相关基因的特征gydF4y2BaTGA7gydF4y2Ba在花的转变过程中gydF4y2Ba

背景gydF4y2Ba

TGACG-binding (TGA)家族有10个成员，在gydF4y2Ba拟南芥gydF4y2Ba防御反应和发展。然而，它们在控制开花时间方面的作用仍然很大程度上未知，需要进一步研究。gydF4y2Ba

结果gydF4y2Ba

研究…的作用gydF4y2BaTGA7gydF4y2Ba在花的转变过程中，我们首先调查了gydF4y2Batga7gydF4y2Ba在长日照和短日照条件下均表现出延迟开花表型的突变体。然后，我们进行了开花遗传途径分析，发现自主和热感觉途径都可能影响gydF4y2BaTGA7gydF4y2Ba表达式。此外，为了揭示野生型(WT)和野生型(WT)之间基因表达谱的差异gydF4y2Batga7gydF4y2Ba的cDNA文库gydF4y2Batga7gydF4y2Ba发芽后9天的突变苗。对于每个文库，深度测序产生了大约6.67 Gb的高质量序列，其中大多数(84.55%)mrna在500 - 3,000 nt之间。总共鉴定了325个差异表达基因gydF4y2Batga7gydF4y2Ba突变的幼苗。其中4个基因与花期控制有关。通过qRT-PCR进一步验证了这4个开花相关基因的差异表达。gydF4y2Ba

结论gydF4y2Ba

在这四个与开花时间控制相关的差异表达基因中，gydF4y2Ba方法gydF4y2Ba和gydF4y2BaMAF5gydF4y2Ba可能是造成gydF4y2Batga7gydF4y2Ba,因为gydF4y2BaTGA7gydF4y2Ba表达受自主通路基因调控。这些结果为进一步研究的作用提供了框架gydF4y2BaTGA7gydF4y2Ba促进开花。gydF4y2Ba

tgacg结合转录因子(TGA)属于bZIP TF家族。TGA家族有10个成员，他们在gydF4y2Ba拟南芥gydF4y2Ba防御反应和发展[gydF4y2Ba1gydF4y2Ba，gydF4y2Ba2gydF4y2Ba，gydF4y2Ba3.gydF4y2Ba]。这些TGAs可以与发病相关基因1 (gydF4y2BaNPR1gydF4y2Ba)，参与水杨酸(SA)介导的基因表达(类似于gydF4y2BaPR-1gydF4y2Ba)和抗病能力[gydF4y2Ba4gydF4y2Ba，gydF4y2Ba5gydF4y2Ba]。这些tga结合到gydF4y2Ba独联体gydF4y2Ba-调节TGACG元件[gydF4y2Ba6gydF4y2Ba]，这种元素存在于gydF4y2BaPR1gydF4y2Ba启动子，这是必需的gydF4y2BaPR1gydF4y2BaSA的基因表达及与NPR1的相互作用[gydF4y2Ba4gydF4y2Ba，gydF4y2Ba7gydF4y2Ba，gydF4y2Ba8gydF4y2Ba，gydF4y2Ba9gydF4y2Ba]。但是，NPR1不能直接绑定到gydF4y2BaPR-1gydF4y2Ba启动子，但通过与TGAs的物理相互作用被招募到启动子中来调节gydF4y2BaPR-1gydF4y2Ba［gydF4y2Ba4gydF4y2Ba，gydF4y2Ba6gydF4y2Ba，gydF4y2Ba7gydF4y2Ba，gydF4y2Ba8gydF4y2Ba，gydF4y2Ba9gydF4y2Ba]。gydF4y2Ba

NPR1蛋白与10个中的7个相互作用gydF4y2Ba拟南芥gydF4y2Batga (gydF4y2Ba7gydF4y2Ba，gydF4y2Ba8gydF4y2Ba，gydF4y2Ba10gydF4y2Ba]。这7种tga进一步划分为3个亚支，其中支1含有TGA1和TGA4;分支2包含TGA2、TGA5和TGA6;和含有TGA3和TGA7的进化枝III [gydF4y2Ba11gydF4y2Ba]。在gydF4y2Ba拟南芥gydF4y2Ba在sa诱导的叶片中，只有TGA1和TGA4与NPR1相互作用，而其他TGAs与NPR1组成相互作用[gydF4y2Ba12gydF4y2Ba]。因此，这七种TGAs都是植物防御系统的重要组成部分。gydF4y2Ba

