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基因组全局识别PbrbHLH家庭基因和表达分析响应梨中干旱和冷应力yrusbretschneideri)

BMC植物生物音量21号条号 :86高山市2021)点上此文章

抽象性

后台

基本螺旋-螺旋-螺旋分解系数在许多过程中发挥重要作用,这些过程包括植物生长、新陈代谢和对非生物压力的响应白梨基因组序列dangshansuli报告, 尚不清楚bHLH家族基因及其演化历史

结果

在这项工作中,全基因组识别BHLH中文白梨基因演化PbrbHLH基因响应非生物压力基于植物特征分析 和结构特征BHLH基因完全划分为21组扩展PbrbHLH基因家庭主要受WGD驱动并分散复制最近WGD净化选择功能注解浓缩显示大多数PbrHLHsGO用词和KEGG路径丰富后作为TF响应压力条件移植剖面图和qRT-PCR显示PbrHLH7,PbrHLH8,PbrHLH128,PbrHLH160,PbrHLH161并PbrHLH195感冒和干旱处理法下大幅度提高调控率此外PbrHLH195静默梨树苗显示感冒显著减慢,叶绿素含量下降,电解渗漏增加和麦地卓和H2O级2.

结论

第一次综合分析确定BHLH汉白梨基因证明PbrHLH195参与生产ROS以响应冷应力,表示成员PbrbHLH家庭在梨压力容留方面起着关键作用

同级评审报告

后台

定型因子是蛋白质分子,特殊结构功能调节基因表达式,在植物生长开发中起许多关键作用一号..基本螺旋循环分解因子家庭是植物中第二大家庭成员由高度保护域名bHLH命名,可绑定并组成dgn2..受保护bHLH域由约60氨基酸组成,分两个功能段:基础区和HLH区域N终点基础区域包含13至17大基氨基酸,并充当DNA绑定域名识别目标基因推广者中的脱氧核糖核酸并具体绑定3,4,5,6..HLH区域位于bHLH域C端口上,由双亲组成αhelixes主要由疏水残留物组成,由相对分散(长度和主序)环形区域连通HLH域推广蛋白质交互作用并允许生成同父或异父复合体7..BHLH转录因子涉及植物生长和新陈代谢等多过程,如stomata开发8光信号转换九九,10开花规程11Anthocyanin和二级代谢12,13,14..据报有BHLH基因主要与植物非生物压力有关,如对干旱、低温、盐类、ABA和机械损害的反应15,16..举个例子AtbHLH92,AtbHLH122,AtbHLH128并AtbHLH130直接或间接参与ABA信号路径提高抗旱阿拉伯化[17..过分表达BHLHTFMYC类型ICE1,ICE2并CBF增强容度阿拉伯化低温应力18号..小麦tabHLH1能够调控ABA媒体压力容忍路径提高植物适应干旱和盐压力能力19号..上头TabHLH39基因参与调控压力响应中的基因表达水平,从而增加表达过度工厂的盐容20码..大米OSBHLH148并sbHL006高山市RERJ1)通过Jasmonic信号路径对干旱压力响应21号,22号..BHLH转录因子sICE1可提高转基因大米冷耐23号..表达式ebHLH35populse基因在干旱和ABA感应期间增加ebHLH35抗旱应力下有主动调控效果,指植物耐受性24码..VabHLH1和VvbHLH性异常并ivisvifera公元前Cabernet SauviCOR系统)基因25码..

迄今,基于基因组测序快速开发,多物种中多植物bHLHTF基因已被识别并定性162、167、155、124和188BHLHs中识别阿拉伯化理论大米、豆子、马铃薯和苹果26没有任何报告BHLH家梨梨子是重要的经济作物,分布遍及世界然而,梨子在生长开发过程中遭受非生物压力,如干旱、低温和盐,这不仅限制种植面积,还影响生长、开发与收成。研究梨子bHLH转录因数对说明梨子应激反应的生物过程是必要的

