根瘤蚜抗性的遗传决定因素特征，GydF4y2BaDaktulosphaira vitifoliae,GydF4y2Ba还有匕首线虫GydF4y2BaXiphinema指数GydF4y2Ba圆叶葡萄背景GydF4y2Ba

背景GydF4y2Ba

圆叶葡萄(GydF4y2BaMuscadinia rotundifoliaGydF4y2Ba)被认为是对葡萄藤中许多害虫和疾病的抗性源。它对两种主要的葡萄害虫葡萄根瘤蚜的抗性遗传GydF4y2BaD.蚜GydF4y2Ba还有匕首线虫GydF4y2Bax指数GydF4y2Ba，的向量GydF4y2Ba葡萄藤fanleaf病毒GydF4y2Ba(GFLV)，在F1抗性杂交种材料VRH8771 (GydF4y2Ba葡萄，MuscadiniaGydF4y2Ba)衍生自muscadine R源‘NC184-4’和GydF4y2Ba诉酿酒用葡萄GydF4y2Ba简历。“赤霞珠”(CS)。GydF4y2Ba

结果GydF4y2Ba

本试验采用GBS方法，利用单核苷酸多态性标记和简单重复序列标记构建亲本图谱。在VRH8771图谱中，共组装了2271个SNP位点和135个SSR标记，共形成19个连锁群(LG)，标记间的平均距离为0.98 cM。通过监测根瘤数来评价根瘤蚜的抗性GydF4y2Ba在足底GydF4y2Ba实验和幼虫的发展在根体外试验。采用10 ~ 12个月的耐久抗性筛选试验和以线虫繁殖因子和瘿瘤指数为基础的评价标准，研究了线虫的抗性。在lg7上鉴定了一个根瘤蚜幼虫发育的主要QTL，解释了70%以上的总变异，并与结节数QTL共定位GydF4y2BaRDV6.GydF4y2Ba．在LG 3上检测到其他QTL（GydF4y2BaRDV7.GydF4y2Ba)及LG 10 (GydF4y2BaRDV8.GydF4y2Ba，视情况而定GydF4y2Ba在足底GydF4y2Ba或体外实验，提示不同基因座可能影响或调节结节的形成和幼虫的发育。结果表明，lg9、lg10和lg18三个区域聚类标记与线虫抗性表型相关。QTL分析证实了结果，并分别确定了QTLGydF4y2BaXiR2, XiR3和XiR4GydF4y2Ba虽然对LG 18的QTL得到LOD值低于显著阈值。GydF4y2Ba

结论GydF4y2Ba

基于高分辨率图谱和一种分离式葡萄回交子代，第一QTL的阻力就GydF4y2BaD.蚜GydF4y2Ba并GydF4y2Bax指数GydF4y2Ba被鉴定为来自muscadine来源。这些结果为在葡萄根瘤蚜和根瘤蚜抗性基础上进行标记辅助选择开辟了道路GydF4y2Bax指数GydF4y2Ba以延迟GFLV的传输。GydF4y2Ba

驯养小道消息，GydF4y2Ba葡萄GydF4y2BaSUB-SP。GydF4y2Ba酿酒用葡萄GydF4y2Ba[GydF4y2Ba1GydF4y2Ba]，种植嫁接在全世界大多数国家。嫁接已被成功地用于主要应对根瘤蚜（GydF4y2Ba达科塔亚磷达凡尔维洛杉矶GydF4y2Ba），一种昆虫害虫，摧毁了欧洲葡萄园，在十九世纪中叶引入北美[GydF4y2Ba2GydF4y2Ba那GydF4y2Ba3.GydF4y2Ba[并参与控制其他土壤传播的害虫和对非生物应激的适应。GydF4y2Ba

除欧洲外，葡萄根瘤蚜迅速传播到世界上大多数酿酒葡萄种植区，包括南非、中东、亚洲和澳大利亚[GydF4y2Ba4.GydF4y2Ba］．这种昆虫有两种不同的形态，分别影响根和叶。胚根是最具破坏性的GydF4y2Ba诉酿酒用葡萄GydF4y2Ba由于根部损伤严重，而Gallicole形式在大多数其他物种中更常见，而没有植物的致命作用。根饲料诱导含有疾病的形成[GydF4y2Ba4.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba5.GydF4y2Ba］．Phylloxera根系感染导致藤下降，最后植物死亡，部分解释的继发性真菌感染[GydF4y2Ba2GydF4y2Ba］．利用抗性砧木GydF4y2Ba葡萄属GydF4y2Ba以外的物种GydF4y2Ba诉酿酒用葡萄GydF4y2Ba的主要方法是提倡radicicole葡萄根瘤蚜管理和可能被视为最可持续的生物防治害虫所使用的例子(GydF4y2Ba6.GydF4y2Ba］．已经鉴定了用于砧木繁殖的葡萄植物抗性的几种来源。遗传性研究表明，可变数量的基因座控制阻力特性[GydF4y2Ba7.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba8.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba9.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba10.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba11.GydF4y2Ba］．QTL对phylloxera抗性的第一个遗传映射鉴定了GydF4y2Ba抗性daktulosphaira vitifoliae 1GydF4y2Ba染色体13的位点在Börner (GydF4y2BaV. Riparia X V. CinereaGydF4y2Ba）砧木[GydF4y2Ba12.GydF4y2Ba］．的GydF4y2Ba抗性达克钛磷脂含量2（RDv2）GydF4y2Ba位点定位于14号染色体GydF4y2Ba五，灰霉病GydF4y2Ba简历。“C2-50”(GydF4y2Ba5.GydF4y2Ba］．一个叶特异性根瘤蚜抗性位点重叠的位置GydF4y2BaRDV2.GydF4y2Ba上LG 14在F1家族由含有至少六个的横GydF4y2Ba葡萄属GydF4y2Ba祖先中的物种(GydF4y2Ba欧洲葡萄，五河岸，五沙地葡萄，V. labrusca，五aestivalisGydF4y2Ba和GydF4y2BaV. Berlandieri.GydF4y2Ba）.相比之下，在同一植物材料中，对根瘤蚜的抗性位点被定位在第5和10号染色体上[GydF4y2Ba13.GydF4y2Ba］．GydF4y2Ba

除了phylloxera之外，砧木可能有助于控制其他土壤传播的害虫，如根结和匕首线虫。抵抗匕首线虫GydF4y2BaXiphinema指数GydF4y2Ba是葡萄砧木育种计划的重要目标。GydF4y2Bax指数GydF4y2Ba是主要饲料对葡萄的根尖并导致其根系严重损害迁徙外寄生虫。更显著，GydF4y2Bax指数GydF4y2Ba被认为是GydF4y2Ba葡萄藤fanleaf病毒GydF4y2Ba（GFLV），粉丝退化疾病的因果剂被认为是葡萄工业的主要威胁之一[GydF4y2Ba14.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba15.GydF4y2Ba］．GydF4y2Bax指数GydF4y2Ba能在古老的葡萄园土壤中存活，并在没有宿主植物存在的情况下保持GFLV多年[GydF4y2Ba16.GydF4y2Ba］．杀线虫剂和熏蒸剂不能有效地控制刺刀线虫，因为它们在深层土壤中渗透能力差GydF4y2Bax指数GydF4y2Ba主要生存(GydF4y2Ba17.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba18.GydF4y2Ba由于毒性大，大多数国家都禁止使用。为了克服这些局限性，使用抗线虫的葡萄根茎是最有希望的控制方法之一，可以显著延缓病毒传播。最高水平的阻力GydF4y2Bax指数GydF4y2Ba被发现在GydF4y2Ba亚利桑那，南美，绒毛，小叶GydF4y2Ba和GydF4y2Ba诉solonisGydF4y2Ba[GydF4y2Ba19.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba20.GydF4y2Ba］．耐药性GydF4y2Ba五arizonicaGydF4y2Ba是由单一的主基因座控制的，GydF4y2BaXIPHINEMA指数电阻1（XIR1）GydF4y2Ba位于19号染色体上[GydF4y2Ba21GydF4y2Ba那GydF4y2Ba22GydF4y2Ba］．GydF4y2Ba