除了参与植物防御外，TGAs还参与植物发育。例如，当在低硝酸盐条件下生长时，gydF4y2Batga1 / tga4gydF4y2Ba显示改变的根结构[gydF4y2Ba13gydF4y2Ba，gydF4y2Ba14gydF4y2Ba]。gydF4y2BaTGA1gydF4y2Ba和gydF4y2BaTGA4gydF4y2Ba也在花器官边界周围表达，是花序结构、分生组织维持和开花所必需的[gydF4y2Ba3.gydF4y2Ba]。gydF4y2Ba

在本研究中，我们发现TGA7在花期控制中起重要作用。的损失gydF4y2BaTGA7gydF4y2Ba功能延迟开花gydF4y2Ba拟南芥gydF4y2Ba。揭示…的分子机制gydF4y2BaTGA7gydF4y2Ba在花期控制中，WT与gydF4y2Batga7gydF4y2Ba用RNA-sEq分析萌发后9天突变体幼苗。共鉴定出325个差异表达基因(DEGs)，其中4个与开花时间途径相关。这些结果为深入了解植物开花时间控制的潜在相关基因提供了依据gydF4y2Batga7gydF4y2Ba这将有助于进一步研究其分子机制gydF4y2BaTGA7gydF4y2Ba在花的过渡时期。gydF4y2Ba

植物材料gydF4y2Ba

拟南芥gydF4y2Ba植物生长在长日照(LD)土壤中;16小时/8小时，光/暗)或短日(SD;8-h/16-h，亮/暗)条件下，23°C。突变体gydF4y2Bagi-1gydF4y2Ba，gydF4y2Baco-9gydF4y2Ba，gydF4y2Ba英尺10英寸gydF4y2Ba，gydF4y2Basvp-41gydF4y2Ba上校:gydF4y2Ba星期五gydF4y2Ba^SF2gydF4y2Ba（gydF4y2BaFRI-ColgydF4y2Ba），gydF4y2Bafld-3gydF4y2Ba,gydF4y2Bafve-4gydF4y2Ba都有哥伦比亚大学的背景gydF4y2Ba15gydF4y2Ba，gydF4y2Ba16gydF4y2Ba]。gydF4y2Bafpa-7gydF4y2Ba(SALK_138449),gydF4y2Bafca-2gydF4y2Ba(SALK_057540),gydF4y2Baflk-1gydF4y2Ba(SALK_007750),gydF4y2Batga7gydF4y2Ba(CS89835)种子购自拟南芥生物资源中心(gydF4y2Bahttp://www.arabidopsis.org/gydF4y2Ba)。gydF4y2Ba

裂解扩增多态性序列(CAPS)分析gydF4y2Ba

一个689 bp的DNA片段gydF4y2Batga7gydF4y2Ba使用以下引物扩增突变型或野生型(WT): Forward, 5 ' -TAAAGTTATCGCAGTTAGAGC-3 '和Reverse, 5 ' -CCGCATCAATCACAATG-3 '。PCR在95°C 30 s, 58°C 30 s, 72°C 1 min的条件下进行40个循环gydF4y2Ba生态gydF4y2Ba经1%琼脂糖- tae凝胶分离。gydF4y2Ba

质粒构建及转基因植株的产生gydF4y2Ba

构建gydF4y2Ba35 S: TGA7gydF4y2Ba,gydF4y2BaTGA7gydF4y2Ba将编码序列扩增后克隆到二值载体中gydF4y2BapCAMBIA1300-35年代gydF4y2Ba。用于质粒构建的引物在附加文件中列出gydF4y2Ba1gydF4y2Ba。转基因植物是通过gydF4y2Ba根癌土壤杆菌gydF4y2Ba利用花浸渍法进行介导转化。转化株含gydF4y2Ba35 S: TGA7gydF4y2Ba在MS培养基中添加潮霉素(30mg LgydF4y2Ba^{−1gydF4y2Ba})。gydF4y2Ba

总RNA的分离gydF4y2Ba

总RNA的分离使用RNAprep Pure Plant Kit (TIANGEN, Beijing, China)按照制造商的说明进行。将DNA酶I加入混合物中以消除基因组和质体DNA。gydF4y2Ba

mRNA文库构建gydF4y2Ba

使用NanoDrop和Agilent 2100生物分析仪(Thermo Fisher Scientific, MA, USA)分析总RNA。用寡聚(dT)磁珠纯化mRNA。然后，将mRNA剪切成碎片缓冲液中的小片段。第一链cDNA用随机六聚体引物逆转录合成，第二链cDNA用DNA聚合酶合成。然后，将转接头添加到双链cDNA中。对cDNA片段进行PCR扩增，所得PCR产物纯化后用洗脱缓冲液溶解。然后，将PCR产物热变性以产生最终文库。测序在BGIseq500平台(bgi -深圳，中国)进行。转录组数据集已提交给NCBI(登录号PRJNA649868)。gydF4y2Ba

