组蛋白修饰基因家族的鉴定和鉴定揭示了其对苹果花诱导的关键响应gydF4y2Ba

背景gydF4y2Ba

组蛋白甲基化和乙酰化通过各种组蛋白修饰调节植物的生物过程(gydF4y2BaHMsgydF4y2Ba)基因家族。然而，对gydF4y2BaHMsgydF4y2Ba在园艺落叶乔木中，包括苹果(gydF4y2Ba马吕斯有明显gydF4y2Ba）.gydF4y2Ba

结果gydF4y2Ba

这里，综合研究鉴定和调查gydF4y2BaHMsgydF4y2Ba基因是用最近发表的苹果基因组进行的。总共有198人gydF4y2BaMdHMsgydF4y2Ba鉴定出组蛋白甲基转移酶71个，组蛋白去甲基化酶44个，组蛋白乙酰化酶57个，组蛋白去乙酰化酶26个。详细分析gydF4y2BaMdHMsgydF4y2Ba，包括染色体位置、基因结构、蛋白质基序和蛋白质相互作用，并预测了它们在9种植物中的同源基因。与此同时，一项syntenic分析显示串联、片段和全基因组重复参与了该物种的进化和扩展gydF4y2BaMdHMsgydF4y2Ba基因家族。大多数gydF4y2BaMdHMsgydF4y2Ba经过净化选择。198的表达式概要gydF4y2BaMdHMsgydF4y2Ba利用转录组测序数据研究了6-BA处理对不同开花品种(易开花的‘盐富6号’和难开花的‘长富2号’)的响应gydF4y2BaMdHMsgydF4y2Ba参与了花的诱导过程。随后进行实时荧光定量PCR，以确认候选基因的表达水平gydF4y2BaMdHMgydF4y2BaS在不同的花相关情况下。gydF4y2Ba

结论gydF4y2Ba

MdHMgydF4y2BaS参与苹果花诱导，并对花诱导有反应。这项研究建立了gydF4y2BaMdHMsgydF4y2Ba为苹果花诱导提供了有价值的信息和丰富的生物学理论。这些数据也可用于研究植物的进化历史和功能前景gydF4y2BaMdHMsgydF4y2Ba基因，以及其他树木。gydF4y2Ba

组蛋白修饰(HMs)通过抑制或促进基因表达，影响植物生长发育的多个过程，在植物生长发育过程中发挥重要作用。甲基化、去甲基化、乙酰化和去乙酰化是常见的组蛋白修饰过程。这些修改取决于四个不同的gydF4y2BaHMsgydF4y2Ba基因家族成员，包括组蛋白甲基转移酶(gydF4y2BahmtgydF4y2Ba)，组蛋白去甲基化酶(gydF4y2BahdmgydF4y2Ba)、组蛋白乙酰化酶(gydF4y2Ba帽子gydF4y2Ba)，组蛋白去乙酰化酶(gydF4y2BahdacgydF4y2Ba）.同样的,gydF4y2BahmtgydF4y2Ba，gydF4y2BahdmgydF4y2Ba，gydF4y2Ba帽子gydF4y2Ba和gydF4y2BahdacgydF4y2Ba调控植物的各种生物过程[gydF4y2Ba1gydF4y2Ba，gydF4y2Ba2gydF4y2Ba]。gydF4y2Ba

这四个基因家族包含不同的亚家族。gydF4y2BahmtgydF4y2Ba家族包括两个亚家族，分别是SDG (set domain group)和PRMT (protein arginine methyltransferases)。gydF4y2BahdmgydF4y2Ba家族还包括两个亚家族，HDMA (svirm和c -末端结构域)和JMJ(含JmjC结构域的蛋白)。至于gydF4y2Ba帽子gydF4y2Ba家族中包含HAG、HAM、HAC和HAF 4个亚家族。1): HAG类型包括GCN5-、ELP3-、hat1样组蛋白乙酰化酶结构域;II): HAM类型包含一个MOZ-YBF2域;III): HAC类型包括p300/ creb结合蛋白结构;IV): HAF类型包括TATA结合蛋白相关因子TAFgydF4y2Ba_2gydF4y2Ba250.hdac家族共有三个亚家族，包括HAD (RPD3/HDA1超家族)、SRT(沉默信息调节器2)和HDT (HD2家族)[gydF4y2Ba3.gydF4y2Ba，gydF4y2Ba4gydF4y2Ba，gydF4y2Ba5gydF4y2Ba]。总的来说，每个亚族都包含典型的域或结构。gydF4y2Ba

除了它们的结构不同外，它们的数量gydF4y2BaHMsgydF4y2Ba植物的基因也不同。总共136个gydF4y2BaHMsgydF4y2Ba(47gydF4y2BaHMTgydF4y2Ba_{年代gydF4y2Ba}, 23岁gydF4y2BahdmgydF4y2Ba, 50gydF4y2Ba帽子gydF4y2Ba，和16gydF4y2BahdacgydF4y2Ba)在甜橙中被发现，它们在果实发育中起着重要作用[gydF4y2Ba6gydF4y2Ba]。此外,125年gydF4y2BaHMsgydF4y2Ba(32gydF4y2Ba帽子gydF4y2Ba, 15gydF4y2BahdacgydF4y2Ba, 52岁gydF4y2BahmtgydF4y2Ba和26gydF4y2BahdmgydF4y2Ba)也从番茄基因组中鉴定出[gydF4y2Ba7gydF4y2Ba]。总共有35人gydF4y2Ba西班牙gydF4y2Ba已经在葡萄基因组中发现了一些成员，其中一些在葡萄软化过程中被上调[gydF4y2Ba3.gydF4y2Ba]。与此同时,gydF4y2BaHMsgydF4y2Ba基因功能被部分表征，尤其是在模式植物中gydF4y2Ba拟南芥gydF4y2Ba．它们在植物的生长发育过程中发挥着重要作用，包括光形态发生、种子萌发和休眠、胚胎发育、开花相关过程、果实发育、胁迫和防御以及激素信号传导[qh]gydF4y2Ba8gydF4y2Ba，gydF4y2Ba9gydF4y2Ba，gydF4y2Ba10gydF4y2Ba，gydF4y2Ba11gydF4y2Ba，gydF4y2Ba12gydF4y2Ba，gydF4y2Ba13gydF4y2Ba，gydF4y2Ba14gydF4y2Ba，gydF4y2Ba15gydF4y2Ba]。gydF4y2BaHMsgydF4y2Ba可通过过表达或过表达直接调控开花。它们还能影响开花相关基因的表达。例如，gydF4y2Ba拟南芥HDAgydF4y2Ba家庭成员,gydF4y2BaAtHDA9gydF4y2Ba(AT3G44680)，通过影响乙酰化抑制开花gydF4y2BaAGAMOUS-LIKE 19gydF4y2Ba（gydF4y2BaAGL19gydF4y2Ba) [gydF4y2Ba16gydF4y2Ba]。此外,gydF4y2BaAtHDA19gydF4y2Ba(AT4G38130)与a类器官同源基因一起影响花的发育gydF4y2BaAP2gydF4y2Ba（gydF4y2BaAPETALA2gydF4y2Ba)，类似于gydF4y2BaAtHDA6gydF4y2Ba(AT5G63110)，开花较晚gydF4y2BaHDA6gydF4y2Ba-RNAi植物[gydF4y2Ba17gydF4y2Ba，gydF4y2Ba18gydF4y2Ba]。其他基因，如gydF4y2BaAtHAM1gydF4y2Ba(At5g64610),gydF4y2BaAtHAM2gydF4y2Ba(At5g09740),gydF4y2BaAtHAC1gydF4y2Ba(At1g79000)也与开花时间有关[gydF4y2Ba19gydF4y2Ba，gydF4y2Ba20.gydF4y2Ba，gydF4y2Ba21gydF4y2Ba]。例如，人造的microRNAgydF4y2BaAtHAM1gydF4y2Ba和gydF4y2BaAtHAM2gydF4y2Ba花期提前，而过度表达gydF4y2BaAtHAM1gydF4y2Ba开花较晚，有更多的莲座叶[gydF4y2Ba20.gydF4y2Ba]。在番茄(gydF4y2Ba茄属植物lycopersicumgydF4y2Ba)，gydF4y2BaSlHAG22gydF4y2Ba，gydF4y2BaSlHAG8gydF4y2Ba和gydF4y2BaSlHAG18gydF4y2Ba是否参与了营养或生殖发育gydF4y2BaSlSRT2gydF4y2Ba参与开花[gydF4y2Ba7gydF4y2Ba]。此外,gydF4y2Ba嗯gydF4y2Ba基因还可以调控开花相关基因的表达水平，如gydF4y2Ba开花地点cgydF4y2Ba（gydF4y2Ba方法gydF4y2Ba)，gydF4y2Ba多叶的gydF4y2Ba（gydF4y2BaLFYgydF4y2Ba)，gydF4y2Ba小麦影响开花gydF4y2Ba（gydF4y2BaMAF4gydF4y2Ba)及(gydF4y2BaMAF5gydF4y2Ba) [gydF4y2Ba20.gydF4y2Ba，gydF4y2Ba22gydF4y2Ba，gydF4y2Ba23gydF4y2Ba]。例如，过度表达gydF4y2BaHAM1gydF4y2Ba导致H4超乙酰化和H4K5ac升高gydF4y2Ba方法gydF4y2Ba在gydF4y2Ba拟南芥gydF4y2Ba［gydF4y2Ba20.gydF4y2Ba]。在gydF4y2Ba拟南芥gydF4y2Ba组蛋白H3乙酰化和H3K4三甲基化水平升高gydF4y2Ba方法gydF4y2Ba和gydF4y2Ba加gydF4y2Ba发生在组蛋白去乙酰酶6突变体(gydF4y2Bahad6gydF4y2Ba) [gydF4y2Ba23gydF4y2Ba，gydF4y2Ba24gydF4y2Ba]。与此同时,gydF4y2Ba开花地点gydF4y2Ba（gydF4y2Ba英国《金融时报》gydF4y2Ba)也受到……的影响gydF4y2BaHMsgydF4y2Ba．的gydF4y2Ba拟南芥gydF4y2BaJmjC家族蛋白T-DNA插入突变系(gydF4y2Baatjmj4gydF4y2Ba(AT4G2040)，开花时间较早，可能会更丰富gydF4y2Ba英国《金融时报》gydF4y2BamRNA和H3K4me3水平gydF4y2Ba英国《金融时报》gydF4y2Ba染色质(gydF4y2Ba25gydF4y2Ba]。在各种开花相关基因中，gydF4y2Ba方法gydF4y2Ba和gydF4y2Ba英国《金融时报》gydF4y2Ba主要的基因研究得好吗gydF4y2BaHMsgydF4y2Ba［gydF4y2Ba25gydF4y2Ba，gydF4y2Ba26gydF4y2Ba，gydF4y2Ba27gydF4y2Ba]。这些数据表明gydF4y2BaHMsgydF4y2Ba影响或相互作用于下游或上游的开花基因以控制开花。gydF4y2Ba