在未来几十年中，葡萄种植将不得不面临几项挑战，如气候变化，杀虫剂的减少，耕种土地与粮食作物的耕种。在这种情况下，重要的是要将砧木视为适应的关键组成部分，因此，迫切需要繁殖的新砧木。砧木育种世界各地的共享类似的目标，诸如根瘤蚜和线虫（匕首和根结线虫），活力管理，矿物吸收效率电阻进行方案，干旱，盐度和石灰石一起公差[GydF4y2Ba20.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba23GydF4y2Ba］．世界上现有的砧木遗传基础非常狭窄，仅来自少数美国葡萄品种的遗传[GydF4y2Ba24GydF4y2Ba］．尽管属的多样性GydF4y2Ba葡萄属GydF4y2Ba，只有4至5种通常用于杂交，即。GydF4y2BaV. Berlandieri.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba诉锐利GydF4y2Ba那GydF4y2BaV. Rupestris.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba诉champiniGydF4y2Ba和GydF4y2Ba诉酿酒用葡萄GydF4y2Ba．GydF4y2BaMuscadinia rotundifoliaGydF4y2Ba由于它对许多病虫害具有抗性，因此也被认为是砧木改良的一个非常有趣的品种[GydF4y2Ba10.GydF4y2Ba］．因此，这种美国物种之间的杂种和GydF4y2Ba诉酿酒用葡萄GydF4y2Ba为了创建被用作砧木[GydF4y2Ba25GydF4y2Ba]或者作为父母或精英材料用于进一步杂交[GydF4y2Ba26GydF4y2Ba］．然而，麝香素存在主要违约者，如贫困，嫁接不相容或矿物质缺陷，先进的十字架都是为了繁殖高度和表演砧木。GydF4y2Ba

葡萄养殖繁殖通常是释放先进的品种。考虑到围绕砧木的大多数特征难以筛选，分子辅助选择的发展是优先权。这依赖于鉴定与特征表达密切相关的一个或几个基因座，并解释了高比例的表型方差。如前所述，迄今为止仅鉴定四个基因座，以应对植物脂脂相GydF4y2Ba葡萄属GydF4y2Ba物种和单一物种的反应GydF4y2Bax指数GydF4y2Ba．因此，关键是要提高我们对的响应性知识GydF4y2Ba葡萄属GydF4y2Ba和GydF4y2BaMuscadiniaGydF4y2Ba主要葡萄藤害虫的遗传资源及其遗传决定论分析。分子标记、基因定位和全基因组测序结合高通量技术的开发和应用的最新进展，将有助于更好地表征感兴趣性状的遗传基础[GydF4y2Ba27GydF4y2Ba］．对于葡萄来说，SSR (Simple Sequence Repeat)标记的开发和应用被认为是构建葡萄分子图谱的关键步骤[GydF4y2Ba21GydF4y2Ba那GydF4y2Ba28GydF4y2Ba那GydF4y2Ba29GydF4y2Ba］．下一代测序(NGS)促进了大量SNP(单核苷酸多态性)标记基因型方法的发展[GydF4y2Ba30.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba31GydF4y2Ba］．基因分型的分测序（GBS）已经开发作为一种快速和可靠的方法来复用的样品的测序GydF4y2Ba32GydF4y2Ba那GydF4y2Ba33GydF4y2Ba］．Barba和合作者的工作[GydF4y2Ba34GydF4y2Ba，首次应用GBS程序生成snp，构建高分辨率的葡萄QTL定位图谱。GydF4y2Ba

为了鉴定对葡萄根瘤蚜和匕首线虫的抗性来源，从muscadine杂交种(VRH8771 =GydF4y2Ba葡萄树x圆叶GydF4y2Ba),GydF4y2Ba诉酿酒用葡萄GydF4y2Ba简历。这项研究对“赤霞珠”进行了描述。通过这个交叉，人们寻求扩展关于遗传决定论的现有知识GydF4y2Bam . rotundifoliaGydF4y2Ba对病原体和害虫具有天然抵抗力。本研究的主要目的是:(1)利用伪试验杂交技术构建基于SSR和snp的连锁图谱;(2)利用SSR和snp图谱进行抗病遗传基础的QTL定位。这些目标是发展标记辅助育种对根瘤蚜和根瘤蚜抗性的第一步GydF4y2Bax指数GydF4y2Ba．GydF4y2Ba

基因分型：测序，SNP呼叫和SNP选择GydF4y2Ba

共获得8400万条reads，每个样本的reads数量在36000 - 950万条之间，平均305万条。这一数据相当于其他数据的0.91倍GydF4y2Ba葡萄属GydF4y2Ba这些基因组估计有大约500 Mb的大小。利用GATK pipeline和VCFtools进行SNP调用，共产生324183个SNP，其中52625个已被鉴定为伪测试杂交标记。通过剔除缺失数据或分离畸变位点，获得了雌性(VRH8771)和雄性(CS)的2组2285个和738个snp。在90个BC1个体上分别用135个和148个SSRs进行基因分型，分别构建了雌性和雄性图谱。由于每个个体的缺失数据阈值和预期的基因型频率，最终的数据集包括92个BC1个体。最终，75个BC1个体同时具有SSRs和SNPs标记，19个BC1个体仅具有SNPs标记，17个BC1个体仅具有SSRs标记(表S)GydF4y2Ba1GydF4y2Ba）.GydF4y2Ba

高密度的母系和父系遗传图谱GydF4y2Ba

利用2420个SSR标记和886个SNP标记分别构建了母系(VRH8771)和父系(CS)图谱(图SGydF4y2Ba1GydF4y2Ba和无花果。GydF4y2Ba2GydF4y2Ba）.每组标记共生成19个LGs, VRH8771和CS的最终大小分别为2351 cM和1982 cM。VRH8771与CS地图标记密度和平均距离分别为0.98 cM和2.24 cMGydF4y2Ba1GydF4y2Ba）.将标记顺序与其在VRH8771和CS地图上的物理位置进行比较发现，大多数地块位于对角线或相邻位置(图SGydF4y2Ba3.GydF4y2Ba）.GydF4y2Ba

抗性的表型评价GydF4y2BaD.蚜GydF4y2Ba

两者都获得了植物脂氧化体根抗性的表型评分GydF4y2Ba在足底GydF4y2Ba体外实验分别使用89和37个BC1个体。在GydF4y2Ba在足底GydF4y2Ba在体外实验中，结果由每株植物的结瘤数表示，而在体外实验中，它们对应于每株5根上计数的幼虫数。在体外与GydF4y2Ba在足底GydF4y2Ba数据显示正的显著相关(r = 0.47，GydF4y2Ba假定值GydF4y2Ba = 0.003). Because of the effects of inoculation conditions, there was a large variability for nodosity and larvae numbers among the three replicates of each BC1 individual plant tested, as illustrated by an average value of 73 and 53% for the variation coefficients of在足底GydF4y2Ba和体外实验。因此，每个个体的最大结瘤数和幼虫数被证实是定量抗性表型的可靠指标[GydF4y2Ba12.GydF4y2Ba］．阴性对照的基因型，“伯尔纳”，表现出与2个nodosities最大数量的预期结果GydF4y2Ba在足底GydF4y2Ba和9个幼虫分别在体外。父母基因型的表型反应与预期的内容一致，因为VRH8771导致抗性和CS易感（图。GydF4y2Ba1GydF4y2Ba）.以上人口，nodosities的数量范围从0到37（图GydF4y2Ba1GydF4y2Baa)，幼虫数量为0 ~ 39只(图1)。GydF4y2Ba1GydF4y2Bab）以GydF4y2Ba在足底GydF4y2Ba和体外实验。在两个试验中，根瘤蚜的反应存在广泛的变异，根瘤蚜和幼虫数量的广义遗传力分别为0.48和0.74。GydF4y2Ba

