大豆根和大豆包囊线虫在抗性和敏感反应中的调控相互作用gydF4y2Ba

背景gydF4y2Ba

植物寄生线虫(ppn)是专性寄生虫，以活的寄主植物的根为食。通常，这些线虫能产下数百个卵，每一个都能在没有宿主的情况下存活长达12年之久。当涉及到对农业产量的破坏时，很少有线虫能与大豆囊肿线虫(SCN)相比。量化大豆(gydF4y2Ba大豆gydF4y2Ba)转录因子结合位点(transcription factor binding sites, TFBSs)在SCN抗性和易感反应的后期，可以揭示宿主和病原体之间的系统相互作用，从而阐明潜在的机制gydF4y2Ba独联体-gydF4y2Ba监管机制。gydF4y2Ba

结果gydF4y2Ba

在独立接种强毒SCN和非强毒SCN群体后的第6天和第8天，我们对大豆根系转录组进行了测序。基因如gydF4y2BaβgydF4y2Ba-1,4葡聚糖酶，Chalcone合酶，超氧化物歧化酶和各种热休克蛋白（HSP）表现出特异性的表达谱。还鉴定了几种可能的防御基因候选者，其被认为是赋予SCN抗性的。为了在SCN发病机制期间探讨TFBS表示的幅度，多变量统计软件识别46个过于代表的TFBS，其捕获两种反应的大豆调节动力学。gydF4y2Ba

结论gydF4y2Ba

我们的结果揭示了一组大豆TFBSs，它们在抗性和易感SCN反应中过度代表。这进一步加深了我们对大豆的认识gydF4y2Ba独联体gydF4y2Ba-通过在接种SCN (dai)后的6和8天提供反应特异性的过度代表水平来调控动态。gydF4y2Ba

专性寄生虫，如植物寄生线虫(PPNs)，以其抑制宿主防御机制和削弱许多农作物产量的能力而臭名昭著。这种破坏是由线虫效应蛋白严密协调的，它征用了寄主植物的代谢机制。大豆包囊线虫(SCN;gydF4y2Ba异皮线虫属甘氨酸gydF4y2Ba)．在全球范围内，由于SCN侵扰，每年减少约15亿美元的大豆产量[gydF4y2Ba1gydF4y2Ba]，[gydF4y2Ba2gydF4y2Ba]. 在对SCN敏感的大豆中，当雌性幼年2期（J2）线虫穿透宿主根时，这种破坏就开始了。J2效应蛋白被注射到根中，溶解植物细胞壁，并驱动形成一个代谢活跃的多核摄食位点，称为合胞体[gydF4y2Ba3.gydF4y2Ba］．新蜕皮的J3雄虫和雌虫从这个营养丰富的合胞体中取食，然后蜕皮成J4幼虫并交配[gydF4y2Ba4gydF4y2Ba］．交配后大约30天，一个由SCN卵组成的变硬的囊，即囊肿，肉眼可见。但在抗性反应中，由于J2线虫既不能形成营养丰富的合胞体，也不能进行交配，因此不可见包囊。因此，J2线虫饿死。gydF4y2Ba

随着下一代测序(NGS)现在成为转录组学的中心分析方法，整个转录组现在可以以前所未有的分辨率进行测序。受SCN侵扰的经济影响的推动，许多研究已经利用NGS分析对大豆转录组进行测序和量化[gydF4y2Ba5gydF4y2Ba] - [gydF4y2Ba8gydF4y2Ba］．gydF4y2Ba

在这项研究中，我们通过在大豆根部（北京式CV）上进行转录组和调节分析来扩展这些作品。我们在接种（DAI）后6和8天序列大豆根转录组和对比抗性和敏感的SCN反应。我们的研究结果揭示了抗辩反应基因候选者和潜在的监管“签名”，旨在在整个抗性和易感反应中捕获TFBS过度。gydF4y2Ba

Illumina测序和读取对齐gydF4y2Ba

将6代和8代大豆的根分别接种于两个SCN群体NH1-RHg(授予北京抗性反应;3种)和TN8(北京地区敏感反应;比赛14)。从未接种SCN的根中也创建了一个基线对照cDNA文库。使用Illumina TruSeq样品制备试剂盒制备RNA。在Illumina GAIIx上进行单端rna测序(RNA-Seq)，共产生3000万个80 bp长的reads。在所有的测序库中，质量评估减去10%-19%的reads，要么是污染序列，要么是低质量序列(表gydF4y2Ba1gydF4y2Ba)．使用BWA校准器[gydF4y2Ba9gydF4y2Ba]，质量读数与大豆转录组构建版本1.1对应[gydF4y2Ba10gydF4y2Ba］．读取与多个转录物的对齐并分配给具有最高质量分数的成绩单。总共59％至69％的质量评估读数映射到大豆转录组。gydF4y2Ba