苹果gydF4y2Ba马吕斯有明显gydF4y2Ba)是全球温带地区重要的经济果树，诱导开花是制约果实产量和经济收入的重要问题[gydF4y2Ba28gydF4y2Ba，gydF4y2Ba29gydF4y2Ba，gydF4y2Ba30.gydF4y2Ba]。对苹果中GA(赤霉素)抑制开花、6BA(6-苄基氨基嘌呤)或糖促进开花的激素诱导花进行了表征和研究[j]。gydF4y2Ba31gydF4y2Ba，gydF4y2Ba32gydF4y2Ba，gydF4y2Ba33gydF4y2Ba]。此外，一些重要的基因家族，包括gydF4y2Ba不确定的领域gydF4y2Ba（gydF4y2Ba国际国内直拨电话gydF4y2Ba)，gydF4y2BaSquamosa启动子结合蛋白样gydF4y2Ba（gydF4y2BaSPLgydF4y2Ba)，gydF4y2BaMADs-boxgydF4y2Ba,gydF4y2Ba赤霉素酸刺激拟南芥gydF4y2Ba（gydF4y2Ba气体”gydF4y2Ba)，也已被很好地鉴定和报道调节苹果的花诱导[gydF4y2Ba33gydF4y2Ba，gydF4y2Ba34gydF4y2Ba，gydF4y2Ba35gydF4y2Ba，gydF4y2Ba36gydF4y2Ba，gydF4y2Ba37gydF4y2Ba]。然而，人们对……知之甚少gydF4y2BaHMsgydF4y2Ba以及它们在苹果花诱导中的潜在作用。2017年，随着新的苹果基因组的发表[gydF4y2Ba38gydF4y2Ba，我们可以系统地识别gydF4y2BaHMsgydF4y2Ba苹果基因家族的研究，有助于我们全面研究它们的特征和对花诱导的潜在反应。gydF4y2Ba

在这项研究中，我们确定了198个gydF4y2BaHMsgydF4y2Ba苹果基因组中的基因成员。他们都71岁了gydF4y2BaMdHMTsgydF4y2Ba(64gydF4y2BaMdSDGsgydF4y2Ba和7gydF4y2BaMdPRMTsgydF4y2Ba), 44gydF4y2BaMdHDMsgydF4y2Ba(16gydF4y2BaMdHDMAsgydF4y2Ba和28gydF4y2BaMdJMJsgydF4y2Ba), 57gydF4y2Ba帽子gydF4y2Ba(50gydF4y2BaMdHAGsgydF4y2Ba, 2gydF4y2BaMdHAMsgydF4y2Ba4gydF4y2BaMdHACsgydF4y2Ba，和1gydF4y2BaMdHAFgydF4y2Ba)及26gydF4y2BaMdHDACsgydF4y2Ba(16gydF4y2BaMdHDAsgydF4y2Ba3gydF4y2BaMdSRTsgydF4y2Ba和7gydF4y2BaMdHDTsgydF4y2Ba）.此外，还对它们的染色体位置、基因和蛋白质结构、基因系统发育、同源性分析和蛋白质相互作用网络进行了研究。同时，对6BA处理过的果树和不同开花品种(长阜2号和盐阜6号)进行转录组测序，研究6BA对苹果花诱导的影响。采用实时荧光定量PCR (qRT-PCR)检测候选基因的表达水平gydF4y2BaMdHMsgydF4y2Ba在不同的组织(茎、叶、花、果和芽)和不同的开花环境(互生和糖处理树)，以及不同的激素(GAgydF4y2Ba_3.gydF4y2BaSA、ABA和MeJA)胁迫处理。结果揭示了有价值的信息gydF4y2BaHMsgydF4y2Ba苹果的基因，可能适用于其他果树。gydF4y2Ba

鉴定和染色体定位gydF4y2BaHMsgydF4y2Ba苹果的基因家族gydF4y2Ba

识别gydF4y2BaHMsgydF4y2Ba从Pfam数据库(gydF4y2Bahttp://pfam.sanger.ac.uk/gydF4y2Ba)，如先前的研究[gydF4y2Ba6gydF4y2Ba，gydF4y2Ba7gydF4y2Ba]。然后将这些文件作为查询使用HMMER3.0对苹果基因组(GDDH13 V1.1)进行搜索[gydF4y2Ba39gydF4y2Ba]。每个文件的详细登录号被列为附加文件gydF4y2Ba1gydF4y2Ba表S1。然而，在Pfam数据库中没有可用的HDT。因此，蛋白质序列由4个编码gydF4y2Ba拟南芥gydF4y2Ba热变形的基因,gydF4y2BaAtHDT1gydF4y2Ba(At3g44750),gydF4y2BaAtHDT2gydF4y2Ba(At5g22650),gydF4y2BaAtHDT3gydF4y2Ba(At5g03740),gydF4y2BaAtHDT4gydF4y2Ba(At2g27840)，从TAIR数据库(the Arabidopsis Information Resource;gydF4y2Bahttp://www.arabidopsis.orggydF4y2Ba/)，并作为查询在基因组数据库中检索蔷薇科[苹果]基因组(GDDH13 V1.1;gydF4y2Bahttps://www.rosaceae.orggydF4y2Ba/]预测候选人gydF4y2BaMdHDTsgydF4y2Ba家庭成员。最后，假定的gydF4y2BaHMsgydF4y2Ba基因,包括gydF4y2BahmtgydF4y2Ba（gydF4y2Ba西班牙gydF4y2Ba和gydF4y2BaPRMTsgydF4y2Ba)，gydF4y2BahdmgydF4y2Ba（gydF4y2Bahdma这样gydF4y2Ba和gydF4y2BaJMJsgydF4y2Ba)，gydF4y2Ba帽子gydF4y2Ba（gydF4y2Ba女巫gydF4y2Ba，gydF4y2Ba火腿gydF4y2Ba，gydF4y2BahacgydF4y2Ba,gydF4y2BaHAFsgydF4y2Ba),gydF4y2BahdacgydF4y2Ba（gydF4y2BaHDAsgydF4y2Ba，gydF4y2BasrtgydF4y2Ba和gydF4y2BaHDTsgydF4y2Ba)被手动检查以确认其高度保守的片段。的相对位置gydF4y2BaHMsgydF4y2Ba都是从苹果基因组中获得的[gydF4y2Ba38gydF4y2Ba]。然后根据它们的染色体顺序命名，正如先前的研究[gydF4y2Ba6gydF4y2Ba]。gydF4y2Ba

系统发育树的构建，基因结构，蛋白质基序和结构域，和同源基因分析gydF4y2Ba

用于系统发育分析，MEGA 7.0 [gydF4y2Ba40gydF4y2Ba的系统发育相互作用gydF4y2BaHMsgydF4y2Ba在苹果和gydF4y2Ba拟南芥gydF4y2Ba．的gydF4y2Ba拟南芥gydF4y2Ba用ClustalW程序用默认参数对苹果HMs蛋白序列进行比对。对多个序列比对生成的文件进行分析，采用极大似然法构建系统发育树，对序列进行两两删除分析，bootstrap值为1000次。为了进行基因结构分析，基因模型从apple基因组数据库(gydF4y2Bahttps://iris.angers.inra.fr/gddh13/gydF4y2Ba) [gydF4y2Ba38gydF4y2Ba]。然后将它们提交到基因结构显示服务器(gydF4y2Bahttp://gsds.cbi.pku.edu.cn/gydF4y2Ba)作结构分析[gydF4y2Ba41gydF4y2Ba]。此外，利用MEME Suite平台对HMs蛋白序列进行保守基序研究(gydF4y2Bahttp://meme-suite.org/gydF4y2Ba)，在每个基因家族中发现了10个基序。蛋白-蛋白相互作用用gydF4y2Bahttp://string-db.org/gydF4y2Ba．同源基因鉴定采用每对基因BLAST，序列同源性大于60%，e值小于1e-20。基因本体(GO)术语分析采用在线数据库(gydF4y2Bahttp://www.geneontology.orggydF4y2Ba）.gydF4y2Ba

串联复制和合成分析gydF4y2Ba

Circos v. 0.63 (gydF4y2Bahttp://circos.ca/gydF4y2Ba)与之前的方法一样，研究了它们的串联复制和合成关系[gydF4y2Ba33gydF4y2Ba，gydF4y2Ba34gydF4y2Ba，gydF4y2Ba35gydF4y2Ba，gydF4y2Ba36gydF4y2Ba，gydF4y2Ba37gydF4y2Ba]。串联重复gydF4y2BaMdHMsgydF4y2Ba根据基因在苹果基因组中单个染色体上的物理位置进行基因鉴定。相邻的同源gydF4y2BaHMsgydF4y2Ba在同一条苹果染色体上不超过一个介入基因的基因被认为是串联重复。植物基因组复制数据库(gydF4y2Bahttp://chibba.agtec.uga.edu/duplication/gydF4y2Ba)用于识别之间的synsynblockgydF4y2Ba拟南芥gydF4y2Ba和苹果。对于同源基因对，根据苹果与苹果的比较合成图，计算同义(Ks)和非同义(Ka)核苷酸替换量gydF4y2Ba拟南芥gydF4y2Ba基因组，用ClustalX和PAL2NAL程序进行蛋白质和编码序列比对。采用DNASP v5.10软件计算。gydF4y2Ba

开花能力不同的树木gydF4y2Ba

本研究选用杨凌现代农业科技园区苹果示范苗圃(108°70′e, 34°52′n)种植的对照开花品种盐复6号和永富2号18株6年苹果树。均为T337/嫁接gydF4y2Ba马吕斯罗布斯塔gydF4y2BaRehd。此外，‘长府2号’的一个刺突变‘盐府6号’开花速率更高，芽形态发育更大[gydF4y2Ba34gydF4y2Ba，gydF4y2Ba35gydF4y2Ba]。树木被分成三个街区，每个街区分别有三棵。在开花后30,50和70天从现有的刺中收集顶芽[gydF4y2Ba29gydF4y2Ba，gydF4y2Ba35gydF4y2Ba]。然后它们被储存起来以备以后使用。gydF4y2Ba

用糖和激素处理苹果树gydF4y2Ba

另外18套制服“富士”/ T337/gydF4y2Ba马吕斯罗布斯塔gydF4y2Ba在同一果园进行蔗糖处理试验。他们也被分成六个街区。其中三种分别喷洒1.5万和2万毫克gydF4y2Ba^{−1gydF4y2Ba}29和36 DAFB的蔗糖[gydF4y2Ba32gydF4y2Ba]，剩下的石块则喷水作为对照。6BA处理，18株相似树，300 mg LgydF4y2Ba^{−1gydF4y2Ba}6BA分别在27和30 DAFB进行。在一个晴朗的早晨，他们用低压手杖喷雾器把它们喷在整棵树上。在30,50和70 DAFB采集样品并保存以供进一步使用。同时，100mm GAgydF4y2Ba_3.gydF4y2Ba， 300 μM ABA、100 μM SA和50 μM MeJA处理2年树龄‘永富2号’，作为水对照;与之前的研究一样，在每次处理的0、3、6和12 h采集叶片[gydF4y2Ba36gydF4y2Ba]。gydF4y2Ba