在这次研究中,我们识别到197梨BHLH高山市PbrbHLH白梨基因序列并进行植物学分析以确定这些基因之间的关系蛋白质运动体分析结果和开机/开机结构支持分类BHLH家庭问题同时,我们确定重复事件有可能促进扩展BHLH家庭问题此外,RNA-Seq数据显示表达式模式PbrHLHs抗旱抗冷应力不尽相同本研究数据将提高我们对知识的理解PbrbHLH函数响应压力同时,系统分析为进一步机制提供基础,以接受感冒和抗旱BHLH梨子基因, 特别是面向识别候选基因 可能与梨子冷旱耐受

结果

识别、分类和函数注解BHLH中文白梨基因

识别PbrbHLH基因组,我们用HM文档(PF00010)对中国白梨基因组进行本地HM搜索并设定参数检测出200表brHLH蛋白序列SMART和NCB批量CD搜索工具确认bHLH域的存在,冗余序列去除终于从梨子中获取197序列BHLH家庭问题按照基因识别顺序 这些基因取自PbrHLH1至PbrHLH197表2一号表S1168号PbrbHLH基因随机分布于17个染色体中,从每染色体1-25不等,其余则局部分布至25个无序脚架一号)染色体15PbrHLHs后排chr5(21gs)和chr14(15gs)。

表1点名PbrbHLH蛋白
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植物bHLH蛋白精确分类数未知,但被认为是15-327,8,27号..植物进化树使用NJ法构建一号维格2a和FigS级一号)未扎根树显示PbrbHLH基因家族可划分为21块带子名A至U,与番茄中发现数相同28码和Squatolus粗俗[29..不同于其他片段,cladeP和Q分别含有单bHLH蛋白PbrHL32并PbrHLH184唯一性NJ树与PbrHLHs和AtbHLHs167蛋白序列相联显示PbrHLH132和PbrHLH184与其他bHLH蛋白相对较低S级一号),它同未扎根树一致除clade P和Q外,每枚clade的基因数从3类(clade L和M)到22类(clade U)大相径庭。基因结构分析结果还显示PbrbHLH基因家庭有广度exon数和基因结构多样性2举例说,大多数子家庭内没有exons和UTR特征分布模式外延分布模式相对保留在cladeD、F、G、H、J、K和U中,这些片段的基因在exons数、exon模式和每次exon长度方面高度相似性,例如PbrHLH73,PbrHLH74,PbrHLH75,PbrHLH76并PbrHLH180CladeF和PbrHLH47至PbrHLH77片名:cladeH

微博一号
图1

PbrHLH蛋白树.MEGA7用于构造基于蛋白序列的植物化树iTOL用注解并审查植物树蛋白质聚为21组不同背景颜色表示不同组PbrHLH蛋白

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图2

基因结构图解和节制图案PbrbHLH家庭问题a/分组分类phyrogentict树使用197生成PbrbHLH基因MEGA7子类名称贴上相应的标签b/保存式图解20个异型图案与MEA套件相匹配,每个图案用不同颜色表示C级.Gene结构分析

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特征显示PbrbHLH家庭编码和编码基因显示于表一号表S一号.蛋白分子重量从10.38至274.01kd蛋白异电点数从4.24到10.62不等,其中120小于7一号)graVY所有bhl蛋白都呈阳性,表示所有brbhl

GO和KEGG数据库注解信息能够描述这些基因的潜在功能预测识别函数PbrbHLH基因功能浓缩分析PbrHLHsAtbHLH基因都演化fig显示S级2a和表S一号,PbrHLHs内容主要是绑定性、细胞部分、细胞过程、代谢过程和某些调控函数,所有这些函数和过程都与TF密切相关。KEGG浓缩结果显示,这些基因大都以circidian节奏、MAPK信号和植物荷尔蒙信号传输路径丰富S级2b)所有机制BHLH家庭TF规范下游基因表达此外,爆破结果还显示检测出这些路径的关键TF,包括AtbHLH004方言大全PbrHLH62,PbrHLH80,PbrHLH102,PbrHLH155,PbrHLH156并PbrHLH162和)AtbHLH003方言大全PbrHLH38,PbrHLH39,PbrHLH112并PbrHLH113)正负调控jasmonate响应AtbHL008方言大全PbrHLH24,PbrHLH28,PbrHLH115并PbrHLH135负调节phyB信号并AtbHLH098方言大全PbrHLH47,PbrHLH61,PbrHLH81并PbrHLH142k3和MPK6基底