从头组装和测序功能注释gydF4y2Ba

转录组数据按照先前发表的方案进行筛选和分析，并进行了轻微修改[gydF4y2Ba17gydF4y2Ba]。进行差异表达分析，并确定基因本体(GO)术语的显著性水平，使用gydF4y2Ba问gydF4y2Ba值≤0.05。gydF4y2Ba

中存在gydF4y2Ba

表达分析用1µg RNA进行反转录。使用FastKing gDNA消去RT SuperMix试剂盒(TIANGEN)按照制造商的说明合成cDNA。采用UltraSYBR混合液(含ROX;CWBio，北京，中国)和CFX96实时PCR检测系统(Bio-Rad)。将检测到的基因表达量归一化为gydF4y2BaTUB2gydF4y2Ba表达式。误差条表示三个生物重复的标准差[gydF4y2Ba18gydF4y2Ba]。用于表达式分析的引物在附加文件中列出gydF4y2Ba1gydF4y2Ba。gydF4y2Ba

的监管gydF4y2Ba拟南芥gydF4y2Ba开花时间gydF4y2BaTGA7gydF4y2Ba

揭示…的功能gydF4y2BaTGA7gydF4y2Ba在控制花期方面，我们分析了gydF4y2BaTGA7gydF4y2Ba表型使用gydF4y2Batga7gydF4y2Ba在第7外显子包含一个点突变的突变体(图2)。gydF4y2Ba1gydF4y2Baa). C到T的突变导致an的缺失gydF4y2Ba生态gydF4y2Ba位于市区的房车场地gydF4y2BaTGA7gydF4y2Ba导致TGA7蛋白的氨基酸从Ser变为Leu(图2)。gydF4y2Ba1gydF4y2Baa, b，附加文件gydF4y2Ba2gydF4y2Ba)。所有的gydF4y2Batga7gydF4y2Ba与野生型(WT)幼苗相比，在LD和SD条件下突变株的开花时间都延迟了(图2)。gydF4y2Ba1gydF4y2BaC-e)，这表明gydF4y2BaTGA7gydF4y2Ba促进开花独立于日长的条件。以确定点突变是否在gydF4y2BaTGA7gydF4y2Ba该突变体与WT (Col-0)回交。FgydF4y2Ba_1gydF4y2Ba幼苗显示WT表型(附加文件)gydF4y2Ba3.gydF4y2Baa, b)，和FgydF4y2Ba_2gydF4y2Ba幼苗的分离比为3:1 (31:12)，WT:gydF4y2Batga7gydF4y2Ba表型,χgydF4y2Ba^2gydF4y2Ba= 0.19 < χgydF4y2Ba^2gydF4y2Ba_{0.05gydF4y2Ba}= 3.84;gydF4y2BaPgydF4y2Ba> 0.05)。然后我们分析了所有的12个FgydF4y2Ba_2gydF4y2Ba幼苗具有gydF4y2Batga7gydF4y2Ba突变表型。这12个FgydF4y2Ba_2gydF4y2Ba幼苗均表现出纯合点突变gydF4y2BaTGA7gydF4y2Ba基因(附加文件)gydF4y2Ba3.gydF4y2Bac, d)然后我们变换gydF4y2Batga7gydF4y2Ba含有编码序列的突变体gydF4y2BaTGA7gydF4y2Ba由35s启动子驱动。两个独立的gydF4y2Batga7 35 S: tga7gydF4y2Ba转基因植株的开花时间与WT植株相当(图2)。gydF4y2Ba1gydF4y2Bag-i)，表明TGA7与黄花的开花表型有关gydF4y2Batga7gydF4y2Ba突变体和过量的gydF4y2BaTGA7gydF4y2Ba不要进一步加速开花。gydF4y2Ba

然后我们检查了gydF4y2BaTGA7gydF4y2Ba通过qRT-PCR分析，发现其在WT植物不同组织中的表达量最高gydF4y2BaTGA7gydF4y2Ba在成虫莲座叶中有表达，而在gydF4y2BaTGA7gydF4y2Ba在硅片上(图2)gydF4y2Ba1gydF4y2Baf)。gydF4y2Ba