互生树木gydF4y2Ba

以陕西宝鸡市阜丰天都镇(107°57 ' E, 34°28 ' N)的6棵14岁的‘富士’互生树为样本。在2014年上午30,90和150 DAFB的“开”年(开花率较高)和“关”年(开花率较低)的树木上采集样本。从“开”或“关”年份的树木上收集当前马刺的顶芽，并保存以备将来使用。gydF4y2Ba

组织收集gydF4y2Ba

为了进行组织特异性表达分析，我们收集了‘Fuji’/T337的各种组织或器官gydF4y2Bam·罗布斯塔gydF4y2BaRehd。2015年4月9日采花，正值花期。另外，从直径为2 ~ 3 mm的新芽中收集茎，而从邻近的芽中收集成熟叶。果实直径2 ~ 3 cm。所有样品立即冷冻在液氮中，保存在- 80°C，直到用于基因表达分析。gydF4y2Ba

RNA提取和cDNA合成gydF4y2Ba

从植物组织样品中提取总RNA，采用十六烷基三甲基溴化铵法，稍加修改[gydF4y2Ba42gydF4y2Ba]。简单地说，900 μL萃取缓冲液(2%十六烷基三甲基溴化铵，2.5% PVP-40, 2 M NaCl, 100 mM Tris-HCl [pH 8.0]， 25 mM EDTA [pH 8.0]和2% b-巯基乙醇)在65℃下预热，在使用前加入2 ml微离心管。将含有200 mg芽组织的样品在- 80°C下保存，研磨成粉末，加入管中，与萃取缓冲液混合。每根试管剧烈摇晃并翻转5分钟，在65°C下孵育30分钟后，取等体积氯仿:异戊醇(24:1，gydF4y2BavgydF4y2Ba/v)被添加。每根试管剧烈摇动并倒转，然后在12,000×g上4°C离心10分钟。对于每个样品，将上清收集到一个新的管中，用等体积的氯仿:异戊醇(24:1,v/v)重新提取。然后将得到的上清转移到一个新的2ml管中，加入LiCl(最终浓度为3m)。将混合物在- 20℃下孵育4 h，在18,000×g下4℃离心20 min后，用LiCl选择性成球。用500 μL SSTE缓冲液(10mMTris-HCl [pH 8.0]、1mm EDTA [pH 8.0]、1% SDS和1m NaCl)和等量氯仿异戊醇重悬小球，缓冲液预热至65℃。然后将混合物在12,000×g上4°C离心10分钟。将上清转移到新的微离心管中，用2.5体积的冷乙醇在- 80°C下沉淀RNA至少30分钟，在1,2000×g下在4°C下离心20分钟。最后，用70%乙醇洗涤微球，并在焦碳酸二乙酯处理过的水中重悬。通过在2%琼脂糖凝胶上运行样品来验证总RNA完整性水平。 First-strand cDNA was synthesized from 1 μg of total RNA using a PrimeScript RT Reagent kit with gDNA Eraser (Takara Bio, Shiga, Japan) following the manufacturer’s instructions.

基因表达分析gydF4y2Ba

12个候选者的表达水平gydF4y2Ba嗯gydF4y2Ba采用实时荧光定量PCR对基因进行分析gydF4y2Ba（gydF4y2Ba存在)。用Primer Premier 6.0软件设计引物以跨越内含子-外显子连接。并对其进行了高产量比扩增的优选值设计。(1)引物长度(18-24 bp);(2)熔化温度(60℃);(3) GC含量(40-60%);(4) GC钳:引物3′端后5个碱基应避免超过3g或C。(5)避免发夹，自和交叉二聚体，和重复。(6)避免模板二次结构和交叉同源性。qRT-PCR混合物(20 μL)由2 μL cDNA样品(稀释1:8)，10 μL 2× SYBR Premix ExTaq II (Takara Bio)，每个引物0.8 μL (10 μM)(附加文件)组成gydF4y2Ba2gydF4y2Ba:表S2)，和6.4 μL蒸馏去离子水。每个PCR检测在icycle iQ5实时PCR检测系统(Bio-Rad, Plano, TX, USA)上运行，初始变性温度为95°C，持续3分钟，然后在94°C、62°C和72°C分别进行40次循环，分别持续15秒、20秒和20秒。所得片段进行熔化曲线分析，以验证基因特异性PCR产物的存在。实时PCR后直接进行熔融曲线分析，包括94°C 15 s的初始步骤，然后以2%的斜坡速率从60°C不断增加到95°C。苹果gydF4y2Ba英孚gydF4y2Ba-gydF4y2Ba1gydF4y2Baα基因(GenBank登录号:DQ341381)作为内对照，使不同处理和不同组织下的所有mRNA表达水平归一化[gydF4y2Ba34gydF4y2Ba，gydF4y2Ba35gydF4y2Ba，gydF4y2Ba36gydF4y2Ba]。实验采用3个生物重复和3个技术重复。2gydF4y2Ba^{−ΔΔCtgydF4y2Ba}方法计算每个PCR扩增混合物中模板的相对含量[gydF4y2Ba43gydF4y2Ba]。gydF4y2Ba

统计分析gydF4y2Ba

RT-qPCR基因表达数据采用SPSS 11.5软件包(SPSS, Chicago, IL, USA)在5%水平上进行方差分析(ANOVA)。使用Origin 8.0 (Microcal Software Inc.， Northampton, MA, USA)构建图像。gydF4y2Ba

全基因组鉴定gydF4y2BaHMsgydF4y2Ba苹果基因组中的基因家族gydF4y2Ba

总共有198人gydF4y2BaHMsgydF4y2Ba在苹果基因组中被鉴定出，包括71gydF4y2BahmtgydF4y2Ba, 44岁gydF4y2BahdmgydF4y2Ba57岁gydF4y2Ba帽子gydF4y2Ba和26gydF4y2BahdacgydF4y2Ba(无花果。gydF4y2Ba1gydF4y2Ba，gydF4y2Ba2gydF4y2Ba）.所有的gydF4y2BaMdHMsgydF4y2Ba根据蛋白结构域的不同，可分为11个亚科。例如，gydF4y2BahmtgydF4y2Ba包括64gydF4y2Ba西班牙gydF4y2Ba和7gydF4y2BaPRMTsgydF4y2Ba,gydF4y2Ba44 hdmgydF4y2Ba包括16gydF4y2Bahdma这样gydF4y2Ba和28gydF4y2BaJMJsgydF4y2Ba， 57gydF4y2Ba帽子gydF4y2Ba包括50gydF4y2Ba女巫gydF4y2Ba, 2gydF4y2Ba火腿gydF4y2Ba4gydF4y2BahacgydF4y2Ba，和1gydF4y2BaHAFgydF4y2Ba吉恩和26号gydF4y2BahdacgydF4y2Ba包括16gydF4y2Ba有gydF4y2Ba3gydF4y2BasrtgydF4y2Ba，和7gydF4y2BaHDTsgydF4y2Ba．同时，对所有的GO进行了详细的注释gydF4y2BaHMsgydF4y2Ba(附加文件gydF4y2Ba3.gydF4y2Ba表S3)。这些gydF4y2BaHMsgydF4y2Ba基因分为生物过程、细胞成分和分子功能三大类。gydF4y2Ba

染色体分布不同gydF4y2BaHMsgydF4y2Ba

为了清楚地识别gydF4y2Ba嗯gydF4y2BaS，每一个gydF4y2BaHMsgydF4y2Ba根据它们的染色体位置命名(图2)。gydF4y2Ba1gydF4y2Ba、表gydF4y2Ba1gydF4y2Ba),如gydF4y2BaMdSDGgydF4y2Ba年代,gydF4y2BaMdPRMTgydF4y2Ba年代,gydF4y2BaMdHDMAgydF4y2Ba年代,gydF4y2BaMdJMJgydF4y2Ba年代,gydF4y2BaMdHAGsgydF4y2Ba，gydF4y2BaMdHAMgydF4y2Ba年代,gydF4y2BaMdHACgydF4y2Ba年代,gydF4y2BaMdHAFgydF4y2Ba年代,gydF4y2BaMdHDAgydF4y2Ba年代,gydF4y2BaMdSRTgydF4y2Ba年代,gydF4y2BaMdHDTgydF4y2Ba5 .所有基因分布在苹果基因组的第00 ~ 17号染色体上。第15号染色体含有最多的gydF4y2BaHMsgydF4y2Ba(无花果。gydF4y2Ba2 bgydF4y2Ba)，然后是第12号染色体。第17号染色体中有最少的gydF4y2BaHMsgydF4y2Ba基因。64年gydF4y2BaMdSDGsgydF4y2Ba基因分布在除6号染色体外的所有染色体上。第15号染色体含有最多的gydF4y2BaMdSDGsgydF4y2Ba基因。七个gydF4y2BaMdPRMTsgydF4y2Ba基因分布在4条染色体上(第2、8、13和15号染色体)。此外,16gydF4y2BaMdHDMAsgydF4y2Ba和28gydF4y2BaMdJMJsgydF4y2Ba除第2、11、13和17号染色体外，均广泛分布于整个苹果基因组。50gydF4y2BaMdHAGsgydF4y2Ba分布在18条染色体中的16条;然而，0号和17号染色体缺乏gydF4y2BaMdHAGsgydF4y2Ba基因。剩下的几组gydF4y2Ba帽子gydF4y2Ba年代,包括gydF4y2BaMdHAMgydF4y2Ba年代,gydF4y2BaMdHACgydF4y2Ba年代,gydF4y2BaMdHAFgydF4y2BaS，有偏分布，类似于gydF4y2BaMdHDACgydF4y2Ba年代。gydF4y2Ba

植物的系统发育与合成分析gydF4y2BaHMsgydF4y2Ba苹果和苹果的基因差异gydF4y2Ba拟南芥gydF4y2Ba

了解它们之间的进化关系gydF4y2BaHMsgydF4y2Ba基因，四根系统发育树，包括gydF4y2BahmtgydF4y2Ba，gydF4y2BahdmgydF4y2Ba，gydF4y2Ba帽子gydF4y2Ba和gydF4y2BahdacgydF4y2Ba基因，是由gydF4y2Ba拟南芥gydF4y2Ba和苹果HMs蛋白(图2)gydF4y2Ba3.gydF4y2Ba）.所有gydF4y2Ba拟南芥gydF4y2Ba苹果HMs基因被分类聚类成不同的趋势。为gydF4y2BahmtgydF4y2Ba，所有的gydF4y2Ba西班牙gydF4y2Ba和gydF4y2BaPRMTsgydF4y2Ba基因都聚集在一起，除了gydF4y2BaAtPRMT16gydF4y2Ba(无花果。gydF4y2Ba3gydF4y2Ba）.此外,gydF4y2Bahdma这样gydF4y2Ba和gydF4y2BaJMJsgydF4y2Ba也彼此聚在一起(图2)。gydF4y2Ba3 bgydF4y2Ba）.为gydF4y2Ba帽子gydF4y2Ba,三个gydF4y2BaHAFsgydF4y2Ba基因(gydF4y2BaAtHAF1gydF4y2Ba，gydF4y2BaAtHAF2gydF4y2Ba,gydF4y2BaMdHAF01gydF4y2Ba)被簇拥和包围着gydF4y2Ba女巫gydF4y2Ba基因成员，以及其他gydF4y2Ba火腿gydF4y2Ba和gydF4y2BahacgydF4y2Ba也紧密地聚集在一起(图2)。gydF4y2Ba3 cgydF4y2Ba）gydF4y2Ba．gydF4y2Ba为gydF4y2BahdacgydF4y2Ba，三个亚家族(hda, HDTs和srt)也聚集在一起(图2)。gydF4y2Ba3 dgydF4y2Ba）.gydF4y2Ba