同步分析PbrHLHs

基因复制事件,如WGD/secle重复、并发复制和移位事件,是基因家庭扩展的主要原因,并影响蛋白编码基因家庭演化[30码..通过MCSCANX包检测出重复事件BHLH基因家族和每种基因分配五大重复类型中的一种:单调子、WGD/secial、联想式、近似式或散射式5类重复都检测出驱动扩展PbrbHLH基因类2表S2)结果显示58.9%BHLH中文白梨基因复制并保留WGD/分类事件和近四分之一(23.9%)PbrHLHs归散式

表2 汉白梨中不同源式bHLH基因数
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探索进化过程后PbrbHLH基因学内合成分析 识别中国白梨内保护染色体块安卓洛格风景PbrbHLH基因配对显示Fig3染色体分布随机进化日期WGD/分类重复事件可按ks值估计[31号..前几次报告基于Ks值,梨基因组经历两次全基因组重复事件:古代WGD(Ks~1.5-1.8)32码和最近的WGD(Ks~0.15-0.3)发生 30-45MYA三十三梨子里因此,我们使用Ks值估计基因复制事件进化日期PbrbHLH基因家庭ks值表示大都PbrbHLH基因从最近WGD事件日期复制,而其他一些基因则始自古代WGD3)选择强度和方向可用K/Ks比表示,K/Ks值表示中性进化,正选表示K/Ks值大于1,净化选择表示K/Ks值小于1[34号..ks比率几乎全部同义PbrbHLH基因小于一(基因配方除外)PbrbHLH110-PbrbHLH152中隐含PbrHLHs主要是在净化选择下进化3)

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图3

分布和相迭性PbrHLHs.红线环圆标志染色体基因位置圆内不同颜色的线表示串联关系PbrbHLH基因学

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表3 大规模重复事件重复模式和绝对日期估计PbrHLHs
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保存运动分析PbrbHLH基因家庭

内部运动类型和组成主要决定蛋白函数,而PbrHLH蛋白进化关系也通过分析节能运动来确定。深入识别prbHLH蛋白质构造时,本研究使用在线ME程序检测ptif模式Fig显示220个低E值节能运动体得到确认细节tif模式显示于表S3.组成模式几乎与轮廓分析结果一致,同组相似,但大相径庭PbrHLHs中,虽然模式[#12]在所有成员中都检测成中国白梨bHLHTF节用运动模式,但其他一些运动模式只存在于某些组中,包括B组、I组和K组中的 motif#8motif#10FO组metif#11集团Nmetifs9s组和metif#19t然而,某些独特的运动模式也只能在特定次家庭检测到模式化f中[#131210121012614],模式化cladeK中[#1575182263]和模式化cladeJ发现许多次家庭相对确定运动组成,彼此间有显著差异但也有一些组有多种模式,而在其他一些片段检测到没有节制模式,表示PbrHLHs这些群体进化过程不保守,集团划分可能在早期发生

表达式剖面图和模式PbrbHLH基因响应干旱和冷压

上个转录机数据显示候选表达式模式PbrbHLH基因响应干旱压力和冷压力4)[35码,36号..总体结果显示,尽管部分背景表达PbrbHLH基因很少检测到,其他基因在这些调查时间点中大相径庭数个有差别表达基因显示在两种压力条件下上升调控趋势,程度不等,例如像PbrHLH119并PbrHLH120片名EPbrHLH7并PbrHLH160CladeG和PbrHLH128至PbrHLH80从cladeK这表明这些基因可能参与某些近距离路径以因应干旱和冷压有趣的是,与冷处理中这些基因表达方式相比,旱情下这些基因峰值表达方式显示于较晚时间点对比中,其他一些PbrHLHs显示不同表达式模式(或甚至是对立表达式模式),表示其响应可能因压力条件不同而异