自主和热感觉通路调节gydF4y2BaTGA7gydF4y2Ba表达式gydF4y2Ba

由于TGA7参与花的转变，我们研究了哪些开花遗传途径可能参与开花时间的控制。的表达式gydF4y2BaTGA7gydF4y2Ba在光周期途径突变体中保持稳定(图2)。gydF4y2Ba2gydF4y2BaA)，和gydF4y2Batga7gydF4y2Ba突变体在LD和SD条件下延迟开花(图2)。gydF4y2Ba1gydF4y2BaC-e)，这表明gydF4y2BaTGA7gydF4y2Ba可能不参与光周期途径。此外，几乎没有影响gydF4y2BaTGA7gydF4y2Ba赤霉素处理后的表达(图2)gydF4y2Ba2gydF4y2Bab).在WT和gydF4y2BaFRI-ColgydF4y2Ba植物，春化处理没有改变gydF4y2BaTGA7gydF4y2Ba表达式(无花果。gydF4y2Ba2gydF4y2Bac).这些观察结果表明，赤霉素和春化途径没有影响gydF4y2BaTGA7gydF4y2Ba。相比之下，在自主通路中突变体gydF4y2Bafca-2gydF4y2Ba和gydF4y2Bafve-4gydF4y2Ba,gydF4y2BaTGA7gydF4y2Ba表达水平升高，而在gydF4y2Bafld-3gydF4y2Ba和gydF4y2Baflk-1gydF4y2Ba(无花果。gydF4y2Ba2gydF4y2BaD)，提示自主通路可能影响gydF4y2BaTGA7gydF4y2Ba表达式。gydF4y2Ba

的gydF4y2Ba高级副总裁gydF4y2Ba基因在热感觉通路中起着至关重要的作用gydF4y2Basvp-41gydF4y2Ba突变体在不同温度条件下表现出稳定的开花表型[gydF4y2Ba19gydF4y2Ba]。我们还分析了gydF4y2BaTGA7gydF4y2Ba不同温度下的表达。的gydF4y2BaTGA7gydF4y2Ba表达量随温度升高而增加(图2)。gydF4y2Ba2gydF4y2Bae)。此外,gydF4y2BaTGA7gydF4y2Ba在WT中表达稳定;gydF4y2Basvp-41gydF4y2Ba,gydF4y2Ba35 S:高级副总裁gydF4y2Ba植物在16℃，而gydF4y2BaTGA7gydF4y2Ba在gydF4y2Ba35 S:高级副总裁gydF4y2Ba但是更低gydF4y2Basvp-41gydF4y2Ba在23℃下(图1)gydF4y2Ba2gydF4y2Baf).这些发现表明，热感觉通路也可能调节gydF4y2BaTGA7gydF4y2Ba环境温度下的表达。此外,gydF4y2Batga7gydF4y2Ba在16 - 23°C范围内以温度敏感的方式开花，但在23 - 27℃范围内也以部分温度不敏感的方式开花。gydF4y2Ba2gydF4y2Bag).因此，TGA7可能部分介导了热感觉通路对开花时间的影响。gydF4y2Ba

WT和gydF4y2Batga7gydF4y2Ba突变体苗gydF4y2Ba

为了理解gydF4y2BaTGA7gydF4y2Ba影响开花时间的，我们鉴定了下游的基因gydF4y2BaTGA7gydF4y2Ba这可能与它促进开花的作用有关。WT和gydF4y2Batga7gydF4y2Ba突变体幼苗，提取mrna，进行3次生物重复gydF4y2Batga7gydF4y2Ba突变苗在9 DAG。共构建了6个RNA-seq文库进行转录组测序。gydF4y2Ba

对原始数据进行了限定和过滤，每个库产生大约6.67 Gb的序列数据(附加文件)gydF4y2Ba4gydF4y2Ba)。对每个样本的三个重复进行成对Pearson相关系数分析表明，测序数据具有高度可重复性(图2)。gydF4y2Ba3.gydF4y2Baa).为了全面了解测序数据之间的变化，我们进行了主成分分析(PCA)， PC1和PC2的值分别为97.58%和2.21%(图2)。gydF4y2Ba3.gydF4y2Bab). PCA明确地将6个RNA-seq文库分为两组，WT和gydF4y2Batga7gydF4y2Ba突变体。mrna的大小分布如图所示。gydF4y2Ba3.gydF4y2Bac.大多数mrna(84.55%)在500 ~ 3000 bp之间，只有1.60%的mrna在50 ~ 5000 bp之间。gydF4y2Ba