表征的扩展模式gydF4y2BaHMsgydF4y2Ba在苹果基因组中，利用Circos算法对苹果基因组中的重复片段进行了分析。总共67对gydF4y2BaHMsgydF4y2Ba从18条染色体中鉴定出(图2)。gydF4y2Ba4gydF4y2Ba、附加文件gydF4y2Ba4gydF4y2Ba:表S4)，包括一对gydF4y2BaMdHAFsgydF4y2Ba，gydF4y2BaMdSRTsgydF4y2Ba和gydF4y2BaMdHAMsgydF4y2Ba，两对gydF4y2BaMdPRMTsgydF4y2Ba和gydF4y2BaMdHACsgydF4y2Ba，三对gydF4y2BaMdHDTsgydF4y2Ba，五对gydF4y2BaMdHDAsgydF4y2Ba和gydF4y2Bahdma这样gydF4y2Ba， 10双gydF4y2BaMdJMJsgydF4y2Ba， 16对gydF4y2BaMdHAGsgydF4y2Ba还有20双gydF4y2BaMdSDGsgydF4y2Ba．这些成对的重复基因都位于不同的染色体上，其中第15号染色体所含基因最多gydF4y2BaHMsgydF4y2Ba基因(图。gydF4y2Ba1gydF4y2Ba）.1号染色体基因数最少。总的来说，这些重复的基因组区域有助于扩大gydF4y2BaMdHMsgydF4y2Ba家庭。gydF4y2Ba

的综合映射gydF4y2BaMdHMsgydF4y2Ba和gydF4y2BaAtHMsgydF4y2Ba也有助于更好地理解它们潜在的进化和功能关系。如图1所示。gydF4y2Ba5gydF4y2Ba、附加文件gydF4y2Ba5gydF4y2Ba:表S5)， 72对gydF4y2BaMdHMgydF4y2Ba年代和gydF4y2BaAtHMgydF4y2Ba在苹果和gydF4y2Ba拟南芥gydF4y2Ba基因组，包括两对gydF4y2BahacgydF4y2Ba，gydF4y2BasrtgydF4y2Ba和gydF4y2BaHDTsgydF4y2Ba，一双gydF4y2BaHAFsgydF4y2Ba和gydF4y2Ba火腿gydF4y2Ba，三对gydF4y2Ba女巫gydF4y2Ba和gydF4y2BaPRMTsgydF4y2Ba， 13对gydF4y2Bahdma这样gydF4y2Ba， 14对gydF4y2BaJMJsgydF4y2Ba还有31对gydF4y2Ba西班牙gydF4y2Ba．剩下的gydF4y2BaHMsgydF4y2Ba基因没有同源对。此外，为了了解苹果和苹果的同源基因对之间的差异gydF4y2Ba拟南芥gydF4y2Ba用非同义取代率与同义取代率之比(Ka/Ks)来评价重复过程中的选择压力。苹果的Ka和Ks值小于两者之间gydF4y2Ba拟南芥gydF4y2Ba和苹果。而苹果基因对间的Ka/Ks值小于1，与苹果相似gydF4y2Ba拟南芥gydF4y2Ba(附加文件gydF4y2Ba6gydF4y2Ba:图S1)。苹果基因对间的平均Ka/Ks比为0.267，大于苹果基因对间的平均值gydF4y2Ba拟南芥gydF4y2Ba(0.106)。gydF4y2Ba

结构分析gydF4y2BaMdHMsgydF4y2Ba

如上所述和(附加文件)gydF4y2Ba7gydF4y2Ba:图S2)显示，不同的HMs基因具有不同的典型结构域。然后我们研究了这11种gydF4y2BaHMsgydF4y2Ba并随机选取一个基因，分析其domain结构域(图2)。gydF4y2Ba6gydF4y2Ba）.这些HMs蛋白具有不同的结构，MdSDG08含有PWWP、PHD和SET, MdJMJs含有JmjN、JmjC、zf-C5H FYRN和FYRC, MdHDMAs含有swim、COG3942和swim -a, MdHAGs含有NAT-SF, MdHAMs含有M0Z-SAS, mddhacs含有ZnF、PHD、HAT和ZZ, MdHAF含有DUF, mddhda含有HDAC, MdSRT含有SIR2, MdHDT含有lambda-1, MdPRMTs含有PRMT5。这些鉴定出的结构与之前在gydF4y2BaHMsgydF4y2Ba的gydF4y2Ba柑橘类gydF4y2Ba和其他植物，表明它们的保守进化。gydF4y2Ba

基因结构和基序在基因进化过程中也起着重要作用。因此，我们对7个候选基因家族进行了详细的外显子-内含子结构和蛋白质基序分析。基于蛋白质序列构建了7个单独的系统发育树(MdSDGs、MdPRMTs、MdHDMAs、MdJMJs、MdHAGs、MdHDAs和MdHDTs)(附加文件)gydF4y2Ba8gydF4y2Ba:图S3，附加文件gydF4y2Ba9gydF4y2Ba:图S4，附加文件gydF4y2Ba10gydF4y2Ba:图S5，附加文件gydF4y2Ba11gydF4y2Ba:图S6，附加文件gydF4y2Ba12gydF4y2Ba:图S7，附加文件gydF4y2Ba13gydF4y2Ba:图S8，附加文件gydF4y2Ba14gydF4y2Ba:图S9和附加文件gydF4y2Ba15gydF4y2Ba表6)。如附加文件所示gydF4y2Ba8gydF4y2Ba:图S3，由gydF4y2Ba西班牙gydF4y2Ba基因家族(gydF4y2BaMdSDG43gydF4y2Ba，gydF4y2Ba57gydF4y2Ba，gydF4y2Ba51gydF4y2Ba，gydF4y2Ba50gydF4y2Ba，gydF4y2Ba49gydF4y2Ba,gydF4y2Ba28gydF4y2Ba)，它们有着相似的结构，紧密地聚集在一起。此外，与其他MdSDGs蛋白相比，13个MdSDGs家族成员(MdSDG25、26、29、59、45、35、19、24、14、39、47、03、61、29、43和57)共有最多的基序。此外，MdPRMT05、02、07和01也具有相似的蛋白基序(附加文件)gydF4y2Ba9gydF4y2Ba:图S4)。MdHDMAs也显示出保守的基序。例如，MdHDMA03、12、07、08、13、06、11、02、01只共享motif 1、6、7;而除了MdHDMA09外，其余的MdHDMAs蛋白共享更多的基序。MdHDMA14和MdHDMA9由具有相似结构的基因编码(附加文件gydF4y2Ba10gydF4y2Ba:图5)。MdJMJs的基因结构和蛋白基序与MdHDMAs相似。例如，9个MdJMJs蛋白(MdJMJ17、08、03、22、06、10、14、09和20)具有相似的基序。此外，它们的基因结构变异性较小，特别是在紧密相连的基因之间(gydF4y2BaMdJMJ9gydF4y2Ba和gydF4y2BaMdJMJ20gydF4y2Ba，gydF4y2BaMdJMJ27gydF4y2Ba和gydF4y2BaMdJMJ16gydF4y2Ba，gydF4y2BaMdJMJ23gydF4y2Ba和gydF4y2BaMdJMJ7gydF4y2Ba,gydF4y2BaMdJMJ28gydF4y2Ba和gydF4y2BaMdJMJ11gydF4y2Ba)(附加文件gydF4y2Ba11gydF4y2Ba:图S6，附加文件gydF4y2Ba15gydF4y2Ba表6)。gydF4y2Ba

一个的结构gydF4y2Ba帽子gydF4y2Ba和两个gydF4y2BahdacgydF4y2Ba基因家族也被确定。在gydF4y2BaMdHAGsgydF4y2Ba基因家族成员，大多数人只共享一个cd(附加文件)gydF4y2Ba12gydF4y2Ba:图S7)。例如,gydF4y2BaMdHAG18gydF4y2Ba，gydF4y2Ba19gydF4y2Ba，gydF4y2Ba17gydF4y2Ba，gydF4y2Ba08gydF4y2Ba，gydF4y2Ba14gydF4y2Ba，gydF4y2Ba34gydF4y2Ba，gydF4y2Ba49gydF4y2Ba，gydF4y2Ba38gydF4y2Ba，gydF4y2Ba13gydF4y2Ba，gydF4y2Ba33gydF4y2Ba,gydF4y2Ba01gydF4y2Ba在它们的基因结构中含有一个连贯的CDS。它们的基序在一些密切相关的基因中也是保守的，就像在其他基因中看到的那样gydF4y2Ba嗯gydF4y2Ba至于……gydF4y2BahdacgydF4y2Ba和gydF4y2BaHDTsgydF4y2Ba，它们也有相似的基因结构和编码具有相似基序的蛋白质，比如gydF4y2BaMdHDA15gydF4y2Ba和gydF4y2BaMdHDA09gydF4y2Ba，gydF4y2BaMdHDA10gydF4y2Ba和gydF4y2BaMdHDA16gydF4y2Ba，gydF4y2BaMdHDT01gydF4y2Ba和gydF4y2BaMdHDT03gydF4y2Ba,gydF4y2BaMdHDT02gydF4y2Ba和gydF4y2BaMdHDT04gydF4y2Ba(附加文件gydF4y2Ba13gydF4y2Ba-gydF4y2Ba14gydF4y2Ba:图S8和S9)。gydF4y2Ba

分析gydF4y2BaHMsgydF4y2Ba同源基因对其他物种的抗性gydF4y2Ba

采用BLASTP算法进行识别gydF4y2BaMdHMgydF4y2Ba与其他已测序的植物物种的S同源基因，鉴定出的e值小于1e-20，序列同源性大于60%，与以往报道的方法一致[gydF4y2Ba44gydF4y2Ba]。使用的10种候选植物包括gydF4y2Ba拟南芥gydF4y2Ba，gydF4y2Ba玉蜀黍属可能gydF4y2Ba，gydF4y2Ba茄属植物lycopersicumgydF4y2Ba，gydF4y2Ba栽培稻gydF4y2Ba，gydF4y2Ba柑橘类gydF4y2Ba，gydF4y2Ba葡萄gydF4y2Ba和gydF4y2Ba杨树trichocarpagydF4y2Ba以及蔷薇科植物gydF4y2Ba草莓属vescagydF4y2Ba，gydF4y2Ba碧桃gydF4y2Ba,gydF4y2BaPyrus sorotina。gydF4y2Ba它们的同源关系分为三种[gydF4y2Ba44gydF4y2Ba[a]在苹果中存在而在特定物种中不存在的基因;B)苹果基因在特定物种中具有一对一的同源物;c)苹果基因在特定物种中有同源物，但没有同源物。如图所示。gydF4y2Ba7gydF4y2Ba,最gydF4y2BaMdHMgydF4y2BaS与10个候选种具有同源基因。然而,gydF4y2BaMdHAG16gydF4y2Ba和gydF4y2BaMdHAG24gydF4y2Ba没有同源物吗gydF4y2Ba诉酿酒用葡萄gydF4y2Ba,也不gydF4y2BaMdSDG23gydF4y2Ba在gydF4y2Bao .漂白亚麻纤维卷gydF4y2Ba．gydF4y2Ba

