Qiagen) 2.5 U。PCR扩增100年乔丹研究PTC进行热循环程序如下:5分钟变性在94°C, 35周期94°C的30年代,52°C 45 s, 72°C, 1分钟,紧随其后的是一个扩展步骤8分钟的72°C。PCR产品纯化使用Agencourt AMPure(贝克曼库尔特)和直接测序方法两种方法使用大染料测序工具根据制造商的规格(应用生物系统公司Inc .)。序列产物使用agcourt CleanSEQ方法(Beckman Coulter)纯化，并加载到ABI PRISM上®3130xl (Applera)毛细管测序仪。DNA序列分析使用Staden Package [50]。杂合snp在色谱上被鉴定为双图，并按照国际编码(国际生物化学联合会的核苷酸编码)进行编码。插入/删除很容易通过重叠序列识别。对两条链进行测序可以处理这类事件。只有在正向和反向序列上都存在的snp被验证。

统计分析

本研究采用了不同的指标。在使用MSTRAT构建的具有相同等位基因丰富度(由所代表的等位基因总数决定)的参考核心集合中，使用Nei指数(Nei, 1987)作为第二个标准进行选择。一个轨迹的Nei指数为:INeij= 1-∑pij2其中pij表示jlocus的I等位基因频率。所有基因座的Nei多样性指数是由I给出的每个基因座的指数之和Nei=∑j我Neij2．一个样本内的等位基因频率越平衡，Nei指数的值就越高

由于比较的样本大小不同(M-core、嵌套core collection和整个collection)，采用无偏观察杂合度和无偏Nei's指数进行比较[45]。轨迹的无偏内氏指数j为:HNeij= (2n/2n-1)(1-∑pij2)，其中n代表个体数量，pij代表基因座的等位基因频率，所有研究的基因座的无偏Nei多样性指数由H给出Nei= (1/ c)∑jHNeij2其中Cis为研究的基因座数量。一个样本内的等位基因频率越平衡，无偏内氏指数的值就越高。观察到的jlocus杂合度由Hobsj= 1-∑xij2xij表示该基因座的等位基因的纯合子频率。观察到的无偏杂合度为:Hunobsj= (2n/2n-1)(1-∑xij2) >，其中n代表个体数，所有研究位点的无偏观察杂合度为Hunobs= (1/ c)∑jHunobsj2其中Cis为研究的基因座数量。

我们将M-core和嵌套G -core与Vassal collection的SSR频率进行了比较2相关系数。R2由R给出2=(浸ij我σj /σ)2其中，Covij为两个比较样本之间的协方差，σi和σj分别为样本i和j的方差。

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下载参考

致谢

该项目(三方项目TRI017 CoreGrapeGen)由Genoplante、法国研究部、INRA遗传和育种部以及朗格多克-鲁西永地区资助。我们感谢D. Vares和Vassal领域的技术人员对工厂的管理，也感谢A. Doligez和T. Bataillon对手稿的批判性阅读。我们感谢达芙妮·古德费罗对我们英语水平的提高。

作者信息

从属关系

  1. UMR 1097 DIA-PC，设备“gsamnacimtique Vigne”，INRA-Supagro, 2 place Viala，蒙彼利埃，F-34060，法国

    Loïc Le Cunff, Alexandre Fournier-Level, valrie Laucou, Thierry Lacombe, Jean-Michel Boursiquot & Patrice This

  2. IASMA研究中心，圣米歇尔阿迪杰，(TN)， 38010，意大利

    西尔维亚Vezzulli

  3. 1165 inra - cnrs -法国埃弗里市加斯顿大学，埃弗里市加斯顿大学c5708号，cedex, F-91057

    Anne-Francoise Adam-Blondon

作者
  1. Loïc Le Cunff
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  2. 亚历山大Fournier-Level
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  3. 瓦莱丽Laucou
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  4. 西尔维亚Vezzulli
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  5. 蒂埃里拉康姆猪
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  6. Anne-Francoise Adam-Blondon
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  7. jean - michel Boursiquot
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  8. 帕特里斯这
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相应的作者

对应到Loïc Le Cunff．

额外的信息

作者的贡献

LLC进行测序，参与序列比对，进行统计分析并撰写稿件。AF-L进行测序并参与测序比对。VL进行SSR分析。SV执行了这个程序。TL参与了研究的设计，并进行了气瓶分析。A-FA参与了研究的设计和协调，并帮助起草了手稿。J-MB参与了研究的设计，并进行了气谱分析。PT构思了这项研究，参与了研究的设计和协调，并帮助起草了手稿。所有作者都阅读并批准了最终的手稿

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关于本文

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Le Cunff, L.， Fournier-Level, A.， Laucou, V.。et al。构建嵌套遗传核心集合，优化自然多样性的开发利用葡萄l .无性系种群。漂白亚麻纤维卷．BMC Plant Biol8，31日(2008年)。https://doi.org/10.1186/1471-2229-8-31

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关键字

  • 简单序列重复标记
  • 核心集合
  • 连锁群
  • 独特的基因型
  • 简单序列重复等位基因

BMC植物生物学

ISSN: 1471 - 2229

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