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磷酸酯诱导的转录组和分泌组的变化GydF4y2BaSolanum Tuberosum.GydF4y2Ba导致对GydF4y2Ba晚疫霉GydF4y2Ba

抽象的GydF4y2Ba

背景GydF4y2Ba

由卵菌引起的马铃薯晚疫病GydF4y2Ba晚疫霉GydF4y2Ba会导致巨大的收益损失。我们研究了GydF4y2BaSolanum TubersoumGydF4y2Ba(CV.Seasiree)并通过定量蛋白质组学在叶片施用药剂亚磷酸盐后用定量蛋白质组学表征沉淀物。我们还研究了亚磷矿的分布GydF4y2Ba在车前GydF4y2Ba对水杨酸和茉莉酸信号通路受损的转基因马铃薯进行了试验。GydF4y2Ba

结果GydF4y2Ba

亚磷酸酯对转录组有快速和短暂的影响,处理3小时后反应明显。令人惊讶的是,这种效果持续不到24小时,而保护在所有测试时间点都观察到。相比之下,67种主要与细胞壁过程和防御相关的分泌组蛋白在处理后48小时发生了大量变化。与防御、伤害和氧化应激相关的转录本构成了亚磷酸盐反应的核心。我们还观察了初级代谢和细胞壁相关过程的变化。这些变化并不是由于磷酸盐枯竭或亚磷酸盐处理引起的酸化。在磷酸调控的转录本中,β-氨基丁酸(BABA)作为诱导子也有40%的变化,而防御基因PR1仅被BABA上调。虽然亚磷酸盐是分布的GydF4y2Ba在车前GydF4y2Ba对于未直接暴露于亚磷酸根的部分,未经叶面直接施用的叶片中未观察到保护作用。此外,对转基因马铃薯品系的分析表明,亚磷酸酯介导的抗性与植物激素水杨酸和茉莉酸无关。GydF4y2Ba

结论GydF4y2Ba

我们的研究表明,快速的磷矿触发的反应对于赋予持久的抗性是重要的GydF4y2Bap . 5GydF4y2Ba并提供对其成功的现场应用的分子理解。GydF4y2Ba

背景GydF4y2Ba

马铃薯晚疫病是由卵菌病原菌引起的GydF4y2Ba晚疫霉GydF4y2Ba是马铃薯作物中危害最严重的病害之一。这种疾病是通过卵菌的孢子囊和游动孢子传播的。在适当的条件下,被包被的游动孢子萌发,穿透叶片,形成吸器。最初的生物营养阶段会进入一个坏死阶段,其特征是在叶片组织上定植和产孢,这反过来又会产生游动孢子,导致新的感染周期[GydF4y2Ba1GydF4y2Ba]. 尽管野生马铃薯近缘种中存在自然发生的抗性,但至少部分由于卵菌的快速适应,难以实现持续抗性[GydF4y2Ba2GydF4y2Ba]、[GydF4y2Ba3.GydF4y2Ba].对晚期枯萎病的主要方法是经常使用杀真菌剂。由于持续杀菌剂的整体有害影响,由于喷洒而产生的高成本有必要开发替代方法来控制晚期枯萎病[GydF4y2Ba4.GydF4y2Ba].GydF4y2Ba

在各种遗传系统中追求的害虫控制中的替代方法之一是诱导阻力[GydF4y2Ba5.GydF4y2Ba]、[GydF4y2Ba6.GydF4y2Ba].一些报道表明,植物经过抗性诱导剂处理后,如β-氨基丁酸(BABA)、硫胺素(维生素B1)、噻二唑-7-碳硫代酸s -甲酯(BTH)和亚磷酸盐(HGydF4y2Ba2GydF4y2Ba宝GydF4y2Ba3.GydF4y2Ba-GydF4y2Ba)在病原体攻击后显示出增强的电阻。最近的分子研究表明在诱导抗性期间激活广泛的防御反应。例如,吨等人。[GydF4y2Ba7.GydF4y2Ba]表明baba激活的拟南芥防御依赖于一个周期蛋白依赖的激酶样蛋白。BABA也被证明可以诱导水杨酸(SA)依赖性的诱导抗性GydF4y2Bap . 5GydF4y2Ba在土豆GydF4y2Ba8.GydF4y2Ba]、[GydF4y2Ba9.GydF4y2Ba]. 类似地,代谢惰性亚磷酸酯基化合物,对真菌的菌丝生长有直接的抑制作用GydF4y2Bap . 5GydF4y2Ba[GydF4y2Ba10.GydF4y2Ba] - [GydF4y2Ba13.GydF4y2Ba]还被证明诱导马铃薯抗性抗炎疾病[GydF4y2Ba14.GydF4y2Ba] - [GydF4y2Ba16.GydF4y2Ba].在农业方面,以磷酸盐为基础的化合物作为肥料、自然抗性激发剂或系统性杀菌剂销售,也在一些发展中国家广泛使用,因为它们对人类健康和环境的风险低,已被确定为传统杀菌剂的潜在替代品[GydF4y2Ba17.GydF4y2Ba].GydF4y2Ba

然而,关于亚磷酸盐介导的抗性背后的分子机制知之甚少,更好地了解潜在的分子机制可以帮助开发新的植物保护策略。研究表明,亚磷酸酯通过磷酸铁输送器进入细胞,并且由于其紧密的空间相似性而与磷酸根信号传导机制干扰,这可能导致间接诱导阻力[GydF4y2Ba18.GydF4y2Ba] - [GydF4y2Ba21GydF4y2Ba].Massoud等人[GydF4y2Ba22GydF4y2Ba]证明了SA途径在亚磷酸诱导拟南芥对烟草的抗性中的重要性GydF4y2BaHyaloperonospora arabidopsidisGydF4y2BaEshraghi等人[GydF4y2Ba23GydF4y2Ba[Machinandiasena,等。[GydF4y2Ba16.GydF4y2Ba]的研究表明,在拟南芥和马铃薯中,亚磷酸钾通过过氧化氢和PR1的过量表达产生抗性。Lim等研究了用亚磷酸盐产品处理马铃薯叶片中的可溶性蛋白[GydF4y2Ba24GydF4y2Ba]发现参与SA依赖性防御反应、活性氧(ROS)和钙依赖性途径的蛋白质丰度增加,而参与氨基酸和淀粉代谢的蛋白质表达下调。在亚磷酸处理的叶片中,它们还表现出诱导病原菌攻击后的超敏反应和胼胝质形成。这表明亚磷酸根诱导的抗性过程复杂多样。GydF4y2Ba

在亚磷酸盐处理的植物上,以前没有将全基因组转录组学与定量蛋白质组学相结合的研究。在本研究中,转录组分析与质外体分泌蛋白的蛋白质组学研究相辅相成,质外体被视为植物-病原相互作用的重要界面[GydF4y2Ba25GydF4y2Ba]. 同时,测定叶片中的亚磷酸根和磷酸盐水平,以确定亚磷酸根对磷酸盐吸收和代谢的影响。亚磷酸酯介导的抗性水平GydF4y2Bap . 5GydF4y2Ba对水杨酸和茉莉酸信号转导缺陷的转基因株系也进行了研究。GydF4y2Ba