SCN发病过程中的大豆转录本丰度和谱gydF4y2Ba

使用R包DESEQ进行差异表达测试[gydF4y2Ba11gydF4y2Ba］．大豆转录本的功能注释使用两个基因本体(GO) [gydF4y2Ba12.gydF4y2Ba]和PFAM[gydF4y2Ba13.gydF4y2Ba］．既折叠变化gydF4y2Ba日志gydF4y2Ba_2gydF4y2Ba在实验和未接种样本之间计算了表达谱的fold change (RPKM)。为了使大豆转录本差异表达(DE)，转录本必须有日志gydF4y2Ba_2gydF4y2Ba折叠变化大于或等于±1.0，并且在所有复制中至少有5个映射读取。在至少一个样本中，共有12377份大豆转录本被鉴定为DE(附加文件gydF4y2Ba1gydF4y2Ba)．为了传播植物病原体防御反应景观，我们挖掘了181个DE转录本子集，并根据它们的GO和PFAM功能注释进行分类(表gydF4y2Ba2gydF4y2Ba，附加文件gydF4y2Ba2gydF4y2Ba)．有趣的是，几乎所有这些注释分类都显示了诱导表达谱只针对抗性反应。比如，所有12份gydF4y2BaβgydF4y2Ba1、4-glucanase (gydF4y2BaβgydF4y2Ba–1,4–G）在整个抗性反应中普遍诱导，但在敏感反应中受到抑制。大量的研究揭示了一种致病性线虫不仅可以gydF4y2BaβgydF4y2Ba–1,4–葡聚糖酶，但其他纤维素酶可驱动线虫取食点的形成[gydF4y2Ba14.gydF4y2Ba] - [gydF4y2Ba16.gydF4y2Ba］．两个tucker等人。[gydF4y2Ba16.gydF4y2Ba]和Ibrahim等人。[gydF4y2Ba14.gydF4y2Ba通过使用高整个微阵列量化大豆转录组来量化这种破坏性征节能力。后一种研究，虽然检查大豆根结线虫相互作用，但揭示了细胞壁建模，防御反应和代谢，是致病性线虫感染后最受影响的宿主途径。编码异黄酮和黄酮类生物合成的临界基因如Chalcone合酶（CHS），Chalcone还原酶（Chl）和Chalcone异构酶（Chi）也表现出类似的诱导表达谱。还在抗性反应中诱导谷胱甘肽S转移酶（GST）基因。GST是一类参与导致异丙酸降解的反应的酶[gydF4y2Ba17.gydF4y2Ba]并且已被证明在SCN抗反应期间被诱导[gydF4y2Ba18.gydF4y2Ba] - [gydF4y2Ba20.gydF4y2Ba］．gydF4y2Ba

编码两个脂氧合酶（LOX）基因家族成员花生四烯酸8-脂氧合酶（A–8lox）的基因转录本；酶代码：1.13.11.40）和亚油酸13S脂氧合酶（L–13S LOX（LOX2）；EC:1.13.11.12）在6 dai和8 dai耐药反应中也被诱导。A–8 LOX在线虫反应中所起的作用尚未阐明，但在整个抗SCN反应中，通常都会诱导脂氧合酶[gydF4y2Ba21.gydF4y2Ba] - [gydF4y2Ba24.gydF4y2Ba］．这提出了A-8 LOX可能在SCN发病过程中被感知的推测。gydF4y2Ba

