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中长链非编码rna的发现、鉴定和功能表征gydF4y2Ba落花生hypogaeagydF4y2BalgydF4y2Ba

摘要gydF4y2Ba

背景gydF4y2Ba

长度的非致rnas(lncrna),其通常长度为200nt,涉及许多生物过程。栽培花生中LNCRNA的研究(gydF4y2Ba落花生hypogaeagydF4y2Bal)很大程度上仍然未知。gydF4y2Ba

结果gydF4y2Ba

对花生的基因组扫描(gydF4y2Ba落花生hypogaeagydF4y2BaL.)转录组鉴定了1442个LNCRNA,其通过分布在每种染色体上的基因座编码。长期性非数性RNA占这些LNCRNA的85.58%。另外,189克尔中的根部,叶或种子差异丰富。通常,LNCRNA显示出较低的表达水平,细胞特异性表达,比mRNA少拼接。可替代地拼接约44.17%的外显子/内部结构的LNCRNA;该速率略低于mRNA的剪接率。开始网站事件的转录是花生LNCRNA中最高频率(28.05%)的替代剪接(AS)事件,而内含子保留事件的发生率(30.19%)是MRNA中最高的。随着LNCRNA的目标基因谱改变,增加了LNCRNA的多样性和灵活性,这对于执行其功能可能是重要的。另外,大量的花生作为从蛋白质编码基因产生的同种型的花生似乎是非沉积的,因为它们被截短了转录物;这种同种型可以合法地被视为一类LNCRNA。 The predicted target genes of the lncRNAs were involved in a wide range of biological processes. Furthermore, expression pattern of several selected lncRNAs and their target genes were examined under salt stress, results showed that all of them could respond to salt stress in different manners.

结论gydF4y2Ba

本研究提供了候选lncrna的资源和组织间的表达模式,这些lncrna是否具有功能性将在我们后续的实验中进一步研究。gydF4y2Ba

背景gydF4y2Ba

分子生物学的中心信条,提出了从DNA到RNA再到蛋白质的信息流动[gydF4y2Ba1gydF4y2Ba)的理论不再适用于不断增加的非编码蛋白质的rna。这些非编码rna (ncRNAs)根据其位置、长度和生物学功能以不同的方式分类[gydF4y2Ba2gydF4y2Ba].广泛地说,NCRNA分为两类:保留和监管[gydF4y2Ba2gydF4y2Ba,gydF4y2Ba3.gydF4y2Ba].后者可以分为短NCRNA(<200nt),包括短干扰RNA(20-31NT),小NCRNA和长的非编码RNA(> 200nt,lncrnas)[gydF4y2Ba4gydF4y2Ba].短干扰RNA包括小干扰RNA,MicroRNAS(MiRNA)和PiWi相互作用的RNA;这些序列在发现它们的不同真核序列中不同[gydF4y2Ba5gydF4y2Ba].基于其基因组来源和/或其相对于其相邻的蛋白质编码转录物的基于基因组来分类为反义LNCRNA,长期性NCRNA(LincrNA)和内肠菌(Incrnas)分类为反义LNCRNA,和inscronaCrNA(Incrnas)[gydF4y2Ba3.gydF4y2Ba,gydF4y2Ba6gydF4y2Ba,gydF4y2Ba7gydF4y2Ba,gydF4y2Ba8gydF4y2Ba].gydF4y2Ba

毫无疑问,基因组学和生物信息学的进步,特别是下一代测序的广泛应用,促进了已经确定参与一系列监管角色而不是简单地代表转录噪声的NCRNA的识别和注释[gydF4y2Ba4gydF4y2Ba,gydF4y2Ba5gydF4y2Ba,gydF4y2Ba6gydF4y2Ba,gydF4y2Ba7gydF4y2Ba,gydF4y2Ba8gydF4y2Ba].尽管lncrna可能是这些ncrna中研究最少的,但越来越多的证据表明,在真菌、植物和动物中,它们在转录、转录后和表观遗传水平上发挥其功能[gydF4y2Ba5gydF4y2Ba,gydF4y2Ba9gydF4y2Ba,gydF4y2Ba10.gydF4y2Ba,gydF4y2Ba11.gydF4y2Ba,gydF4y2Ba12.gydF4y2Ba,gydF4y2Ba13.gydF4y2Ba,gydF4y2Ba14.gydF4y2Ba,gydF4y2Ba15.gydF4y2Ba].特别是,动物lncRNAs与衰老、造血、pri-miRNA加工、肌肉分化、神经发育和免疫反应相关[gydF4y2Ba16.gydF4y2Ba,gydF4y2Ba17.gydF4y2Ba,gydF4y2Ba18.gydF4y2Ba,gydF4y2Ba19.gydF4y2Ba,gydF4y2Ba20.gydF4y2Ba,gydF4y2Ba21.gydF4y2Ba].Xist是研究得最好的lncrna之一,在雌性哺乳动物发育过程中,通过直接与SHARP相互作用、招募SMRT、激活HDAC3和去乙酰化组蛋白来排除X染色体上的Pol II来沉默转录[gydF4y2Ba12.gydF4y2Ba].尽管与人类和动物的研究相比,植物上的研究有限,但通过RNA-seq和生物信息学分析,已经在一些植物中识别出了数以万计的lncrna,如拟南芥[gydF4y2Ba22.gydF4y2Ba], Medicago [gydF4y2Ba23.gydF4y2Ba)大豆(gydF4y2Ba9gydF4y2Ba)、大米(gydF4y2Ba24.gydF4y2Ba], 小麦 [gydF4y2Ba25.gydF4y2Ba],玉米[gydF4y2Ba26.gydF4y2Ba,番茄gydF4y2Ba27.gydF4y2Ba],桑树[gydF4y2Ba28.gydF4y2Ba],poplar [gydF4y2Ba29.gydF4y2Ba]和海鼠[gydF4y2Ba11.gydF4y2Ba].此外,已有研究表明,有少量的lncrna在植物中发挥着与动物相似的调节功能[gydF4y2Ba30.gydF4y2Ba,gydF4y2Ba31gydF4y2Ba,gydF4y2Ba32gydF4y2Ba].例如,lncrnagydF4y2BaCOOLAIRgydF4y2Ba这是一种长链内含子非编码RNA,通过与PRC2的相互作用在FLC上建立稳定的抑制性染色质是必需的[gydF4y2Ba31gydF4y2Ba].在水稻中,Ding等人发现长日照特定的雄性育性相关的lncRNA RNA对于长日照条件下植物的正常花粉发育是必不可少的[gydF4y2Ba30.gydF4y2Ba].而且,越来越多的研究表明lncrna在各种应激反应的基因表达调控中发挥着重要的作用[gydF4y2Ba33gydF4y2Ba,gydF4y2Ba34gydF4y2Ba,gydF4y2Ba35gydF4y2Ba,gydF4y2Ba36gydF4y2Ba,gydF4y2Ba37gydF4y2Ba,gydF4y2Ba38gydF4y2Ba].拟南芥LncrNa,干旱诱导的LNCRNA(DRIR)是植物对干旱和盐胁迫的新阳性调节剂[gydF4y2Ba37gydF4y2Ba].在对照条件下,DRIR表达量较低,但在干旱、盐胁迫和ABA处理下显著增加。而且,gydF4y2Ba酒后德gydF4y2BaDgydF4y2BaRNA-seq结果表明,在拟南芥中突变或过表达drr可以提高转基因植物对干旱和盐胁迫的耐受性gydF4y2Ba酒后德gydF4y2Ba可以调节一系列参与ABA信号转导、水转运和其他胁迫缓解过程的基因的表达。尽管越来越多的证据支持lncrna在植物中的多种潜在作用,但lncrna在栽培花生(gydF4y2Ba落花生hypogaeagydF4y2Bal)很大程度上仍然未知。最近,Zhao等人从公开发表的大规模RNA测序数据中,鉴定出花生50873个lncrna,属于124个样本,涉及15个不同组织,并预测了目标基因与386个hub lncrna的共表达[gydF4y2Ba39gydF4y2Ba].gydF4y2Ba