结果GydF4y2Ba

在整个时间序列中,在分离的传单测定中观察到磷矿诱导的P. Infestans的保护GydF4y2Ba

清除GydF4y2Bap . 5GydF4y2Ba在亚磷酸盐处理后,在所有测试时间点观察到感染,即3,6,11,24和120小时(图GydF4y2Ba1GydF4y2Ba).此外,亚磷酸盐处理的叶片显示出“HR样”(“HR样)(”超敏感反应,如“)症状GydF4y2Bap . 5GydF4y2Ba与在感染7天后对照小叶上观察到的广泛孢子形成相比(附加文件GydF4y2Ba1GydF4y2Ba:图S1A)。为了测试亚磷酸根是否在马铃薯植株中运输并引发系统诱导抗性GydF4y2Bap . 5GydF4y2Ba,一些叶子在治疗期间被覆盖。这些“覆盖的叶子”同样被感染为水管制(图GydF4y2Ba1GydF4y2Ba).为了检测亚磷酸盐是否可能对病原体产生直接影响,我们用自来水冲洗一组植物,去除叶片表面的亚磷酸盐,干燥至少5小时,然后取样进行分离的小叶试验。这些小叶,以下称为“洗过的”,具有与亚磷酸盐处理小叶相似的保护作用(图)GydF4y2Ba1GydF4y2Ba).GydF4y2Ba

图1GydF4y2Ba
图1GydF4y2Ba

马铃薯植物的分离的鳄鱼测定。GydF4y2Ba土豆(cv。叶面喷施36mmproalexin(亚磷酸钾;亚磷酸盐处理)或自来水(水处理)。”在亚磷酸盐喷施过程中,每株覆盖两片叶子,获得覆盖叶片。用36mmproalexin喷洒叶片,清洗并干燥叶片上的亚磷酸根,得到洗净的小叶。接种后第7天以病灶大小测定感染率GydF4y2Bap . 5GydF4y2Ba.数据对应于从12个生物复制获得的平均值±SD。GydF4y2Ba

亚磷酸盐在植物中分布迅速GydF4y2Ba

用酶法测定了马铃薯小叶中亚磷酸盐的含量。在亚磷酸盐处理和处理3小时后的“被覆盖叶片”中均观察到亚磷酸盐的积累(图GydF4y2Ba2GydF4y2BaA) 是的。同样在处理后6、24和120小时,在两种类型的小叶中检测到亚磷酸根,没有显著差异。为了估计叶面上的亚磷酸根水平,将“清洗”的小叶与亚磷酸根处理的小叶进行了比较。然而,在“清洗”和“亚磷酸处理”的小叶之间,亚磷酸根水平没有显著差异(p>0.05),这表明亚磷酸根要么被完全吸收,要么不可能通过过度清洗去除叶表面的亚磷酸根。GydF4y2Ba

图2GydF4y2Ba
figure2GydF4y2Ba

亚磷酸盐和磷酸盐测量。GydF4y2Ba亚磷矿GydF4y2Ba(一种)GydF4y2Ba和磷酸盐测量GydF4y2Ba(二)GydF4y2Ba基于酶活性测定的喷水,亚磷酸盐处理和“覆盖叶”小叶。这里呈现的数据对应于从3个生物学重复获得的平均值±SD。GydF4y2Ba

在亚磷酸盐处理的小叶和“覆盖叶”小叶中未检测到磷酸盐水平的显著差异(p=0.53)(图1)GydF4y2Ba2GydF4y2BaB) 是的。此外,在不同时间点,亚磷酸盐处理的小叶的磷酸盐水平没有显著差异(p=0.19)。磷酸盐水平在亚磷酸盐处理的小叶和喷水处理的对照小叶之间也没有显著差异(图1)GydF4y2Ba2GydF4y2BaB).类似的亚磷酸盐水平范围(100-1200 ug/g FW vs. 100-900 ug/g FW, Borza等[GydF4y2Ba26GydF4y2Ba在Cureine™,基于亚磷酸盐的杀菌剂的叶组织中鉴定磷酸盐(> 1000ug / g fw),当通过离子色谱法测量时在马铃薯上施用。GydF4y2Ba

亚磷酸处理对叶片转录组有快速而短暂的影响GydF4y2Ba

微阵列数据的分析显示,在亚磷酸盐处理后仅在3,6和11小时下观察到转录物的显着差异表达(图GydF4y2Ba3.GydF4y2Ba一种)。在结果部分和讨论中,与控制相比,我们只突出显示超过两次的成绩单。没有观察到在24小时取样的小叶中差异表达转录物,而在治疗之后仅在48小时内仅作为编码含有网状氧化酶(DMP400036592)进行差异表达的转录物。由于改变的pH可以实现转录物水平,用酸化水(pH5.2)喷洒叶子,但在治疗后的微阵列,3和11h测试的两个时间点(数据未显示),没有观察到转录变化。亚磷酸盐对叶片转录组具有快速影响,在治疗后3小时内差异地表达叶片的738转录物。治疗后6小时的差异表达转录物的数量增加到5788,并在治疗后11小时降至4418(图GydF4y2Ba3.GydF4y2BaA).比较各时间点上调和抑制转录本的数量,3 h时87%的显著差异表达转录本上调,6 h和11 h时分别下降到57%和49%(图)GydF4y2Ba3.GydF4y2BaA).在第6、11小时观察到大量差异表达转录本的重叠,在第3、6、11小时观察到207个“核心”转录本的差异表达(图)GydF4y2Ba3.GydF4y2Bab)。QPCR验证了八种基因的表达水平,发现微阵列和QPCR之间的高协议(R = 0.9;附加文件GydF4y2Ba2GydF4y2Ba:图S2)。GydF4y2Ba

图3GydF4y2Ba
图3GydF4y2Ba

差异表达基因。GydF4y2Ba在每个时间点诱导和抑制的转录本数量的比较GydF4y2Ba(一种)GydF4y2Ba面积比例维恩图显示转录物的重叠在所有时间点显著改变GydF4y2Ba(二)GydF4y2Ba.GydF4y2Ba

“核心”磷酸盐诱导的转录物与生物和非生物应激反应有关GydF4y2Ba

对207个转录本在所有时间点上显著上调的GO分析发现174个富集的GO术语。基于ReviGO的丰富GO术语语义分组[GydF4y2Ba27GydF4y2Ba),确定了两大类(图GydF4y2Ba4.GydF4y2BaA).一簇包含的氧化石墨烯术语如:反应:伤害(GO:0009611)、防御(GO:0006952)、甲壳素(GO:0010200)、化学刺激(GO:0042221)和SA刺激(GO:0009751)。第二个聚类与代谢活性相关,包含嘌呤核苷酸代谢过程(GO:0006163)、核苷生物合成过程(GO:0009163)等氧化石墨烯术语。富集但不属于这两类中的任何一类的氧化石墨烯术语与含磷酸盐化合物代谢过程(GO:0006796)和有机磷生物合成(GO:0019637)有关(图)GydF4y2Ba4.GydF4y2BaA) 是的。编码五环三萜合酶(PEN1;DMP400036965)、茉莉酸ZIM结构域蛋白1(dmp40005281)、WRKY转录因子-30(DMP400010347)、非种族特异性抗病性(NDR1/NHL25);细胞色素BC1合成蛋白(BCS1;细胞壁相关激酶(WAK;与生物胁迫相关的DMP400053153)在所有时间点都上调,除了与非生物胁迫相关的转录物,如乙烯反应性转录共激活物(DMP400051868)、ZPT2-13(DMP400027219)和盐反应蛋白(DMP40000646)(附加文件GydF4y2Ba3.GydF4y2Ba:表S1)。GydF4y2Ba