Ribonucleoside-diphosphate还原酶(RnDR;EC: 1.17.4.1)和蛋白质二硫异构酶(PDI;EC: 5.3.4.1)在抗性反应中被诱导。RnDR和PDI都是硫氧还蛋白，一种还原酶家族，已知在感知病原体时发挥防御反应作用[gydF4y2Ba25.gydF4y2Ba] - [gydF4y2Ba27.gydF4y2Ba］．人们对RnDR在SCN发病机制中的作用知之甚少，然而，早期的微阵列研究检测了生长素2,4-二氯苯氧乙酸(2,4 -d)暴露后的大豆胚轴和胚轴胚胎表达谱。芯片结果显示生长素接种21天后RnDR表达水平有差异[gydF4y2Ba28.gydF4y2Ba］．另一方面，PDI是一种在植物防御过程中表达的硫还原酶[gydF4y2Ba29.gydF4y2Ba]，[gydF4y2Ba30.gydF4y2Ba]尤其是在经历抗SCN反应的大豆根系中[gydF4y2Ba31.gydF4y2Ba］．gydF4y2Ba

耐药反应中诱导了致病相关(pathogenic - related, PR)转录本PR5和PR10。PR基因不仅在SCN线虫发病过程中表达[gydF4y2Ba32.gydF4y2Ba] - [gydF4y2Ba38.gydF4y2Ba]但在非生物胁迫下[gydF4y2Ba39.gydF4y2Ba]、植物激素信号转导[gydF4y2Ba40gydF4y2Ba]和干旱[gydF4y2Ba41.gydF4y2Ba］．gydF4y2Ba

在整个抗性反应中也诱导乙醛酸酶I（GLY I; LACTOYLGLUTATHIONE LYASE，EC：4.4.1.5）。Gly我已被证明在暴露于许多非生物应激的南瓜种子中表现出诱导的表达谱[gydF4y2Ba42.gydF4y2Ba]. 最后，关于植物螯合素合成酶（PCS）在SCN发病中的作用知之甚少，然而先前的研究表明PCS在蚜虫取食过程中被诱导[gydF4y2Ba43.gydF4y2Ba］．gydF4y2Ba

在对接种SCN的大豆根转录组进行量化之后，我们的分析支持了Klingk等人的早期工作([gydF4y2Ba44.gydF4y2Ba]，[gydF4y2Ba45.gydF4y2Ba]），Kandoth等人。（[gydF4y2Ba20.gydF4y2Ba)，李等人([gydF4y2Ba33.gydF4y2Ba]). 在这些研究的基础上，我们确定了一小部分潜在的新的防御-反应候选基因，以及一个生物学上健全的近端调控景观，捕捉宿主-SCN发病机制的相互作用。gydF4y2Ba

抗性和敏感性反应中的基因本体富集gydF4y2Ba

为了确定具有统计意义的基因本体论（GO）注释，所有SCN样本的前750个诱导和750个抑制基因分别使用AgriGO服务器进行GO过程富集[gydF4y2Ba46.gydF4y2Ba］．在抗性和易感反应中，许多GO过程在统计学上显着（表格gydF4y2Ba3.gydF4y2Ba)．走流程gydF4y2BapgydF4y2Ba- 使用Bonferroni虚假发现速率（FDR）调整值，以及调整的所有GO流程gydF4y2BapgydF4y2Ba- value小于0.05。gydF4y2Ba

在诱导基因中发现了前30个最具统计学意义的氧化石墨烯过程(表gydF4y2Ba4gydF4y2Ba). 与易感个体相比，“防御反应”、“合胞体形成”、“对其他生物体的反应”、“对氧化应激的反应”和“对应激的反应”等过程在抗药性反应中具有统计学意义。与细胞器修饰和细胞内组织相关的过程也表现出类似的反应-特异性意义。这种种族排他性暴露了基础操作在病原体感知中的关键作用。gydF4y2Ba

同样，在被抑制的基因中，前30个最具统计意义的GO过程也被确定（表1）gydF4y2Ba5gydF4y2Ba)．对比抑制基因和诱导基因的氧化石墨烯过程，可以发现完全不同的注释目录。例如，抑制基因的30个氧化石墨烯过程中有20个在耐药和易感反应中具有统计学意义。这表明线虫效应体通常是可在一个种族独立的方式，并能够毫不费力地抑制大多数关键的基础过程。gydF4y2Ba

最抑制的GO过程是“光合作用”，“光合作用，光收获”，“光合作用，光反应”和“前体代谢物和能量的产生”。有趣的是，它已经在先前的研究中显示，PPN通过破坏细胞蛋白和胃肠杆菌素信号传导来抑制番茄植物中的光合作用[gydF4y2Ba47.gydF4y2Ba]，[gydF4y2Ba48.gydF4y2Ba］．除了光合作用过程中，与代谢和生物合成相关的那些在两个反应中都受到高度抑制。这表明耐药和易感的SCN群体共有基础代谢机械的共同目标，并抑制负责光合作用的宿主机械。gydF4y2Ba