花生是源于野生二倍体之间的自然杂交的同种异体四倍体物种gydF4y2BaA. Duranensis.gydF4y2Ba和gydF4y2BaA. iPaensis.gydF4y2Ba[gydF4y2Ba40gydF4y2Ba].花生在种子生产方面排名第六;约有三分之二的收获花生种子用于石油生产,残留的种子饼用作富蛋白膳食的牲畜[gydF4y2Ba41gydF4y2Ba,gydF4y2Ba42gydF4y2Ba].现在已经获得了花生祖种类的基因组序列[gydF4y2Ba43gydF4y2Ba],从而为分析lncrna对植物转录和最终表型的贡献提供了机会。本研究通过扫描花生的链特异性序列数据来检测lncRNA含量,并结合生物信息学分析和实验来说明可能涉及lncRNA活性的生物过程的范围。提出了一些新的观点。gydF4y2Ba

结果gydF4y2Ba

花生转录组分析gydF4y2Ba

在对适配器序列和低质量reads进行裁剪后,从FH1-seed1、FH1-seed2、FH1-root和FH1-leaf四个库中各获得超过11.14 Gb的干净数据,用于进一步分析。拆分为2038亿条长度为125 bp的末端对。各个图书馆的QgydF4y2Ba30.gydF4y2Ba价值范围从88.90到89.79%,他们的GC含量从44.48到50.48%(附加档案gydF4y2Ba1gydF4y2Ba:表S1)。79.91和84.16%的读数与花生参考基因组序列成功对齐(附加文件gydF4y2Ba2gydF4y2Ba:表S2)。另外,关于在注释的蛋白质编码基因(外源和内肠道)和非基因区域中,关于RNA-SEQ读数的分布的整体映射结果应该在图2中呈现。gydF4y2Ba1gydF4y2Ba一种。大多数读取(66.60-74.25%)被映射到外源序列,映射到内肾序列<10%映射(图。gydF4y2Ba1gydF4y2Ba一个)。gydF4y2Ba

图1gydF4y2Ba
图1gydF4y2Ba

较长的非编码数据与花生参比基因组序列比较。gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba花生参比基因组中reads的分布;gydF4y2BabgydF4y2Ba四个库中每个库的fpkm_boxplot;gydF4y2BacgydF4y2Ba每类LNCRNA的丰富gydF4y2Ba

识别LncRNAsgydF4y2Ba

在施加旨在识别推定的LNCRNA的各种标准之后,总共剩下1442个序列(附加文件gydF4y2Ba3.gydF4y2Ba:表S3);每个库的FPKM值表明4个库的lncRNA丰度分布大致相似,但也有证据表明fh1根库的序列分布和丰度略有不同(略高)(图1)。gydF4y2Ba1gydF4y2Bab).鉴定出三种类型的lncRNA序列:lincRNAs、incRNAs和反义lncrnas,其中lincRNAs占85.60%(图1)。gydF4y2Ba1gydF4y2BaC);在这些序列中,1007在FH1-SEED2,952中的FH1-SEED1,992中以FH1-根部的FH1-SEED2,952和FH1-叶中的917表示(图。gydF4y2Ba2gydF4y2Ba一个)。在所有四个文库中表示的序列数为465,而文库特异性序列的数量为86,75,78和50;LNCRNA的261是特异于显影种子(特异于FH1-Seef1或FH1-Seef2,或者在两个文库中存在,但不存在于FH1根和FH1-叶中)。在所有四个库中表示的LincrNA数量为387,而图书馆特定的Lincrnas的数量为77,70,70和42(图。gydF4y2Ba2gydF4y2Bab)。还识别了大量的器官特异性内肠RNA和反义-LNCRNA(图。gydF4y2Ba2gydF4y2Bac, d)。共有189个lncrna被归类为差异丰富的lncrna (DALs;无花果。gydF4y2Ba3.gydF4y2Ba;额外的文件gydF4y2Ba4gydF4y2Ba:表S4)。4个文库中DALs的数量均为20个,而库特异性序列的数量分别为16、16、11和3个(图1)。gydF4y2Ba2gydF4y2Bae)。gydF4y2Ba

图2gydF4y2Ba
图2.gydF4y2Ba

lncrna在器官间的重叠和独特性。gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba完整的lncrna;gydF4y2BabgydF4y2BaLincrnas;gydF4y2BacgydF4y2Baintronerrnas;gydF4y2BadgydF4y2Baantisense-lncRNAs;gydF4y2BaegydF4y2Ba木豆gydF4y2Ba

图3gydF4y2Ba
图3.gydF4y2Ba

横跨器官的大量的丰富。热图的列代表四个库中的每一个,行都显示了189个DALS。DALS的丰富由颜色强度表示gydF4y2Ba

lncrna的基因组分布gydF4y2Ba

这组已鉴定的lncrna是由分布在花生基因组所有20条染色体上的序列转录而来的,尽管与B亚基因组相关的数量高于与a亚基因组相关的数量(863 vs 579,附加文件gydF4y2Ba5gydF4y2Ba:表S5)。染色体Araip。与Aradu.A07染色体转录的31个lncrna相比,B02转录了112个。A亚基因组中每100个基因的平均lncrna数量为2.57,而B亚基因组中相应的统计量为3.37。各染色体上转录的lncrna数量与转录的基因数量(FPKM阈值为0.1)之间的相关性为+ 0.61(显著于gydF4y2BaPgydF4y2Ba< 0.01)。gydF4y2Ba

mrna和lncrna的比较gydF4y2Ba

获得从55,621个基因产生的213,515转录物的序列:这组序列包括作为同种型,在此统称到“MRNA”。MRNA的平均长度为2017年,其大部分长度落在400-2600nt的范围内(图。gydF4y2Ba4gydF4y2Baa),而lncrna的等效长度分别为1074 nt和400-1400 nt。(无花果。gydF4y2Ba4gydF4y2Bab)。MRNA的开放阅读框架(ORF)的平均长度为240nt,大多数落在100-300nt的范围内,而LNCRNA的范围为96nt,长度为50nt至150 nt(无花果。gydF4y2Ba4gydF4y2BaC,D)。包括至少一个内含子的所有LNCRNA具有比mRNA的平均外显子数为2.77的外显子,其平均外显子数为5.48(图。gydF4y2Ba4gydF4y2Bae, f)。mrna的丰度普遍高于lncrna(图5)。gydF4y2Ba4gydF4y2BaG)。mRNAS产生比LNCRNA多数量的同种型(图。gydF4y2Ba4gydF4y2Bah)。gydF4y2Ba