图4GydF4y2Ba
装具GydF4y2Ba

基因本体(GO)分析。GydF4y2Ba基于在所有时间点表达的转录本之间确定的语义相似性的丰富GO术语聚类GydF4y2Ba(一种)GydF4y2Ba,表示过程和相关的示例转录本(括号中)在每个时间点受到显著调控GydF4y2Ba(二)GydF4y2Ba.GydF4y2Ba

除影响初级和次级代谢相关的过程外,亚磷酸盐对应激途径有复杂的影响GydF4y2Ba

在3小时对差异表达的转录本进行GO分析,确定了与生物和非生物胁迫相关的富集的GO术语(图)GydF4y2Ba4.GydF4y2BaB,额外的文件GydF4y2Ba4.GydF4y2Ba:图S3)。在此时间点观察到编码抗坏血酸氧化酶(DMP400009720),细胞壁过氧化物酶(DMP400026523)和苯基氨裂解酶(PAL; DMP400037388)的防御相关转录物表达的增加。还诱导了编码盐响应蛋白2(DMP400000646),早期反应与脱水相关的脱水7(ERD 7; DMP400010986)的非生物胁迫响应转录物,以及转录因子ZPT2-13(DMP400027220)。代替授予涉及组织类固醇引起感知的细胞壁生物合成和丝氨酸生物合成和丝氨酸/苏氨酸 - 蛋白激酶Bri1(DMP400033050)的葡聚糖endo-1,3-β-葡糖苷酶(DMP400036382)的转录物被抑制。除了防御过程的激活外,6小时的差异表达转录物的分析显示脂蛋白,氨基酸生物合成和多糖代谢的显着变化(图GydF4y2Ba4.GydF4y2BaB,额外的文件GydF4y2Ba4.GydF4y2Ba:图S3)。我们观察到一个中性转化酶(DMP400023171)转录本的表达增加,该转录本参与蔗糖分解和磷脂酶PLDb1 (DMP400039419)参与细胞壁磷脂生物合成。编码替代氧化酶(DMP400013470)、柠檬酸合成酶(DMP400023850)、苹果酸酶(DMP400004672)和磷酸果糖激酶(DMP400030437)的基因也显著上调,这些基因均已被证明参与应激和初级代谢。在氨基酸代谢途径如色氨酸合酶(DMP400019982)和络合物合酶(DMP400042200)的转录本中也观察到显著的上调。叶绿体-6脂肪酸去饱和酶(DMP400019659)与脂质代谢、磷脂酰肌醇-4-磷酸激酶(PIP;与细胞壁生物合成相关的纤维素合酶(DMP400032031)和纤维素合酶(DMP400007078)均受到抑制。对11小时差异表达的转录本的分析表明,除了应激反应的激活,亚磷酸酯也对细胞壁相关过程有影响(图)GydF4y2Ba4.GydF4y2BaB,额外的文件GydF4y2Ba4.GydF4y2Ba:图S3)。对UDP-葡糖基转移酶(DMP400021191),谷胱甘肽S转移酶(DMP400003866),脂肪酸去饱和酶(DMP400041239)和LINALOOL合酶(DMP400048541)进行了应激相关转录物。此外,本体论诸如响应化学刺激(GO:0042221)的响应,富集对环戊烯酮(GO:0010583)和对压力的反应(GO:0006950)。Interestingly, numerous transcripts associated with cell wall related processes were repressed, e.g., pectinesterase (DMP400009250), polygalactouranase (DMP400023907), glycine rich cell wall protein (DMP400050455), chitin binding lectin (DMP400055565) and β-1-3 glucan synthase (DMP400049943). In coherence with this, GO terms such as cell wall modification (GO: 0042545), phosphatidylinositol 3-kinase activity (GO: 0035004) and external encapsulating structure (GO: 0030312) were significantly enriched for the repressed transcripts at 11 h after phosphite treatment (Figure4.GydF4y2BaB,额外的文件GydF4y2Ba4.GydF4y2Ba:图S3)。GydF4y2Ba

亚磷酸盐具有与叶片转录组上巴巴类似的效果GydF4y2Ba

在亚磷酸和用10 mM BABA处理后48小时之间观察到差异表达基因的大量重叠(图1)GydF4y2Ba5.GydF4y2Ba;[GydF4y2Ba28GydF4y2Ba]). 超过300个GO术语在治疗3小时后的BABA和亚磷酸钠共有的转录物中显著富集(附加文件GydF4y2Ba5.GydF4y2Ba:表S2)。对于两种治疗,众多应力和防御相关转录诸如茉莉唑域蛋白1(DMP400005280),壁蛋白(DMP400007586),壁相关激酶(DMP400010164)是常见的。除了大重叠之外,观察到受巴巴和亚磷酸盐影响的转录物的表达水平的高相关(图GydF4y2Ba5.GydF4y2Ba).GydF4y2Ba

图5GydF4y2Ba
figure5GydF4y2Ba

磷酸盐 - 巴巴比较。GydF4y2Ba散点图显示了BABA处理48小时后和亚磷酸盐(Proalexin)处理3、6和11小时后转录本表达水平的相关性。GydF4y2Ba

从微阵列实验中获得的转录组分析(PCA)与马铃薯克隆的微阵列实验,无论是易感还是抵抗GydF4y2Bap . 5GydF4y2Ba(阿里GydF4y2Ba等。GydF4y2Ba提交)显示亚磷酸盐响应转录组聚集到贝巴比贝巴比未染色的晚期抗抗性马铃薯克隆(CV.SARPO MIRA和CV。SW93-1015)或未感染易感克隆(CV.DES;附加文件GydF4y2Ba6.GydF4y2Ba:图S4)。这表明,亚磷酸盐处理在转录组水平上引发了类似于BABA处理的诱导抗性反应。GydF4y2Ba

参与细胞壁相关过程和防御的分泌蛋白在处理48h后数量不同GydF4y2Ba

由于从24小时和向后观察到基因表达的重大变化,我们决定在稍后的时间点探讨48小时,以了解基因表达的明显变化在蛋白质水平上是否持续存在。我们检测到总共67个蛋白质,具有显着不同的丰度,而仅抑制了4种蛋白质(表GydF4y2Ba1GydF4y2Ba).MAPMAN可视化显示与细胞壁和应力相关过程相关的蛋白质增加了丰富的增加(附加文件GydF4y2Ba7.GydF4y2Ba:图S5)。蛋白质如陶瓷酶(DMP400007784),天冬氨酸蛋白酶Nepentesin-1(DMP400009572),β-D-葡聚糖eXoOfdrolase(DMP400010541),α-半乳糖苷酶(DMP400018078),甘露糖结合凝集素(DMP400012540),Fasciclin样阿拉伯酰胺蛋白13(DMP400022582)观察到在丰度中显着变化(表GydF4y2Ba1GydF4y2Ba).在应激相关蛋白质如Kunitz胰蛋白酶抑制剂(DMP400046981),过氧化物酶(DMP400043335),多肢乳糖酶抑制蛋白(DMP400014905)和III类过氧化物酶(DMP400046178)中,也观察到显着变化。在该分泌的级分中鉴定的20种蛋白质也被观察到在巴巴治疗后48小时的丰度变化[GydF4y2Ba28GydF4y2Ba].在蛋白质中鉴定在蛋白质和亚磷酸盐处理后,在蛋白质中鉴定了至少3个编码几丁酶(DMP400002757,DMP400015232和DMP400015454)的蛋白质。然而,巴巴诱导的PR1未被认为是亚磷矿诱导的。GydF4y2Ba