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图4

表达式剖面PbrHLHs受旱冷压力表达式分析PbrHLHs冷旱应激条件下使用先前公布的转录器数据

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进一步验证这些识别功能PbrHLHs八大差分表达PbrbHLH基因类PbrHLH119从cladeEPbrHLH7,PbrHLH8并PbrHLH160从cladeGPbrHLH80,PbrHLH128,PbrHLH161并PbrHLH195从cladeK中选择检测表达式,分别因应干旱和冷应力5)比较0hpt表达式PbrHLH8并PbrHLH80抗旱处理PbrHLH7并PbrHLH119冷压下(数据不显示)所有其他基因表达式在干旱或冷处理的早期阶段大为改变干旱条件下响应速度往往更快,通常前12小时内变化冷压下表达PbrHLH8,PbrHLH128,PbrHLH160并PbrHLH161初始显示下调趋势PbrHLH7并PbrHLH195受干旱压力感冒压力和干旱压力间截然相反趋势PbrHLH128并PbrHLH160.受干旱压力影响后,一开始调高后调低,而在冷压下,最初表达方式在增加前下降结果表明PbrbHLH基因确实参与应对干旱和冷应力,而基因在这些应力条件下参与路径似乎有所不同。

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图5

表达式分析PbrHLHs低温和干旱压力a/相对表达式PbrHLH8,PbrHLH80,PbrHLH128,PbrHLH160,PbrHLH161并PbrHLH195带冷处理b/相对表达式PbrHLH7,PbrHLH119,PbrHLH128,PbrHLH160,PbrHLH161并PbrHLH195带旱处理梨子Actin用作内部引用规范化统计分析使用学生测试公元前< 0.05)

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静默PbrHLH195减冷耐受性P.贝图拉福里

理解是否PbrHLHs需要冷耐梨使用VIGS系统静默PbrHLH195高调感冒P.贝图拉福里.笔录丰度PbrHLH195正数工厂比WT大幅下降50-90%6jk.阳静默植物p-TRV1p-TRV2和p-TRV36ad.静默厂8天接触0摄氏度时显示比WT严重损坏6a))静默植物电解渗漏和麦地亚丁富集度远高于WT冷压下富集度6bc)同时,当他们接受冷处理时,静默厂的Chl荧光明显抑制,并伴之以远低于WTF/Fm比和Chl内容6d-g)/此外,与静默厂相比,WTH值较低2O级2内容图6hi)原位积聚H2O级2原生化染色DAB低温染色变暗,静默植物染色比WT深度强6定量测量进一步证实了这一点(图二图二图二图二图二图二图二图二图二图二图二图二图二图二图二图二图二图二图二图二图二图二图二图二图二图二图二图二图二图二图二图二图二图二图二图二图二图二图二图二6静默植物积聚比WT多活性氧类结果表明静默PbrHLH195推广冷易感性P.贝图拉福里.

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图6

冷容解析PbrHLH195静默无声yrusbetulaefolia植物a/-C级基因型1个月PbrHLH195八天冷处理前后静默植物a/)电解泄漏b/和麦地亚丁富集度C级后冷处理d级-g级消音工厂和WT工厂的绿化荧光成像d级Fv/Fm比率e类)Chl内容f级和peno类型g级WT和PTRV-PbrHLH195静默厂(pTRV-1、pTRV-2和pTRV-3)h-一原位积聚H2O级2立体染色3-3二联苯丁h后冷处理H量化测量2O级2高山市一级后冷处理表达式PbrHLH195由RT-PCR检测j大全qRT-PCRk8d冷处理