MdHMs蛋白相互作用预测gydF4y2Ba

为了进一步预测它们之间的生物学相互作用，我们使用Cytoscape v3.5.1对HM蛋白进行了可视化处理[gydF4y2Ba45gydF4y2Ba，gydF4y2Ba46gydF4y2Ba]。如附加文件所示gydF4y2Ba16gydF4y2Ba:图S10，附加文件gydF4y2Ba17gydF4y2Ba表S7: hmt、HDMs、HATs和hdac这四个与hms相关的蛋白簇的成员直接或间接地与其他蛋白相互作用。其中，hmt与最多的蛋白质相互作用(25个)，其次是hdac(11个)。HDMs和HDACs分别只与5种和4种蛋白相互作用。一些蛋白质，如MdSDG29、MdHAM02、MdJMJ01、MdJMJ25、MdHAG28和MdSDG14，也可以直接或间接地与至少三种蛋白质相互作用。完全,gydF4y2BaMdHMsgydF4y2Ba调控下游基因或受其上调基因调控参与各种过程。gydF4y2Ba

的表达谱gydF4y2BaMdHMsgydF4y2Ba高通量测序gydF4y2Ba

为了更好地了解它们在花诱导应答中的潜在参与，我们使用已发表的转录组数据来评估198个基因gydF4y2BaMdHMsgydF4y2Ba表情谱[gydF4y2Ba31gydF4y2Ba]。计算FPKM(每百万次转录序列的每千碱基片段)来评估基因表达水平。由此产生的gydF4y2BapgydF4y2Ba值，然后用Benjamini和Hochberg控制错误发现率的方法进行调整，并进行修正gydF4y2BaPgydF4y2Ba值为0.05,log2值(倍数变化)为1作为鉴定deg的标准。［gydF4y2Ba31gydF4y2Ba]。6-BA处理增加了短芽的比例，导致更高的开花率。此外，“盐府6号”的开花率高于“长府2号”[gydF4y2Ba31gydF4y2Ba，gydF4y2Ba35gydF4y2Ba]。我们分析了候选人gydF4y2BaMdHMsgydF4y2Ba长阜2号和盐阜6号两个开花能力不同的品种对外源6-BA处理的表达水平。如图2所示。gydF4y2Ba8gydF4y2Ba和gydF4y2Ba9gydF4y2Ba,分别。在198年gydF4y2BaMdHMgydF4y2BaS, 197个基因，除gydF4y2BaMdHAG29gydF4y2Ba，在我们的转录组测序中检测到(图2)。gydF4y2Ba8gydF4y2Ba和gydF4y2Ba9gydF4y2Ba）.197个检测基因中，28个基因gydF4y2BaMdSDGgydF4y2Bas (gydF4y2BaMdSDG26gydF4y2Ba，gydF4y2Ba16gydF4y2Ba，gydF4y2Ba40gydF4y2Ba，gydF4y2Ba13gydF4y2Ba，gydF4y2Ba37gydF4y2Ba，gydF4y2Ba58gydF4y2Ba,gydF4y2Ba32gydF4y2Ba）， 1gydF4y2BaMdPRMTgydF4y2Ba（gydF4y2BaMdPRMT4gydF4y2Ba), 3gydF4y2BaMdJMJgydF4y2Bas (gydF4y2BaMdJMJ02gydF4y2Ba，gydF4y2Ba01gydF4y2Ba,gydF4y2Ba06gydF4y2Ba), 13gydF4y2BaMdHAGgydF4y2Bas (gydF4y2BaMdHAG18gydF4y2Ba，gydF4y2Ba17gydF4y2Ba，gydF4y2Ba14gydF4y2Ba，gydF4y2Ba46gydF4y2Ba，gydF4y2Ba31gydF4y2Ba，gydF4y2Ba38gydF4y2Ba，gydF4y2Ba48gydF4y2Ba，gydF4y2Ba13gydF4y2Ba，gydF4y2Ba33gydF4y2Ba，gydF4y2Ba26gydF4y2Ba，gydF4y2Ba10gydF4y2Ba，gydF4y2Ba45gydF4y2Ba,gydF4y2Ba06gydF4y2Ba）， 1gydF4y2BaMdHACgydF4y2Ba（gydF4y2BaMdHAC03gydF4y2Ba)和3gydF4y2BaMdHDAgydF4y2Bas (gydF4y2BaMdHDA02gydF4y2Ba，gydF4y2Ba04gydF4y2Ba,gydF4y2Ba06gydF4y2Ba)没有或极低表达水平(小于1)。这些不存在或低表达水平gydF4y2BaMdHMgydF4y2BaS表明它们在花的发育中没有很大的作用。相反，6个基因的表达水平，gydF4y2BaMdJMJ16gydF4y2Ba，gydF4y2BaMdHAG08gydF4y2Ba，gydF4y2BaMdHAG01gydF4y2Ba，gydF4y2BaMdHAM01gydF4y2Ba，gydF4y2BaMdHDT01gydF4y2Ba,gydF4y2BaMdHDT03gydF4y2Ba，均极高(大于100)，说明它们可能在花诱导期起重要作用(图2)。gydF4y2Ba8gydF4y2Ba和gydF4y2Ba9gydF4y2Ba）.gydF4y2Ba

并对永富2号和盐富6号的不同表达模式进行了分析。易花品种盐府6号27gydF4y2BaMdSDGsgydF4y2Ba的基因,gydF4y2BaMdSDG07gydF4y2Ba，gydF4y2Ba29gydF4y2Ba，gydF4y2Ba27gydF4y2Ba，gydF4y2Ba48gydF4y2Ba，gydF4y2Ba35gydF4y2Ba，gydF4y2Ba19gydF4y2Ba，gydF4y2Ba24gydF4y2Ba，gydF4y2Ba14gydF4y2Ba，gydF4y2Ba39gydF4y2Ba，gydF4y2Ba03gydF4y2Ba，gydF4y2Ba61gydF4y2Ba，gydF4y2Ba29gydF4y2Ba，gydF4y2Ba51gydF4y2Ba，gydF4y2Ba10gydF4y2Ba，gydF4y2Ba33gydF4y2Ba，gydF4y2Ba22gydF4y2Ba，gydF4y2Ba49gydF4y2Ba，gydF4y2Ba50gydF4y2Ba，gydF4y2Ba52gydF4y2Ba，gydF4y2Ba04gydF4y2Ba，gydF4y2Ba17gydF4y2Ba，gydF4y2Ba18gydF4y2Ba，gydF4y2Ba46gydF4y2Ba，gydF4y2Ba06gydF4y2Ba，gydF4y2Ba08gydF4y2Ba，gydF4y2Ba27gydF4y2Ba,gydF4y2Ba62gydF4y2Ba，高度表达。然而，只有三个gydF4y2BaMdSDGgydF4y2Ba基因gydF4y2BaMdSDG55gydF4y2Ba59岁;gydF4y2Ba36gydF4y2Ba，二gydF4y2BaMdPRMTgydF4y2Ba基因(gydF4y2BaMdPRMT02gydF4y2Ba和gydF4y2BaMdPRMT02gydF4y2Ba)在品种永富2号中表达量更高(图2)。gydF4y2Ba8gydF4y2Ba）.另外,12gydF4y2BaMdHDMgydF4y2Ba年代,gydF4y2BaMdHDMA06gydF4y2Ba，gydF4y2Ba11gydF4y2Ba,gydF4y2Ba02gydF4y2Ba,gydF4y2BaMdJMJ25gydF4y2Ba，gydF4y2Ba12gydF4y2Ba，gydF4y2Ba24gydF4y2Ba，gydF4y2Ba19gydF4y2Ba，gydF4y2Ba03gydF4y2Ba，gydF4y2Ba05gydF4y2Ba，gydF4y2Ba16gydF4y2Ba，gydF4y2Ba22gydF4y2Ba,gydF4y2Ba10gydF4y2Ba，“盐府6号”较高，“盐府6号”较高gydF4y2BaMdHDMgydF4y2Ba年代,gydF4y2BaMdHDMA05gydF4y2Ba，gydF4y2BaMdHDMA04gydF4y2Ba,gydF4y2BaMdJMJ28gydF4y2Ba，在“永富2号”更高。gydF4y2Ba

并对永富2号和盐富6号的不同表达模式进行了分析。易花品种盐府6号27gydF4y2BaMdSDGgydF4y2Ba的基因,gydF4y2BaMdSDG07gydF4y2Ba，gydF4y2Ba29gydF4y2Ba，gydF4y2Ba27gydF4y2Ba，gydF4y2Ba48gydF4y2Ba，gydF4y2Ba35gydF4y2Ba，gydF4y2Ba19gydF4y2Ba，gydF4y2Ba24gydF4y2Ba，gydF4y2Ba14gydF4y2Ba，gydF4y2Ba39gydF4y2Ba，gydF4y2Ba03gydF4y2Ba，gydF4y2Ba61gydF4y2Ba，gydF4y2Ba29gydF4y2Ba，gydF4y2Ba51gydF4y2Ba，gydF4y2Ba10gydF4y2Ba，gydF4y2Ba33gydF4y2Ba，gydF4y2Ba22gydF4y2Ba，gydF4y2Ba49gydF4y2Ba，gydF4y2Ba50gydF4y2Ba，gydF4y2Ba52gydF4y2Ba，gydF4y2Ba04gydF4y2Ba，gydF4y2Ba17gydF4y2Ba，gydF4y2Ba18gydF4y2Ba，gydF4y2Ba46gydF4y2Ba，gydF4y2Ba06gydF4y2Ba，gydF4y2Ba08gydF4y2Ba，gydF4y2Ba27gydF4y2Ba,gydF4y2Ba62gydF4y2Ba，高度表达。然而，只有三个gydF4y2BaMdSDGgydF4y2Ba基因gydF4y2BaMdSDG55gydF4y2Ba59岁;gydF4y2Ba36gydF4y2Ba，二gydF4y2BaMdPRMTgydF4y2Ba基因(gydF4y2BaMdPRMT02gydF4y2Ba和gydF4y2BaMdPRMT01gydF4y2Ba)在品种永富2号中表达量更高(图2)。gydF4y2Ba8gydF4y2Ba）.另外,12gydF4y2BaMdHDMgydF4y2Ba年代,gydF4y2BaMdHDMA06gydF4y2Ba，gydF4y2BaMdHDMA11gydF4y2Ba，gydF4y2BaMdHDMA02gydF4y2Ba，gydF4y2BaMdJMJ25gydF4y2Ba，gydF4y2Ba12gydF4y2Ba，gydF4y2Ba24gydF4y2Ba，gydF4y2Ba19gydF4y2Ba，gydF4y2Ba03gydF4y2Ba，gydF4y2Ba05gydF4y2Ba，gydF4y2Ba16gydF4y2Ba，gydF4y2Ba22gydF4y2Ba,gydF4y2Ba10gydF4y2Ba，“盐府6号”较高gydF4y2BaMdHDMgydF4y2Ba年代,gydF4y2BaMdHDMA05gydF4y2Ba，gydF4y2BaMdHDMA04gydF4y2Ba,gydF4y2BaMdJMJ28gydF4y2Ba，在“永富2号”中较高(图2)。gydF4y2Ba8gydF4y2Ba和gydF4y2Ba9gydF4y2Ba）.gydF4y2Ba