抗性的表型评价GydF4y2Bax指数GydF4y2Ba

在前两个实验中（2010-2011和2011-2012），抵抗力GydF4y2Bax指数GydF4y2Bawas screened from 35 BC1 individuals, using roots characteristics (root development (RD) and root weight (RW)), the nematode reproduction factor (RF) and the gall index (GI). The data obtained from these two experiments were analyzed together since no year effect was identified (Fig. S4.GydF4y2Ba和表年代GydF4y2Ba2GydF4y2Ba）.使用这35个个体和RD，RW，RF和GI标准的主成分分析（PCA）表明，两个第一轴解释了总变化的94.25％（图。GydF4y2Ba2GydF4y2Ba）.根据RF和GI标准，明确了耐药(R)和易感(S)组。这两组沿着主成分分析的第一个维度分离，主成分分析由线虫发育标准表示。主成分分析表明，敏感性标准不同于根的特征。统计分析证实了这一结果，在耐药和易感BC1个体之间的GI和RF值有显著差异(Wilcoxon符号秩检验-GydF4y2Ba假定值GydF4y2Ba的0.00015和0.00013用于RF和GI，分别地）。在另一方面，没有统计学显著差异揭示了抗感BC1个人相关根部特性的标准（RD和RW）之间（Wilcoxon符号秩和检验 -GydF4y2Ba假定值GydF4y2Ba研发和GW分别为0.335和0.535)。GydF4y2Ba

计算RD、RW、RF和GI指标的Spearman相关性。RD和RW与RF和GI均无显著相关，证实了根和线虫发育特征的独立性。线虫繁殖因子(RF)与瘿瘤指数(GI)高度相关(r = 0.59，GydF4y2Ba假定值GydF4y2Ba = 0.00019) (Table S3.GydF4y2Ba）.如此显著的相关性使得我们有可能依靠胆汁指数评级来对60个总BC1个体的反应进行评分GydF4y2Bax指数GydF4y2Ba在独立实验中。当一个个体的复制体的平均GI值低于1时，它被归类为抗性个体;当它的复制体的平均GI值等于或大于1时，它被归类为易感个体。因此，在所有5个实验中，分别有50个和10个BC1个体具有抗性和易感的特征。该分离比50R:10S符合7:1 (χGydF4y2Ba^2GydF4y2Ba_{0．05GydF4y2Ba} = 0.5978) expected when three dominant and independent genes control the resistance.

遗传决定论与响应的映射GydF4y2BaD.蚜GydF4y2Ba

检测到QTL，以获取得分的所有特征以及它们相关的结合值GydF4y2Ba在足底GydF4y2Ba以及体外实验。VRH8771高密度基因图谱(见表2)GydF4y2Ba2GydF4y2Ba），鉴定七个总QTL，用于缺点的最大数量和幼虫最大数量。这些QTL在三个LGS中定位，即LG 3，LG 7和LG 10. LOD评分和解释的表型差异在体外条件下具有较高的值。这可能是由于在体外发生的较低的环境变化而不是温室条件下的环境变化。在LG 7上，在60厘米的置信区间内发现几个条件和标准。在这个组中，检测到标准“最大点亮数”和“Blup Nodosities”标准的两个QTLGydF4y2Ba在足底GydF4y2Ba在体外条件下检测到的两个qtl对标准“幼虫数”和“BLUP幼虫数”的方差分别为87和70%。结果表明，在株lg10上鉴定出2个qtlGydF4y2Ba在足底GydF4y2Ba结瘤数最大，BLUP值与幼虫数最大相关。最后，分析与最大结节数相关的BLUP值GydF4y2Ba在足底GydF4y2Ba条件下，表现出对LG 3的QTL。GydF4y2Ba

遗传决定论与响应的映射GydF4y2Bax指数GydF4y2Ba

在我们的试验中观察到的7R:1S偏析率可能表明存在三个显性和独立的电阻(R)因素控制对GydF4y2Bax指数GydF4y2Ba．通过这一假设，考虑到检测与抗性有关的标记，我们首先使用衍生自膨胀 - 偏析分析（BSA）的方法[GydF4y2Ba35GydF4y2Ba］．由于在构建遗传图谱时采用了双伪测试杂交策略，因此只能利用SSR标记获取不同等位基因形式的信息，第一步仅利用这些标记进行bsa型分析。从2 (ab), 3 (abc)或4 (abcd)假定的等位SSRs的形式,我们保留一个等位基因的标记检测耐药父(VRH8771)和抗性群体BC1个体的一部分,但缺乏敏感的所有易感群体BC1个人和父(CS)。符合这一要求的标记位于三个连锁组lg9、lg10和lg18上(见表)GydF4y2Ba3.GydF4y2Ba)，这与三种主导且独立的R因素假设是一致的。GydF4y2Ba

为了使用与SSR和SNP标记相关的所有可用的遗传信息，进行比例测试。该测试旨在比较每个标记物的抗性和易感个体的比例。已经获得了抗性和易感比例之间存在统计学上显着差异的标记，被认为是可能涉及的GydF4y2Bax指数GydF4y2Ba电阻响应。在lg9、lg10和lg18上发现了R/S比例差异显著的标记组，证实了SSR标记的bsa型分析结果(表SGydF4y2Ba4.GydF4y2Ba）.GydF4y2Ba

We finally performed a QTL analysis with a binary mapping model using the R/S phenotypic information from 60 BC1 individuals and the VRH8771 high-density genetic map. A first QTL explaining 22.73% of the phenotypic variance was detected on LG 9 with a LOD score of 3.66 (Table4.GydF4y2Ba- 图小号GydF4y2Ba5.GydF4y2Ba）.该组QTL峰上的标记VVBX-A-06与之前通过bsa型分析鉴定的标记相对应(表)GydF4y2Ba4.GydF4y2Ba)和比例检验(表SGydF4y2Ba4.GydF4y2Ba）.在LG 10上检测到近似相同比例的表型差异（21.19％）的第二QTL，具有等同的LOD评分（3.59）（图SGydF4y2Ba5.GydF4y2Ba）.位于该QTL标记SC8-03是一样的标记通过在此连接基团的比例试验检测到，但它是从在BSA-型分析确定的三个SSR标记位于遥远（MRBX-27，VVIN78-SEC和VVIN85）。具有最高LOD评分（总表型变异的13.43％）第三个QTL中相同的第三染色体位置定位于LG 18，即如在BSA-类型的分析和比试验。标记UDV-108在这个QTL鉴定也是从两个其它分析得到的标记物。Nevertheless, this later QTL had a LOD score of ~ 2.5 that did not reach the significant threshold value of 3.12 (Table4.GydF4y2Ba）.在lg7、lg19和lg11上也发现了其他位点，但LOD评分低得多(2.0 ~ 1.5)(图2)。GydF4y2Ba3.GydF4y2Ba）.GydF4y2Ba