WT与gydF4y2Batga7gydF4y2Ba突变体苗gydF4y2Ba

计算每kb每百万读取的读取值，以确定WT与gydF4y2Batga7gydF4y2Ba突变苗在9 DAG。共鉴定出325个deg，其中133个基因被诱导，192个基因被抑制(图4a)。在325度中，gydF4y2BaAT3G55970gydF4y2Ba，gydF4y2BaAT5G45570gydF4y2Ba，gydF4y2BaAT5G44590gydF4y2Ba，gydF4y2BaAT5G44440gydF4y2Ba,gydF4y2BaAT4G12480gydF4y2Ba是上调最多的基因，而gydF4y2BaAT3G01345gydF4y2Ba，gydF4y2BaAT4G36700gydF4y2Ba，gydF4y2BaAT3G56980gydF4y2Ba，gydF4y2BaAT5G28520gydF4y2Ba,gydF4y2BaAT4G36700gydF4y2Ba是最下调的基因。图1中的热图。gydF4y2Ba4gydF4y2Bab为WT和之间deg的表达谱gydF4y2Batga7gydF4y2Ba突变的幼苗。对这些DEGs进行了GO术语富集分析，发现在生物过程中最具代表性的5个GO术语分别是“光合作用，光收获”、“光合作用，光收获”、“蛋白质-发色团连锁”、“光合作用”和“光合作用，光收获”。在分子功能上，分别是“叶绿素结合”、“蛋白质结构域特异性结合”、“RNA聚合酶II调控区序列特异性DNA结合”、“水解酶活性，作用于糖基键”和“碳水化合物激酶活性”。在细胞成分中，最具代表性的前五个氧化石墨烯术语是“光系统I”、“光系统II”、“质体红蛋白”、“叶绿体类囊体膜”和“叶绿体”(图2)。gydF4y2Ba4gydF4y2Bac)。gydF4y2Ba

与开花时间相关的关键deg的鉴定gydF4y2Ba

大量基因与开花时间有关，在花的转变中起着至关重要的作用，这是从营养生长到生殖生长的重要转折点[gydF4y2Ba20.gydF4y2Ba，gydF4y2Ba21gydF4y2Ba，gydF4y2Ba22gydF4y2Ba]。在WT和gydF4y2Batga7gydF4y2Ba突变苗(图2)gydF4y2Ba4gydF4y2Ba)， 4个deg参与了开花时间通路。的表达水平gydF4y2Ba方法gydF4y2Ba，gydF4y2BaMAF5gydF4y2Ba,gydF4y2BaSMZgydF4y2Ba是上调的，而gydF4y2BaNF-YC2gydF4y2Ba被下调了gydF4y2Batga7gydF4y2Ba突变苗与WT苗的比较(附加文件gydF4y2Ba5gydF4y2Ba)。gydF4y2Ba

花期相关基因表达水平的验证gydF4y2Ba

验证4个与开花时间相关的基因的表达(gydF4y2Ba方法gydF4y2Ba，gydF4y2BaMAF5gydF4y2Ba，gydF4y2BaSMZgydF4y2Ba,gydF4y2BaNF-YC2gydF4y2Ba)，经RNA-seq鉴定(附加文件gydF4y2Ba5gydF4y2Ba)，三个独立的WT和gydF4y2Batga7gydF4y2Ba9 DAG时收集的突变苗采用qRT-PCR进行分析。4种开花相关基因的表达水平和趋势与RNA-seq结果一致(图2)。gydF4y2Ba5gydF4y2Ba)，表明RNA-seq数据是可靠的。gydF4y2Ba

在本研究中，gydF4y2Ba拟南芥gydF4y2Ba失去了gydF4y2BaTGA7gydF4y2Ba功能显示延迟开花表型(图2)。gydF4y2Ba1gydF4y2Ba)。揭露…的作用gydF4y2BaTGA7gydF4y2Ba在花期控制方面，WT与gydF4y2Batga7gydF4y2Ba同一发育阶段(9 DAG)的突变体幼苗共暴露325个deg，其中gydF4y2BaNF-YC2gydF4y2Ba，gydF4y2BaSMZgydF4y2Ba，gydF4y2BaMAF5gydF4y2Ba,gydF4y2Ba方法gydF4y2Ba参与了开花时间通路(图2)。gydF4y2Ba5gydF4y2Ba;额外的文件gydF4y2Ba5gydF4y2Ba)。gydF4y2Ba