图4gydF4y2Ba
图4.gydF4y2Ba

花生mrna和lncrna的数量。gydF4y2Ba一个gydF4y2BavsgydF4y2BabgydF4y2Ba,转录长度的比较;gydF4y2BacgydF4y2BavsgydF4y2BadgydF4y2BaORF长度;gydF4y2BaegydF4y2BavsgydF4y2BafgydF4y2Ba,外显子号码;gydF4y2BaggydF4y2Ba,转录性丰富;gydF4y2BahgydF4y2Ba,同种型密度。酒吧上的数字(gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba-gydF4y2BafgydF4y2Ba)在酒吧上方显示了转录号gydF4y2Ba

预测lncrna的靶基因gydF4y2Ba

为了研究LNCRNA的潜在功能,检查其靶基因gydF4y2Ba独联体gydF4y2Ba(附加文件gydF4y2Ba6gydF4y2Ba:表S6)和在gydF4y2Ba反式gydF4y2Ba(附加文件gydF4y2Ba7gydF4y2Ba:表S7)。基于5个蛋白数据库对所有目的基因进行了整合功能注释。共获得11765个目的基因gydF4y2Ba8gydF4y2Ba:表S8),在FH1-SEED1,9415的FH1-SEED2,8742中的9326,FH1根,8497中的FH1-叶。在这些注释的靶基因中,6550名在COG数据库中注释,在GO Database的4209中,1922年在Kegg数据库中的4422中,NR中的10,019。分析了这四种文库之间的差异表达的靶基因(DETGS),并使用GO术语作为示例以分析DETGS的功能分类。总共分配了49,706个unigenes术语,富集的术语在不同的组织中不同(图。gydF4y2Ba5gydF4y2Ba).在FH1-seed1和FH1-seed2之间富集的DETGs数量为244个。gydF4y2Ba5gydF4y2Baa),367之间的FH1根和FH1-叶(图。gydF4y2Ba5gydF4y2Ba(b),而fh1根与fh1 -籽1& fh1 -籽2、fh1 -叶与fh1 -籽1& fh1 -籽2之间富集的DETGs分别为50和54(图5)。gydF4y2Ba5gydF4y2Bac, d).所有的GO术语都被分为三大类(生物过程、细胞成分和分子功能),这意味着lncrna可能在许多生物过程中发挥重要的调控作用。gydF4y2Ba

图5gydF4y2Ba
图5.gydF4y2Ba

lncrna差异表达靶基因GO分类分析。gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba、FH1-seed1和FH1-seed2;gydF4y2BabgydF4y2Ba, fh1根和fh1叶;gydF4y2BacgydF4y2Ba、fh1根和fh1种子1& fh1种子2;gydF4y2BadgydF4y2Ba,FH1-叶和FH1种子1和FH1-Seey2。纵坐标是富集的Go术语,横坐标是Go术语的差异表达目标基因的数量。使用不同的颜色来区分生物过程(BPS),细胞组分(CCS)和分子函数(MFS)gydF4y2Ba

lncrna的实验验证gydF4y2Ba

为了验证预测的lncrna的真实性,我们对其中7个lncrna (lncRNA1-7)进行了PCR验证(Additional file)gydF4y2Ba9gydF4y2Ba:表S9)。Sanger测序的结果表明,除了两种(LNCRNA1和LNCRNA2,附加文件外,5个序列同一性非常高(99.33-99.86%)gydF4y2Ba11.gydF4y2Ba:图。S1)。当PCR测序的LNCRNA1-7与A和B子基因组的相应基因组序列对齐时,其中六个(LNCRNA1除外)良好匹配相应染色体上的预测位置(附加文件gydF4y2Ba11.gydF4y2Ba:图S1)LNCRNA1仅与TCONS_00179561共享85.68%的身份;在段130,713,152-130,713,435中的Aradu.a03上定位的基因组序列的基因组序列进行基因组序列,而Tcons_00179561位于araip.b03 131,673,533-131,674,406中;因此,LNCRNA1不能是Tcons_00179561的产物,也许PCR扩增其同源基因。LNCRNA2与TCons_00109592共享96.84%的身份。Blastn搜索位于预期染色体位置(Tcons_00109592)中的该序列,但在基因组序列和LNCrNA之间突出了9 nt indel和几种核苷酸多态性。我们推测产品可能是LNCRNA2的同种型。LNCRNA3-7和相应的基因组序列之间的差异分别为1,1,2,1,6个核苷酸。对于LNCRNA4,核苷酸在克隆序列的609 nT中以及A01亚基组和RNA-SEQ中的核苷酸是C.因此,差异可能是由于RNA-SEQ中的测序误差。对于其他方式,差异应该是测序误差PCR扩增的结果,因为RNA-SEQ中的序列与其子组织相同(图。gydF4y2BaS1gydF4y2Ba).简单地说,这些差异可能来自测序错误,或PCR扩增。7个lncrna中有6个的成功验证表明,大多数lncrna的预测是可信的。gydF4y2Ba

lncrna的AS事件gydF4y2Ba

lncRNA和基因组DNA序列的比较表明AS可能参与了它们的转录。根据RNA-seq数据,5个AS事件(转录起始位点,TSS;转录末端位点,TTS;外显子跳跃,ES;基因内区保留,红外;选择性外显子,AE)的研究(表gydF4y2Ba1gydF4y2Ba).总的来说,637个lncrna涉及1811个AS事件,约占1442个lncrna的44.17%。同时,约47.82%的mrna产生了替代转录本;这一比率高于lncrna。TSS是花生lncRNAs中AS事件的最高发生率(28.05%),而IR在mrna中最高发生率(30.19%)。此外,在lncrna和mrna中ES事件发生频率最低。gydF4y2Ba

表1作为LNCRNA和MRNA之间的事件的比较gydF4y2Ba

利用染色体Araip上的基因组片段94,398,232-94,402,918。以B05为例,3个lncrna (tcon_00217911, tcon_00212806, tcon_00209269)(附加文件gydF4y2Ba3.gydF4y2Ba:表S3)推测为一组as亚型,通过PCR检测进行验证。五个转录本,即T1-T5,被测序(图。gydF4y2Ba6gydF4y2Ba额外的文件gydF4y2Ba11.gydF4y2Ba:图S2)。T1与tcon_00217911相同,T2为tcon_00217911亚型,发生TSS事件。T3和T4为tcon_00212806的AS亚型,发生TSS和ES事件。T5为tcon_00209269的AS亚型,发生IR和ES事件。这些比对表明AS是lncRNA中普遍存在的现象,并可能在其功能调控中发挥重要作用。gydF4y2Ba

图6gydF4y2Ba
图6.gydF4y2Ba

花生lncrna AS亚型的鉴定。lncRNA AS亚型的基因结构。T1-T5: Sanger测序所得PCR产物;来自RNA-seq的tcon_00217911, tcon_00209269和tcon_00212806。红色矩形表示TSS类型,蓝色矩形表示ES类型。红色箭头表示红外类型gydF4y2Ba