候选菌株qRT-PCR分析gydF4y2BaMdHMsgydF4y2Ba基因gydF4y2Ba

总共12个gydF4y2BaMdHMgydF4y2Bas (gydF4y2BaMdHAG07gydF4y2Ba，gydF4y2Ba08gydF4y2Ba，gydF4y2Ba24gydF4y2Ba,gydF4y2Ba34gydF4y2Ba,gydF4y2BaMdSDG07gydF4y2Ba，gydF4y2Ba27gydF4y2Ba，gydF4y2Ba29gydF4y2Ba，gydF4y2Ba48gydF4y2Ba,gydF4y2Ba55gydF4y2Ba，gydF4y2BaMdHDT03gydF4y2Ba，gydF4y2BaMdHAM01gydF4y2Ba,gydF4y2BaMdJMJ28gydF4y2Ba)，并利用qRT-PCR技术评估它们在不同花相关环境和不同组织(茎、叶、花、果实和芽)中的表达水平。这些候选人gydF4y2BaMdHMgydF4y2BaS在5个组织中表现出不同的表达模式，其中11个在叶和芽中表达量较高gydF4y2BaMdSDG55gydF4y2Ba，在花中较高(图2)。gydF4y2Ba10gydF4y2Ba）.第12位候选人gydF4y2BaMdHMgydF4y2Ba还研究了s对各种激素(GA3、ABA、SA和MeJA)的反应gydF4y2Ba18gydF4y2Ba:图S11)。gydF4y2BaMdHAG34gydF4y2Ba和gydF4y2BaMdSDG55gydF4y2Ba对这些激素治疗不敏感。其余10个基因在处理后的不同时间点上调或下调，表明它们可能在激素应激反应或苹果发育中起作用。gydF4y2Ba

外源糖处理可以促进开花并导致更高的开花率[gydF4y2Ba32gydF4y2Ba]。在这里，我们分析了糖处理后基因的表达谱。如附加文件中所示gydF4y2Ba19gydF4y2Ba图S12显示，这些候选基因在诱导开花期间也对糖介导的诱导开花有反应，尤其是在70 DAFB时。例如，大多数候选基因，如gydF4y2BaMdHAG07gydF4y2Ba，gydF4y2BaMdHAG08gydF4y2Ba，gydF4y2BaMdSDG29gydF4y2Ba，gydF4y2BaMdSDG55gydF4y2Ba，gydF4y2BaMdSDG48gydF4y2Ba，gydF4y2BaMdHDT03gydF4y2Ba,gydF4y2BaMdHAM01gydF4y2Ba，糖处理后在70 DAFB表现出不同的表达模式。我们进一步分析了它们在不同开花相关环境(即糖处理和互生结果)下的表达谱。我们研究了它们在‘富士’树中的表达水平。12个gydF4y2BaMdHMgydF4y2Bas在“开”和“关”树芽开花期间均有表达(图2)。gydF4y2Ba11gydF4y2Ba）.其中，gydF4y2BaMdHAG08gydF4y2Ba在所有三个发育阶段，“OFF”年份的水平都较高，而“OFF”年份的水平则较高gydF4y2BaMdHAG07gydF4y2Ba和gydF4y2BaMdSDG29gydF4y2Ba表现出相反的趋势。gydF4y2BaMdHAG24gydF4y2Ba，gydF4y2BaMdHAG34gydF4y2Ba,gydF4y2BaMdHDT03gydF4y2Ba在‘ON’树中，30 DAFB时表达较高，90和150 DAFB时表达较低。的表达模式gydF4y2BaMdSDG07gydF4y2Ba和gydF4y2BaMdJMJ28gydF4y2Ba也不同。在30和90 DAFB，gydF4y2BaMdSDG07gydF4y2Ba在“ON”树中较高，然后下降，而gydF4y2BaMdJMJ28gydF4y2Ba在“OFF”树中较高，然后下降。因此，12gydF4y2BaMdHMgydF4y2BaS似乎参与了糖或激素介导的花诱导，以及互生结果。gydF4y2Ba

HMsgydF4y2Ba在植物生长发育过程中起重要作用。虽然在一些模式植物上取得了很大的进展，但除了水分亏缺和果实发育性状外，在果树上的报道很少[gydF4y2Ba38gydF4y2Ba，gydF4y2Ba47gydF4y2Ba，gydF4y2Ba48gydF4y2Ba]。在这里,198gydF4y2BaMdHMsgydF4y2Ba基因,71gydF4y2BaMdHMTgydF4y2Ba年代(64gydF4y2BaMdSDGgydF4y2BaS和7gydF4y2BaMdPRMTgydF4y2Ba, 44gydF4y2BaMdHDMgydF4y2Ba年代(16gydF4y2BaMdHDMAgydF4y2BaS和28gydF4y2BaMdJMJgydF4y2Ba年代),57gydF4y2Ba帽子gydF4y2Ba年代(50gydF4y2BaMdHAGgydF4y2Ba年代,2gydF4y2BaMdHAMgydF4y2Ba年代,4gydF4y2BaMdHACgydF4y2BaS和1gydF4y2BaMdHAFgydF4y2Ba)和26gydF4y2BaMdHDACgydF4y2Ba年代(16gydF4y2BaMdHDAgydF4y2Ba年代,3gydF4y2BaMdSRTgydF4y2BaS和7gydF4y2BaMdHDTgydF4y2BaS)，在苹果基因组中被鉴定出来。对它们进行了进一步的表征，包括基因系统发育、蛋白-蛋白相互作用、扩增和合成分析。此外，我们还研究了它们在花诱导中的潜在表达水平和作用。这些结果将增加这一领域的知识。gydF4y2Ba

比较gydF4y2BaHMsgydF4y2Ba苹果和其他已测序植物物种的基因gydF4y2Ba

的识别gydF4y2BaHMsgydF4y2Ba基因,包括gydF4y2BaHMTgydF4y2Bas (gydF4y2Ba西班牙gydF4y2Ba年代和gydF4y2BaPRMTgydF4y2Ba年代),gydF4y2BaHDMgydF4y2Bas (gydF4y2BaHDMA这样gydF4y2Ba年代和gydF4y2BaJMJgydF4y2Ba年代),gydF4y2Ba帽子gydF4y2Bas (gydF4y2Ba女巫gydF4y2Ba年代,gydF4y2Ba火腿gydF4y2Ba年代,gydF4y2BaHACgydF4y2Ba年代,gydF4y2BaHAFgydF4y2Ba年代),gydF4y2BaHDACgydF4y2Bas (gydF4y2BaHDAgydF4y2Ba年代,gydF4y2BaSRTgydF4y2Ba年代,gydF4y2Ba热变形gydF4y2BaS)已被系统地或部分地报道gydF4y2Ba柑橘类gydF4y2Ba，gydF4y2Ba美国lycopersicumgydF4y2Ba，gydF4y2Ba拟南芥gydF4y2Ba，gydF4y2Baz梅斯gydF4y2Ba,gydF4y2Bao .漂白亚麻纤维卷gydF4y2Ba［gydF4y2Ba3.gydF4y2Ba，gydF4y2Ba6gydF4y2Ba，gydF4y2Ba7gydF4y2Ba，gydF4y2Ba49gydF4y2Ba]。我们对gydF4y2BaHMsgydF4y2Ba重要经济树种的基因家族。随着苹果基因组的重复发布，我们可以为基因组分析探索更多的信息。在本研究中，我们共确定了198个推定gydF4y2BaMdHMsgydF4y2Ba(表gydF4y2Ba2gydF4y2Ba）.他们被分为四类(gydF4y2BaHMTgydF4y2Ba，gydF4y2BaHDMgydF4y2Ba，gydF4y2Ba帽子gydF4y2Ba,gydF4y2BaHDACgydF4y2Ba)，它们属于11个不同的亚科，这些亚科与其他物种相似[gydF4y2Ba6gydF4y2Ba，gydF4y2Ba7gydF4y2Ba]。在所有的gydF4y2BaHMsgydF4y2Ba，gydF4y2Ba西班牙gydF4y2Ba是物种中最保守的。的数量gydF4y2BaMdSDGsgydF4y2Ba几乎是?的1.5倍gydF4y2BaSlSDGgydF4y2Ba年代,gydF4y2BaCsSDGgydF4y2Ba年代,gydF4y2BaAtSDGgydF4y2Ba年代,gydF4y2BaOsSDGgydF4y2Ba年代,gydF4y2BaZmSDGgydF4y2Ba另外，…的数量gydF4y2BaMdHDMAsgydF4y2Ba它们的基因几乎是其他物种的2到4倍。的数量gydF4y2Ba女巫gydF4y2Ba苹果中S的含量与其他品种差异较大gydF4y2Ba拟南芥gydF4y2Ba，gydF4y2Bao .漂白亚麻纤维卷gydF4y2Ba和gydF4y2Baz梅斯。gydF4y2Ba当在基于BLAST算法的搜索中使用AT1域作为查询时，这一巨大差异部分减少，结果为33gydF4y2Ba女巫gydF4y2BaS在gydF4y2Ba拟南芥gydF4y2Ba［gydF4y2Ba4gydF4y2Ba]。其他基因，如gydF4y2BaJMJgydF4y2Ba年代,gydF4y2Ba有gydF4y2Ba年代,gydF4y2Ba热变形gydF4y2Ba5、在苹果中的含量也是其他品种的两倍(表5)gydF4y2Ba2gydF4y2Ba）.我们还在其他种中搜索了与之对应的同源基因gydF4y2BaHMsgydF4y2Ba基因(图。gydF4y2Ba7gydF4y2Ba)，这将是进一步分析的有用工具。gydF4y2Ba