表1GydF4y2Ba分泌的蛋白质在亚磷酸盐处理后48小时变化GydF4y2Ba

亚磷酸处理的茉莉酸和水杨酸马铃薯转基因也有类似的保护作用GydF4y2Ba

为了测试亚磷酸介导的诱导抗性是否依赖于SA,如Massoud等人先前所示[GydF4y2Ba22GydF4y2Ba在拟南芥中,进行了亚磷酸盐和水处理的转基因系中SA和JA激素信号传导的整个植物感染测定。症状的晚期枯萎病症状3,5和7天发布后感染表明,与水处理对照相比,亚磷酸盐赋予磷矿赋予保护,并且在亚磷酸盐处理的转基因中观察到亚磷酸盐处理的转基因系(图GydF4y2Ba6.GydF4y2Ba). 在未处理的植株中,SA信号受损的NahG系对SA的抗性较低GydF4y2Bap . 5GydF4y2Ba如前所述(图GydF4y2Ba6.GydF4y2Ba一种;[GydF4y2Ba29GydF4y2Ba]).GydF4y2Ba

图6GydF4y2Ba
figure6GydF4y2Ba

全厂GydF4y2Bap . 5GydF4y2Ba感染。GydF4y2Ba疾病进展(%感染)3,5和7天在水中感染后发芽GydF4y2Ba(一种)GydF4y2Ba和亚磷酸盐处理的水杨酸受损(NaHG),茉莉酸受损敲除(RNAi Aoc,RNAi OPR3和RNAi Coix5)和野生型(CV。Desiree)植物GydF4y2Ba(二)GydF4y2Ba.这里的数据对应于从3个生物重复中获得的平均值±SE。GydF4y2Ba

讨论GydF4y2Ba

亚磷酸盐在许多不同的植物病害系统中提供有效的病害保护。在本研究中,我们观察到对GydF4y2Bap . 5GydF4y2Ba在亚磷酸盐处理后3小时,抗性甚至在处理后第5天保持(图GydF4y2Ba1GydF4y2Ba).亚磷酸盐处理伴随着数百种转录物的改变。本研究表明,首次表明大量亚磷酸盐诱导的转录组变化迅速发生并导致早期和持续的保护。有趣的是,在治疗后3小时内未直接暴露于亚磷酸盐的经处理植物的部分中检测到亚磷酸盐(图GydF4y2Ba2GydF4y2BaA),表明植物内部分子的瞬时流动性。然而,未直接经亚磷酸盐处理的叶片缺乏亚磷酸盐诱导的保护作用(图GydF4y2Ba1GydF4y2Ba),表明亚磷酸盐治疗导致局部抗性,并在马铃薯中预先裂缝。这GydF4y2Ba在车前GydF4y2Ba观察到亚磷矿的迁移性与Borza等人的最近的研究一致。[GydF4y2Ba26GydF4y2Ba),他报告了在田间种植的土豆中,亚磷酸盐从叶子到块茎的活跃转移。GydF4y2Ba

以前的研究表明,亚磷酸盐的存在会影响磷脂感应,摄取和代谢,特别是当植物在低磷酸盐条件下生长[GydF4y2Ba19.GydF4y2Ba]、[GydF4y2Ba21GydF4y2Ba]、[GydF4y2Ba30GydF4y2Ba] - [GydF4y2Ba33GydF4y2Ba].然而,在我们的研究中,在亚磷酸盐处理5天内,磷酸盐水平没有明显的差异,磷酸盐水平一直高于亚磷酸盐(图GydF4y2Ba2GydF4y2Bab)表明亚磷酸盐不会随着我们的施肥制度改变植物的磷酸盐地位,并且这并不是抵抗力增加背后的可能性。GydF4y2Ba

亚磷酸盐也被称为直接毒性GydF4y2Bap . 5GydF4y2Ba[GydF4y2Ba11.GydF4y2Ba]、[GydF4y2Ba13.GydF4y2Ba]取决于所用的浓度[GydF4y2Ba12.GydF4y2Ba]、[GydF4y2Ba22GydF4y2Ba]. 在田间应用中,亚磷酸酯分子既是植物抗性的诱导剂,又对卵菌有直接的毒性作用,这可能是其高效性的原因。我们在田间研究中使用了推荐的亚磷酸酯浓度,该浓度也显著降低了马铃薯晚疫病的发病率(Liljeroth等人,未发表的数据)。尽管在亚磷酸处理的传单上观察到“hR样”症状7 dpi(附加文件GydF4y2Ba1GydF4y2Ba:图S1a),仍可能有亚磷酸根的直接毒性作用。考虑到这一点,我们开始测试传单表面的亚磷酸盐是否会直接影响GydF4y2Bap . 5GydF4y2Ba感染前洗涤亚磷酸盐处理的叶子感染。这些“洗涤”叶片显示出与处理的小叶相同的抗性水平(图GydF4y2Ba1GydF4y2Ba),表明在叶面之间的直接相互作用GydF4y2Bap . 5GydF4y2Ba亚磷酸根对抗性无明显影响。此外,亚磷酸钾会引起酸化(在我们的案例中是pH5.2),而外部酸化到pH4.5之前已经被证明会改变细胞中数百个基因的表达GydF4y2Ba拟南芥GydF4y2Ba[GydF4y2Ba34GydF4y2Ba]. 因此,我们测试了叶面喷施酸化自来水(pH5.2)是否会引起酸介导的胁迫,从而增强保护作用。然而,这种治疗没有观察到耐药性增加(补充资料)GydF4y2Ba1GydF4y2Ba:图S1b)和微阵列分析未显示与在酸化水处理后的两个时间点的控制相比的基因表达的变化。这表明亚磷酸盐介导的保护不能归因于其在叶片表面或其酸化性上的存在。我们还可以测量“覆盖的叶子”中的磷矿,而不会免受任何保护GydF4y2Bap . 5GydF4y2Ba,表明我们的实验中的强烈直接毒性效应不在比赛中。GydF4y2Ba

Machinandiarena等人[GydF4y2Ba16.GydF4y2Ba和Massoud等人[GydF4y2Ba22GydF4y2Ba]在亚磷酸处理72小时后,首先研究了一个较小的防御相关基因选择,然后没有观察到任何明显的基因诱导。这与我们的观察结果一致,我们只在早期时间点检测到转录组的显著变化,但在48小时检测到一个转录组除外。在一项前期研究中,亚磷酸铝化合物Aliette在48小时时证实了转录组没有变化(数据未显示)。在一项针对可溶性蛋白质的蛋白质组学研究中,Lim等人[GydF4y2Ba24GydF4y2Ba)发现,经过亚磷酸盐处理后,马铃薯中大量蛋白质的丰度发生了显著变化。然而,感染亚磷酸盐处理后的叶片与GydF4y2Bap . 5GydF4y2Ba与感染对照组相比,只有4种防御相关蛋白的丰度发生了显著变化,这使得他们假设亚磷酸酯在病原菌接种前诱导防御的预激活。事实上,这里的转录组数据分析显示亚磷酸对转录组有早期和短暂的影响,在治疗后24小时已经消失。我们的分泌数据也支持亚磷酸处理的强大效果。GydF4y2Ba