另一个与lncrna AS事件相关的现象被发现;即一个lncRNA的不同AS亚型具有不同的靶基因。以3个lncrna (tcon_00217911, tcon_00212806, tcon_00209269)的靶基因为例进行比较。他们都没有gydF4y2Ba独联体gydF4y2Ba-target基因(附加文件gydF4y2Ba6gydF4y2Ba:表S6)但有很多gydF4y2Ba反式gydF4y2Ba-target基因(附加文件gydF4y2Ba7gydF4y2Ba:表S7)。每一个都有12 14和11gydF4y2Ba反式gydF4y2Ba—target基因,分别。有五名gydF4y2Ba反式gydF4y2Ba-目标基因属于其中的三个。八个类似gydF4y2Ba反式gydF4y2Ba-靶基因分别属于tcon_00217911和tcon_00212806;五个相似gydF4y2Ba反式gydF4y2Ba-Target基因属于TCons_00217911和TCons_00209269;11类似.gydF4y2Ba反式gydF4y2Ba-target基因属于TCons_00209269和TCons_00212806。只有Tcons_00217911只有四个特定的靶基因(图。gydF4y2Ba2gydF4y2Baf).其他例子包括tcon_00011553、tcon_00013006和tcon_00013007,它们都位于Aradu基因组上。A01(99975619-99,981,506,附加文件gydF4y2Ba3.gydF4y2Ba:表S3)。基因结构分析结果显示,它们具有不同的AS亚型(附加文件gydF4y2Ba12.gydF4y2Ba:图S3A),共发现29个靶基因(附加文件gydF4y2Ba6gydF4y2Ba:表S6,附加文件gydF4y2Ba7gydF4y2Ba:表S7)。在这些靶基因中,有26个在3个基因中有代表性,而只有tcon_00013006没有特异性靶基因,其他两个只有一个(附加文件gydF4y2Ba12.gydF4y2Ba:图S3B)。AS可以改变lncRNA的靶基因谱,增加lncRNA的多样性和灵活性。这可能是lncrna执行其功能的一种重要方式。gydF4y2Ba

蛋白编码基因作为lncrna的来源gydF4y2Ba

并不是所有的AS亚型都编码蛋白质并且在一定程度上是非编码的。花生AS蛋白编码基因产生的大量亚型似乎是非编码的,因为它们是截短的转录本;这些异构体可以被合理地视为一类lncRNA。几篇论文报告说,大约三分之一的替代文本可能是非编码的[gydF4y2Ba44gydF4y2Ba,gydF4y2Ba45gydF4y2Ba].这里,一种蛋白质编码基因gydF4y2BaAradu。Z4DIZ,gydF4y2Ba选择五个转录物,被选择为验证该点的示例(图。gydF4y2Ba7gydF4y2Ba额外的文件gydF4y2Ba13.gydF4y2Ba:图S4)。只有两款AS产品(gydF4y2BaAradu.z4diz.1.gydF4y2Ba和gydF4y2BaAradu.z4diz.3.gydF4y2Ba)可以编码完整的蛋白质。对该基因引物扩增产物的Sanger测序结果显示存在5种亚型:L1.5匹配gydF4y2BaAradu.z4diz.4gydF4y2Ba考虑到两个转录本都缺少第七外显子。L1.1编码232个氨基酸(aa),比预测的短18个残基gydF4y2BaAradu.z4diz.1.gydF4y2Ba产品。L1.2编码的118 AA,L1.4编码177 AA,L1.3编码240AA;三种编码的蛋白质不完整。预测的产品gydF4y2BaAradu。Z4DIZgydF4y2Ba是一种二酰基甘油o酰基转移酶,在其c端携带一个保守的LPLAT结构域;被截断的转录本都缺少一个完整的LPLAT结构域的决定因素。这一特点损害了翻译产品的功能。gydF4y2Ba

图7gydF4y2Ba
图7.gydF4y2Ba

的基因结构gydF4y2BaAradu。Z4DIZgydF4y2Ba它是同种植体。L1.1-L1.5:Sanger测序的PCR产品;Aradu.z4diz.1-5:作为转录组序列中存在的同种型。红色三角:停止密码子。黑色箭头显示用于PCR的实验验证的引物的位置gydF4y2Ba

通过qRT-PCR验证lncrna的表达水平gydF4y2Ba

为了验证LNCRNA的丰度,通过QRT-PCR随机选择并分析八个LNCRNA(LNCRNA8-15)(附加文件gydF4y2Ba9gydF4y2Ba:表S9)。如图1所示。gydF4y2Ba8gydF4y2Ba,这些lncrna的表达模式与RNA-seq结果相对一致;这表明基于RNA-seq数据的lncRNA表达模式是可靠的。gydF4y2Ba

图8gydF4y2Ba
图8.gydF4y2Ba

使用qRT-PCR验证lncRNA的表达。每个lncrna的丰度从RT-qPCR数据(左列)和RNA-seq数据(右列)推断。组织标签中1、2、3和4分别表示FH1根、FH1叶、FH1籽1和FH1籽2gydF4y2Ba

lncrna及其靶基因的RT-PCR共表达gydF4y2Ba

一个lncRNA可以与多个基因靶标相互作用,反之亦然(附加文件gydF4y2Ba14.gydF4y2Ba:图。S5)。五个lncrnas(lncrna16-20)及其目标基因(附加文件gydF4y2Ba9gydF4y2Ba: Table S9)来验证lncRNA与mRNA的关系,5个lncRNA与其靶基因的相对位置如图所示。gydF4y2Ba9gydF4y2Baa. tcon_00176941与两个靶基因分别位于上游8.2 Kb和下游9.5 Kb,距离较远。在所有六个器官中,tcon_00176941的表达水平均高于其两个靶基因的表达水平(图1)。gydF4y2Ba9gydF4y2Bab)。Tcons_00015630下游接近其两个靶基因(图。gydF4y2Ba9gydF4y2Baa),并在六个器官中显示出与Aradu.8p876类似的表达模式(图。gydF4y2Ba9gydF4y2BaC)。Tcons_00011551有三个gydF4y2Ba顺式gydF4y2Ba目标基因和一个gydF4y2Ba反式gydF4y2Ba-靶基因在6个器官中表现出不同的表达模式(图。gydF4y2Ba9gydF4y2Baa, d). tcon_00292946及其两个靶基因在花后30天(DAF)和花后50天(DAF)的茎、叶、花和种子中均表现出相似的表达模式。gydF4y2Ba9gydF4y2Bae)。Tcons_00243464及其三个靶基因在六个器官中显示出不同的表达模式(图。gydF4y2Ba9gydF4y2BaF)。gydF4y2Ba

图9gydF4y2Ba
图9.gydF4y2Ba

RT-PCR比较lncrna与目的基因的表达模式。gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba, 5个lncrna及其靶基因的相对位置。蓝色箭头表示gydF4y2BaAradu.ise5u.gydF4y2Ba哪个基于TCons_00011551的3'-末端配对。gydF4y2BabgydF4y2Ba-gydF4y2BafgydF4y2Ba,五种LNCRNA的表达水平及其在不同组织中的相应靶基因。R,S,L,F,S-30 DAF和S-50 DAF指示的根,茎,叶,花,种子分别为30 DAF和50个DAFgydF4y2Ba