NF-Y是一个异三聚体TF家族，由NF-YA、NF-YB和NF-YC三个亚家族组成。NF-YB和NF-YC形成具有组蛋白折叠结构域的二聚体，而NF-YA具有序列特异性[gydF4y2Ba23gydF4y2Ba，gydF4y2Ba24gydF4y2Ba]。异三聚体NF-Y复合物与具有gydF4y2BaCCAATgydF4y2Ba元件，然后调控靶基因的表达[gydF4y2Ba23gydF4y2Ba，gydF4y2Ba24gydF4y2Ba]。虽然酵母和哺乳动物中NF-Y家族的每个成员都由一个基因编码，但它们可以被剪切成多个翻译后修饰的同种异构体[gydF4y2Ba25gydF4y2Ba，gydF4y2Ba26gydF4y2Ba]。在哺乳动物中，NF-Y复合物在许多过程中发挥重要作用，包括内质网应激、DNA损伤和细胞周期调节[qh]gydF4y2Ba27gydF4y2Ba，gydF4y2Ba28gydF4y2Ba，gydF4y2Ba29gydF4y2Ba]。然而，在植物中，每个NF-Y由多个基因编码，然后形成亚家族[gydF4y2Ba30.gydF4y2Ba]。有10个gydF4y2BaNF-YAgydF4y2Ba, 13gydF4y2BaNF-YBgydF4y2Ba和13gydF4y2BaNF-YCgydF4y2Ba基因gydF4y2Ba拟南芥gydF4y2Ba基因组(gydF4y2Ba31gydF4y2Ba]。与其他植物tf一样，NF-Y家族的重复成员也具有类似的功能gydF4y2Ba拟南芥gydF4y2Ba［gydF4y2Ba30.gydF4y2Ba，gydF4y2Ba32gydF4y2Ba]。NF-Y复合物在植物的逆境反应和生长发育中起着至关重要的作用[j]。gydF4y2Ba26gydF4y2Ba，gydF4y2Ba30.gydF4y2Ba，gydF4y2Ba33gydF4y2Ba]。gydF4y2Ba

NF-Y基因，包括gydF4y2BaNF-YB2gydF4y2Ba，gydF4y2BaNF-YB3gydF4y2Ba，gydF4y2BaNF-YC3gydF4y2Ba，gydF4y2BaNF-YC4gydF4y2Ba,gydF4y2BaNF-YC9gydF4y2Ba的光周期通路gydF4y2Ba拟南芥gydF4y2Ba, (gydF4y2Ba34gydF4y2Ba，gydF4y2Ba35gydF4y2Ba，gydF4y2Ba36gydF4y2Ba，gydF4y2Ba37gydF4y2Ba]。单一gydF4y2Banf-ygydF4y2Ba突变体不表现出明显的开花表型，而双或三突变体，如gydF4y2Banf-yb2-1 nf-yb3-1gydF4y2Ba或gydF4y2BaNf-yc3-2 nf-yc4-1 nf-yc9-1gydF4y2Ba，分别为延迟开花[gydF4y2Ba37gydF4y2Ba]。因为gydF4y2BaNF-YC2gydF4y2Ba是否属于同一亚族gydF4y2BaNF-YC3gydF4y2Ba，gydF4y2BaNF-YC4gydF4y2Ba,gydF4y2BaNF-YC9gydF4y2Ba，它们可能在光周期依赖的开花时间控制中具有类似的功能。然而,gydF4y2Batga7gydF4y2Ba在LD和SD条件下均表现出延迟开花表型(图2)。gydF4y2Ba1gydF4y2BaC-e)，表明开花较晚于gydF4y2Batga7gydF4y2Ba独立于光周期途径。的表达减少gydF4y2BaNF-YC2gydF4y2Ba可能不会导致开花延迟gydF4y2Batga7gydF4y2Ba突变体植物。gydF4y2Ba

SCHLAFMUTZEgydF4y2Ba（gydF4y2BaSMZgydF4y2Ba)，连同它的平行线gydF4y2BaSCHNARCHZAPFENgydF4y2Ba（gydF4y2BaSNZgydF4y2Ba)，属于抑制开花的ap2型TF家族。这两个gydF4y2BaSMZgydF4y2Ba和gydF4y2BaSNZgydF4y2Ba是…的目标?gydF4y2BamiR172gydF4y2Ba，是老化过程中的重要调节因子[gydF4y2Ba38gydF4y2Ba]。gydF4y2BaSMZgydF4y2Ba在LD条件下延迟开花。当在叶片中表达时，SMZ通过直接与基因结合抑制开花gydF4y2Ba英国《金融时报》gydF4y2Ba基因组位点，下调gydF4y2Ba英国《金融时报》gydF4y2Ba表达式[gydF4y2Ba38gydF4y2Ba，gydF4y2Ba39gydF4y2Ba]。因此，升高的gydF4y2BaSMZgydF4y2Ba表达水平至少可以部分解释该植物的延迟开花gydF4y2Batga7gydF4y2Ba突变体。gydF4y2Ba