过度表示TFBSs的推导gydF4y2Ba

每个样本鉴定出1000个诱导率最高的基因和1000个抑制率最高的基因，并从每个基因转录起始位点上游2kb处检索启动子序列，并将其添加到FASTA文件(附加文件gydF4y2Ba3.gydF4y2Ba). 量化gydF4y2Ba独联体gydF4y2Ba–启动子序列中的调节性TFBSs，我们使用了来自AthaMap的68个植物位置权重矩阵（PWM）的集合[gydF4y2Ba49.gydF4y2Ba]和JASPAR [gydF4y2Ba50.gydF4y2Ba］．pwm是多维矩阵，经常用于建模调节元素，即TFBSs。PWM中的每个单元都代表了一个权重，即在特定指数下的特定基是调节元素的可能性。因此，将pwm定位到启动子序列上并对其丰度进行统计量化，可以揭示TFBS过度表达的程度。为了有效地执行这种映射，我们开发了一个名为Marina的多元统计软件[gydF4y2Ba51.gydF4y2Ba］．Marina将TFBS模型(如PWMs)映射到启动子序列上，并使用7个知识-发现指标推断TFBS过度表达的程度。迭代比例拟合(IPF)算法[gydF4y2Ba52.gydF4y2Ba]标准化7个指标中的每一个指标产生的输出，使各指标在TFB过度表达的程度上达成一致。IPF分数范围为1到5gydF4y2BaNgydF4y2Ba即gydF4y2BaNgydF4y2Ba是超代表的TFBS的总数。1范围内的分数代表过于代表的TFBS，而在范围内得分gydF4y2BaNgydF4y2Ba代表高度代表的TFBS。gydF4y2Ba

对于所有SCN样本，Marina将所有68个植物pwm定位到诱导和抑制基因的启动子序列上。总共有46个TFBSs在四个样本中至少有一个被高估(图gydF4y2Ba1gydF4y2Ba)．为了揭示哪些TFBSs表现出了IPF分数的变化，我们计算了第3场和第14场比赛时间点的IPF分数变化百分比。Race 3和Race 14的差异被划分为两个箱:Race 3和Race 14 IPF分数的差异至少为50%(图)gydF4y2Ba1gydF4y2Baa） ，而TFBSs与第3和第14种族IPF得分的百分比差异在50%以下（图1）gydF4y2Ba1gydF4y2Bab） 是的。因此，这样的计算允许识别哪些tfbs不是与6 dai或8 dai有关，而是与小种3和小种14接种有关。gydF4y2Ba

所有四个样本中有29个TFBS（附加文件）gydF4y2Ba4gydF4y2Ba)．如果一个TFBS在一个特定的样本中没有被过度代表，该TFBS被分配一个分数gydF4y2BaNgydF4y2Ba+1作为代表性不足的代表。gydF4y2Ba

许多TFBSs在耐药和易感反应中都有过多或过少的代表性gydF4y2Ba

对比不同样本的TFBS IPF得分，发现46个TFBS中有30个的IPF得分增加或减少，与反应无关(图gydF4y2Ba1gydF4y2Ba)．例如，STF1的TFBS在两种反应中表现出相对适度的IPF得分增加。有趣的是，STF1 IPF分数分别从6位到第8到第8位增加到耐药反应。除了STF1在植物发展中发挥作用[gydF4y2Ba53.gydF4y2Ba]对于这种转录因子在植物防御中的作用知之甚少。gydF4y2Ba

Hahb4 TFBS的IPF分数在耐药反应和易感反应中大大增加。先前的研究发现Hahb4有助于茉莉酸和乙烯信号传导串扰[gydF4y2Ba54.gydF4y2Ba］．同样，在抗性和易感样本中，DOF2和DOF3的TFBSs在IPF评分中表现出相对微弱的增加。在SCN发病过程中，DOF转录本的基因表达尚未得到明确的量化，但是在生长素信号转导过程中已经检测到这些蛋白[gydF4y2Ba55.gydF4y2Ba］．与DOF2和DOF3相比，TEIL的TFBS在IPF分数上有近50%的跳跃。作为乙烯不敏感(EIN3)的烟草同源物，TEIL基因产物被证明可以直接与PR1a的启动子序列结合，而PR1a是植物防御动力学的重要贡献物[gydF4y2Ba56.gydF4y2Ba］．有趣的是，在耐药性和易感反应中，TEIL得分似乎是相对相等的。gydF4y2Ba