盐胁迫下lncrna及其靶基因的表达谱分析gydF4y2Ba

LNCRNA在应力阻力中起重要作用。这里,三个lncrnas及其目标基因(附加文件gydF4y2Ba9gydF4y2Ba:表S9),利用qRT-PCR检测盐胁迫下不同器官的表达模式(图。gydF4y2Ba10.gydF4y2Ba).这些靶基因与盐胁迫下的胁迫相关和不同的表达水平,因此选择相应的LNCRNA用于盐胁迫分析。结果表明,这三种LNCRNA及其靶基因显示出不同的盐处理表达模式。在根中,Tcons_00292946的表达水平在12小时内降低,然后在24小时内增加(图。gydF4y2Ba10.gydF4y2Baa).在叶片中,表达水平波动(图5)。gydF4y2Ba10.gydF4y2Bad)。Tcons_00176941在根和叶中显示出对立的表达水平(图。gydF4y2Ba10.gydF4y2Ba是)。Tcons_00011551的表达水平与盐渍一起缓慢增加(图。gydF4y2Ba10.gydF4y2Bac),但表达水平在叶子中波动(图。gydF4y2Ba10.gydF4y2BaF)。gydF4y2Ba

图10gydF4y2Ba
图10gydF4y2Ba

1% NaCl胁迫下3种lncrna及其靶基因的表达模式(gydF4y2Ba一个gydF4y2Ba-gydF4y2BacgydF4y2Ba)和叶(gydF4y2BadgydF4y2Ba-gydF4y2BafgydF4y2Ba),分别。数据以三个独立重复的平均值±标准差表示。gydF4y2BaAhactingydF4y2Ba用作参考基因gydF4y2Ba

LNCRNA及其靶基因响应于盐胁迫而显示出不同的表达模式。Tcons_00292946及其两种靶基因在根中显示出类似的表达模式(图。gydF4y2Ba10.gydF4y2Baa)叶中的相反表达模式(图。gydF4y2Ba10.gydF4y2Bad). tcon_00176941和Araip。BU32Wshowed similar expression patterns in the roots (Fig.10.gydF4y2Bab)叶中的不同表达模式(图。gydF4y2Ba10.gydF4y2Bae). tcon_00011551和Aradu。ISE5Ushowed similar expression patterns in the roots and leaves, whereas TCONS_00011551 and Aradu.Y8Q46 showed different expression patterns in the leaves (Fig.10.gydF4y2BaC,F)。将进一步研究这些LNCRNA的动作模式,将进一步研究响应盐胁迫。gydF4y2Ba

讨论gydF4y2Ba

核苷酸测序技术的进步揭示了lncrna的存在,其中一些作为一系列真核细胞过程的调节因子[gydF4y2Ba15.gydF4y2Ba,gydF4y2Ba37gydF4y2Ba,gydF4y2Ba46gydF4y2Ba,gydF4y2Ba47gydF4y2Ba,gydF4y2Ba48gydF4y2Ba].通过转录组分析鉴定的LNCRNA的数量反映了所施加的测序方法的深度。一组> 13,000乌拉索乌米多克斯lncrnas [gydF4y2Ba2gydF4y2Ba, > 20,000玉米lncrna [gydF4y2Ba26.gydF4y2Ba, > 2000水稻lncrna已被报道[gydF4y2Ba49gydF4y2Ba].这里,对花生转录组的调查显示1442毫克。通过将我们的结果与Zhao的已发表的花生LNCRNA进行比较[gydF4y2Ba39gydF4y2Ba],其中从124个样本中鉴定出花生的50873个lncrna,涉及15个不同的组织,我们发现39个相同的lncrna,约占2.7%(数据见表S10)。识别出的序列数量少可能仅仅反映了实验规模小,实验只涉及4个文库,而赵的[gydF4y2Ba39gydF4y2Ba].此外,这里应用的选择标准比常用的选择标准更严格。例如,通过去除放置在外显子数量的限制,将预测> 10,000LNCRNA(数据未示出),其中大量将是误报。当对基于PCR的验证的小样本(七序列)进行PCR的验证时,> 70%证明在花生转录组中真正表示。gydF4y2Ba

如普遍采用的转录后基因调节所采用[gydF4y2Ba50gydF4y2Ba,gydF4y2Ba51gydF4y2Ba].在植物中,它被用于控制生长、发育、信号转导、开花、昼夜时钟功能和环境线索反应[gydF4y2Ba49gydF4y2Ba,gydF4y2Ba52gydF4y2Ba,gydF4y2Ba53gydF4y2Ba,gydF4y2Ba54gydF4y2Ba,gydF4y2Ba55gydF4y2Ba].类似于蛋白质编码基因,作为动物和植物的变体开发的许多LNCRNA的转录序列[gydF4y2Ba56gydF4y2Ba,gydF4y2Ba57gydF4y2Ba,gydF4y2Ba58gydF4y2Ba].例如,lncRNA-PXN-AS1缺乏外显子4,它与PXN mRNA的编码序列结合,抑制PXN mRNA的翻译。而包含外显子4的lncRNA-PXN-AS1则优先结合到PXN mRNA的3 '非翻译区,保护PXN mRNA不被降解,从而增加PXN的表达[gydF4y2Ba58gydF4y2Ba].这里,从花生RNA-SEQ数据预测了许多同种型,并且通过PCR进行实验验证了这些同种型是真实的(图。gydF4y2Ba6gydF4y2Ba,gydF4y2Ba7gydF4y2Ba).与蛋白质编码基因一样,在LNCRNA中发现各种作为蛋白质编码基因的类型(表gydF4y2Ba1gydF4y2Ba),但也存在显着的差异。我们发现IR最常见于mRNA中的事件,TSS是LNCRNA中的最高频率。由于LNCRNA的事件也可以增加LNCRNA的多样性。它可以改变LNCRNA的靶基因(图。gydF4y2Ba2gydF4y2Baf,额外的文件gydF4y2Ba12.gydF4y2Ba:图S3),从而增加了lncRNA的灵活性。这可能是lncrna的重要调控。gydF4y2Ba

另外,许多蛋白质编码基因转录各种变体;这些转录物中的几种不能编码功能蛋白,因为它们代表了截断形式的完全官能mRNA(图。gydF4y2Ba7gydF4y2Ba).这些序列在某种意义上可以看作是另一类lncrna或伪基因衍生的lncrna [gydF4y2Ba59gydF4y2Ba].编码蛋白质的mRNA转录本可以通过竞争常见的microrna与其他mRNA转录本进行串扰[gydF4y2Ba59gydF4y2Ba].据推测,假基因PTENP1在前列腺癌细胞中具有生物学活性,其与miR-17、miR-19、miR-21和miR-26家族竞争性结合,调节PTEN的细胞水平并发挥生长抑制作用[gydF4y2Ba60gydF4y2Ba].被认为不编码蛋白质的lncRNA也可以翻译小多肽来发挥它们的功能,但不是通过lncRNA本身[gydF4y2Ba61gydF4y2Ba,gydF4y2Ba62gydF4y2Ba].例如,Anderson等人发现了一个由骨骼肌特异性RNA编码的保守微肽,它被假定为lncRNA,在肌肉表现中起着重要作用[gydF4y2Ba16.gydF4y2Ba].类似地,作为从蛋白质编码基因衍生的变体的官能截短的多肽的生产存在实验证据。例如,gydF4y2Ba答:盐沼CCA1gydF4y2Ba生成两个亚型,其中一个是全尺寸转录本(gydF4y2BaCCA1αgydF4y2Ba),而另一种是删节形式(gydF4y2BaCCA1βgydF4y2Ba)缺乏功能性n端MYB dna结合域[gydF4y2Ba63gydF4y2Ba].后一转录物通过形成非官能异二二二二二二二二二聚物并通过低温调节来抑制CCA1α和后细长的胚轴转录因子。人类gydF4y2BaUSP2.gydF4y2Ba基因产生7个AS变异,其中2个没有翻译成功能蛋白[gydF4y2Ba64gydF4y2Ba].斑马鱼基因gydF4y2BaLGP2gydF4y2Ba形成三个作为转录物,其中只有全长版本可以赋予病毒感染保护[gydF4y2Ba65gydF4y2Ba].编码RNA和非编码RNA之间的区别并不像以前认为的那么明显。一些编码蛋白的基因产生非编码AS变异,可以被识别为lncRNAs;这些序列可能与基因调控有关。随着技术的进步和不懈的努力,我们将进一步明确lncrna可能的调控机制。gydF4y2Ba