a的遗传图谱GydF4y2Ba诉酿酒用葡萄GydF4y2BaXGydF4y2Bam . rotundifoliaGydF4y2Ba叉GydF4y2Ba

葡萄属x MuscadiniaGydF4y2Ba由于染色体数目的差异，在减数分裂时基因组之间产生不完全同源性，杂交具有非常低的育性[GydF4y2Ba21GydF4y2Ba］．尽管有这个限制因素，一些F1杂交种被获得，然后成功地回交GydF4y2Ba葡萄属GydF4y2Ba物种。虽然后代的大小有限，但QTL分析是可靠的，从不同实验条件获得的结果的重现性来看(GydF4y2Ba在足底GydF4y2Ba和体外)和不同的统计方法(硅胶BSA和QTL检测)。本文首次报道了高密度葡萄遗传图谱的构建GydF4y2Ba葡萄树x圆叶GydF4y2Ba登录' VRH8771 '和GydF4y2Ba诉酿酒用葡萄GydF4y2Ba简历。赤霞珠的SSR和SNP标记。利用其他葡萄杂交的SSR标记建立的框架图是用GBS的SNP标记完成的[GydF4y2Ba28GydF4y2Ba那GydF4y2Ba29GydF4y2Ba那GydF4y2Ba34GydF4y2Ba那GydF4y2Ba36GydF4y2Ba那GydF4y2Ba37GydF4y2Ba］．在整个基因组和新一代测序技术，GBS提供了同时SNP发现和基因分型[廉价和可靠的解决方案GydF4y2Ba32GydF4y2Ba那GydF4y2Ba33GydF4y2Ba］．在葡萄中，GBS已经被用于高分辨率地图的构建，用于检测与抗白粉病和霜霉病相关的qtl [GydF4y2Ba34GydF4y2Ba那GydF4y2Ba38GydF4y2Ba那GydF4y2Ba39GydF4y2Ba］．在本图中，父本CS的SNP标记数低于母本VRH8771。这种差异与the的用法有关GydF4y2Ba诉酿酒用葡萄GydF4y2Ba简历。“黑皮诺”(PN40024)参考基因组在我们的分析[GydF4y2Ba40GydF4y2Ba那GydF4y2Ba41GydF4y2Ba］．实际上，这个基因组在基因上更接近CS而不是GydF4y2Ba葡萄属x MuscadiniaGydF4y2Ba杂交VRH8771，这解释了在母系接入中更多的多态标记[GydF4y2Ba42GydF4y2Ba］．如其他研究所示，将标记顺序与它们在VRH8771图中的物理位置进行比较，证实了两者之间具有较高的宏观共同性GydF4y2Ba诉酿酒用葡萄GydF4y2Ba和GydF4y2Bam . rotundifoliaGydF4y2Ba基因组(GydF4y2Ba21GydF4y2Ba那GydF4y2Ba42GydF4y2Ba那GydF4y2Ba43GydF4y2Ba］．母体地图中所有连锁组相邻标记间的平均距离为0.98 cM，与Teh等报道的密度范围相同[GydF4y2Ba39GydF4y2Ba]和Sapkota等。[GydF4y2Ba38GydF4y2Ba］．母体遗传图谱的饱和水平接近Delame等人建立的图谱[GydF4y2Ba42GydF4y2Ba为一个马斯卡定衍生的后代。GydF4y2Ba

根感染诱导结节形成和幼虫发育的qtlGydF4y2BaD.蚜GydF4y2Ba

该BC1植物根瘤的反应已经在体外通过双方探索和GydF4y2Ba在足底GydF4y2Ba实验。正如在每个实验中预期的那样，由于昆虫种群的活力，在同一植物个体的重复中观察到反应的广泛变异性。为了尽量减少这种影响，我们认为所研究的标准的最大值是数量抗性表型最可靠的指标[GydF4y2Ba12.GydF4y2Ba］．此外，采用线性混合模型来评估与随机区组实验设计相关的区组效应。因此，对BLUP值进行了估计，并对环境影响进行了解释[GydF4y2Ba44GydF4y2Ba］．该方法已被用于优化检测显著qtl的统计功率[GydF4y2Ba45GydF4y2Ba那GydF4y2Ba46GydF4y2Ba］．在lg7上检测到一个用于结节和幼虫数量的QTL，体外实验解释的表型变异达87%。每次实验中昆虫赖以为生的根的生理状态，即与它们的植物相连的根(GydF4y2Ba在足底GydF4y2Ba），或者完全从它在体外分离（），是相当不同的。尽管这样，在两种实验条件下的最强的QTL分别位于同一染色体（LG 7）上。这样的结果与由一束[获得的那些协议GydF4y2Ba10.GydF4y2Ba他还报告了试管实验与温室和/或葡萄园中进行的实验数据之间的良好相关性。此外，作者记录到在这些地区根瘤蚜抗性植株的比例较低GydF4y2Ba诉酿酒用葡萄GydF4y2BaXGydF4y2Bam . rotundifoliaGydF4y2Ba群体BC1后代。他认为，如果控制这一性状的R因子是由aGydF4y2BaMuscadiniaGydF4y2Ba与同源染色体配对概率低的染色体GydF4y2Ba诉酿酒用葡萄GydF4y2BaF1杂交种中的染色体。通过在LG 7中定位我们的主要QTL，GydF4y2Ba葡萄属GydF4y2Ba这一直分割到LG 7（上臂）和LG 20（下臂）的染色体GydF4y2BaMuscadiniaGydF4y2Ba，我们的当前数据与以前的这个这个R因子的染色体7的下臂的位置的假设线。GydF4y2Ba

此外，在lg3和lg10上还发现了2个qtl，表明其他位点可能影响或调节结节形成和幼虫发育。GydF4y2Ba

已有文献报道了几个可能参与根瘤蚜反应的qtl。Davidis和Olmo [GydF4y2Ba8.GydF4y2Ba]首先假设来自a的阻力GydF4y2Bam . rotundifoliaGydF4y2Ba登录受多个位点控制。然后花束(GydF4y2Ba10.GydF4y2Ba提示葡萄对葡萄根瘤蚜的抗性GydF4y2Bam . rotundifoliaGydF4y2Ba可能是由三个基因修饰调控的半显性位点介导的。同样地，在涉及不同美国人的种间杂交中GydF4y2Ba葡萄属GydF4y2Ba物种(GydF4y2Ba五berlandieri，五灰霉病GydF4y2Ba和GydF4y2Ba诉rubraGydF4y2Ba),GydF4y2Bam . rotundifoliaGydF4y2Ba, Boubals [GydF4y2Ba7.GydF4y2Ba得出的结论是抗性似乎是由多个位点控制的。已鉴定出4个根茎葡萄根瘤蚜抗性qtlGydF4y2Ba葡萄属GydF4y2Baspp。GydF4y2Ba五，灰霉病GydF4y2Ba，两个qtl已被定位在两个不同的种质中:GydF4y2BaRDV1.GydF4y2Ba位于cv的LG 13。“阿诺”(GydF4y2Ba12.GydF4y2Ba] 和GydF4y2BaRDV2.GydF4y2Ba位于LG 14在cv。“C2-50”(GydF4y2Ba5.GydF4y2Ba］．在包含至少六个的F1交叉的LG 5和LG 10上检测到另外两个QTL。GydF4y2Ba葡萄属GydF4y2Ba祖先中的物种[GydF4y2Ba13.GydF4y2Ba］．在我们的研究中，三个新的QTL从鉴定GydF4y2Bam . rotundifoliaGydF4y2Ba背景。有趣的是，这7个qtl已被定位在6个不同的LGs上。这些新的qtl被正式命名GydF4y2BaRDV6.GydF4y2Ba那GydF4y2BaRDV7.GydF4y2Ba那GydF4y2BaRDV8.GydF4y2Ba，根据他们在LG7、LG3和LG10上的位置。GydF4y2Ba

对匕首线虫的抗性反应GydF4y2Bax指数GydF4y2Ba地图在三个不同的lgGydF4y2Ba

测试了这些个体对匕首线虫的反应GydF4y2Bax指数GydF4y2Ba在连续的实验中，实验年份之间没有发现显著差异，这强调了实验方案的重现性和表型的可靠性。GydF4y2Ba

我们的评价GydF4y2Bax指数GydF4y2Ba抗性使用线虫再现因子和在接种后10至12个月评估的根肝指数。还考虑了根系的重量和视觉指数，以便研究与先前提到的线虫开发标准的关系。显示肝脏指数与线虫再现因子高度相关，但不具有根特征。这种肝脏指数评级方法以前用于遗传研究以实现抵抗力GydF4y2Bax指数GydF4y2Ba在GydF4y2Ba五arizonicaGydF4y2Ba．这使人们得以描绘出那个地方早期的反抗GydF4y2BaXiR1GydF4y2Ba在以温室为基础的快速筛选系统接种后4至8周[GydF4y2Ba22GydF4y2Ba那GydF4y2Ba47GydF4y2Ba］．我们目前的数据表明，胆碱指数也是评价抗胆碱酯酶的可靠标准GydF4y2Bax指数GydF4y2Ba在更长时间的测试(10-12个月)中，以确定R因素，应该带来更持久的影响。GydF4y2Ba