的gydF4y2BaA. Thaliana.gydF4y2BaMYB77同系物AtMYB77在抵抗和敏感反应中表现出IPF分数的轻微变化。在两种反应中，AtMYB77 IPF分数在6 dai时普遍偏低，但在8 dai时略有偏高。早期的一项研究揭示了MYB77和生长素反应因子7（ARF7）之间的相互作用[gydF4y2Ba57.gydF4y2Ba]进一步诱惑角色AtmyB77可以在主机 - 病原体相互作用中发挥[gydF4y2Ba58.gydF4y2Ba］．在所有四种治疗中，OsCBT TFBS表现出明显的IPF评分。在耐药和敏感反应中，OsCBT仅在6 dai时高代表。结果表明，OsCBT突变体对病原菌的抗性增强gydF4y2Ba稻瘟病菌gydF4y2Ba，表明OsCBT抑制了防御反应[gydF4y2Ba59.gydF4y2Ba］．gydF4y2Ba

一些TFBSs以种族依赖的方式被过度代表gydF4y2Ba

与另一个相比，剩余的16种TFBS在一次反应中过于表示。这种TFBS可以将新颖的洞察力暴露于与特定反应相应的TFBSS过度表示模式。gydF4y2Ba

一个WRKY1 TFBS [gydF4y2Ba60.gydF4y2Ba]，似乎在抗性反应中高度过度代表，但在易感反应中略低于代表。作为WRKY TFBS，在抗性反应中富集这一TFBS就意味着需要宿主一个显著的、系统的植物防御反应。同样，PIF3-1和PIF3-2在敏感反应中均表现不足，而在耐药反应中则略高于敏感反应。研究表明PIF在光敏色素信号转导中起作用[gydF4y2Ba61.gydF4y2Ba］．由于其光学性调节能力，由于光合作用在抗性和易感反应中受到严重抑制（表gydF4y2Ba5gydF4y2Ba)，这种抑制解释了为什么PIF3-1和PIF3-2的IPF分数严重不足。的确，SCN发病机制不仅破坏光合机制，而且还破坏了植物发出良好光敏色素信号的能力。gydF4y2Ba

利用RNA-Seq对6代和8代的大豆全根(Peking cv.)进行了序列测定，结果表明接种了一株抗性(NH1-RHg;种族3)和易感(TN8;14)人口。在6个和8个dai时间点上，TFBSs在DE大豆基因启动子序列中占过多的比例gydF4y2Ba独联体gydF4y2Ba- 在发病机制过程中进行大豆根系的调节动力学。总共有超过3000万来自大豆整根的读数被测序，差异表达分析显示在防御反应期间在统计学上和生物学上显着的181种转录物。几个可行的防御反应基因候选者加入了这些等级，包括乙醛酸酶I，甘黄酸酯-8脂氧合酶，植物切氨基合成酶和核糖核苷 - 二磷酸还原酶。gydF4y2Ba

在所有耐药和敏感样本中，46个TFBSs呈现过度或不足。有趣的是，在这两种反应中，有30种TFBSs的比例要么过高，要么过低。因此，我们的研究结果显示，在抗性和易感SCN反应期间，存在一个生物学上合理的调控“签名”，可以识别反应特异性的大豆调控模式。gydF4y2Ba

