跳过主要内容

表1 AmpliSeq结果和标记的分类

来自:靶向扩增子测序+基于下一代测序的批量分离分析鉴定出普通荞麦收获前发芽耐性相关基因位点(Fagopyrum esculentum

交叉A_1 (n= 94) 交叉B_1 (n= 87) 交叉C (n= 84)
年代h链接一个 小灵通链接一个 全基因组一个 总计 年代h链接 小灵通链接 全基因组 总计 年代h链接 小灵通链接 全基因组 总计
检测到的SNP标记数 67 56 176 299 74 41 124 239 68 34 140 242
过滤后和删除重复之前b 57 48 112 217 50 14 61 125 43 11 55 109
删除重复的标记(no。重复标记) 12 (45) 18 (30) 98 (14) 127 (90) 10 (40) 10 (4) 54 (7) 74 (51) 5 (38) 8 (3) 49 (6) 62 (47)
LG1 12 (45) 2 (1) 13 (2) 27 (48) 10 (40) 1 (1) 8 (3) 19 (44) 5 (38) 2 (1) 6 (3) 13 (42)
LG2 0 0 11 (3) 11 (3) 0 0 10 10 0 0 4 (1) 4 (1)
LG3 0 2 (3) 11 (4) 13日(7) 0 2 (2) 6 8 (2) 0 2 (1) 11 13 (1)
LG4 0 7 (1) 11 (3) 18 (4) 0 4 (1) 7 (1) 11 (2) 0 4 (1) 6 10 (1)
LG5 0 0 15 15 0 0 7 7 0 0 9 9
LG6 0 7 (25) 11 (1) 18 (26) 0 3. 1 4 0 0 3 (1) 3 (1)
LG7 0 0 20. 20. 0 0 8 (1) 8 (1) 0 0 5 5
LG8 0 0 5 (1) 5 (1) 0 0 7 (2) 7 (2) 0 0 5 (1) 5 (1)
  1. 一个将标记链接:年代h链接,自交;小灵通环节,耐收获前发芽;全基因组,全基因组区域
  2. b过滤步骤:删除重复标记;滴落样本小于80个基因型;减少基因分型人群中小于90%的标记亚群;降低基因分型分布异常的标记物