在我们的研究中，抗性水平的分布GydF4y2Bax指数GydF4y2Ba对60个BC1个体进行评估。7R:1S分离比表明，3个显性和独立的抗性因子可能参与了对线虫的响应。为了应对这一假设，一种来自批量分离分析的方法[GydF4y2Ba35GydF4y2Ba]，在ssr上发现lg9、lg10和lg18的标记。同时使用SSRs和SNPs的比例检验在同一三个lgg中鉴定了标记，因此证实了以前的数据。GydF4y2Ba

由于LOD分数分布曲线呈3个显著峰对同一个人进行QTL分析支持这些结果，因为的QTL被确定在LG 9和LG10 LG 10 QTL定位不是这个染色体上明确估计。上LG 18检测到第三QTL和，尽管它不是显著，其LOD得分值显着高于其它连锁群观察到的高。这3个QTL正式命名GydF4y2Ba中的XiR2GydF4y2Ba那GydF4y2BaXiR3GydF4y2Ba和GydF4y2BaXiR4GydF4y2Ba，根据LG9，LG10，LG18上的位置。这些结果提供了对载体线虫阻力因子的第一个位置GydF4y2Bax指数GydF4y2Ba在圆叶葡萄。根据在后代中观察到的分离模式GydF4y2Ba葡萄属GydF4y2Ba十字架涉及13种，公差的一个基因和双基因模式GydF4y2Bax指数GydF4y2Ba先前报道GydF4y2Ba48GydF4y2Ba， Xu等[GydF4y2Ba22GydF4y2Ba]标识的单个抗性基因座，GydF4y2BaXiR1GydF4y2Ba，在lg 19的GydF4y2Ba五arizonicaGydF4y2Ba使用185植物的地图。有趣的是，一些混合动力车，特别是BC1砧木'Nemadex Alain Bouquet'，来自于GydF4y2Bam . rotundifoliaGydF4y2Ba目前研究的“NC184-4”，显示两者都减少GydF4y2Bax指数GydF4y2Ba温室及田间条件下GFLV的数目及感染情况[GydF4y2Ba49GydF4y2Ba那GydF4y2Ba50GydF4y2Ba那GydF4y2Ba51GydF4y2Ba那GydF4y2Ba52GydF4y2Ba］．因此，我们假设抵抗GydF4y2Bax指数GydF4y2Ba通过此麝香葡萄加入赋予将与由所述线虫的葡萄在GFLV传输的延迟相关联。GydF4y2Ba

qtl已识别，以响应GydF4y2Bad . vitifoliaieGydF4y2Ba和GydF4y2Bax指数GydF4y2Ba绘制到富含抗性基因类似物的染色体区域GydF4y2Ba

而GydF4y2Ba诉酿酒用葡萄GydF4y2Ba对野生葡萄最重要的病虫害高度敏感吗GydF4y2Ba葡萄属GydF4y2Ba和GydF4y2BaMuscadiniaGydF4y2Ba材料的特点是有不同程度的电阻。其中，白粉病和霜霉病已经得到了详细的研究，并已确定了许多对这两种疾病部分或全部抗性的基因座[GydF4y2Ba53GydF4y2Ba］．有趣的是，一些染色体区域的在我们的研究中鉴定为携带[R因素GydF4y2BaD.蚜GydF4y2Ba和GydF4y2Bax指数GydF4y2Ba已经包含了针对其他主要葡萄病害的qtl。lg18含有许多对霜霉病抗性的位点GydF4y2Ba霜霉病GydF4y2Ba和白粉病GydF4y2Baerysiphe necator.GydF4y2Ba在mucadine [GydF4y2Ba54GydF4y2Ba那GydF4y2Ba55GydF4y2Ba]或GydF4y2Ba葡萄属GydF4y2Baspp。GydF4y2Ba38GydF4y2Ba那GydF4y2Ba56GydF4y2Ba那GydF4y2Ba57GydF4y2Ba那GydF4y2Ba58GydF4y2Ba］．因此，在两侧的标记中GydF4y2BaRpv3GydF4y2Ba(抗GydF4y2Bap . viticola)GydF4y2Ba由van Heerden的和合作者[从'锐劲基因型轨迹识别GydF4y2Ba59GydF4y2Ba]，是本研究已鉴定的UDV-108标记，其LOD评分最高的三个qtl之一在响应GydF4y2Bax指数GydF4y2Ba．此外,在GydF4y2Ba葡萄属GydF4y2Baspp。位点GydF4y2Barpv7GydF4y2Ba(抗霜霉病)和GydF4y2Barpv5GydF4y2Ba和GydF4y2BaRen6GydF4y2Ba（霜霉病和白粉病）已经分别报道LG 7和LG9 [GydF4y2Ba56GydF4y2Ba那GydF4y2Ba60GydF4y2Ba那GydF4y2Ba61GydF4y2Ba］．这三条染色体此前已被证明在NBS-LRR基因中富集[GydF4y2Ba62GydF4y2Ba］．测序技术目前的发展应该有助于比较GydF4y2Ba葡萄属GydF4y2Ba基因组和收集关于这些抗性基因的更精确的知识，以便在培育具有多害虫抗性的新品种中。GydF4y2Ba

以葡萄根茎育种为目的，本研究的结果为利用木霉菌碱作为根茎蚜特有的R源和作为根茎蚜的R源开辟了道路GydF4y2Bax指数GydF4y2Ba以延缓GFLV通过这种线虫传播到葡萄藤。在本研究中，我们成功地鉴定了根系对根瘤蚜和根瘤蚜的抗性GydF4y2Bax指数GydF4y2Ba并映射来自的第一个同源QTLGydF4y2Bam . rotundifoliaGydF4y2Ba源'nc184-4'。因此，响应于phylloxera和Lg 9，Lg 10和Lg 18，由Lg 3和Lg 10完成的Lg 7上鉴定在Lg 3和Lg 10上鉴定QT1。GydF4y2Bax指数GydF4y2Ba．现在应该以替代交叉测试这些新发现的特质链接基因座GydF4y2Bam . rotundifoliaGydF4y2Ba．在未来，这些基因座的验证标记可以允许它们以标记辅助的繁殖方法使用，以生产具有耐用电阻的新砧木。GydF4y2Ba

植物材料GydF4y2Ba

我们使用回交1号(BC1，群体Bdx0227)分离出135个个体(表SGydF4y2Ba1GydF4y2Ba)的杂交品种VRH8771[('赤霞珠'GydF4y2BaXGydF4y2Ba“阿利坎特Bouschet”)GydF4y2BaX M.圆叶GydF4y2Ba简历。GydF4y2BaNC184-4GydF4y2Ba] 和GydF4y2Ba诉酿酒用葡萄GydF4y2Ba简历。'Cabernet-Sauvignon'（VRH8771 X CS）。这一十字架于2005年以来，在Inrae Montpellier的Alain Bouquet发起，并在2008年之后继续在Inrae UMR EGFV（Bordeaux，法国）。女性母体VRH8771最初从1975年至1976年在Inrae Bordeaux中获得的十字架与内部GydF4y2Ba酿酒用葡萄GydF4y2Ba先前在波尔多所得复合从内斯比特W.B.得到的母（登录号8606），并且花粉从马斯克丁基因型NC184-4（美国北卡罗莱纳州罗利的大学）GydF4y2Ba63GydF4y2Ba］．VRH8771是耐GydF4y2BaD.蚜GydF4y2Ba和GydF4y2Bax指数GydF4y2Ba而GydF4y2Ba诉酿酒用葡萄GydF4y2Ba“赤霞珠”（CS），父本，易受[GydF4y2Ba49GydF4y2Ba］．亲本基因型和BC1个体保存在INRAE种质资源库(波尔多，法国)。GydF4y2Ba