植物采购和SCN接种gydF4y2Ba

大豆的履历。北京种子用10%漂白剂(0.6%次氯酸钠)处理10分钟，然后用蒸馏水洗涤几次，进行表面消毒。将种子播种在20 × 20 cm平面的不育沙地上。八天后，人们轻轻地把树苗从沙土中抬出来，冲洗干净。每个时间点将5株幼苗放置在湿润的发芽纸上，放置在8 × 12 × 3.5 cm的塑料托盘中。SCN群体NH1-RHg和TN8都是从砧木中独立收获的[gydF4y2Ba62.gydF4y2Ba]. 雌性用橡皮塞压碎，卵子通过250微米的筛子清洗，收集在25微米的筛子上。鸡蛋被漂洗到一个有盖的小托盘里，让它孵化三天。J2期线虫通过30微米布进入去离子蒸馏水中进一步纯化，并在250相对离心力（RCF）下缓慢离心1分钟以浓缩至2000 J2/ml。用1 ml接种物接种四种植物的根。用第二张湿润的发芽纸盖住根，然后将托盘放在一个较大的托盘中，托盘下面有0.5厘米的水，以增加湿度，并在整个时间点用半透明塑料袋包裹。三个未接种的对照植物也被放置在托盘中，分别收集。在接种（dai）后第6天和第8天，每株植物收获4根植物根系，立即在液氮中冷冻，并在研钵和研杵中研磨成细粉，然后在-80℃下储存在微导管中，直到提取RNA。第五根用酸性品红染色观察线虫感染情况[gydF4y2Ba63.gydF4y2Ba］．通过苯酚/氯仿和氯化锂沉淀，在6次戴和8次达到RNA [gydF4y2Ba64.gydF4y2Ba］．用DNase处理RNA以除去残留在样品中的任何基因组DNA。通过在纳米玻璃分光光度计（Thermo Scientific; Waltham，MA）上测量琼脂糖凝胶上的完整18s和28s核糖体带，测量琼脂糖凝胶上的28s核糖体带。gydF4y2Ba

RNA提取和cDNA分离gydF4y2Ba

根据制造商指令（Illumina）使用Truseq RNA预备套件制备cDNA文库。简而言之，使用磁珠从50微升核酸酶的核糖酶的超纯水中稀释的4微克总RNA纯化mRNA。将得到的mRNA在94℃下裂片八分钟。将十七微升分段mRNA用作由上标II逆转录酶进行的cDNA合成的模板。将第二链合成立即进行，并将五十微升的双链DNA转移到新管中，并将其提交至末端修复，然后是3'末端的腺苷酸化。一旦3'达到完成，含有不同指标的适配器被连接到每个文库中。在两端上具有适配器分子的DNA片段被扩增并富集。通过在Agilent DNA-1000芯片上加载一微升CDNA文库并将其运行在Agilent Technologies 2100 BioAnalyzer上进行量化和质量控制。gydF4y2Ba

深度测序和转录组定量gydF4y2Ba

NH1-RHg (Race 3)和TN8 (Race 14)反应的cDNA文库分别在6代和8代接种SCN的8日龄大豆全根中进行测序。对每个接种和时间点的两个生物学重复进行测序。对位于马里兰州贝茨维尔的美国农业部(USDA)的Illumina GAIIx进行了单端rna测序。对未接种的全根单复制对照也采用相同的测序方案进行了测序。为了在所有的排序运行中删除低质量的读取，自定义bash脚本过滤了所有的读取，如果它的3 ' tail的质量分数小于22。为了去除污染reads，如果序列至少一次定位于人类基因组集成(Hg19)或JCVI微生物资源(JCVI Microbial Resource)，就会被减去。gydF4y2Ba65.gydF4y2Ba］．使用BWA将剩余序列映射到大豆转录组（Build 1.1）[gydF4y2Ba9gydF4y2Ba]. 在所有接种SCN的样本中，使用DESeq R包对转录本计数进行归一化和方差估计。为了推断差异表达的大小，计算了所有接种和未接种样本的RPKM，并进行了比较gydF4y2Ba\mathit{\text{日志ydF4y2Ba}} {\mathrm{ggydF4y2Ba}}_{\mathrm{2gydF4y2Ba}} \left(\frac{\mathit{\text{RPKgydF4y2Ba}}{\mathrm{米gydF4y2Ba}}_{\mathit{\text{占据gydF4y2Ba}}}}{\mathit{\text{RPKgydF4y2Ba}}{\mathrm{米gydF4y2Ba}}_{\mathit{\text{未经变质处理的gydF4y2Ba}}}}\right)随后被导出。所有有gydF4y2Ba日志gydF4y2Ba_2gydF4y2BaRPKM小于1和小于5个映射reads呈现无差异表达。gydF4y2Ba

功能注释与基因本体（GO）充实gydF4y2Ba

功能注释包括基于同源性分析的所有序列在植物体大豆转录组。在这73,320个大豆转录组序列中，有7,810个序列被剔除为支架或重复序列。BLASTX [gydF4y2Ba66.gydF4y2Ba]将剩余的65,510个查询序列与所有Uniprot植物蛋白（gydF4y2Ba67.gydF4y2Ba］．如果它没有包含含糊不清关键字，即“假设”，“无声”或“未知”，则将顶级uniprot函数注释分配给查询。gydF4y2Ba