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讨论

发布中国白梨基因排序数据后,发现并定性了许多全基因级TF基因,包括NAC-TF、BAM-TF和WSKY-TF等22号,37号,38号..植物生长和新陈代谢的许多路径都涉及到bHLH转录因子12..但尚未对之进行详细研究BHLH家庭考试数例PbrHLHs梨子此处,我们识别197PbrbHLH中文白梨基因遗传分析结果、基因结构与蛋白节运动分析使我们能够将这些PbrHLH蛋白分解为21组,与番茄苹果中报告的数字相同[28码,三十九,即使生物少slbHLHs159和mdbHLHs188比成员PbrHLHs梨子基于植物学分析 无根树显示PbrHLHs完全划分成19片段,奇异基因数从3数(cladeL和M)到22数(cladeU)和2个单元cladeP和Q基因和蛋白结构分析显示PbrbHLH家庭在寄存式/寄存式组织中也拥有广泛的多样性以及蛋白质运动模式exon数和结构多样性分布模式cladeD、F、G、H、J、K和U相对保存,但许多其他片段则有广泛的exon数和结构多样性,这与蛋白质运动模式分析结果相似。使用在线ME软件检测出20个低E值PbrHLHs中的节能蛋白质元值,所有bHLHs都存在模式[#112],该模式被视为PbrHLHTF特征模式同时,某些其他运动点只存在于某些集团中,包括B组、I组和K组的btif#8和F组和O组的mtif#10外加三种单片模式,如cladeF型模式[#131210112614],cladeK型模式[#157、51812263]和cladeJ型模式[#1、226320]结果表明PbrbHLH基因家庭在适应环境压力演化中可能起多种作用,集团划分可能在早期发生

Gene重复分析显示 主驱动力扩展PbrbHLHWGD/sement事件家庭类与苹果类相同举例说,通过应用MCCANX,58.9%BHLH中文白梨基因分类成WGD/secional类型梨子最近经历WGD事件近四分之一BHLH基因从分散事件复制这可能是自相冲突率高和梨归并过程所致结果表明WGD/分片复制基因在扩展中起着关键作用BHLH汉白梨基因族此外,Ks值分析暗示几乎所有WGD类型PbrbHLH基因从最近WGD事件日期复制,Ka/Ks比率表示PbrHLHs主要是在净化选择下进化,似乎有必要适应进化历史中当前环境

函数浓缩分析显示PbrbHLH基因主要丰富函数和过程与TF密切关联,并分类路径为主机制BHLH家庭TF调节下游基因表达方式,如circadian节奏、MAPK信号和植物荷尔蒙信号传输路径举个例子OSBHLH148并sbHL006AREJ1可用Jasmonic信号路径提高大米的干旱压力盐和干旱压力下,葡萄VvbHLH对盐度和抗旱思维产生压倒性效果,增加浮质积聚和ABA转基因信号Arabidopsisthaliana.此外,bHLH蛋白还涉及植物应激抗药性阿拉伯化abHLH112基因提高抗旱能力,增加表面物质,消除ROS内容并减少水分结果显示PbrHLHs可能像其他角色BHLHs.

通过分析前转录器数据,我们揭示表达式模式PbrHLHs冷旱应激条件结果显示,除某些基因外,大多数表达方式PbrHLHs发生重大修改举举两个按键下PbrbHLH基因包括PbrHLH7,PbrHLH119,PbrHLH120,PbrHLH160并PbrHLH128至PbrHLH80Clade K有上调趋势,表示这些基因可能在某些近距离路径上起相似作用,以应对干旱和冷压与冷处理相比,旱情中峰值表示显示时间相对晚点,表示响应PbrHLHs视所应用的处理方式而异验证是否PbrHLHs曾参与应对冷旱压力,并进行应激处理和qRT-PCR分析结果显示,所有测试基因表达方式在干旱或冷处理的早期阶段大为改变,然而,两种处理方法对同基因的响应可大相径庭。举例说 冷处理表达PbrHLH7,PbrHLH8,PbrHLH161,PbrHLH128,PbrHLH160并PbrHLH195向上调控前先显示下调趋势,而在干旱压力下PbrHLH128并PbrHLH160开始调控 后下调控此外,作为一种高调控基因,冷旱压力条件的干扰PbrHLH195转录级大大降低了RNAi梨苗冷耐结果表明PbrbHLH基因参与对梨中干旱和冷应力的响应,在各种应激条件下,基因参与路径似乎不同

本研究的作品突出BHLHTF在梨冷旱中的重要性这是首项识别研究PbrbHLH基因检验梨子表达模式QRT-PCR分析显示PbrbHLH参与压力容留路径和功能分析显示PbrHLH195作用在梨非生物压力耐受需要深入调查才能理解作用PbrHLHs压力响应路径中,键描述(即使是标记)bHLHTF