昆虫和线虫材料GydF4y2Ba

为GydF4y2BaD.蚜GydF4y2Ba所有实验用的isofemale克隆“Pcf7”进行。原有的人口是在2010年的皮纳伊尔（吉伦特省，法国）采样在一个商业葡萄园GydF4y2Ba诉酿酒用葡萄GydF4y2Ba简历。SO4砧木嫁接‘品丽珠’接穗(GydF4y2Ba白头翁与河岸花GydF4y2Ba）在美国品种“和谐”的叶子中，在狗岭之间进行复杂的混合动力，维护在Inrae UMR拯救（Bordeaux，France）上（GydF4y2BaV. Champinii）GydF4y2Ba和'1613c'（GydF4y2BaV. labrusca X五河岸X的欧洲葡萄GydF4y2Ba）和根部的根部GydF4y2Ba诉酿酒用葡萄GydF4y2Ba简历。“赤霞珠”这两种基因型都来自INRAE种质库，以扦插的方式繁殖，并在温室条件下生长。GydF4y2Ba

为GydF4y2Bax指数GydF4y2Ba所有实验用的isofemale线“弗雷瑞斯”进行。原有的人口已在GFLV感染的葡萄场弗雷瑞斯（普罗旺斯，法国）进行了采样。使用在温室中生长葡萄上的人口，线已从接种于先前从体外生长的植物无花果单个雌性创建。GydF4y2Ba

实验设计和表型GydF4y2Ba

葡萄根瘤蚜试验GydF4y2Ba

一个GydF4y2Ba在足底GydF4y2Ba一种ssay was performed with 89 BC1 individuals. Two control genotypes were also tested:诉酿酒用葡萄GydF4y2Ba简历。“黑皮诺”和“Börner”的根茎(GydF4y2BaV. Riparia X V. CinereaGydF4y2Ba)分别为敏感和抗性基因型。本实验采用完全随机区组设计，分为3个实验区，每个实验区独立随机分配每个BC1个体1个重复。植物在1升的单独花盆中生长，土壤基质至少由50%的粘土组成，底部有鹅卵石，以改善排水。土壤采用高压灭菌，以防止与其他根瘤蚜种群源的交叉污染。每个花盆都覆盖着一个防虫透明塑料铃铛，并采用了自动浇水系统(图SGydF4y2Ba6.GydF4y2Ba一种）。“Pcf7”克隆一百根瘤蚜鸡蛋，先前生长的根块GydF4y2Ba诉酿酒用葡萄GydF4y2Ba简历。两代的“赤霞珠”，沉积在每个锅的根（〜3cm深度）附近的润湿和灭菌的滤纸上。接种后三个月后，植物被拔除并计数结核数量（图.. SGydF4y2Ba6.GydF4y2Bab）。每个BC1个体的三种重复中得分的最大数量被认为是定量抗性表型最可靠的指标。GydF4y2Ba

还根据POUGET执行的处理的体外测定GydF4y2Ba64GydF4y2Ba]以评估37个BC1个体上根瘤菌幼虫的发育情况。每根5个木本根，长6 - 7厘米，小束排列(所有根之间需要接触)在用薄膜密封的培养皿中潮湿的吸墨纸上。每个个体实现了三次重复。对根进行杀菌剂处理(利多米金，先正达®- 2.3 g/L)预防GydF4y2Ba葡萄孢菌GydF4y2Ba感染。在每个培养皿中，有50枚根瘤蚜卵沉积在根块上。然后在25°C的黑暗中培养培养皿。接种1个月后，在5个根片上观察幼虫的发育情况。3个重复中幼虫的最大得分被认为是数量抗性表现型的最佳指标[GydF4y2Ba12.GydF4y2Ba］．GydF4y2Ba

x指数分析GydF4y2Ba

在2010年至2017年间的五次连续实验期间，共评估了60个BC1个体（表S.GydF4y2Ba4.GydF4y2Ba）.还测试了三种参考基因型:易感基因型GydF4y2BaV. Rupestris.GydF4y2Ba简历。抗性BC1砧木‘Nemadex Alain Bouquet’的杂交组合‘VRH8773’(GydF4y2Ba葡萄树x圆叶GydF4y2Ba）X 140的Ru（GydF4y2Ba五berlandieri X五沙地葡萄GydF4y2Ba）”和易受中间基因型‘VRH8624’。VRH8773是VRH8771的哥克隆，并VRH8624在F1杂种（GydF4y2Ba葡萄树x圆叶GydF4y2Ba）葡萄酒父母是加入'托雷斯德'[GydF4y2Ba65GydF4y2Ba］．GydF4y2Ba

每年2月，在法国波尔多INRAE UMR EGFV (Bordeaux, France)的苗圃中，对同一硬木扦插的个体进行生根。5月，植物被送到INRAE UMR ISA (Sophia-Antipolis，法国)，单独种植在2升的花盆中，每个花盆有6个副本，在温室中种植。6月底，每个花盆接种固定数量的线虫，根据试验年份的不同，接种范围为300 ~ 900GydF4y2Ba5.GydF4y2Ba）.植物生长的十到十二个月，这是允许在两个连续的日历年约三，四线虫发育周期的时间。GydF4y2Ba

在收获时，植株的地上部分在领子处被切掉并移走，每个花盆都被装入一个塑料袋中，并储存在6°C的冷室中。这在所有个体复制中同时阻止了植物和线虫的发育，直到植物和线虫等级上升。评级是按顺序进行的，即一个重复一个重复。将每个2-L花盆的土壤全部回收到一个10-L的桶中，在桶中将植物的根在自来水下小心地单独清洗。以0-5等级为基础，对每个植株的整个根系进行根系发育(RD)评分，并测量其鲜根重量(RW)。使用0-5瘿瘤指数(GI)对每一株植物的根瘿瘤进行了评级，该指数来自对根结线虫的抗性研究GydF4y2Bameloidogyne.GydF4y2BaSPP：0 =没有胆;1 = 1-10％;2 = 11-30％;3 = 31-70％;4 = 71-90％;5> 90％的根系统粘在一起[GydF4y2Ba66GydF4y2Ba］．每株植物的线虫是从使用适于奥斯藤布林克方法[悬浮于铲斗土壤总提取GydF4y2Ba67GydF4y2Ba］．在前两个实验(2010-2011和2011-2012)中，在双目显微镜下统计最终线虫数量。然后计算最终线虫数与初始线虫数的比值，以评估每个BC1个体以及亲本和参考基因型的平均线虫繁殖因子(RF)。当RF值低于1时，个体被分为抗性(R)和易感(S)。由于前两个实验表明RF评分与GI评分显著相关(见结果部分)，最后三个实验(2012-2013年、2015-2016年和2016-2017年)未进行线虫提取，个体从视觉症状直接分类为R或S。GydF4y2Ba

表型数据集的处理GydF4y2Ba

葡萄根瘤蚜试验GydF4y2Ba

采用以下广义混合模型考察结瘤数和幼虫数:GydF4y2Ba

在哪里GydF4y2BaP.GydF4y2Ba_ijGydF4y2Ba是观察到的表现型，GydF4y2BaμGydF4y2Ba是表型数据的总体平均值，“个人”对应于BC1个体中的遗传差异，“块”占三个块中的微环境条件的差异，以及GydF4y2BaεGydF4y2Ba_ijGydF4y2Ba剩余项(RGydF4y2Ba_{LME4GydF4y2Ba}包裹）。因子“个体”被视为一个随机因子，而因子“块”是作为固定因子进行处理。的随机效应的“最佳线性无偏预测”（BLUP）从所选择的广义混合模型萃取。该BLUP值由字前面BLUP性状的名称指出。GydF4y2Ba

对每个数量表型性状，用公式估计广义遗传力GydF4y2BaHGydF4y2Ba^2GydF4y2Ba=σGydF4y2Ba^2GydF4y2Ba_GGydF4y2Ba/ [σGydF4y2Ba^2GydF4y2Ba_GGydF4y2Ba+σGydF4y2Ba^2GydF4y2Ba_{E / N.GydF4y2Ba}]GydF4y2Ba,在那里GydF4y2BaσGydF4y2Ba^2GydF4y2Ba_GGydF4y2Ba是遗传方差，GydF4y2BaσGydF4y2Ba^2GydF4y2Ba_E.GydF4y2Ba是环境方差和GydF4y2BaNGydF4y2Ba是每次增加的植物数量。GydF4y2Ba

线虫试验GydF4y2Ba

使用R版本3.4.0执行所有主成分分析（PCA）和参数和非参数统计测试。统计显着性设定为ATGydF4y2BaP.GydF4y2Ba < 0.05.

