蛋白质 | 鉴定的保守结构域/基序/特定氨基酸 | 预测的功能 |
---|---|---|
LLCAD. | 酒精脱氢酶grooid域 | 催化结构域用格鼠状结构[38.] |
锌结合脱氢酶域 | 催化活性、锌离子结合[38.] | |
zn-1(ghexvgxvxxxgxxv)和 Zn-2(GXXVGXGXXXXXCXXCXXCXXXXXXXC) 绑定图案 |
Zn-1催化中心和 Zn-2绑定站点[39.] |
|
三个氨基酸C,H,C | 定义催化Zn动作的地点[40] | |
四个C残留物 | 结构Zn连接(Zn-2结构术语)[40] | |
G残基(GxGGxG)(所谓的罗斯曼折叠)代表NADPH共底物结合基序 | G衬底特异性的残留物[40] | |
S 212. | 特异性NADP(H)结合残留物[40] | |
许多保守的残留物:s,q,l,m,w,v,p,l,f,i | 确定底物连接[38.] | |
llcesa8 / llirx1. | n端包含一个zn结合的RING基序,严格保守的CxxC序列基序以氨基酸开头:CxxCx12.FxACxxCxxPxCxxCxExxxxxDxxxCxxC | CESA复合物中的蛋白质 - 蛋白质相互作用[41.那42.那43.] |
117 AA的高变区域(VR1),富含酸性AA | 这个地区比以前认为这个地区更加守恒。该区域对酶的整体功能的贡献未知[41.那43.] | |
在C-Terminus的N-末端(TMH1-2)和六个跨膜结构域(TMH3-8)附近的两个跨膜结构域 | 跨膜螺旋[44.] | |
大型细胞溶质/催化中心结构域(CD =球状域=可溶性结构域),其包括保守区域1(CR1)内的植物保守区(P-CR),可变区2(VR2)内的特异性区域(CSR)和保守区域2(CR2) | [41.那42.那43.] | |
位于CD结构域A中,由几种广泛间隔的天冬氨酸(D)残留物组成 - 单一D,然后是DXD | 这些残留物结合UDP-葡萄糖基质。加工酶催化添加许多糖残留物到生长链[41.那43.] | |
位于CD区域的B由第三个保守的天冬氨酸(D)残基和三个保守的氨基酸QxxRW组成 | 催化遗址的一部分[41.那43.] | |
llcobl4 / llirx6. | Cobra Superfamily的推定域名特征 | CDD(NCBI) |
n端有裂解位点的信号肽 | 信号肽切割位点[45.那46.] | |
推定的纤维素结合位点 | 碳水化合物结合模块(CBM)[46.] | |
中央CYS-RING(CCVS)主题 | 高度保守,为所有COBL蛋白所特有[45.那46.] | |
两个保守的共识N-糖基化位点 | 天冬酰胺(N)连接的蛋白质糖基化[46.] | |
该位点与c端预测的裂解ω-位点相对应 | 糖基膦酸酐肌醇(GPI)改性基序。通过酰胺键将GPI锚在ω-位点裂解后剩余的最后氨基酸残基中加入[46.] | |
LlGAUT12 / LlIRX8 | 氨基端胞质域 | Phyre2 |
跨膜结构域 | Phyre2 | |
特定的糖基转移酶10(GT8)结构域 | 将糖残留物转移给供体分子。CDD(NCBI) | |
催化DXD主题 | CDD(NCBI) | |
LlPG / LlQRT | 四个典型的保守域I、II、III和IV | 保守的带正电域IV(Rikt)构成了与存在于基质中存在的羧酸盐基团的离子相互作用的可能候选者[47.那48.那49.] |
在域I和II中的三种天冬氨酸(D) | NT中天冬氨酸中的羧酸盐组D.和DD.结构(分别为I和II)可以是催化位点的组分[50.] | |
结构域III中的组氨酸残基(H) | 参与催化反应[51.] | |
酪氨酸(Y)在320位置 | PGS催化很重要[52.] | |
12个半胱氨酸(C)残留物 | 对维持细胞外蛋白质的三维结构很重要,并且分布在整个序列中,但在c端出现的频率较高[49.] | |
LlPCS1 | 在N(DTGS)和C(DS / LGT)和蛋白酶等蛋白酶的终端特征如天冬氨酸蛋白酶 | 催化图案(CDD,NCBI) |
两个催化残基(D) | 在pepsin家族中起关键催化作用,并对所有家族成员(CDD, NCBI)都具有保守性。 | |
主动襟翼ATLS和SSSS | 一个延伸的环状物,突出在裂口上,形成一个11-残基瓣,它将底物或抑制剂包裹在活性位点内。它还为底物特异性贡献了三个残基(CDD, NCBI) | |
胃蛋白酶A类似植物结构域 | 叶绿体Nucleoids DNA结合蛋白酶和Nucellin,胃蛋白酶样天冬氨酸(CDD,NCBI)的特征 | |
TAXI_N域名;出租车域名 木聚糖酶抑制剂 |
该家族成员的N-和c -末端共同需要创建用于裂解木聚糖酶(细胞存活过程)的催化囊(CDD, NCBI) | |
llga3ox. | 赤霉素3 -β加双氧酶域 | CDD(NCBI)[53.] |
2-氧代摩托酸盐(2G)和Fe(II) - 依赖氧合酶(氧)超家族结构域 | CDD(NCBI) | |
他-X-ASP-(x)n-his(hxd ... h)和arg-x-ser(rxs)图案 | 招聘Fe(ii)作为辅助因子和共衬底cdd(ncbi) | |
LlGA2ox1 | 赤霉素2 -β加双氧酶域 | CDD(NCBI) |
2- Oxoglutarate(2g)-fe(ii) - 依赖氧酶超家族的域特征 | CDD(NCBI) | |
HxD, H和RxS图案 | 氨基酸残基推测为结合Fe2+在蛋白质的活性部位 | |
LlGAMYB | R2R3域名 | 靠近5'末端 |
框1,框2,框3域 | 分布在整个蛋白质中 | |
reb1域名 | MyB超家族蛋白的特征,包括转录因子和mRNA剪接因子 | |
myb_dna结合域和SANT (SWI3, ADA2, N-CoR和TFIIIB ')域 | 使用CDD(NCBI)指定了DNA结合结构域 |