结论

在这次研究中,我们识别到197PbrbHLH白梨基因并进行植物学分析以确定这些基因之间的关系基于蛋白质元素和异子/Excent特征分析结果PbrbHLH家庭划分为21组根据对迭代性分析,WGD和分散重复可能在演进中发挥作用PbrbHLH家庭问题此外,RNA-seq数据、qRT-PCR和VIGS结果显示PbrbHLH基因在应对非生物压力方面可能起重要作用,它们的表达模式因应干旱和冷应力而异。从这项研究收集的下划线数据为高级研究打下基础,评价冷耐和抗旱机制BHLH梨子基因

方法论

植物材料和菌株

梨苗生长于温室16h/8光/黑相周期,75%相对湿度和25oCA.语义学GV3101在LB介质上生长,28摄氏度补充kanamycin和Rif

识别功能注解BHLH汉白梨基因族

识别BHLH汉白梨基因 多数据库搜索南京农业大学梨中心下载中国白梨所有需要序列和注解文件http://peargenome.njau.edu.cn/BHLH保护域种子文件PF00010从Pfam下载http://pfam.sanger.ac.uk/)HMM软件用预设参数E-value < 0.05检测节能Pfam域40码..并使用NCBI批量CD搜索工具检查预测bHLH转录因数https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/bwrpsb/bwrpsb.cgi基于CDDv3.18和SMARTv6.0数据库验证bHLH域的存在一号)E值大于1e的蛋白质-6或无bHLH域名删除相关基因标识PbrbHLH表显示基因一号.中文白梨注解信息取自GFF文件,结果用R脚本可视化BLASTP对167报告AtbHLH蛋白序列5蛋白序列从TAIR下载https://www.arabidopsis.org/)

结构保存点分析PbrbHLH基因学

Gene结构显示服务器http://gsds.cbi.pku.edu.cn/)用来分析结构BHLH基因匹配cDNA序列与对应基因组脱氧核糖核酸序列41号..Motif Eliucation在线多期望最大化分析bHLH蛋白质http://meme.nbcr.net/meme/cgibin/meme.cgi带缺省参数和最大数efs参数设置为2042号..

基因分析

植物化树搭建时使用邻接法和MEGA7.0中的1000靴子(http://www.megasoftware.net/)[43号..使用p距离并审议双向删除选用参数

染色体局部化和合成分析

染色体定位信息取自GFF文件PGDD使用相同程序http://chibba.agtec.uga.edu/duplication/)分析合成PbrHLHs.首先是局部全VBLASTP搜索PbrbHLH测试基因-10)后用MCScanX测定带BLASTP结果和基因定位信息并存输入文件44号..下游分析工具(复制_gene_分类器)MCScanX包用于识别串联性、近似散异性以及分段/全方位复制PbrbHLH家庭基因检测结果使用circos-0.69软件视觉化45码..ks计算器2.0分析46号..估计分片重叠事件日期时 方方面面100Kb内相匹配基因PbrbHLH基因算法

表达式分析PbrbHLH干旱和冷压条件下的基因

发布记录归纳数据(FPKM值)描述全RNA抗旱处理样本(D0、D1、D3和D6表示采取样本时间为0hpt(小时后处理)、1hpt、3hpt和6hpt[2016年]35码万事通冷处理样本(C0、C5、C12和C24表示0hpt采样、5hpt采样、12hpt采样和24hpt冷压采样)从Yang和Huang下载[2018年]36号..确定表达模式PbrbHLH家庭基因在干旱和冷压条件差分表达式基因识别阈值QQlog2FC+++TBtools v1.068用于可视化结果47..

qRT-PCR分析中,9周长的梨苗分别处理干旱和冷树叶保留液氮0hpt、1hpt、3hpt、6hpt、12hpt和24hpt处理并冷处理0hpt、1hpt、3hpt、9gt、12hpt和24hptRNA总提取和CDNA合成均按RNA包指令(台元中国北京)和PripenScriptRT试剂Kit专业素材构件图布八大测试PbrbHLH基因通过NCBI在线工具Primer-BLAST设计https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/index.cgi?LINK_LOC=BlastHome特征参数生物选择设置为yrusbretschneideri税号:2251174)qRT-PCR测试用三种技术拷贝进行QRT-PCR响应(20千兆克/孔)48号..表达式通过2对每个样本评价QQ方法,邓肯多场测试A级公元前值小于0.05即大变异和微分表示基因与QQlog2FC+++