抗性性状作图GydF4y2Ba

简单序列重复(SSR)标记GydF4y2Ba

从温室中生长的90个BC1个体的50 ~ 100 mg嫩叶中提取DNA(表SGydF4y2Ba1GydF4y2Ba）.叶片在5 mL的第一缓冲提取液中研磨，该缓冲提取液含有焦亚硫酸钠[焦亚硫酸钠20 mM, Tris-HCl pH 8 0.2 M, EDTA pH 8 70 mM, NaCl 2 M]。500 μL的匀浆与450 μL的第二缓冲液在65°C下孵育1小时，CTAB [CTAB 2%， NaCl 1.4 M, EDTA pH 8 20 mM, Tris-HCl pH 8 0.1 M]。然后在4°C, 13,000 rpm下离心30分钟。取500 μL上清液，用等量溶剂氯仿:辛醇(24:1)清洗。在4℃、13000 rpm转速下旋转20分钟后，我们在450 μL异丙醇:乙酸铵(2:1)溶液中回收300 μL的水相。我们在4°C下静置1小时，然后在4°C下13000 rpm离心20分钟。我们丢弃溶液，用70%乙醇(v/v)洗涤颗粒(2次)。离心后(4℃，13000 rpm, 20分钟)，丢弃乙醇，在100 ~ 200 μL TE 0.1 X [Tris HCl 10 mM, EDTA 1 mM]中沉淀颗粒。使用Nanodrop™对dna进行定量。GydF4y2Ba

总共217引物对，使用：61 VMC（葡萄属微联盟，通过AGROGENE，Moissy Cramayel，法国管理），7 VVMD [GydF4y2Ba68GydF4y2Ba， 1 VVS [GydF4y2Ba69GydF4y2Ba]， 6 sc08 [GydF4y2Ba70GydF4y2Ba， 1 VrZAG [GydF4y2Ba71GydF4y2Ba， VVC [GydF4y2Ba69GydF4y2Ban .[物]GydF4y2Ba72GydF4y2Ba]， 11mrbx [GydF4y2Ba73GydF4y2Ba]，21 UDV [GydF4y2Ba74GydF4y2Ba]和标记Gf13-9 [GydF4y2Ba12.GydF4y2Ba］．两种新系列的SSR，VVBX和VVBX-A，由基因组12x设计GydF4y2Ba诉酿酒用葡萄GydF4y2Ba简历。“黑皮诺”(Pinot Noir, PN40024)使用Primer3软件[GydF4y2Ba75GydF4y2Ba］．表S中报告了VVBX和VVBX-A标记的引物特征GydF4y2Ba6.GydF4y2Ba．GydF4y2Ba

pcr采用m13 -尾正向引物单次反应[GydF4y2Ba76GydF4y2Ba]与四种不同染料(6FAM™，VIC®，NED™和PET®)结合，反应体积为15 μl，反应量为:5 ng的DNA模板,1.5μL 10 xpcr反应缓冲区,MgCl2 2毫米,每个核苷酸的0.2毫米,0.05μM的M13尾随SSR引物,0.2μM的反向引物,0.2μM的染料共轭M13引物,和0.2 U(启动™Taq DNA聚合酶(Sigma-Aldrich)。放大条件如下:5分钟初始变性步骤在95°C后跟2周期(30年代变性在95°C, 1.5分钟退火60°C或56°C和1分钟扩展在72°C)其次是35周期(30年代变性在95°C, 30年代退火60°C或56°C和1分钟扩展在72°C)然后,10分钟最终在72°C扩展。通过3730 DNA分析仪(Applied Biosystem™)进行可视化。根据SSRs和染料的大小，共收集了8到16个PCR产物，并在一次运行中进行分析。用自由软件STRand进行电泳分析。任何不明确的基因型都被重新运行、重新扩增或作为未知。GydF4y2Ba

单核苷酸多态性（SNP）标记GydF4y2Ba

对温室内生长的128个BC1单株的2个叶盘(直径1.5 cm)取样(表SGydF4y2Ba1GydF4y2Ba）.使用与Cormier等人描述的相同的方法，在干燥的叶片组织上实现DNA提取[GydF4y2Ba77GydF4y2Ba］．基因分型的分测序（GBS），如Elshire等人所述进行。[GydF4y2Ba32GydF4y2Ba(Keygene N.V.拥有专利和专利申请保护其基于序列的基因分型技术)集成两个96孔板，横跨96个条形码，用于图书馆准备。利用ApeKI限制性内切酶制备基因组文库。在Illumina HiSeq3000系统(位于法国图卢兹的GeT-PlaGe平台)上对150 bp的reads进行配对测序。GydF4y2Ba

用FastQC检查原始读取[GydF4y2Ba78GydF4y2Ba，使用自定义脚本解复用(GydF4y2Bahttps://github.com/timflutreGydF4y2Ba），并用CutAdapt [清洗GydF4y2Ba79GydF4y2Ba］．然后将清理后的读取映射到GydF4y2Ba诉酿酒用葡萄GydF4y2BaCV“黑比诺”（PN40024）用于SNP基因组调用组件。使用挖洞轮车定位仪最大精确使用默认参数匹配（BWA-MEM）中进行在此基因组对准GydF4y2Ba80GydF4y2Ba]，SAMtools和皮卡德（GydF4y2Bahttp://broadinstitute.github.io/picard/GydF4y2Ba）.使用硬过滤器参数与GATK一起执行SNP调用[GydF4y2Ba81.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba82.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba83.GydF4y2Ba］．GydF4y2Ba

VCFtools was used to remove SNPs with a quality score < 200 and with depth values < 10 [84.GydF4y2Ba］．用质量过滤的SNP分析GydF4y2Ba主要次要GydF4y2Ba和GydF4y2Baget_pseudo_test_crossGydF4y2Ba来自HetMappS管道的用于识别伪testcross标记的脚本[GydF4y2Ba85.GydF4y2Ba］．在所述变体呼叫格式（VCF）输出文件仅与小于10％的丢失数据点被保留。具有超过50％缺失数据和那些与从预期1不同基因型频率的个体：1个标记偏析被丢弃。获得对应于所述两个亲本基因型两组标记。GydF4y2Ba

地图建设GydF4y2Ba

采用双伪测试杂交策略为每个亲本基因型构建个体图谱[GydF4y2Ba86.GydF4y2Ba］．使用卡方检验分析标记分离与预期孟德尔比率的拟合优度(GydF4y2BaP.GydF4y2Ba< 0.05)。标记类型的GydF4y2Balm x ll.GydF4y2Ba和GydF4y2Bann x npGydF4y2Ba保留了母体和父系地图的构建。使用具有Haldane函数的最大似然（ML）算法和JoinMap®4.1软件的默认参数确定遗传贴图和标记顺序[GydF4y2Ba87.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba88.GydF4y2Ba］．以最小阈值对数赔率(LOD)评分为6.0构建连锁组。LGs根据其相应的物理染色体编号进行分组和编号[GydF4y2Ba41GydF4y2Ba］．GydF4y2Ba