此外,gydF4y2Ba方法gydF4y2Ba和gydF4y2BaMAF5gydF4y2Ba表达水平升高gydF4y2Batga7gydF4y2Ba突变体与野生型相比。gydF4y2Ba方法gydF4y2Ba编码MADS-box蛋白，是开花调控网络中的关键抑制因子[gydF4y2Ba40gydF4y2Ba，gydF4y2Ba41gydF4y2Ba，gydF4y2Ba42gydF4y2Ba]。ma1 - 5是5个FLC同源物gydF4y2Ba拟南芥gydF4y2Ba， FLC和ma1 - 5是抑制花过渡的MADS-box tf [gydF4y2Ba43gydF4y2Ba]。许多自主通路上的开花调控基因通过直接抑制来促进开花gydF4y2Ba方法gydF4y2Ba表达，以及这些基因的突变，包括gydF4y2Ba盛名gydF4y2Ba和gydF4y2BaFLKgydF4y2Ba在自主途径中，导致LD和SD条件下的延迟开花表型[gydF4y2Ba44gydF4y2Ba，gydF4y2Ba45gydF4y2Ba，gydF4y2Ba46gydF4y2Ba]。gydF4y2Ba

盛名gydF4y2Ba编码组蛋白去甲基化酶gydF4y2Ba拟南芥gydF4y2Ba是人类LSD1(组蛋白H3K4去甲基化酶)的同源物[gydF4y2Ba47gydF4y2Ba，gydF4y2Ba48gydF4y2Ba]。它压制gydF4y2Ba方法gydF4y2Ba通过组蛋白修饰表达[gydF4y2Ba47gydF4y2Ba，gydF4y2Ba48gydF4y2Ba，gydF4y2Ba49gydF4y2Ba，gydF4y2Ba50gydF4y2Ba]。gydF4y2Ba盛名gydF4y2Ba物理上相互作用gydF4y2Ba平安险gydF4y2Ba和gydF4y2Ba葬礼gydF4y2Ba，两个自主通路基因[gydF4y2Ba50gydF4y2Ba]。的角色gydF4y2Ba葬礼gydF4y2Ba和gydF4y2Ba平安险gydF4y2Ba在调节gydF4y2Ba方法gydF4y2Ba表达和花的过渡可能取决于gydF4y2Ba盛名gydF4y2Ba［gydF4y2Ba50gydF4y2Ba，gydF4y2Ba51gydF4y2Ba]。此外,gydF4y2Ba盛名gydF4y2Ba也与两种组蛋白去乙酰化酶HDA5和HDA6相互作用来调节gydF4y2Ba方法gydF4y2Ba表达式。gydF4y2BaFLKgydF4y2Ba含有rna结合结构域，仅存在于植物中[gydF4y2Ba52gydF4y2Ba，gydF4y2Ba53gydF4y2Ba]。FLK可能会抑制gydF4y2Ba方法gydF4y2Ba结合表达水平gydF4y2Ba方法gydF4y2Barna (gydF4y2Ba54gydF4y2Ba，gydF4y2Ba55gydF4y2Ba]。然而，FLD和FLK如何调节gydF4y2Ba方法gydF4y2Ba表达需要进一步调查。在这里，我们发现gydF4y2BaTGA7gydF4y2Ba表达减少gydF4y2Bafld-3gydF4y2Ba和gydF4y2Baflk-1gydF4y2Ba突变系(图2)gydF4y2Ba2gydF4y2Bad).因为gydF4y2Ba方法gydF4y2Ba和gydF4y2BaMAF5gydF4y2Ba的最接近的同系物gydF4y2Ba方法gydF4y2Ba的数量急剧增加。gydF4y2Batga7gydF4y2Ba与WT苗相比(附加文件)gydF4y2Ba5gydF4y2Ba,无花果。gydF4y2Ba5gydF4y2Ba)，因为gydF4y2Batga7gydF4y2Ba突变体在LD和SD条件下均表现出延迟开花表型(图2)。gydF4y2Ba1gydF4y2BaC, d, e)，我们建议gydF4y2Ba盛名gydF4y2Ba和gydF4y2BaFLKgydF4y2Ba调节gydF4y2Ba方法gydF4y2Ba通过表达gydF4y2BaTGA7gydF4y2Ba。gydF4y2Ba