亚磷酸处理3小时后对成百上千个受影响的转录组的快速影响包括与生物和非生物应激反应相关的基因的激活(图1)GydF4y2Ba4.GydF4y2BaB,额外的文件GydF4y2Ba4.GydF4y2Ba:图S3)。在与SA合成相关的植物病原体相互作用研究中,转录PAL的转录物编码PAL的经典标志物被观察到上调超过10倍。诱导BCS1和NDR1和SA介导的免疫相关[GydF4y2Ba35GydF4y2Ba] - [GydF4y2Ba37GydF4y2Ba]. 特别令人感兴趣的是细胞壁相关激酶(WAK)转录物的表达增加,因为WAK先前在病原体和创伤诱导的细胞壁损伤期间参与介导防御反应[GydF4y2Ba38GydF4y2Ba].大量的非生物应激应答转录本也显著上调。例如,多个属于C2H2型转录因子家族的ZPT2-13转录本,它们与拟南芥ZAT转录因子具有高序列同源性,这些转录因子已被证明在响应非生物胁迫时被诱导[GydF4y2Ba39GydF4y2Ba].GydF4y2Ba

除了应激反应的激活外,在亚磷酸处理6小时后还观察到与初级代谢相关的转录物的显著变化(图1)GydF4y2Ba4.GydF4y2BaB,额外的文件GydF4y2Ba4.GydF4y2Ba:图S3)。初级代谢过程的重新编程是植物应激响应的标志之一,示例了所知的中性转化酶的诱导,其已知在不相容的相互作用期间快速诱导[GydF4y2Ba40GydF4y2Ba]. TCA循环相关酶如苹果酸酶和柠檬酸合成酶的表达也增加,这是代谢相关防御反应增强的另一个迹象[GydF4y2Ba40GydF4y2Ba]. 经不同诱导剂处理后,马铃薯叶片中的果糖二磷酸醛缩酶转录物上调,并且这种蛋白的丰度增加[GydF4y2Ba41GydF4y2Ba].相反,Lim等人[GydF4y2Ba24GydF4y2Ba]通过定量蛋白质组学研究发现,亚磷酸盐处理后马铃薯叶片中该蛋白质的丰度降低。此外,他们观察到蔗糖合酶和其他与碳固定、碳水化合物代谢和能量生产相关的蛋白质丰度下降,而我们观察到在亚磷酸盐处理6小时后蔗糖合酶转录产物的诱导,通常看到与这些过程相关的转录产物的上调。这些观察的差异可能是由于转录和蛋白调控的差异,但也由于实验设置的差异;在Lim等人的研究中[GydF4y2Ba24GydF4y2Ba最后一次施用3天后,在连续5次施用亚磷酸盐后采集大田生长的样品。在我们的转录组学研究中,取样时间的影响也很明显,因为与6小时获得的样本相比,在处理后11小时观察到代谢相关过程的显著抑制(额外文件GydF4y2Ba8.GydF4y2Ba:图S6)。此外,我们还观察到治疗后48小时内分泌蛋白水平的变化。GydF4y2Ba

观察到编码ω-6脂肪酸去饱和酶的转录物的表达增加,表明亚磷酸盐处理后的防御反应提高。这些基因已被证明在兼容的马铃薯期间被压抑GydF4y2Bap . 5GydF4y2Ba相互作用(GydF4y2Ba42GydF4y2Ba]. 还观察到与细胞壁相关过程相关的转录物的变化(图1)GydF4y2Ba4.GydF4y2BaB),例如涉及纤维素生物合成的udp形成纤维素合成酶。对拟南芥纤维素合酶同源基因(IRX5, IRX3和IRX1)的敲除已经证明可以授予SA, JA和乙烯独立抗性GydF4y2BaRalstonia solanaceareumGydF4y2Ba和GydF4y2BaPlectospharella cucmerinaGydF4y2Ba[GydF4y2Ba43GydF4y2Ba].以前,Yaeno等人。[GydF4y2Ba44GydF4y2Ba的致病菌Avr3aGydF4y2Ba辣椒疫霉GydF4y2Ba需要宿主PIP激酶稳定并导致细胞死亡GydF4y2Ba在车前GydF4y2Ba提示PIP可能是一种易感因子,其下调可能在早期亚磷酸盐介导的诱导抗性中发挥作用。事实上,在这项研究中,与各种细胞壁相关过程相关的PIP激酶在亚磷酸盐处理后6和11小时均受到抑制。GydF4y2Ba

在亚磷酸盐处理11小时后,观察到对几种细胞壁修饰过程的显著影响(图GydF4y2Ba4.GydF4y2BaB,额外的文件GydF4y2Ba4.GydF4y2Ba:图S3)。通过对不同胁迫和化学处理下获得的拟南芥微阵列数据进行聚类分析,Ma等[GydF4y2Ba45GydF4y2Ba)观察到细胞壁修饰过程的过度表达与下调的基因集群。在细胞壁相关转录本中,β-1,3-葡聚糖合酶的抑制与胼胝质的生物合成有关。先前的研究表明,胼胝质的形成可以通过物理隔离病原体侵入部位来负向调节sa介导的应答[GydF4y2Ba46GydF4y2Ba]、[GydF4y2Ba47GydF4y2Ba].GydF4y2Ba

由于从24小时并向上观察到基因表达的重大变化,我们决定在稍后的时间点探讨秘密,以了解基因表达的明显变化是否在蛋白质水平上持续存在。63分泌后的蛋白质在丰度中改变,表明与基因表达相比蛋白质丰度的长时间变化。GydF4y2Ba在Silico.GydF4y2Ba对这些分泌蛋白的功能分析显示,与细胞壁和防御过程相关的蛋白丰度增加GydF4y2Ba7.GydF4y2Ba:图S5)。例如,天冬氨酸蛋白酶猪笼素-1(表GydF4y2Ba1GydF4y2Ba发现亚磷酸盐处理后的丰富增加。许多分泌的天冬氨酸蛋白酶如本组成型疾病抗性1(CDR1),先前已涉及增强拟南芥的抗性[GydF4y2Ba48GydF4y2Ba].甘露糖结合章节(表GydF4y2Ba1GydF4y2Ba)的数量也显著增加。通过帮助识别细菌和真菌表面的特定糖缀合物,这些已被证明在植物病原体相互作用中发挥了关键作用[GydF4y2Ba49GydF4y2Ba].此外,一种抑制蛋白质,一种具有良好记录的植物防御作用的细胞壁抑制蛋白,并且如果已被证明在病原体感染之前改变细胞壁性质,则丰度增加[GydF4y2Ba50GydF4y2Ba]、[GydF4y2Ba51GydF4y2Ba),进一步说明亚磷酸酯对后期防御和细胞壁相关蛋白的作用。总共有20种蛋白质在亚磷酸盐处理后发生了大量的变化,在BABA处理后也发生了变化。编码几丁质酶的蛋白质是致病相关蛋白的成员,并在对生物和非生物应激的响应中产生[GydF4y2Ba52GydF4y2Ba在这些蛋白质中鉴定出来。这可能表明亚磷矿化合物的高效抗真菌活性的原因如deliopoulos等。[GydF4y2Ba53GydF4y2Ba]真菌细胞壁主要由几丁质组成。GydF4y2Ba