越来越多的研究表明,lncRNAs在植物抗逆中发挥着重要作用[gydF4y2Ba33gydF4y2Ba,gydF4y2Ba34gydF4y2Ba,gydF4y2Ba35gydF4y2Ba,gydF4y2Ba36gydF4y2Ba,gydF4y2Ba38gydF4y2Ba,gydF4y2Ba47gydF4y2Ba].在这项研究中,在盐胁迫下测试一些具有靶基因的花生LNCRNA,结果表明,它们的所有表达水平改变了(图。gydF4y2Ba10.gydF4y2Ba).在杨树中,鉴定了超过10,000个LNCRNA,其中大约40%的盐胁迫表达组织特异性表达模式[gydF4y2Ba34gydF4y2Ba].在棉花中,lncRNA973定位于细胞核中,并通过盐处理而增加。lncRNA973在拟南芥中过表达可以提高耐盐性,而在棉花中敲低lncRNA973则降低耐盐性[gydF4y2Ba36gydF4y2Ba].此外,许多研究报道lncRNAs在植物抵御病原体方面发挥重要作用[gydF4y2Ba66gydF4y2Ba,gydF4y2Ba67gydF4y2Ba,gydF4y2Ba68gydF4y2Ba].在番茄中,发现了tylcv诱导疾病和宿主抗病毒免疫的可信模型;也就是说,lncRNAs与ir衍生的vsRNAs相互作用,在TYLCV感染过程中控制疾病的发展,这为控制植物病毒病原体提供了一个有效的策略[gydF4y2Ba67gydF4y2Ba].在水稻中,证实了lncrna与调控白叶枯病的JA途径之间的联系,这为植物抗病提供了新的思路[gydF4y2Ba68gydF4y2Ba].LNCRNA具有三种突出特征:低表达,物种之间缺乏保护和组织特异性表达模式[gydF4y2Ba23.gydF4y2Ba].这些特征表明,可以根据特定的物种和lncrna,针对特定的疾病开发出特定的防治方法。这将是今后植物抗病研究的发展方向。gydF4y2Ba

结论gydF4y2Ba

我们利用链特异性RNA-Seq技术在花生转录组中鉴定出1442个lncrna。其中,189个lncrna在根、叶或种子中差异丰富。具有外显子/内含子结构的lncrna中,约44.17%的lncrna选择性剪接。此速率略低于mRNA的剪接速率。AS改变了lncrna的靶基因谱,增加了lncrna的多样性和灵活性。这可能是lncrna执行其功能的一种重要方式。此外,蛋白质编码基因通过AS产生了许多截断的转录本,这可能是lncrna的另一个来源。选择部分lncrna及其靶基因进行盐响应实验。结果表明,三种植物对盐胁迫的响应方式各不相同。花生lncrna的鉴定将对花生的发育、生长和抗逆性育种产生重要影响。gydF4y2Ba

材料和方法gydF4y2Ba

材料gydF4y2Ba

花生品种‘奉化-1’在26℃下光照16小时,24℃下黑暗8小时的生长室内生长。从12日龄的幼苗(命名为fh1 -根和fh1 -叶)中采集根和叶,从开花后30天(DAF)(命名为fh1 -籽1)和50天(DAF)(命名为fh1 -籽2)的植株中采集发育中的种子。gydF4y2Ba

图书馆建设和排序gydF4y2Ba

总rna来源于fh1根、fh1叶、fh1籽1和fh1籽2。全转录组文库制备和深度测序如前所述[gydF4y2Ba69gydF4y2Ba].简而言之,在制造商的建议之后使用Nebnext®Ultra™定向RNA库预备套件(新英格兰Biolabs,MA,MA)制备整个转录组文库。最终,通过在Hiseq2500平台(Illumina,San Diego,CA,USA)上施加配对端125循环来执行测序。原始数据被存入NCBI序列读取存档(gydF4y2Bahttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/sragydF4y2Ba),项目为PRJNA354652。gydF4y2Ba

转录组的组装gydF4y2Ba

序列数据被剥离适配器序列和低质量读取。每个文库获得的序列数据分别与花生基因组序列进行比对[gydF4y2Ba43gydF4y2Ba)(gydF4y2Bahttps://www.peanutbase.org/gydF4y2Ba)使用TopHat2软件[gydF4y2Ba70gydF4y2Ba].通过Cufflinks v2.2.1程序将对齐后的reads组装成一个完整的转录组[gydF4y2Ba71gydF4y2Ba].gydF4y2Ba

花生中lncrna的全基因组识别和可变剪接事件gydF4y2Ba

组装的转录物使用袖口组织设施(gydF4y2Bahttp://cufflinks.cbcb.umd.edu/gydF4y2Ba).选择长度超过200nt和至少两个外显子的转录物作为LNCRNA候选物。随后,使用编码潜在计算器(得分<0)分析转录物[gydF4y2Ba72gydF4y2Ba],编码 - 非划分指数(得分<0)[gydF4y2Ba73gydF4y2Ba],编码潜在评估工具[gydF4y2Ba74gydF4y2Ba]和pfam(e-value <0.001)[gydF4y2Ba75gydF4y2Ba移除所有可能残留的蛋白质编码基因。只有通过这四种扫描的序列被认为是可能的lncRNA候选序列。选择性剪接(AS)事件使用ASTALAVISTA程序(gydF4y2Bahttp://genome.crg.es/astalavista/gydF4y2Ba).作为事件的不同类别(TSS,TTS,ES,IR和AE)[gydF4y2Ba76gydF4y2Ba使用房屋中开发的Perl脚本来识别。gydF4y2Ba