电阻作图方法GydF4y2Ba

葡萄根瘤蚜试验GydF4y2Ba

最大结节数目(GydF4y2Ba在足底GydF4y2Ba以幼虫最大数量(体外试验)和相关BLUP值作为药敏/耐药反应的定量评分。GydF4y2Ba

利用一维扫描功能检测数量性状位点(qtl)，GydF4y2BascanoneGydF4y2Ba， R/qtl软件使用正态模型和非参数分析，并根据数据的正态性采用期望最大化(EM)算法方法[GydF4y2Ba88.GydF4y2Ba那GydF4y2Ba89.GydF4y2Ba］．采用预先计算的多点基因型概率GydF4y2Bacalc.genoprobGydF4y2Ba使用step = 1和默认参数。对奇数评分(LOD)显著性阈值估计1000个排列，显著水平α为0.05。利用Rqtl的1.5-LOD区间法计算每个QTL位置的区间估计[GydF4y2Ba90.GydF4y2Ba］．QTL解释的表型变化的百分比对应于回归值rGydF4y2Ba^2GydF4y2Ba在LOD分数的峰值。GydF4y2Ba

线虫试验GydF4y2Ba

基于SSR标记，采用源自BSA (Bulked Segregant Analysis, BSA)的in silica方法[GydF4y2Ba35GydF4y2Ba］．在VRH8771 X CS子代，多态型标志分配入或者2（AB），3（ABC）或4（ABCD）的等位基因形式。从每个标记的筛选，标记物保持是那些针对在抗性亲本（VRH8771）和在抗性BC1个体的一部分，但在没有所有易感BC1个体中检测到的等位基因。GydF4y2Ba

在抗性和易感的表型转化成值等于0和1，分别。一维扫描功能，GydF4y2BascanoneGydF4y2Ba，R的/用参数进行QTL软件GydF4y2Bamodel = ‘binary’[GydF4y2Ba90.GydF4y2Ba]GydF4y2Ba．GydF4y2BaLOD显著性阈值、QTL间隔和RGydF4y2Ba^2GydF4y2Ba值是通过前一段所述的程序获得的。利用SSR标记对47个表型个体进行BSA分析，利用60个表型个体进行QTL分析。GydF4y2Ba

本研究的数据集可从通讯作者处获得。GydF4y2Ba

结影：GydF4y2Ba

最好的线性无偏见预测GydF4y2Ba

BSA：GydF4y2Ba

的隔离分析GydF4y2Ba

新兴市场:GydF4y2Ba

期望最大化GydF4y2Ba

GBS：GydF4y2Ba

Genotyping-by-sequencingGydF4y2Ba

LG：GydF4y2Ba

连锁群GydF4y2Ba

LOD:GydF4y2Ba

比值比的对数GydF4y2Ba

ML：GydF4y2Ba

最大似然GydF4y2Ba

门店:GydF4y2Ba

新一代测序GydF4y2Ba

主成分分析:GydF4y2Ba

主成分分析GydF4y2Ba

QTL：GydF4y2Ba

定量特质基因座GydF4y2Ba

SNP:GydF4y2Ba

单核苷酸多态性GydF4y2Ba

VCF:GydF4y2Ba

变体电话格式GydF4y2Ba

这份手稿致力于阿兰的花束，他在本研究中使用的十字架上发起了涉及肌肉的繁多的十字架。没有他，什么都没有。的一种uthors thank A. El Msayryb and A. Bakhkhouch for their help in nematological analyses, B. Douens, J-P Robert and C. Hévin for their contribution to plant material multiplication and maintenance, and N. Girollet for his wise advices and help in bioinformatic processing of data.

该研究获得了欧盟第七框架计划的资助，该框架计划用于研究、技术开发和示范，其资助协议为n°311775 (Innovine, 2013-2016)，该协议支持群体的SSR基因分型、SSR地图的建立、根瘤蚜分析和GLT初始合同。法国农业部还通过CASDAR合同“报酬”(2015-2018)(CTPS项目n°C-2014-09)提供了部分资金，用于线虫分析、完成SSR图谱、BSA分析和GLT合同。PIVERT I和II (2016-2019) (France AgriMer EDP 09 16 00 2775, EDP 09 17 00 3392, EDP 09 18 00 3764)为该群体的GBS、SNP图的建立、QTL的检测、GLT最终契约和BR契约做出了贡献。inra - agriobattentions IVD3(2011-2015)和IVD4(2016-2020)合同为表型活动、SSR和SNP基因分型提供了补充资金。GydF4y2Ba

从属关系GydF4y2Ba

1. INRAE，UMR EGFV，33883，Villenave D'奥尔农，法国GydF4y2Ba

   贝尔纳黛特卢比奥，纪尧姆·拉兰-Tisné，让 - 帕斯卡尔Tandonnet，玛丽亚·拉法格，让 - 皮埃尔·佩蒂特，马丁Donnart，皮埃尔 - 弗朗索瓦·伯特和纳塔莉OllatGydF4y2Ba

2. IFV, Domaine de l’esiguette, 30240, Le Grau du Roi，法国GydF4y2Ba

   伯纳黛特·卢比奥，纪尧姆Lalanne-Tisné & Loïc勒坎夫GydF4y2Ba

3. INRAE, Université Nice Côte d’azur, CNRS, ISA, 06903，索菲亚安提波利斯，法国GydF4y2Ba

   Roger Voisin，Ulysse Portier，Cyril Van Ghelder＆Daniel EsmenjaudGydF4y2Ba

4. INRAE, UMR SAVE, 33883, Villenave d 'Ornon，法国GydF4y2Ba

   Benjamin Joubard＆DacianaPapuraGydF4y2Ba

贡献GydF4y2Ba

NO、DE和DP设计了本研究。ML和J-PT进行杂交并参与后代的维持。ML、J-PP、BJ和DP进行根瘤蚜检测，ML、MD、BJ、DP、GLT和BR对根瘤蚜数据进行分析。DE, RV, UP和CVG执行GydF4y2Bax指数GydF4y2Ba测试和de，glt和br分析了数据GydF4y2Bax指数GydF4y2Ba．GLT和MD采集样本进行DNA提取，并进行微卫星基因分型。GLT、LLC和BR构建遗传图谱并进行统计分析。GLT和BR对QTL分析有贡献。P-FB协助解释结果，并协助订正手稿。DE, GLT和BR撰写了手稿的第一版。DE, BR, LLC和NO生成了手稿的最后一个版本。所有作者阅读并批准了手稿GydF4y2Ba

通讯作者GydF4y2Ba

对应到GydF4y2Ba娜塔莉OllatGydF4y2Ba．GydF4y2Ba

伦理批准和同意参与GydF4y2Ba

不适用。GydF4y2Ba

同意出版GydF4y2Ba

不适用。GydF4y2Ba

相互竞争的利益GydF4y2Ba

两位作者宣称他们没有相互竞争的利益。GydF4y2Ba

出版商的注意GydF4y2Ba

Springer Nature在发表地图和机构附属机构中的司法管辖权索赔方面仍然是中立的。GydF4y2Ba

纪念博士阿兰花束GydF4y2Ba

开放获取GydF4y2Ba本文根据创意公约归因于4.0国际许可证，这允许在任何中或格式中使用，共享，适应，分发和复制，只要您向原始作者和来源提供适当的信贷，提供了一个链接到Creative Commons许可证，并指出是否进行了更改。除非信用额度另有说明，否则本文中的图像或其他第三方材料包含在文章的创造性公共许可证中，除非信用额度另有说明。如果物品不包含在物品的创造性的公共许可证中，法定规定不允许您的预期用途或超过允许使用，您需要直接从版权所有者获得许可。要查看本许可证的副本，请访问GydF4y2Bahttp://creativecommons.org/licenses/by/4.0/GydF4y2Ba．Creative Commons公共领域奉献豁免（GydF4y2Bahttp://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/GydF4y2Ba)适用于本文提供的数据，除非在数据的信贷额度中另有说明。GydF4y2Ba

再版和权限GydF4y2Ba