Massoud等人[GydF4y2Ba22GydF4y2Ba]此前表现出SA途径在用oomycete感染亚霉素治疗拟南芥时所描述的“灌注”的重要性GydF4y2BaHyaloperonospora arabidopsidisGydF4y2Ba.相反,我们在SA和JA信号通路受损的转基因系上观察到类似的保护作用,这表明在亚磷酸盐处理后,SA和JA通过互补作用介导诱导抗性反应,或者诱导抗性反应是SA和JA独立的(图)GydF4y2Ba6.GydF4y2Ba).我们观察到与JA-和SA - 代谢和信号传导相关的转录物中的表达,例如参与JA生物合成和苯丙氨酸氨酶和苯丙氨酸氨 - 溶酶和植物缺乏4-2蛋白的联合烯氧化物合酶和12-氧代磷酸二烯酸盐还原酶3和信令(附加文件GydF4y2Ba9.GydF4y2Ba:表S3),指出SA和JA在亚磷酸盐介导的反应中的重要性。GydF4y2Ba

令人惊讶的是,亚磷酸盐和巴巴诱导的转录物中〜40%重叠[GydF4y2Ba28GydF4y2Ba),从芯片数据的大规模聚类分析中也观察到类似的趋势,即亚磷酸酯对转录组聚类的影响更接近于BABA,而不是对晚疫病抗性的马铃薯株系(附加文件GydF4y2Ba6.GydF4y2Ba:图S4)。有趣的是,我们在BABA治疗后观察到PR1的显著诱导[GydF4y2Ba9.GydF4y2Ba],尽管批准的保护水平相比,磷矿治疗后未诱导PR1转录物GydF4y2Bap . 5GydF4y2Ba.GydF4y2Ba

结论GydF4y2Ba

这是在病原体感染之前亚磷酸盐处理叶片后转录组和蛋白质组学变化的第一次详细研究。似乎通过亚磷酸盐处理迅速诱导多种防御途径,导致防御的高度防御导致局部组织病原体感染后的抗性。我们的结果还表明亚磷酸酯处理影响初级代谢和细胞壁相关的代谢过程,以及对这些过程的详细研究,例如,细胞壁组成和结构的研究将加深对亚磷酸盐介导的诱导抗性的理解。最近,制备以亚磷酸盐源制造用于使用磷矿的拟南芥植物,以便在低磷酸盐环境中超越杂草[GydF4y2Ba54GydF4y2Ba].此外,亚磷酸盐或亚磷酸酯和杀菌剂的组合也已被证明在葡萄园中单独昂贵的霉菌疾病管理相对不那么昂贵的杀菌剂[GydF4y2Ba55GydF4y2Ba]. 未来的农业系统使用相对便宜的亚磷酸酯作为磷源将有额外的好处,因为亚磷酸酯可以减少卵菌和其他植物病原体的传播,因为它会触发植物的固有免疫系统。我们和其他人进行的研究也表明,在各种植物保护策略中使用亚磷酸盐类有好处,提高对亚磷酸盐类诱导抗性的理解有助于扩大其用途。GydF4y2Ba

方法GydF4y2Ba

植物材料GydF4y2Ba

Solanum Tuberosum.GydF4y2Ba简历。Desiree在3.5升的培养皿中,在气候室中培养4-5周,光照16小时,暗照8小时,温度22°C。植物叶面喷洒40毫升自来水(对照)或40毫升1.25%(v/v)的前补体(LMI AB,瑞典赫尔辛堡),根据制造商的建议,在相当于36毫米亚磷酸根的自来水中稀释。取样时间分别为3、6、11、24、48和120小时。为了证明亚磷酸根在植物中的再分配和可能的系统性抗性效应,用透明塑料袋覆盖亚磷酸根处理过的植物的两片叶片,以防止其在抗氧化酶原处理过程中发生变化,称之为“覆盖叶片”。为了测试Proalexin的酸性是否能触发诱导抗性,用盐酸(HCl)调节酸性自来水(相当于最终Proalexin溶液的pH值)喷洒植物。为了去除叶片表面的前补体素,在自来水中清洗经前补体素处理的植株,然后在收获前让其干燥至少5小时。在6、11、24和120小时的时间点,对分离的小叶进行取样,并测定所谓的“清洗”小叶的亚磷酸盐水平。每个治疗在每个时间点进行三次生物复制。对于分离的小叶分析,从每个复制品中取样四个小叶,同时从每个复制品中取样并汇集三个小叶用于RNA提取。从每个复制品中收集5张小叶,得到分泌蛋白组分或分泌体。从每个复制品中收集6张小叶用于磷酸盐和亚磷酸盐测量。GydF4y2Ba

转基因级[GydF4y2Ba56GydF4y2Ba]、[GydF4y2Ba57GydF4y2Ba[1]用相同的方法培养了allene氧化酶环化酶基因(AOCZ4)、12-氧植二烯酸还原酶3基因(OPR3A5、OPR3Z2)和冠状病毒不敏感基因(COIX5)。拿破仑情史)。GydF4y2Ba

P. infestans感染测定GydF4y2Ba

p . 5GydF4y2Ba菌株88069(由兰宁大学的群蛙提供,Wageningen大学)用于分离的宣传叶和全植物感染测定,如Ali,等。[GydF4y2Ba58GydF4y2Ba].离体叶片试验中,在小叶背面发现2滴20 μl(15000游动孢子/ml)滴液。分离小叶试验的损伤大小在接种7天后测量。在全株侵染试验中,比较亚磷酸处理的转基因株系与背景对照(cv。Desiree),用自来水或36mm Proalexin喷洒植物,24小时后用含有15,000个游动孢子/ml的溶液喷洒植物。感染率以感染叶面积百分率直观评分。GydF4y2Ba

亚磷酸盐和磷酸盐测量GydF4y2Ba

对于3,6,24和120h的时间点,用1:10质量:使用组织溶剂筛的体积比从约40mg冷冻干燥的叶片组织中从约40mg冷冻干燥的叶组织中提取磷酸盐和亚磷酸盐(Qiagen Australia Pty。Ltd.,Doncaster,Australia)在25 Hz处为1分钟。通过以14,000离心清除裂解物后GydF4y2BaGGydF4y2Ba并在4℃下保持15分钟,如所述对上清液进行磷酸盐和亚磷酸盐的测定[GydF4y2Ba59GydF4y2Ba]、[GydF4y2Ba60GydF4y2Ba].使用Anova(一般线性模型)测定亚磷酸盐和磷酸盐水平之间的统计学显着差异,叶片样品型(亚磷酸盐处理/“覆盖物”/“洗涤”)和时间点作为Minitab 16的固定因子。GydF4y2Ba

RNA提取,微阵列分析和QPCR验证GydF4y2Ba

根据制造商的说明,用Qiagen RNeasy迷你试剂盒(Qiagen, Hilden, Germany)分离RNA。RNA质量在Nanodrop分光光度计(Thermo, Saveen Werner, Malmö, Sweden)上测定,完整性在进一步分析之前在BioRad Experion (BioRad, Herecules, CA)上测试。对于mRNA表达分析,一个定制的表达阵列(安捷伦JHIGydF4y2BaSolanum Tuberosum.GydF4y2Ba基于预测的成绩单60 k v1)GydF4y2BaSolanum Phureja.GydF4y2Ba基因组(版本3.4)根据供应商的(Agilent)指示运行。ArrayExpress(A-MEXP-2272)中提供完整的微阵列设计。GydF4y2Ba