目标基因预测和功能注释gydF4y2Ba

lncrna是否起作用gydF4y2Ba独联体gydF4y2Ba或在gydF4y2Ba反式gydF4y2Ba预测。还预测了靶基因的推定功能。在每个LNCRNA下游的5'上游或3'或3'中展示在100kb内的编码基因被鉴定为潜力gydF4y2Ba独联体gydF4y2Ba目标[gydF4y2Ba77gydF4y2Ba基于这些基因的表达水平之间的Pearson和Spearman相关系数是否≥0.6或≤-0.6,和gydF4y2BaPgydF4y2Ba < 0.05, whereas potential反式gydF4y2BaPearson相关系数r > 0.9, P < 0.05;利用LncTar程序构建基因共表达网络[gydF4y2Ba78gydF4y2Ba],寻找mrna和lncrna之间的序列互补性。随后,利用以下数据库对目的基因进行功能注释分析:NCBI非冗余蛋白序列[gydF4y2Ba79gydF4y2Ba],Kog / Cog [gydF4y2Ba80gydF4y2Ba],瑞士人[gydF4y2Ba81gydF4y2Ba], KEGG [gydF4y2Ba82gydF4y2Ba,和GO [gydF4y2Ba83gydF4y2Ba].具有默认参数的Kobas软件用于在Mao等人描述的方法后测试Kegg途径中的差异表达基因的统计富集。[gydF4y2Ba84gydF4y2Ba].gydF4y2Ba

lncrna的差异丰度gydF4y2Ba

使用Cufflinks v2.2.1软件计算各文库中与lncrna及编码基因相关的FPKM值。使用EBseq (2010) R包进行分析[gydF4y2Ba85gydF4y2Ba].gydF4y2BaPgydF4y2Ba-Values调整为Q值[gydF4y2Ba86gydF4y2Ba].只有符合q-value < 0.01和log2 (fold change) > 1标准的lncrna被认为是DALs。gydF4y2Ba

PCR验证LNCRNAgydF4y2Ba

从RNA-seq数据中鉴定出的7个假定的lncrna (lncRNA1-7)通过PCR检测进行了验证(附加文件gydF4y2Ba9gydF4y2Ba:表S9)。按照制造商的建议,使用RevertAid第一链cDNA合成试剂盒(Thermo Scientific™,Waltham, MA)对用于构建文库的总RNA进行逆转录。随后,将反应产物稀释20倍作为PCR模板,由补充表S9中的引物驱动。每50μL反应由5μL(10×TransTaq®HiFi缓冲II (Transgen生物技术,北京),4μL 2.5Μ核苷酸(每10μm), 1μL的正向引物和1μL反向引物(每10μm), 4μL的cDNA模板(50 ng /μL), 1μL TransTaq®HiFi DNA聚合酶(Transgen生物技术)和35 ddH的μLgydF4y2Ba2gydF4y2BaO.扩增产物经纯化(TIANgel Midi纯化试剂盒DP209,天根生物技术,北京,中国)并亚克隆到pEASY-T1克隆载体(Transgen生物技术)中进行Sanger测序。gydF4y2Ba

利用实时荧光定量PCR定量lncrna和目的基因的丰度gydF4y2Ba

利用实时定量PCR (RT-qPCR)平台验证lncrna (lncRNA8-20, Supplementary Table S1)和邻近靶基因(gydF4y2BaARAIP.73735.gydF4y2Ba,gydF4y2BaAraipgydF4y2Ba.gydF4y2BaBU32WgydF4y2Ba,gydF4y2BaAradugydF4y2Ba.gydF4y2BaK3YEAgydF4y2Ba,gydF4y2BaAradugydF4y2Ba.gydF4y2Ba8 p876gydF4y2Ba,gydF4y2BaAraipgydF4y2Ba.gydF4y2Ba36n6e.gydF4y2Ba,gydF4y2BaAraipgydF4y2Ba.gydF4y2Ba9 lf7hgydF4y2Ba,gydF4y2BaAradugydF4y2Ba.gydF4y2Banr2uv.gydF4y2Ba,gydF4y2BaAradugydF4y2Ba.gydF4y2BaR9S8R.gydF4y2Ba,gydF4y2BaAradugydF4y2Ba.gydF4y2BaY8Q46.gydF4y2Ba,gydF4y2BaAradugydF4y2Ba.gydF4y2BaISE5UgydF4y2Ba,gydF4y2BaAraipgydF4y2Ba.gydF4y2Ba4 w7p2gydF4y2Ba,gydF4y2BaAraipgydF4y2Ba.gydF4y2BaWRS65gydF4y2Ba,gydF4y2BaAraipgydF4y2Ba.gydF4y2BaWU69JgydF4y2Ba,补充表S9)。通过使用MMLV逆转录酶根据制造商的方案,通过使用MMLV逆转录酶合成具有随机六聚体引物的组织的QRT-PCR组织的组织的总RNA。所有RT-QPCR反应在ABI 7500快速实时PCR平台上以SYBR®Green实时PCR主混合物(Toyobo,Osaka,Japan)在每次cDNA样品中以三态酸盐进行。通过熔化曲线分析验证了PCR产物的特异性,并通过使用2来定量LNCRNA和基因表达gydF4y2Ba——ΔΔCtgydF4y2Ba方法,具有基因的丰富转录物gydF4y2BaActin-1gydF4y2Ba(XP_015966232.1)用于规范化。引物序列见补充表S1。gydF4y2Ba

作为同种型通过PCR验证LNCRNAgydF4y2Ba

设计了3对特异性引物(911-F/R, 269-F/R和806-F/R,附加文件:表S9),以检测具有相同基因组位置的3个lncRNA (tcon_00217911, Araip)的AS亚型的存在。B05 94398232 - 94402710;TCONS_00209269 Araip。B05 94398710 - 94402916;TCONS_00212806 Araip。B05 94398630 - 94402918)。一个基于KOD-Plus-neo酶的反应(TOYOBO,大阪,日本)根据制造商的建议进行。纯化后,将扩增产物如上所示转移至测序。gydF4y2Ba

来自蛋白质编码基因的LNCRNAgydF4y2Ba

一对引物(Aradu.z4diz-F / R,附加文件gydF4y2Ba9gydF4y2Ba表S9)用于鉴定该基因产生的AS亚型gydF4y2BaAradu。Z4DIZgydF4y2Ba.该PCR基于制造商指令后的50μL反应体积的Kod-Plus-Neo酶(Toyobo,Osaka,日本)。纯化扩增子并如上所述转移并测序。gydF4y2Ba

盐处理和qRT-PCR验证gydF4y2Ba

在盐处理条件下,花生幼苗生长状态均匀(2周龄,约8 cm高),1% NaCl处理。在处理后0、0.5、12和24 h收获根和叶。收获的材料在液氮中快速冷冻,并在−80°C保存,直到需要提取RNA。总RNA使用DP441 RNAprep Pure Plant试剂盒(Tiangen, Beijing)制备,所得到的RNA使用RevertAid First Strand cDNA Synthesis kit (K1621, Thermo Scientific™)转化成cDNA。RT-PCR分析在ABI 7500 FAST实时PCR平台上使用SYBR®Green Realtime PCR Master Mix (TOYOBO,大阪,日本)进行三次重复。gydF4y2Ba

三组LNCRNA及其靶基因(额外文件中的引物gydF4y2Ba9gydF4y2Ba:表S9)。每20 μL反应包括TaqMan Fast qPCR Master Mix 10 μL,非标记引物各0.4 μL (10 μM),荧光标记引物各0.4 μL (10 μM), cDNA 2 μL (100 ng/μL), ddH 6.8 μLgydF4y2Ba2gydF4y2Ba相对转录本丰度用2gydF4y2Ba——ΔΔCTgydF4y2Ba方法 [gydF4y2Ba87gydF4y2Ba].每个反应为每个cDNA样本运行三次。gydF4y2Ba