在所有的样品中，均鉴定出了前750个诱导转录本和前750个抑制转录本的大豆植物殖体材料。使用AgriGO web-server对每个加入集进行基因本体(GO)浓缩[gydF4y2Ba46.gydF4y2Ba］．修改了Agrigo设置以使用HyperGeometic分布和Bonferroni量化Go AnnotationsgydF4y2BapgydF4y2Ba-value错误发现率(FDR)校正。为了测量GO过程中耐药和敏感反应的统计学意义gydF4y2Ba日志gydF4y2Ba_10gydF4y2BaFDR.gydF4y2Ba每个GO流程在6个和8个dai时间点上进行总结。随后，从前750个诱导和抑制转录集中识别出了前30个统计上最显著的GO进程。gydF4y2Ba

所有RNA-Seq FASTQ原始数据均可从NCBI SRA获得。请参阅表格gydF4y2Ba1gydF4y2Ba登记入册。gydF4y2Ba

4 cl:gydF4y2Ba

4-香豆素 - COA连接酶gydF4y2Ba

A-8 LOX：gydF4y2Ba

花生四烯酸8-lipoxygenasegydF4y2Ba

L-13S Lox：gydF4y2Ba

LinoLeate 13s-脂氧合酶gydF4y2Ba

气:gydF4y2Ba

Chalcone异构酶gydF4y2Ba

装备:gydF4y2Ba

查耳酮还原酶gydF4y2Ba

销售税:gydF4y2Ba

谷胱甘肽S-转移酶gydF4y2Ba

通用电气我:gydF4y2Ba

乙二醛酶我gydF4y2Ba

走:gydF4y2Ba

基因本体论gydF4y2Ba

件：gydF4y2Ba

Phytochelatin合成酶gydF4y2Ba

PDI:gydF4y2Ba

蛋白质二硫化物异构酶gydF4y2Ba

PPN：gydF4y2Ba

植物寄生线虫gydF4y2Ba

PR：gydF4y2Ba

病因相关gydF4y2Ba

脉宽调制:gydF4y2Ba

位置权重矩阵gydF4y2Ba

RnDR:gydF4y2Ba

核糖核苷二磷酸还原酶gydF4y2Ba

草地：gydF4y2Ba

超氧化物歧化酶gydF4y2Ba

SCN编号：gydF4y2Ba

大豆囊肿线虫gydF4y2Ba

STF1：gydF4y2Ba

淀粉1gydF4y2Ba

TF:gydF4y2Ba

转录因子gydF4y2Ba

TFBS：gydF4y2Ba

交易因子绑定站点gydF4y2Ba

我们要感谢美国农业部大豆基因组学和改良实验室(USDA - SGIL)提供的研究资金和支持。我们感谢Ivan Ovcharenko对go浓缩分析和TFBS过度代表性推导的建议。我们要感谢Arianne Tremblay对cDNA衍生和RNA提取的监督。我们要感谢Margaret H. MacDonald用SCN接种大豆根系。我们还要感谢帕特里克·吉列特和詹姆斯·威利特进行的多次发人深省的讨论。这项研究部分得到了美国国立卫生研究院(National Institutes of Health, National Library of Medicine)内部研究项目的支持。gydF4y2Ba

从属关系gydF4y2Ba

1. 系统生物学学院，乔治梅森大学，Manassas，VA，美国gydF4y2Ba

   Parsa HosseinigydF4y2Ba

2. 计算生物学分支，国家生物技术信息中心，国家卫生研究院，贝塞斯达，MD，美国gydF4y2Ba

   Parsa HosseinigydF4y2Ba

3. 大豆基因组学与改善实验室，美国农业部，贝尔茨维尔，MD，美国gydF4y2Ba

   Parsa Hosseini＆Benjamin F MatthewsgydF4y2Ba

相应的作者gydF4y2Ba

对应于gydF4y2BaParsa HosseinigydF4y2Ba．gydF4y2Ba

相互竞争的利益gydF4y2Ba

提交人声明他们没有竞争利益。gydF4y2Ba

作者的贡献gydF4y2Ba

pH写入稿件，进行了RNA-SEQ分析和量化过度代表的TFBS。BFM构思了研究和监督TFBS量化。这两个作者都阅读，批评并批准了最终手稿。gydF4y2Ba

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