总结，从野生动物和野生动物中获得6个cDNA文库gydF4y2Batga7gydF4y2Ba突变体gydF4y2Ba拟南芥gydF4y2Ba在9 DAG独立构建幼苗进行测序。通过生物信息学挖掘，鉴定出325个deg，其中4个基因，gydF4y2BaNF-YC2gydF4y2Ba，gydF4y2BaSMZgydF4y2Ba，gydF4y2BaMAF5gydF4y2Ba,gydF4y2Ba方法gydF4y2Ba，与开花时间控制有关。利用qRT-PCR分析和验证了这些开花时间相关基因的差异表达水平。其中,gydF4y2Ba方法gydF4y2Ba和gydF4y2BaMAF5gydF4y2Ba可能是造成gydF4y2Batga7gydF4y2Ba,因为gydF4y2BaTGA7gydF4y2Ba表达受自主通路基因调控。进一步的研究应该阐明如何gydF4y2BaTGA7gydF4y2Ba影响gydF4y2Ba盛名gydF4y2Ba和gydF4y2BaFLKgydF4y2Ba在调节gydF4y2Ba方法gydF4y2Ba表达和加深我们对自主通路在控制开花中的作用的认识。gydF4y2Ba

支持本文结论的数据集可在NCBI Short Read Archive中获得，登录号为PRJNA649868。gydF4y2Ba

帽子:gydF4y2Ba

裂解扩增多态性序列gydF4y2Ba

DAG:gydF4y2Ba

发芽后的天数gydF4y2Ba

度:gydF4y2Ba

差异表达基因gydF4y2Ba

遗传算法:gydF4y2Ba

赤霉素gydF4y2Ba

走:gydF4y2Ba

基因本体论gydF4y2Ba

LD:gydF4y2Ba

工作时间长gydF4y2Ba

NPR1:gydF4y2Ba

发病相关基因的非抑制因子1gydF4y2Ba

主成分分析:gydF4y2Ba

主成分分析gydF4y2Ba

存在:gydF4y2Ba

实时定量PCRgydF4y2Ba

RNA-seq:gydF4y2Ba

RNA序列gydF4y2Ba

SD:gydF4y2Ba

白天短gydF4y2Ba

SMZ:gydF4y2Ba

SCHLAFMUTZEgydF4y2Ba

SNZ:gydF4y2Ba

SCHNARCHZAPFENgydF4y2Ba

TF:gydF4y2Ba

转录因子gydF4y2Ba

TGA:gydF4y2Ba

tgacg结合转录因子gydF4y2Ba

WT:gydF4y2Ba

野生型gydF4y2Ba

感谢华大基因(中国深圳)的技术支持和洪一国教授的阅读。gydF4y2Ba

国家自然科学基金(资助号:31770344和31970328)资助。资助机构在这项研究中没有发挥任何作用。gydF4y2Ba

从属关系gydF4y2Ba

1. 杭州师范大学生命与环境科学学院植物RNA信号研究中心，浙江杭州311121gydF4y2Ba

   徐晓瑞，徐静亚，袁晨，胡一凯，刘庆刚，陈倩倩，张鹏成，石农农，秦成gydF4y2Ba

贡献gydF4y2Ba

CQ和NNS设计了实验。XRX、JYX、CY、QQC和PCZ进行实验，XRX和CY进行qRT-PCR分析。CQ, YKH和QGL分析数据。CQ起草了手稿。所有作者都阅读并批准了最终的手稿。gydF4y2Ba

相应的作者gydF4y2Ba

对应到gydF4y2BaNongnong史gydF4y2Ba或gydF4y2Ba程秦gydF4y2Ba。gydF4y2Ba

伦理批准并同意参与gydF4y2Ba

不适用。gydF4y2Ba

发表同意书gydF4y2Ba

不适用。gydF4y2Ba

相互竞争的利益gydF4y2Ba

作者宣称他们没有竞争利益。gydF4y2Ba

出版商的注意gydF4y2Ba

b施普林格《自然》杂志对已出版的地图和机构的管辖权要求保持中立。gydF4y2Ba

开放获取gydF4y2Ba本文遵循知识共享署名4.0国际许可协议，该协议允许以任何媒介或格式使用、共享、改编、分发和复制，只要您适当地注明原作者和来源，提供知识共享许可协议的链接，并注明是否进行了更改。本文中的图像或其他第三方材料包含在文章的知识共享许可协议中，除非在材料的署名中另有说明。如果材料未包含在文章的知识共享许可中，并且您的预期用途不被法律法规允许或超过允许的用途，您将需要直接获得版权所有者的许可。如欲查阅本许可证副本，请浏览gydF4y2Bahttp://creativecommons.org/licenses/by/4.0/gydF4y2Ba。创作共用公共领域免责声明(gydF4y2Bahttp://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/gydF4y2Ba)适用于本文中提供的数据，除非在数据的信用额度中另有说明。gydF4y2Ba

转载及权限gydF4y2Ba