生成静默植物

病毒诱发基因静默PbrHLH195执行前方法49号..182b碎片PbrHLH195开放阅读框架插入EcoR和巴姆赫I网站烟噪病毒矢量2生成pTRV2PbrHLH195构造性矢量pTRV1、pTRV2和pTRV2PbrHLH195变换成A.语义学GV3101电热休克细菌细胞(OD600=1.0)中含有pTRV1与pTRV2混合PbrHLH195mmMMgCl2二百米Actosyringone和十兆米MESp5.6)并保持暗中慢摇4H室温细菌混合物注入树叶并冲刷水中,生长在土盆中并转至受控生长室两周后,从每个厂收集非注入叶子并接受基因组PCR和qRT-PCR分析,ViGS厂显示相似规模PbrHLH195抑制法用于进一步分析

生理分析

EL测量50码..MDA和H2O级2检测指令使用相应的检测包(南京生物工程学院,中国南京)。Chl荧光度测量成像PAMCHL宽度计,Fv/FM比由成像Winge软件计算(Walz,德国)。Chl提取分析51号..

提供数据和资料

南京农业大学梨子项目网站获取所有需要基因组序列和中国白梨基因注释文件http://peargenome.njau.edu.cn)本研究期间生成或分析的所有数据均包含在本文章及其补充信息文档中

缩写

BHLH:

基本螺旋循环helix

TF:

纹理因子

COR系统基因学

冷调控基因

PI:

蛋白异电点

GRAVY:

大平均流水

ks:

逐站异名替换

hpt:

小时处理

EL:

电解泄漏

MDA:

Marondialthyde

HMM:

隐藏Markov模型

GSSS:

Gene结构显示服务器

MEME:

多重期望最大化MotifEliucation

NJ:

Neighbor-Joining

RPKM:

千兆字节exon模型千兆字

WGD:

全类型重复

VIGS:

病毒诱发基因静默

ORF:

开放阅读框架

MES:

二-(甲醇)乙硫酸

引用

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Acknowledgements

这项工作得到了中国国家关键研发方案(2019YFD100102)和中国国家科学基金会(31872070!32072538、江苏农业科技创新基金(CX(1818)3065)、江苏省优秀青年自然科学基金会(SBK201703026)、南京农业大学基础研究基金(KYZ201607)、南京农业大学SRT项目(202011YX05)和革新创业基础培训方案(S2019040)。

作者信息

作者注解

  1. HuizhenDong和Qiming Chen为这项工作作出了同样的贡献

附属关系

  1. 植物遗传学和Germplasm增强状态密钥实验室中国南京农大学梨工程技术研究中心

    Huizhen东省、Chen庆省、Yuqin大区、Wenjie湖省、Shaoling张小山黄

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交文

HZD、YQD和WJH设计并进行了实验,QMC进行了所有生物信息分析并写手稿XSH和SLZ指令修改手稿所有作者阅读、评审并批准最终手稿

对应作者

对应到小山黄.

道德申报

道德核准并同意参赛

不适用

协议发布

不适用

竞技兴趣

作者声明他们没有竞技兴趣

附加信息

发布器注解

Springer自然对发布地图和机构附属关系中的司法请求保持中立

补充信息

附加文件1表S1

详细特征PbrHLHs.表S2重复类型PbrbHLH中文白梨基因表S3序列信息20检测到MEME分析表S4素数PbrHLHsqRT-PCR和向量构造

附加文件2FigS1

Pylegentication树167AtbHLHs和两个独特PbrHLH蛋白MEGA7用于构造基于蛋白序列的植物树iTOL用注解并审查植物树微博S2函数注解浓缩分析GO(遗传学)术语富集分析PbrHLH蛋白KEGG对PbrHLH蛋白质浓缩分析

权限和权限

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