可用性数据和材料gydF4y2Ba

转录组原始数据gydF4y2BaA. hypogaea.gydF4y2Ba可在NCBI Project Prjna354652获取登录号SRR5053815,SRR5054076,SRR5054058和SRR5054059。gydF4y2Ba

缩写gydF4y2Ba

AE:gydF4y2Ba

替代外显子结束gydF4y2Ba

作为:gydF4y2Ba

替代拼接gydF4y2Ba

DAF:gydF4y2Ba

天前,花gydF4y2Ba

DETGs:gydF4y2Ba

差异表达靶基因gydF4y2Ba

es:gydF4y2Ba

外显子跳跃gydF4y2Ba

FPKM:gydF4y2Ba

每千个碱基的片段每百万个片段的外显子gydF4y2Ba

走:gydF4y2Ba

基因本体论gydF4y2Ba

incRNAs:gydF4y2Ba

内泌系统LNCRNA.gydF4y2Ba

红外光谱:gydF4y2Ba

基因内区保留gydF4y2Ba

KEGG:gydF4y2Ba

序列京都基因和基因组百科全书gydF4y2Ba

KOG /齿轮:gydF4y2Ba

直际蛋白质群体gydF4y2Ba

Lincrnas:gydF4y2Ba

长基因间ncRNAsgydF4y2Ba

lncRNAs:gydF4y2Ba

长非编码rnagydF4y2Ba

microrna:gydF4y2Ba

microRNA.gydF4y2Ba

ncRNAs:gydF4y2Ba

非编码RNA.gydF4y2Ba

Nr:gydF4y2Ba

冗余蛋白质序列gydF4y2Ba

子:gydF4y2Ba

开放阅读框gydF4y2Ba

聚合酶链反应:gydF4y2Ba

聚合酶链反应gydF4y2Ba

RT-PCR:gydF4y2Ba

逆转录 - 聚合酶链反应gydF4y2Ba

TSS:gydF4y2Ba

转录起始点gydF4y2Ba

TTS:gydF4y2Ba

转录终端网站gydF4y2Ba

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下载参考gydF4y2Ba

致谢gydF4y2Ba

我们感谢SS博士(山东花生研究所,中国青岛。gydF4y2Bashansh_spri@163.comgydF4y2Ba),以获得花生lncrna的数据。gydF4y2Ba

资金gydF4y2Ba

国家重点研发计划项目(no . 2018YFD1000900);山东省自然科学基金重大基础研究项目(no . 2018GHZ007);山东省重大科技创新项目(no . 2018YFJH0601);山东省农业科学院科技创新项目(CXGC2018B05, CXGC2018D04, CXGC2018E13)。gydF4y2Ba

作者信息gydF4y2Ba

从属关系gydF4y2Ba

贡献gydF4y2Ba

HT和FG获得数据,JM和HD分析解释数据,ZZ获得和分析数据,XL、SW和ZP参与了稿件的设计和起草,修改稿件并最终批准出版版本。所有作者阅读并批准最终稿件。gydF4y2Ba

相应的作者gydF4y2Ba

对应于gydF4y2BaXinguo李gydF4y2Ba或者gydF4y2BaZhenying彭gydF4y2Ba或者gydF4y2BaShubo广域网gydF4y2Ba.gydF4y2Ba

伦理宣言gydF4y2Ba

伦理批准并同意参与gydF4y2Ba

花生品种“凤凰瓦”是由山东农业大学永山湾教授提供的。'Fenghua1'是一个很好的花生品种,广泛种植在华北,可以随时购买和销售。gydF4y2Ba

同意出版gydF4y2Ba

不适用。gydF4y2Ba

相互竞争的利益gydF4y2Ba

作者们宣称他们没有相互竞争的利益。gydF4y2Ba

额外的信息gydF4y2Ba

出版商的注意事项gydF4y2Ba

《自然》杂志对已出版的地图和附属机构的管辖权主张保持中立。gydF4y2Ba

补充信息gydF4y2Ba

附加文件1:表S1。gydF4y2Ba

四个总RNA-seq数据集的概述。gydF4y2Ba

附加文件2:表S2。gydF4y2Ba

RNA-SEQ数据产生和四个样品的对准结果。gydF4y2Ba

附加文件3:表S3。gydF4y2Ba

1442 Lncrnas的详细信息。gydF4y2Ba

附加文件4:表S4。gydF4y2Ba

189个差异表达lncrna。gydF4y2Ba

附加文件5:表S5。gydF4y2Ba

花生染色体中LNCRNA的分布。gydF4y2Ba

附加文件6:表S6。gydF4y2Ba

独联体gydF4y2Ba-LNCRNA的-Target基因。gydF4y2Ba

附加文件7:表S7。gydF4y2Ba

反式gydF4y2Ba-LNCRNA的-Target基因。gydF4y2Ba

附加文件8:表S8。gydF4y2Ba

靶基因的集成功能注释。gydF4y2Ba

附加文件9:表S9。gydF4y2Ba

本文所用的引物。gydF4y2Ba

附加文件10:表S10。gydF4y2Ba

与已发表的花生LNCRNA的比较gydF4y2Ba

附加文件11:图S1。gydF4y2Ba

7个lncrna (lncRNA1-7)与相应的rna序列比对。gydF4y2Ba

附加文件12图S2。gydF4y2Ba

5个lncrna的Sanger测序(T1-5)。gydF4y2Ba

附加文件13:图S3。gydF4y2Ba

lncrna和不同AS亚型的AS事件具有不同的靶基因。gydF4y2Ba

附加文件14:图S4。gydF4y2Ba

Sanger测序五个lncrnas(l1.1-1.5)。gydF4y2Ba

附加文件15:图S5。gydF4y2Ba

lncrna -蛋白相互作用网络。gydF4y2Ba

权利和权限gydF4y2Ba

开放访问gydF4y2Ba本文是基于知识共享署名4.0国际许可,允许使用、共享、适应、分布和繁殖在任何媒介或格式,只要你给予适当的信贷原始作者(年代)和来源,提供一个链接到创作共用许可证,并指出如果变化。本文中的图像或其他第三方材料包括在文章的创作共用许可中,除非在材料的信用线中另有说明。如果材料没有包含在文章的创作共用许可证中,而您的预期使用不被法律法规允许或超过允许的使用,您将需要直接获得版权持有人的许可。如欲浏览本许可证的副本,请浏览gydF4y2Bahttp://creativecommons.org/licenses/by/4.0/gydF4y2Ba.Creative Commons公共领域奉献豁免(gydF4y2Bahttp://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/gydF4y2Ba)适用于本文中提供的数据,除非另有用入数据的信用额度。gydF4y2Ba

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田浩,郭峰,张志明。gydF4y2Baet al。gydF4y2Ba中长链非编码rna的发现、鉴定和功能表征gydF4y2Ba落花生hypogaeagydF4y2BalgydF4y2BaBMC植物杂志gydF4y2Ba20.gydF4y2Ba308(2020)。https://doi.org/10.1186/s12870-020-02510-4gydF4y2Ba

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关键字gydF4y2Ba

  • 落花生hypogaeagydF4y2BalgydF4y2Ba
  • 转录组分析gydF4y2Ba
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  • 替代拼接gydF4y2Ba
  • 器官特异性表达gydF4y2Ba
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