苹果的密度gydF4y2Ba嗯gydF4y2BaS后面是gydF4y2Ba拟南芥gydF4y2Ba和柑橘(附加文件gydF4y2Ba20.gydF4y2Ba表8)。gydF4y2Ba拟南芥gydF4y2Ba是最多余的，而gydF4y2Baz梅斯gydF4y2Ba是最不密集的，这可能是它的大基因组大小的结果[gydF4y2Ba50gydF4y2Ba]。苹果的基因组比柑橘大近1.7倍，但它们的基因数量与基因组大小不呈正相关。类似的关系也存在于其他植物中gydF4y2Ba2gydF4y2Ba）.基因组大小和基因数量之间的复杂联系尚未得到很好的表征，部分原因是不同物种基因组中的重复事件和/或它们复杂的物种特征。Meanshile 198gydF4y2BaMdHMgydF4y2Bas在苹果基因组的18条染色体上分布不均匀(图2)。gydF4y2Ba1gydF4y2Ba)，类似于柑橘[gydF4y2Ba6gydF4y2Ba]。此外，这种不规则分布也被注意到gydF4y2BaMdGRASgydF4y2Ba和gydF4y2BaMdGASAgydF4y2Ba基因家族[gydF4y2Ba33gydF4y2Ba，gydF4y2Ba35gydF4y2Ba]。从理论上讲，苹果第15号染色体比其他染色体更长更大，很容易包含更多的基因(图2)。gydF4y2Ba2gydF4y2Ba) [gydF4y2Ba38gydF4y2Ba]。gydF4y2Ba

外显子或内含子的获得或丢失总是与基因家族的多样化有关。这些事件可由染色体重排或融合引起，它们可导致不同的功能特征[gydF4y2Ba51gydF4y2Ba]。在本研究中，gydF4y2BaMdHMsgydF4y2Ba结构不同的基因聚在一起的距离较远，而结构相似的基因聚在一起的距离较近gydF4y2Ba8gydF4y2Ba:图S3，附加文件gydF4y2Ba9gydF4y2Ba:图S4，附加文件gydF4y2Ba10gydF4y2Ba:图S5，附加文件gydF4y2Ba11gydF4y2Ba:图S6，附加文件gydF4y2Ba12gydF4y2Ba:图S7，附加文件gydF4y2Ba13gydF4y2Ba:图S8和附加文件gydF4y2Ba14gydF4y2Ba:图S9)。这在gydF4y2Ba国际国内直拨电话gydF4y2Ba和gydF4y2Ba气体”gydF4y2Ba苹果基因组中的基因家族，表明系统发育、基因结构和蛋白质基序之间的潜在关系[gydF4y2Ba33gydF4y2Ba，gydF4y2Ba34gydF4y2Ba，gydF4y2Ba35gydF4y2Ba]。12 .基因簇的典型结构域gydF4y2BaMdHMgydF4y2BaS被调查。一般来说，这些结构域在苹果中是保守的(图2)。gydF4y2Ba6gydF4y2Ba）.例如，SET结构域在其他植物中是保守的[gydF4y2Ba6gydF4y2Ba，gydF4y2Ba7gydF4y2Ba，gydF4y2Ba52gydF4y2Ba]，而在苹果，mdsdg也共享了这个典型的SET域。此外，在MdSDG家族成员中也发现了其他必要的结构域，如柑橘，在其40个cssg中共有19个不同的结构域[gydF4y2Ba6gydF4y2Ba]。所有的MdPRMT共享一个典型的PRMT5域。与柑橘和番茄相比，JmjC和swim也分别是JMJ和HDMA基因家族的典型保守结构域(图2)。gydF4y2Ba6gydF4y2Ba) [gydF4y2Ba6gydF4y2Ba，gydF4y2Ba7gydF4y2Ba]。在不同种类的其他科成员中也发现了类似的典型结构。例如，AT-N域位于hag中，c端MOZ-SAS位于ham中，HD位于hda中，SIR2位于srt中(图2)。gydF4y2Ba6gydF4y2Ba、附加文件gydF4y2Ba7gydF4y2Ba:图S2)。尽管它们的序列特征和结构变化多样，数量众多，但它们的前提域是保守的，这表明了在不同物种中保守的共同特征[gydF4y2Ba4gydF4y2Ba，gydF4y2Ba6gydF4y2Ba，gydF4y2Ba7gydF4y2Ba]。gydF4y2Ba

的演化与扩展分析gydF4y2Ba嗯gydF4y2Ba基因家族gydF4y2Ba

为了更好地了解它们的系统发育相互作用，我们绘制了四棵系统发育树(gydF4y2BaHMTgydF4y2Ba年代,gydF4y2BaHDMgydF4y2Ba年代,gydF4y2Ba帽子gydF4y2Ba年代,gydF4y2BaHDACgydF4y2BaS)用苹果和模式植物的所有基因成员构建gydF4y2Ba拟南芥gydF4y2Ba．有趣的是,一个gydF4y2BaPRMTgydF4y2Ba的基因,gydF4y2BaAtPRMT16gydF4y2Ba聚集在一起gydF4y2Ba西班牙gydF4y2Ba基因(图。gydF4y2Ba3gydF4y2Ba)，这可能是由它们部分匹配的蛋白质序列引起的。的gydF4y2BaHDMgydF4y2Ba年代,gydF4y2Ba帽子gydF4y2Ba年代,gydF4y2BaHDACgydF4y2BaS也聚集在一起。在gydF4y2BaHDMgydF4y2BaS，亚族gydF4y2BaHDMA这样gydF4y2Ba与gydF4y2BaJMJgydF4y2Ba亚科(无花果。gydF4y2Ba3 bgydF4y2Ba）.剩下的gydF4y2Ba帽子gydF4y2Ba年代和gydF4y2BaHDACgydF4y2BaS组织良好，并以逻辑方式聚集在一起，正如之前在其他物种中发现的那样[gydF4y2Ba6gydF4y2Ba，gydF4y2Ba7gydF4y2Ba]。总的来说，我们首先分析了四棵树中的亚科，gydF4y2BaHMTgydF4y2Bas (gydF4y2Ba西班牙gydF4y2Ba年代和gydF4y2BaPRMTgydF4y2Ba年代),gydF4y2BaHDMgydF4y2Bas (gydF4y2BaHDMA这样gydF4y2Ba年代和gydF4y2BaJMJgydF4y2Ba年代),gydF4y2Ba帽子gydF4y2Bas (gydF4y2Ba女巫gydF4y2Ba年代,gydF4y2Ba火腿gydF4y2Ba年代,gydF4y2BaHACgydF4y2Ba年代,gydF4y2BaHAFgydF4y2Ba年代),gydF4y2BaHDACgydF4y2Bas (gydF4y2BaHDAgydF4y2Ba年代,gydF4y2BaSRTgydF4y2Ba年代,gydF4y2Ba热变形gydF4y2Ba出现了四种不同的树gydF4y2Ba嗯gydF4y2Ba亚科有助于研究它们复杂的系统发育相互作用。gydF4y2Ba

基因复制促进了物种的进化[gydF4y2Ba51gydF4y2Ba]。此外，在苹果中，最近(超过5000万年前)发生了全基因组复制事件，导致苹果染色体从9(祖先)变为17(现在)[gydF4y2Ba53gydF4y2Ba]。利用改进的测序技术，最近公布了苹果基因组的新版本[gydF4y2Ba38gydF4y2Ba]。在目前的参考基因组中，许多已确定gydF4y2BaMdHMsgydF4y2Ba根据Circos图(图2)显示重复基因。gydF4y2Ba4gydF4y2Ba）.在番茄里，8个gydF4y2BaSlHAGsgydF4y2Ba基因成员，包括gydF4y2BaSlHAG11gydF4y2Ba，gydF4y2Ba19gydF4y2Ba，gydF4y2Ba20.gydF4y2Ba，gydF4y2Ba21gydF4y2Ba，gydF4y2Ba22gydF4y2Ba，gydF4y2Ba24gydF4y2Ba，gydF4y2Ba25gydF4y2Ba， 26例进行串联复制[gydF4y2Ba7gydF4y2Ba]。此外,gydF4y2BaSlHACgydF4y2Ba年代,gydF4y2BaSlSDGgydF4y2Ba和我们的研究一样，还分析了S和其他亚家族的基因重复。在苹果公司，据报道gydF4y2BaMdSPLgydF4y2Ba，gydF4y2BaMdGASAgydF4y2Ba,gydF4y2BaMdGRASgydF4y2Ba也经历串联、片段复制或全基因组复制，类似于gydF4y2BaMdHMsgydF4y2Ba家庭成员[gydF4y2Ba33gydF4y2Ba，gydF4y2Ba35gydF4y2Ba，gydF4y2Ba36gydF4y2Ba]。这种基因复制或基因扩增与基因组复制有关[gydF4y2Ba53gydF4y2Ba]。gydF4y2Ba

以前，Ka/Ks比值被确定为正向选择(Ka/Ks > 1)、中性选择(Ka/Ks = 1)或纯化选择(Ka/Ks < 1)的良好指标[gydF4y2Ba54gydF4y2Ba，gydF4y2Ba55gydF4y2Ba]。有趣的是，我们在苹果内部或苹果与苹果之间的重复基因对gydF4y2Ba拟南芥gydF4y2Ba，均小于1(图1)。gydF4y2Ba7gydF4y2Ba)，这与之前的一份报告类似gydF4y2BaWRKYgydF4y2Ba在gydF4y2BaBrachypodium distachyongydF4y2Ba［gydF4y2Ba46gydF4y2Ba]，表明它们在进化过程中的重要关系。总的来说，这些重复与扩张有关gydF4y2BaMdHMgydF4y2BaS，导致了它们的结构和功能的多样化。gydF4y2Ba

中的重复块之间的一致性gydF4y2Ba拟南芥gydF4y2Ba而苹果也决定了gydF4y2Ba嗯gydF4y2Ba年代,因为gydF4y2Ba拟南芥gydF4y2Ba模型植物的功能是什么gydF4y2BaAtHMgydF4y2BaS更容易理解。一项比较基因组比较调查帮助我们了解了gydF4y2BaAtHMgydF4y2Ba年代gydF4y2BaMdHMgydF4y2BaS的可能函数gydF4y2BaMdHMsgydF4y2Ba可以很好地推断[gydF4y2Ba56gydF4y2Ba，gydF4y2Ba57gydF4y2Ba]。这里，在共图中也检测到几个同源基因，这些同源基因位于不同的重复基因组区域gydF4y2Ba拟南芥gydF4y2Ba和苹果基因组(图2)gydF4y2Ba6gydF4y2Ba)，表明这些基因来自一个共同的祖先。在此之前,gydF4y2BaAtHMsgydF4y2Ba基因,包括gydF4y2BaAtSDG8gydF4y2Ba［gydF4y2Ba9gydF4y2Ba]，gydF4y2BaAtHDA9gydF4y2Ba［gydF4y2Ba8gydF4y2Ba]，gydF4y2BaAtHDA19gydF4y2Ba［gydF4y2Ba17gydF4y2Ba]，gydF4y2BaAtHDT1gydF4y2Ba［gydF4y2Ba58gydF4y2Ba]，gydF4y2BaAtHDT3gydF4y2Ba［gydF4y2Ba59gydF4y2Ba]，gydF4y2BaAtHDA15gydF4y2Ba［gydF4y2Ba60gydF4y2Ba]，gydF4y2BaAtHAM1gydF4y2Ba和gydF4y2Ba2gydF4y2Ba［gydF4y2Ba19gydF4y2Ba，gydF4y2Ba20.gydF4y2Ba]，gydF4y2BaAtHAF1gydF4y2Ba［gydF4y2Ba61gydF4y2Ba),而gydF4y2BaAtSRT1gydF4y2Ba和gydF4y2Ba2gydF4y2Ba［gydF4y2Ba62gydF4y2Ba，gydF4y2Ba63gydF4y2Ba]，被证明与花的诱导有关。因此，基于苹果与gydF4y2Ba拟南芥gydF4y2Ba,几gydF4y2BaMdHMgydF4y2BaS可以根据他们的gydF4y2Ba拟南芥gydF4y2Bacomprasion。然而，这些还需要进一步的实验来证实。gydF4y2Ba