使用Limma R-package(Smyth,Gordon K。2004). 通过对每个基因拟合线性模型得到折叠变化和标准差,并用经验贝叶斯平滑标准差。p<0.05(经Benjamini-Hochberg校正)的基因被认为具有统计学意义。微阵列数据保存在ArrayExpress数据库(登录号E-MTAB-2243)。维恩图是用BioVenn绘制的[GydF4y2Ba61GydF4y2Ba]. 利用OrthoMCL的并行版本对26个植物基因组进行聚类,构建了探针的基因本体(GO)术语[GydF4y2Ba28GydF4y2Ba].使用发球期进行富集富集[GydF4y2Ba62GydF4y2Ba]基因本体(GO)术语(Genjamini-yekutieli调整)被认为是显着浓缩的,从revigo创建了显着丰富的术语清单的群集[GydF4y2Ba27GydF4y2Ba]使用默认语义集群设置(SimRel allowed similarity=0.7)。细胞景观(v 2.8.3)[GydF4y2Ba63GydF4y2Ba]用于氧化石墨烯术语簇的可视化。使用Qlucore组学explorer v 2.2 (Qlucore AB, Lund, Sweden),方差滤波器调整至0.25,对Agilent JHI Solanum tuberosum 60 k v1芯片在10 mM BABA中产生的基因表达数据进行无监督主成分分析。拿破仑情史;[GydF4y2Ba28GydF4y2Ba]),未经感染的晚期抗抗性克隆(CV.SARPO MIRA和SW93-1015),未感染的晚期枯萎易感品种(CV。DESIREE)[GydF4y2Ba64GydF4y2Ba]完成了。采用线性回归模型比较10 mM BABA处理后48 h和前补体处理后3、6和11 h显著差异表达转录物的表达水平。GydF4y2Ba

采用qPCR检测8个基因StPEN1、StAOS、StFAD3、StMLO1、StWRKY8、StLX-3R、StWRKY1、StNOD084的表达水平。引物在引物3的帮助下设计[GydF4y2Ba65GydF4y2Ba]根据包括预测熔化温度57-62°C、引物长度18-24核苷酸、产物大小100-250碱基对(bp)和GC含量30-70%的标准。引物序列在附加文件中给出GydF4y2Ba10.GydF4y2Ba:表S4。为了cDNA合成,使用SuperScript®III逆转录酶将500ng总RNA转录为cDNA,包括根据制造商的协议(InvitroGen)使用RNase H降解。qPCR使用CFX96 (ABI),使用Power SYBR®Master Mix (InvitroGen)进行,PCR周期按照制造商的建议进行。采用比较CT方法对转录本进行相对定量[GydF4y2Ba66GydF4y2Ba].微阵列与qPCR的一致性较高(R = 0.9;额外的文件GydF4y2Ba8.GydF4y2Ba:图S6)。GydF4y2Ba

分泌蛋白的分离和质谱分析GydF4y2Ba

根据先前描述的方案,使用磷酸盐缓冲盐水真空渗透进行分泌物组分离[GydF4y2Ba58GydF4y2Ba].将分泌的蛋白质分数溶解在含有DTT的6倍SDS-PAGE缓冲液中,并在95℃下变性3分钟。将每个汇集的样品(30μl)加载到聚丙烯酰胺凝胶上并用SDS-PAGE分离2°CM。用Coomassie染色后,将每个样品的凝胶泳道切成约1mmGydF4y2Ba2GydF4y2Ba件。然后通过孵育(修饰的测序等级; Promega,Madison,Wi,USA)进行凝胶胰蛋白酶消化,在37°C下过夜。在50-80%的乙腈中萃取肽,并在真空下使用离心来抑制过量的乙腈。使用超微旋转柱(Nest Group)进行脱盐。GydF4y2Ba

LC-MS / MS分析是用具有Eksigent Nano-LC系统(Eksigent Technologies,Dublin,CA,USA)的LTQ orbitrap XL ETD进行。将5μL样品注入并以300nl / min的流速分离,梯度90分钟。在数据依赖模式下选择四个最强烈的离子,并在线性离子阱中碎片,设置为Ali等。[GydF4y2Ba58GydF4y2Ba].文件被转换为mzml [GydF4y2Ba67GydF4y2Ba]和吉祥物通用格式(MGF),使用ProteoWizard [GydF4y2Ba68GydF4y2Ba,并上传至Proteios软件环境,散文[GydF4y2Ba69GydF4y2Ba].MGF文件用于MS / MS标识和使用MSINSPECT的特征检测的MZML文件[GydF4y2Ba70GydF4y2Ba]. 对吉祥物进行肽和蛋白质鉴定(GydF4y2Bahttp://www.matrixscience.comGydF4y2Ba)和X !串联(GydF4y2Bahttp://thegpm.org/tandem/GydF4y2Ba)在数据库中,由Uniprot中的所有茄属蛋白组成(GydF4y2Bahttp://www.uniprot.orgGydF4y2Ba)来自马铃薯基因组项目的所有注释的蛋白质[GydF4y2Ba71GydF4y2Ba],用相等量的诱饵(逆序列)蛋白延伸,用于假发现率(FDR)估计。将MS质量耐受设定为5ppm,MS / MS片段耐受性为0.5 da,允许一个潜在的错过裂解。将半胱氨酸氨基甲酰化被设定为固定和甲硫氨酸氧化,作为可变改性。组合搜查的肽截止设置为如前所述的1%的FDR率[GydF4y2Ba72GydF4y2Ba]在散文中[GydF4y2Ba69GydF4y2Ba].使用基于前体强度的策略对肽进行无标记定量[GydF4y2Ba73GydF4y2Ba]. 为了量化可能的肽,msInspect[GydF4y2Ba70GydF4y2Ba]使用默认设置从散文执行特征检测。该特征与MS / MS标识匹配,保留时间容限为0.2分钟,并且M / Z容差为0.005Da,以及相同的电荷和LC-MS / MS运行的要求。使用Sandin等人描述的内置算法在ProSe中进行LC-MS / MS运行之间的肽特征的对准。[GydF4y2Ba74GydF4y2Ba].导出运行之间对应的功能的报告以进行进一步分析。蛋白质组学数据以项目加入为普遍存在:PXD001031。GydF4y2Ba

Secretome数据分析GydF4y2Ba

选择具有FDR <0.01的肽以进一步分析。对于归一化,我们使用了在Danter(v0.2)中的特征MS方法,该方法使用特征值来查找归一化数据中的趋势[GydF4y2Ba75GydF4y2Ba]、[GydF4y2Ba76GydF4y2Ba].在DanteR中,数据被过滤,缺失值被输入,并且像以前一样在肽水平上进行方差分析。经benjami - hochberg调整,选择p < 0.05的差异表达肽进行进一步分析。计算了与相同蛋白质相关的多肽的中位数倍变化。使用MapMan对已鉴定的蛋白进行功能分析[GydF4y2Ba77GydF4y2Ba]. 用signalp4.1预测信号序列[GydF4y2Ba78GydF4y2Ba使用默认参数。GydF4y2Ba