MdHMsgydF4y2Ba被认为参与了苹果花诱导gydF4y2Ba

植物组蛋白修饰相关基因的研究进展[j]gydF4y2Ba12gydF4y2Ba，gydF4y2Ba13gydF4y2Ba]。比如转录因子gydF4y2BaHMsgydF4y2Ba基因还参与植物生长发育过程中的各种生物过程，尤其是花诱导[gydF4y2Ba64gydF4y2Ba，gydF4y2Ba65gydF4y2Ba，gydF4y2Ba66gydF4y2Ba]。植物中与开花有关的各种基因和基因家族已经得到了很好的鉴定。在苹果公司，gydF4y2BaMdMAD-boxgydF4y2Ba，gydF4y2BaMdIDDgydF4y2Ba，gydF4y2BaMdGASAgydF4y2Ba,gydF4y2BaMdGRASgydF4y2Ba基因家族参与调控苹果开花[gydF4y2Ba33gydF4y2Ba，gydF4y2Ba34gydF4y2Ba，gydF4y2Ba35gydF4y2Ba，gydF4y2Ba37gydF4y2Ba]。然而,是否gydF4y2BaMdHMgydF4y2Ba报道了S对花诱导的响应。在这里，我们提出gydF4y2BaMdHMgydF4y2BaS还负责苹果的花诱导。在模型中gydF4y2Ba拟南芥gydF4y2Ba,几gydF4y2Ba嗯gydF4y2Ba基因，比如gydF4y2BaAtSDG8gydF4y2Ba［gydF4y2Ba9gydF4y2Ba]，gydF4y2BaAtHDA9gydF4y2Ba［gydF4y2Ba8gydF4y2Ba]，gydF4y2BaAtHDA19gydF4y2Ba［gydF4y2Ba17gydF4y2Ba]，gydF4y2BaAtHDT1gydF4y2Ba［gydF4y2Ba58gydF4y2Ba]，gydF4y2BaAtHDT3gydF4y2Ba［gydF4y2Ba59gydF4y2Ba]，gydF4y2BaAtHDA15gydF4y2Ba［gydF4y2Ba60gydF4y2Ba]，gydF4y2BaAtHAM1gydF4y2Ba和gydF4y2Ba2gydF4y2Ba［gydF4y2Ba19gydF4y2Ba，gydF4y2Ba20.gydF4y2Ba]，gydF4y2BaAtHAF1gydF4y2Ba［gydF4y2Ba61gydF4y2Ba),而gydF4y2BaAtSRT1gydF4y2Ba和gydF4y2Ba2gydF4y2Ba［gydF4y2Ba63gydF4y2Ba，gydF4y2Ba64gydF4y2Ba已经在功能上得到了证实，它们参与了花朵的发育。因此，我们根据候选苹果开花相关基因的同源基因及其表达模式进行了鉴定。例如,gydF4y2BaMdHDA13gydF4y2Ba，与…同源gydF4y2BaAtHDA9gydF4y2Ba在花期表现出一致的表达模式，并且在开花时间越长(‘盐复6号’和6BA处理)的情况下表达量越高。同样的,gydF4y2BaMdHDA16gydF4y2Ba的同义词gydF4y2BaAtHDT15gydF4y2Ba;gydF4y2BaMdHAM01gydF4y2Ba的同义词gydF4y2BaAtHAM1gydF4y2Ba;和gydF4y2BaMdHAF01gydF4y2Ba的同义词gydF4y2BaAtHAF1gydF4y2Ba，在‘盐府6号’中表达量高于‘长府2号’。然而,gydF4y2BaMdHDT04gydF4y2Ba的同义词gydF4y2BaAtHDT1gydF4y2Ba，在“Nagafu 2号”中表达量更高(图2)。gydF4y2Ba8gydF4y2Ba和gydF4y2Ba9gydF4y2Ba）.因此，本比较分析gydF4y2BaHMsgydF4y2Ba苹果和gydF4y2Ba拟南芥gydF4y2Ba，连同它们的表达模式，为参与的研究提供了宝贵的资料gydF4y2BaMdHMgydF4y2BaS在调节花诱导中的作用。gydF4y2Ba

叶和芽是影响花发育的重要器官[gydF4y2Ba28gydF4y2Ba，gydF4y2Ba29gydF4y2Ba，gydF4y2Ba67gydF4y2Ba]。这里是11个候选人gydF4y2BaMdHMsgydF4y2Ba在叶片或芽中的表达量高于其他测试组织(茎，花和果实)，这表明它们参与开花。分析了它们在永富2号和盐富6号两个品种中的表达模式。‘盐复6号’是‘永复2号’的突变体，它具有更高的芽比例、更短的芽、更大的芽和更高的开花率[gydF4y2Ba34gydF4y2Ba，gydF4y2Ba35gydF4y2Ba]。大部分的gydF4y2BaMdHMgydF4y2BaS在三个发育阶段均有表达，且表现出一致的模式。大多数的gydF4y2BaMdSDGgydF4y2Ba在花发育阶段，‘盐复6号’的基因含量较高(图2)。gydF4y2Ba8gydF4y2Ba)，表明“盐府6号”和“永府2号”正在发生甲基化。同样，“Nagafu 2号”也出现了较高的乙酰化相关活性(图2)。gydF4y2Ba9gydF4y2Ba）.在一些体细胞突变中也报道了类似的表观遗传相互作用[gydF4y2Ba68gydF4y2Ba，gydF4y2Ba69gydF4y2Ba，gydF4y2Ba70gydF4y2Ba]。因此，我们推测，上调或下调gydF4y2BaMdHMgydF4y2BaS对不同的开花现象有直接或间接的影响。的连续差分表达模式gydF4y2BaMdHMgydF4y2BaS可以部分说明它们的修饰过程并影响开花。我们还测定了它们在糖处理和激素应激下的表达水平(附加文件)gydF4y2Ba18gydF4y2Ba-gydF4y2Ba19gydF4y2Ba:图S11和S12)。总的来说，它们也部分参与了糖介导的苹果花诱导。gydF4y2Ba

虽然在多年生乔木中有关于激素或糖介导的互生结果的相声报道，但尚未解决的问题仍然存在。gydF4y2Ba29gydF4y2Ba，gydF4y2Ba71gydF4y2Ba，gydF4y2Ba72gydF4y2Ba]。在这里，我们研究了12个候选基因的表达gydF4y2BaMdHMgydF4y2Ba在互生苹果树上生长。文献报道较少关于gydF4y2BaHMsgydF4y2Ba关于这一点，我们再没有更好的建议了。但它们确实是被诱导的，并且在不同的时间点在“ON”和“OFF”树上表现出不同的表达模式，表明它们负责不同的发育阶段(图2)。gydF4y2Ba11gydF4y2Ba）.需要进行进一步的研究来证实这一点。gydF4y2Ba

在本研究中，我们系统地确定gydF4y2BaHMsgydF4y2Ba苹果基因组中的基因。研究了它们的染色体位置、基因和蛋白质结构、系统发育和共系关系以及蛋白质-蛋白质相互作用。利用高通量RNA序列数据分析了它们在不同开花能力品种和6BA处理下的表达水平，表明它们与诱导花有关。还有一些候选人gydF4y2BaHMsgydF4y2Ba然后利用qRT-PCR分析不同组织(茎、叶、花、果实和芽)、不同激素胁迫(GA3、ABA、SA和MeJA)和不同开花相关环境(糖处理和互生芽)中的基因。总之，我们的鉴定和表征gydF4y2BaHMsgydF4y2Ba苹果基因提供了有用的信息，丰富了生物学理论，为进一步分析奠定了基础。gydF4y2Ba

6 ba:gydF4y2Ba

6-benzylaminopurinegydF4y2Ba

阿坝:gydF4y2Ba

脱落酸gydF4y2Ba

DAFB:gydF4y2Ba

盛开后的日子gydF4y2Ba

帽子:gydF4y2Ba

治疗后数小时gydF4y2Ba

帽子:gydF4y2Ba

组蛋白乙酰基转移酶gydF4y2Ba

hdac:gydF4y2Ba

组蛋白去乙酰酶抑制剂gydF4y2Ba

hdm:gydF4y2Ba

组蛋白甲基化酶gydF4y2Ba

嗯:gydF4y2Ba

组蛋白修饰gydF4y2Ba

hmt:gydF4y2Ba

组蛋白甲基转移酶gydF4y2Ba

惩罚:gydF4y2Ba

甲基jasmonategydF4y2Ba

山:gydF4y2Ba

水杨酸gydF4y2Ba

资金gydF4y2Ba

本文得到中国苹果研究系统(cas -27)、国家自然科学基金(31672101)、陕西省重点研发计划(2017ZDXM-NY-019)、国家苹果改良中心杨凌子中心项目和陕西省果业发展中心协同创新项目的支持。gydF4y2Ba

数据和材料的可用性gydF4y2Ba

支持本文结论的数据集包含在本文和附加文件中。gydF4y2Ba

从属关系gydF4y2Ba

1. 西北农林科技大学园艺学院，陕西杨凌712100gydF4y2Ba

   范胜，王珏，雷超，高彩，李友梅，安娜，张东，韩明玉gydF4y2Ba

2. 西北农林科技大学创新实验学院，陕西杨凌712100gydF4y2Ba

   杨杨gydF4y2Ba

贡献gydF4y2Ba

FS和HM构思并设计了实验。FS, GC, WJ和ZD进行了实验。FS, YY, LY, LC和AN分析数据。FS和HM撰写了手稿。所有作者都阅读并批准了最终的手稿。gydF4y2Ba

相应的作者gydF4y2Ba

对应到gydF4y2Ba明宇汉gydF4y2Ba．gydF4y2Ba

伦理批准并同意参与gydF4y2Ba

不适用。gydF4y2Ba

发表同意书gydF4y2Ba

不适用。gydF4y2Ba

相互竞争的利益gydF4y2Ba

作者宣称他们没有竞争利益。gydF4y2Ba

出版商的注意gydF4y2Ba

施普林格·自然对已出版的地图和机构关系中的管辖权要求保持中立。gydF4y2Ba

开放获取gydF4y2Ba本文遵循知识共享署名4.0国际许可协议(gydF4y2Bahttp://creativecommons.org/licenses/by/4.0/gydF4y2Ba)，它允许在任何媒体上不受限制地使用、分发和复制，前提是您要适当地注明原作者和来源，提供到知识共享许可协议的链接，并注明是否进行了修改。创作共用公共领域免责声明(gydF4y2Bahttp://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/gydF4y2Ba)适用于本文中提供的数据，除非另有说明。gydF4y2Ba

转载及权限gydF4y2Ba