支持数据的可用性GydF4y2Ba

微阵列数据存放在ArrayExpress中,登录号:E-MTAB-2243。蛋白质组学数据以项目加入为普遍存在:PXD001031。GydF4y2Ba

附加文件GydF4y2Ba

缩写GydF4y2Ba

爸爸:GydF4y2Ba

β-氨基丁酸GydF4y2Ba

BTH公司:GydF4y2Ba

S-methyl酯GydF4y2Ba

南非:GydF4y2Ba

水杨酸GydF4y2Ba

JA:GydF4y2Ba

茉莉酸GydF4y2Ba

ROS:GydF4y2Ba

活性氧GydF4y2Ba

“HR类似”:GydF4y2Ba

过敏的反应如GydF4y2Ba

FW:GydF4y2Ba

鲜重GydF4y2Ba

Pen1:GydF4y2Ba

五环三萜烯合酶GydF4y2Ba

NDR1 / NHL25:GydF4y2Ba

非种族特异性抗病GydF4y2Ba

BCS1:GydF4y2Ba

细胞色素BC1合成蛋白GydF4y2Ba

朋友:GydF4y2Ba

苯基氨裂解酶GydF4y2Ba

ERD7:GydF4y2Ba

早期反应脱水7GydF4y2Ba

PIP:GydF4y2Ba

Phosphatidylinositol-4-phosphateGydF4y2Ba

主成分分析:GydF4y2Ba

主要成分分析GydF4y2Ba

PR1:GydF4y2Ba

发病机制敏感蛋白1GydF4y2Ba

AOC:GydF4y2Ba

联烯氧化酶环菌GydF4y2Ba

第3章:GydF4y2Ba

12-氧代二烯酸还原酶GydF4y2Ba

COI编号:GydF4y2Ba

不敏感冠状碱GydF4y2Ba

绿色荧光蛋白:GydF4y2Ba

绿色荧光蛋白GydF4y2Ba

方差分析:GydF4y2Ba

方差分析GydF4y2Ba

SDS-PAGE:GydF4y2Ba

十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳GydF4y2Ba

LTQ:GydF4y2Ba

线性陷阱quadropoleGydF4y2Ba

小姐:GydF4y2Ba

质谱GydF4y2Ba

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基因本体论GydF4y2Ba

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    文章GydF4y2Ba中科院GydF4y2BaPubMedGydF4y2Ba谷歌学术搜索GydF4y2Ba

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下载参考GydF4y2Ba

确认GydF4y2Ba

这项工作得到了瑞典战略研究基金会,Crafoord基金会,Mistra Biotech,瑞典研究理事会形式和澳大利亚研究理事会联动项目(LP0776252)及其合作伙伴。我们感谢Estelle Proux-Wéra(Plantlink)进行生物信息学支持。我们感谢Sabine Rosahl提供转基因马铃薯线,Francine Grovers致力于贡献GydF4y2Bap . 5GydF4y2BaQPCR底漆设计和MIA Mogren的穆斯特伦曼在实验室中提供极佳的援助。GydF4y2Ba

作者信息GydF4y2Ba

隶属关系GydF4y2Ba

作者GydF4y2Ba

通讯作者GydF4y2Ba

通信GydF4y2BaErik Alexandersson.GydF4y2Ba.GydF4y2Ba

额外的信息GydF4y2Ba

相互竞争的利益GydF4y2Ba

作者们宣称他们没有相互竞争的利益。GydF4y2Ba

作者的贡献GydF4y2Ba

DDB,EOA,EL,EA计划实验并写了这篇论文。OB进行了酶测定以测量亚磷矿。pH和JM进行了微阵列分析。SR和FL进行了蛋白质组学并帮助了分析。DDB和EOA进行了其他实验室实验,并进行了生物信息学分析。所有作者阅读并认可的终稿。GydF4y2Ba

电子辅料GydF4y2Ba

12870\ 2014\ 254\ MOESM1\ ESM.pptxGydF4y2Ba

附加文件1:图S1。:(一种)“HR like” symptoms observed at the site ofp . 5GydF4y2Ba亚磷酸处理的小叶(上面板)侵染,广泛产孢GydF4y2BaP. Infestans.GydF4y2Ba在离体小叶试验中观察水处理小叶(底部面板)7 dpi,(B)水喷雾(对照)和酸化水喷雾小叶的离体小叶试验(PPTX(2 MB)GydF4y2Ba

12870\ 2014\ 254\ MOESM2\ ESM.docxGydF4y2Ba

附加文件2:图S2。:Correlation between microarrays and qPCR for eight different genes specified in Additional file10.GydF4y2Ba:表S4。(DOCX 16 KB)GydF4y2Ba

12870 _2014_254_moesm3_esm.docxGydF4y2Ba

附加文件3:表S1.:The。亚磷酸诱导的转录物在治疗后3、6和11小时差异表达的“核心”列表(DOCX(28 KB)GydF4y2Ba

12870 _2014_254_moesm4_esm.pptxGydF4y2Ba

附加文件4:图S3。:Selection of significantly enriched gene ontology terms at each time point (Benjamini-Yekutieli adj. p-value <0.05). (PPTX 162 KB)

12870\ 2014\ 254\ MOESM5\ ESM.docxGydF4y2Ba

附加文件5:表S2:在治疗后,在处理和亚磷酸盐3小时后,通过巴巴48h调节的转录物中显着富集的基因本体论术语。(DocX 31 KB)GydF4y2Ba

12870_2014_254_moesm6_esm.pptx.GydF4y2Ba

附加文件6:图S4:从3个生物复制的转发组成分分析从3个生物学重复的巴巴治疗植物(CV.Desiree,10 mm Baba 48 H后治疗)称为巴巴,亚磷矿治疗植物(CV。Desiree,36MM亚磷酸酯)在亚磷酸盐处理后采样3(PHI3),6(PHI6)和11(PHI11)H,未感染的晚期抗抗性克隆[GydF4y2Ba58GydF4y2Ba] CV Sarpo Mira(SMC)和克隆SW93-1015(SWC)和未感染的晚期枯萎易感克隆CV。desiree(desc)。(PPTX 42 KB)GydF4y2Ba

12870\ 2014\ 254\ MOESM7\ ESM.pptxGydF4y2Ba

附加文件7:图S5:使用分泌蛋白质Mapman的功能分析,磷酸盐处理后48小时检测到的分泌蛋白质的Mapman [GydF4y2Ba77GydF4y2Ba].(PPTX 88 KB)GydF4y2Ba

12870 _2014_254_moesm8_esm.pptxGydF4y2Ba

附加文件8:图S6:Mapman在治疗后显着改变6和11小时的成绩单中代谢过程的可视化。(PPTX 209 KB)GydF4y2Ba

12870_2014_254_moesm9_esm.docx.GydF4y2Ba

附加文件9:表S3。:Significant differences observed in transcripts associated with salicylic and jasmonic acid pathways, the markers were selected as suggested in Studham, et al. [37GydF4y2Ba].(DOCX 20 KB)GydF4y2Ba

附加文件10:表S4.:qPCR的引物序列(DOCX(14 KB)GydF4y2Ba

作者为图片提交的原始文件GydF4y2Ba

权利和权限GydF4y2Ba

开放访问GydF4y2Ba本文是根据知识共享署名4.0国际许可证授权的,该许可证允许以任何媒体或格式使用、共享、改编、分发和复制,只要您给予原作者和来源适当的信任,提供到知识共享许可证的链接,并指出是否进行了更改。GydF4y2Ba

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Burra, d.d., Berkowitz, O., Hedley, P.E.GydF4y2Ba等。GydF4y2Ba磷酸酯诱导的转录组和分泌组的变化GydF4y2BaSolanum Tuberosum.GydF4y2Ba导致对GydF4y2Ba晚疫霉GydF4y2Ba.GydF4y2BaBMC植物杂志GydF4y2Ba14,GydF4y2Ba254(2014)。https://doi.org/10.1186/s12870-014-0254-Y.GydF4y2Ba

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关键词GydF4y2Ba

  • 亚磷矿GydF4y2Ba
  • 迟到了GydF4y2Ba
  • 晚疫霉GydF4y2Ba
  • 土豆GydF4y2Ba
  • 秘密GydF4y2Ba
  • 微阵列GydF4y2Ba
  • 诱导抗性GydF4y2Ba
  • 转基因线GydF4y2Ba